2. 항소비용은 피고가 부담한다.

피고가 원고에 대하여 한 2008. 6. 2.자 2007년 1기 부가가치세 40,286,710원의 부과처분과 2008. 9. 5.자 2007년 2기 부가가치세 12,256,770원의 부과처분을 모두 취소한다.

2. 항소취지

제1심 판결을 취소한다. 원고의 청구를 기각한다.

다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제4, 5호증, 을 제1, 2, 5, 8호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있다.

가. 일반택시 운송사업자인 원고 회사는 2007년 1기 예정분·확정분, 2기 예정분 부가가치세에 대하여 구 조세특례제한법(2007. 12. 31. 법률 제8827호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세특례제한법’이라 한다) 제106조의4 제1항 에 따라 아래와 같이 각 부가가치세 납부세액의 50%를 경감하는 것으로 부가가치세를 신고·납부하였다. 서울특별시 금천구청장은 원고 회사에 대하여 2007년 1기 예정분·확정분, 2007년 2기 예정분 부가가치세 경감세액에 대한 사용실태를 점검한 결과, 원고 회사가 아래와 같이 경감세액 중 일부를 사용하지 않았다고 피고에게 통보하였다.

나. 피고는 통보 내용을 토대로 원고 회사가 경감된 부가가치세액을 경감된 부가가치세의 신고납부기한 종료일부터 6개월 이내에 사용하지 아니하였다는 이유로, 구 조세특례제한법 제106조의4 제3항 에 따라 원고 회사에게 2008. 6. 2.자로 2007년 1기 부가가치세 40,286,710원(가산세 포함)을, 2008. 9. 5.자로 2007년 2기 부가가치세 12,256,770원(가산세 포함)을 각 경정·고지하였다(이하 각 처분을 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다).

다. 원고 회사는 2008. 8. 29. 및 같은 해 11. 24. 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2009. 4. 28. 위 심판청구를 기각하였다.

2. 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

(1) 원고

원고 회사는 2007년 1기 예정분·확정분 및 2기 예정분 부가가치세 경감세액을 근로자에게 직접 지급하거나 기본급에 포함하여 지급하거나 처우개선에 사용하는 등의 방법으로 모두 사용하였다.

(2) 피고

부가가치세 경감세액은 이를 기본급에 포함하여 지급하는 경우에는 전체 지출규모 파악이 가능하도록 지출장부에 명기하여야 하고, 이를 처우개선 등에 사용하는 경우에는 사용용도·방법 등을 근로자들이 자율적으로 결정하도록 하여야 하는데, 원고 회사가 주장하는 사용액은 이와 달리 사용된 것으로 구 조세특례제한법 제106조의4 제2항 에 따라 사용된 것으로 인정할 수 없고, 나아가 부가가치세 경감세액은 부가가치세의 신고납부기한 종료일로부터 6개월 이내에 사용하여야 하는데, 원고 회사는 기한이 경과한 이후에 이를 사용하였으므로, 그 사용분을 구 조세특례제한법 제106조의4 제2항 에 따른 사용으로 볼 수 없다.

나. 인정사실

다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제6 내지 8호증, 갑 제10 내지 13호증, 갑 제15호증(각 가지번호 포함)의 각 기재 및 제1심 증인 소외 1, 당심 증인 소외 2의 각 증언에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있다.

(1) 일반택시 운송사업자에 대한 부가가치세 감면제도의 시행

(가) 1995. 8. 4. 법률 제4952호로 조세감면규제법이 개정되어 구 자동차운수사업법(여객자동차운수사업법의 시행으로 폐지된 법률)상 일반택시 운송사업자에 대하여는 부가가치세 납부세액 중 100분의 50이 경감되게 되자, 건설교통부장관은 전국 시·도에 “택시 부가가치세 세액감면 시행에 따른 지시”라는 제목으로 개정 취지가 부가가치세액의 감면에 따른 경감세액을 택시운전 종사자의 열악한 처우를 개선하는 데 활용되도록 지원하고자 하는 것임을 감안하여 감면세액이 개정취지에 부합되게 사용될 수 있도록 당해 사업자 및 관련단체의 지도·감독에 철저를 기하고, 구체적 사용방법 등에 대하여는 노사 간의 협의를 통해 자율적으로 정하여 집행토록 지도하여 줄 것을 지시하는 공문을 발송하였다.

