2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 8/10은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2013. 5. 27. 원고에 대