(나) 그 후 2004. 12. 31. 법률 제7322호로 개정되어 2005. 1. 1.부터 시행된 조세특례제한법에서 제106조의4 제2항 으로 ‘부가가치세 경감세액은 건설교통부장관이 정하는 바에 따라 일반택시 운수종사자의 처우개선 및 복지향상에 사용한다’는 규정이 신설되자, 건설교통부장관은 “택시부가세 경감세액 사용지침(2005. 4. 건설교통부 지침, 이하 ‘이 사건 건교부지침’이라 한다)”이라는 제목으로 택시운송사업자는 부가가치세 경감세액 전액을 근로자의 처우개선 및 복지향상을 위한 목적으로만 사용하여야 하고, 과반수 이상의 근로자들이 다른 방법으로 사용할 것을 요구하지 아니하는 한 근로자 개인에게 기본급, 수당 등의 명목으로 현금으로 지급하여야 하며, 현금지급 방법·시기 등에 관한 세부사항은 근로자 대표와 사용자 간에 자율적으로 결정하도록 하는 것을 내용으로 하는 지침을 마련하고, 이를 지방자치단체 및 전국택시운송사업조합연합회 등에게 통보하였다.

(2) 원고 회사와 그 노동조합 사이의 합의의 경과

(가) 노동조합의 현황

택시운송사업자에 대한 부가가치세액 경감제도가 시행된 1990년대 중반 무렵, 회사택시를 운전하는 근로자들이 조직한 노동조합은 한국노총 산하의 전국택시노동조합연맹(이하 ‘전택’이라 한다) 및 전택 소속이면서도 전택과 노선을 달리하는 전국택시노동조합연맹 서울지역택시노동조합{이하 ‘지역노동조합’이라 한다. 지역노동조합은 이후 가입 단위노조의 수가 늘어나면서 민주노총 산하의 전국민주택시노동조합연맹(이하 ‘민택’이라 한다)이 되었다}으로 나누어져 있었다. 원고 회사의 노동조합은 지역노동조합에 소속되어 있었으나 1997년경 민택이 설립되면서 민택으로 소속을 변경하였다.

(나) 1995년 임금협정

1) 전택 서울시지부는 산하 163개 단위노조로부터 임금협정의 교섭·체결을 위임받아 택시회사들로부터 위임받은 서울택시사업자협의회와 사이에 1995. 9. 22. 월임금총액을 630,000원에서 697,513원으로 67,513원을 인상하되 인상액 중에는 부가가치세 경감액 중 34,328원을 포함한다는 내용의 1995년 임금협정을 체결하였다.

2) 원고 회사를 비롯한 16개 운수회사로부터 위임을 받은 서울택시사업자협의회와 지역노동조합은 1995. 12. 31. 1995년도 임금협정을 체결함에 있어 기본급 및 제 수당을 인상하면서 부가가치세 감면분 중 직접수혜분은 임금에 포함하여 계산하였고(다만, 임금협정서에는 임금에 반영된 구체적 금액은 명시하지 아니하였다), 간접수혜분은 사업자가 조합원의 복리 후생 증진에 활용한다고 부칙에 명시하였다.

3) 한편, 지역노동조합 산하의 단위노조가 설립된 5개 회사와 지역노동조합 간의 1995년 임금협정 체결을 위한 단체교섭이 타결되지 아니함에 따라 개시된 노동쟁의 중재신청사건(95쟁의126, 128)에서, 서울특별시지방노동위원회는 1996. 1. 5. “전택 서울시지부의 1995년 임금협정서에 따른 기본급 및 제 수당 인상액 67,513원에 34,328원의 부가가치세 경감세액이 포함되어 있고, 지역노동조합에서도 부가가치세 경감세액의 상당액을 임금에 포함한 점(① 월임금총액을 697,941원에서 730,552원으로 32,611원을 인상하는 경우에는 인상액에 부가가치세 경감액 중 13,112원을 포함하고, ② 월임금총액을 646,700원에서 730,552원으로 83,852원을 인상하는 경우에는 인상액에 부가가치세 경감액 중 44,852원을 포함한다. 다만 개별 회사가 ①, ② 중 어느 인상안을 채택하였는지는 명시되어 있지 않다)을 고려하여, 5개 회사에 대해서 전택 서울시지부의 경우에 준하여 임금 인상액 중 34,328원의 부가가치세 경감액을 포함하기로 하고, 임금인상에 반영되지 아니한 나머지 경감세액에 대해서는 근로자의 후생복지 등 처우개선 용도로 적절하게 사용하여야 한다”는 내용으로 중재재정하였다.

(다) 1996년 임금협정

원고 회사를 비롯한 21개 운수회사(그 중에는 중재재정 대상이었던 회사들도 포함되어 있다)로부터 위임을 받은 서울택시사업자협의회와 지역노동조합은 2006. 11. 4. 1996년도 임금협정을 체결함에 있어 1995년도 임금협정서와 마찬가지로 기본급 및 제 수당을 인상하면서 부가가치세 감면분 중 직접수혜분은 임금에 포함하여 계산하였고(다만, 임금협정서에는 임금에 반영된 구체적 금액은 명시하지 아니하였다), 간접수혜분은 사업자가 조합원의 복리 후생 증진에 활용한다고 부칙에 명시하였으며, 운수회사들은 조합원의 복지 향상을 위하여 매월 40만 원의 복지기금을 조합비와 함께 조합에 입금하기로 하였다.

(라) 이후의 임금협정

원고 회사는 매년 상급단체인 서울택시사업조합과 지역노동조합 사이의 임금협정 결과에 따라 부가가치세 감면세액의 임금 반영 여부, 부가가치세 감면세액의 사용방법 등을 결정하고, 원고 회사의 노동조합과 사이에 개별 임금협정을 체결하여 왔다.

(마) 원고 회사와 노동조합 간의 합의 및 이행

1) 2006. 11. 14.자 합의

2006년경에 이르러 민택과 서울택시사업조합 사이에 1995년도 임금협정에 따라 기본급에 부가가치세 경감세액 34,328원의 부가가치세 경감세액이 포함되어 있는 지를 둘러싼 다툼이 있어 임금협정의 체결이 지연되자, 원고 회사는 3차례에 걸친 협의 끝에 2006. 11. 14. 원고 회사의 노동조합과 사이에, 부가가치세 경감세액에 대하여는 원고 회사가 2006. 11.부터 2007. 6.까지 잠정적으로 근로자 1인당 월 33,000원씩을 기존 임금에 추가하여 지급하기로 하되, 2006. 11. 이전에 상급 단체에서 2007년도 임금협정 및 부가가치세 경감세액에 대한 교섭이 체결되면 그 결과에 따르고 미지급분에 대하여는 재협의하기로 합의하였다.

2) 2007. 11. 1.자 합의

원고 회사는 2007. 11. 1. 원고 회사 노동조합과 사이에 2008. 12. 31.까지의 부가가치세 경감세액에 대하여 원고 회사가 2007. 11.부터 2009. 3.까지 근로자 1인당 월 5만 원씩을 기존 임금에 추가하여 지급하고, 근로자 회식비 명목으로 2007년 1기 부가가치세 경감분에서 500만 원을 지급하기로 합의하였다.

3) 2008. 6. 20.자 합의

원고 회사는 2008. 6. 20. 원고 회사 노동조합과 사이에 2007. 11. 1.자 합의에 추가하여 다음과 같이 합의하였다.

① 2007. 1.부터 2008. 12.까지의 부가가치세 경감세액에 대하여 전액 현금을 지급함을 원칙으로 한다.

② 원고 회사는 조세특례제한법에 의하여 부가가치세 경감세액을 지급하여 왔으나 2007. 11. 1. 노사협의회에서 그동안 지급해오던 부가가치세 경감세액의 지급기일을 맞추기 위하여 2007. 1.부터 2008. 12.까지 2년분의 부가가치세 경감세액을 2007. 11.부터 2009. 3.까지 17개월에 걸쳐 근로자 1인당 월 5만 원씩을 지급하기로 합의한 것이다. 다만, 차액은 제 간접비용·조합원 후생복리기금·임금에 일부 포함하여 지급된 것으로 한다.

③ 합의기간 중에는 부가가치세 경감세액 지급요구에 관한 민·형사상 책임을 묻지 않으며 합의사항에 대하여 노사는 성실히 이행한다.

④ 본 합의서의 효력은 2007. 11. 1.로 소급하여 적용한다.

4) 합의의 이행

원고 회사는 2007. 11. 1.자 및 2008. 6. 20.자 합의에 따라 2007. 11.부터 2009. 3.까지 근로자 개인에게 1인당 월 5만 원씩을 모두 지급하였다.

(바) 피고는 원고 회사의 부가가치세 경감세액 사용액을 산정함에 있어, 2007년 1기 예정분에 관하여는 신고납부기한 종료일로부터 6개월 이내에 사용하지 않은 것으로 보고 사용액을 0원으로, 2007년 1기 확정분에 관하여는 2007. 11.부터 2008. 1.까지 매 월 20일경 3차례에 걸쳐 근로자들에게 14,717,625원을 직접 지급하고, 회식비 등으로 추가 금원을 지급한 것으로 보고 사용액을 20,253,880원으로, 2007. 2기 예정분에 관하여는 2008. 2.부터 2008. 4.까지 매월 20일경 3차례에 걸쳐 근로자들에게 16,092,480원을 지급한 것으로 보고 사용액을 16,092,480원으로 인정하였고, 나아가 기존 임금에 부가가치세 경감세액을 포함된 것으로 보지는 않았으며, 원고 회사가 2007. 11. 1.자 및 2008. 6. 20.자 합의에 따라 2008. 5.부터 2009. 3.까지 근로자들에게 지급하였거나 지급할 예정인 금액은 고려하지 않았다.

다. 관계 법령

별지 기재와 같다.

라. 판단

(1) 원고 회사가 2007년 1기 예정분·확정분, 2기 예정분 부가가치세 경감세액 전부를 원고 회사의 운수종사자의 처우개선 및 복지향상에 사용하였는지 여부

(가) 앞서 본 택시 부가가치세 세액감면제도가 시행될 당시 서울택시사업자협의회가 지역노동조합, 전택 서울시지부와 각각 체결한 1995년도, 1996년도 임금협정의 내용, 중재재정의 내용, 원고 회사와 원고 회사의 노동조합 사이의 합의 내용, 합의에 이른 경위 등을 종합하여 보면, 원고 회사가 원고 회사의 노동조합과 사이에 2007년분 부가가치세 경감세액에 대하여 합의함에 있어, 비록 종래 34,328원의 부가가치세 경감세액이 임금에 포함되어 있는지 여부에 대해 분명하게 밝히지는 않았지만, 원고 회사가 2007. 11.부터 2009. 3.까지 근로자 1인당 월 5만 원씩을 기존 임금에 추가하여 지급하기로 하고, 그 지급분과 부가가치세 경감세액과의 차액은 임금 등에 포함하여 지급된 것으로 하기로 합의한 만큼, 원고 회사가 위 합의에 따른 금원을 모두 지급할 경우 2007년 1기 예정분·확정분, 2기 예정분 부가가치세 경감세액 전부를 원고 회사의 운수종사자에게 직접 지급하거나 임금 등에 포함하여 지급하는 방법으로 운수종사자의 처우개선 및 복지향상에 사용한 것으로 보기로 합의하였다고 봄이 상당하고, 나아가 원고 회사가 실제로 위 합의에 따라 근로자 개인에게 2007. 11.부터 2009. 3.까지 1인당 월 5만 원씩을 기존 임금에 추가하여 지급한 만큼, 비록 위 지급액이 원고 회사가 별도의 지출장부 등을 작성하거나 관리하지 않은 상태에서 지급된 것이라고 하더라도, 원고 회사는 2007년 1기 예정분·확정분 및 2기 예정분 부가가치세 경감세액을 택시 운수종사자의 처우개선 및 복지향상에 모두 사용하였다고 봄이 상당하다.

(나) 피고의 주장에 대한 판단

피고는, ① 원고 회사가 소속 근로자들에 대하여 1995년 임금협정에 따라 이 사건 처분의 해당 과세기간 동안 월 34,328원의 부가가치세 경감세액을 포함한 월 임금을 지급하였다고 볼 수 없고, ② 해당 과세기간 동안의 월 임금에 월 34,328원의 부가가치세 경감세액이 포함되어 있었다면, 원고 회사는 소속 근로자들에게 경감세액보다 더 많은 금액을 지급한 셈이 되어 부당하며, ③ 원고 회사 소속 근로자들이 원고 회사를 상대로 부가가치세 경감세액의 지급을 구하는 소송을 제기하여 승소판결이 선고되는 등 원고 회사가 근로자들에게 부가가치세 경감세액을 전혀 지급하지 않았음이 밝혀졌다는 취지로 주장한다.

① 주장을 보건대, 원고 회사는 서울택시사업자협의회가 지역노동조합과 체결한 1995년도 임금협정에 따라 소속 근로자들에게 적어도 월 13,112원이나 많게는 월 44,852원의 부가가치세액 경감액을 임금에 포함하여 지급하기로 하였고, 중재재정 대상인 회사들을 포함하여 체결된 1996년도 임금협정을 비롯하여 그 이후의 임금협정에서는 앞서의 1995년도 전택 서울시지부 및 중재재정의 기준에 따른 월 34,328원의 부가가치세액 경감액을 임금에 포함하여 지급하기로 하였다고 볼 여지가 있는 점에 비추어 볼 때, 원고 회사가 1995년도 임금협정에 따라 임금에 포함하기로 한 부가가치세 경감액을 협정과 달리 임금에 포함시키지 않았다는 등의 사정을 엿볼 수 없는 이상{ 원고 회사와 노동조합 사이에 2007. 6. 27. 체결된 노사합의각서(갑 제17호증)에는 그 당시 2001년도 임금협정서 및 단체협약서가 적용되고 있다고 기재되어 있는데, 2001년도 단체협약서(갑 제16호증)나 2001년도 임금협정서(을 제16호증, 지역노동조합과 서울지역택시사업자협의회 사이의 협정서임)에는 부가가치세 경감세액이 포함되어 있다고 명시적으로 기재되어 있지는 않으나, 그와 같은 사정만으로 종전에 임금에 포함하기로 한 부가가치세 경감액을 임금에 포함시키지 않기로 하였다고 보기 어렵다}, 비록 원고 회사가 소속 근로자들에게 지급해 온 임금에 1995년도, 1996년도 임금협정에 따라 포함된 부가가치세 경감액을 정확히 밝히기는 어렵다고 하더라도, 위 임금에는 월 13,112원 이상의 부가가치세 경감액이 포함되어 있음은 분명하고, 설령 원고 회사가 지급하는 임금에 포함되는 부가가치세 경감액이 월 34,328원에 미치지 못하더라도 그와 같은 사정만으로 원고 회사가 2007년 1기 예정분·확정분 및 2기 예정분 부가가치세 경감세액을 택시 운송종사자의 처우개선 및 복지향상에 모두 사용하였음을 뒤집기에는 부족하므로, ① 주장은 이유 없다.

② 주장을 보건대, 앞서 채택한 증거와 변론 전체의 취지를 보태어 보면, 원고 회사가 임금에 포함하여 근로자들에게 지급한 처우개선비(최소 월 13,112원), 복지향상비(노동조합 지부에 월 40만 원씩 지급), 2007. 11. 1.자 및 2008. 6. 20.자 합의에 따라 지급한 처우개선비를 모두 합한 금원(개별 근로자의 만근 여부에 따라 달라질 수 있다)은 앞서 본 경감세액과 비슷하거나 약간 상회한다고 보이므로, 이와 다른 전제에 선 피고의 ② 주장은 이유 없다.

③ 주장을 보건대, 갑 제22호증, 을 제18, 24호증의 기재에 의하면, 원고 회사 소속 근로자 7인이 원고 회사를 상대로 제기한 2004년 2기 예정분부터 2008년 2기 확정분까지의 부가가치세 경감세액 지급청구의 소 (서울남부지방법원 2009가소141172호)에서 2010. 4. 16. 일부 승소판결 이 선고되었고 이에 대하여 원고 회사가 항소를 제기하여 현재 항소심 진행 중인 사실을 인정할 수 있으나, 위 인정사실만으로는 원고 회사가 2007년 1기 예정분·확정분 및 2기 예정분 부가가치세 경감세액을 택시 운송종사자의 처우개선 및 복지향상에 모두 사용하였음을 뒤집기에 부족하고 달리 반증 없으므로, ③ 주장도 이유 없다.

(2) 원고 회사가 부가가치세의 신고납부기한 종료일로부터 6개월 이후에 사용한 부가가치세 경감세액을 구 조세특례제한법 제106조의4 제2항 에 따른 사용으로 볼 수 있는지 여부

원고 회사가 2007년 부가가치세 경감세액에 관하여 1기 예정분 전부, 1기 확정분·2기 예정분 일부를 부가가치세 신고납부기한 종료일로부터 6개월 이후에 사용하였음은 앞서 본 바와 같으나, 한편 원고 회사는 2007년분 부가가치세 경감세액에 대하여 지급액, 지급시기 그리고 지급방법을 상급단체의 임금협상 결과에 따라 확정하고 이를 사용하려 하였으나 협상이 체결되지 아니하여 부가가치세 경감세액을 사용하지 못하다가, 협상결과를 기다리지 못하고 원고 회사 노동조합과 개별협상을 통하여 2007. 11. 1.자 및 2008. 6. 20.자로 2007년분 부가가치세 경감세액의 사용에 대해 합의하면서 부가가치세 경감세액의 사용을 2007. 11. 1.로 소급하겠다는 내용도 포함한 다음, 이후 위 합의에 따라 근로자들에게 2007. 11.부터 2009. 3.까지 매월 5만 원씩을 지급하였음은 앞서 본 바와 같다.

위와 같이 원고 회사가 2007년분 부가가치세 경감세액을 부가가치세의 신고납부기한 종료일로부터 6개월 이내에 모두 사용하지 못한 것은 상급 사용자단체와 노동조합의 협상과 원고 회사와 노동조합과의 개별 협상이 모두 지연됨에 따른 것으로 경위에 참작할 만한 사정이 있는데다가 이러한 이유로 부가가치세 신고납부기한 종료일로부터 6개월 이후에 사용하게 되는 부분에 대하여는 이를 소급하여 지급한 것으로 보기로 하는 합의까지 하였으므로, 비록 원고 회사가 일부 부가가치세 경감세액을 부가가치세의 신고납부기한 종료일로부터 6개월 이후에 사용하였다고 하더라도, 원고 회사로부터 부가가치세 경감세액을 추징할 수 없다고 할 것이다.

마. 소결론

결국 피고의 이 사건 처분은 위법하므로 이를 취소한다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 피고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

[별지 관계 법령 생략]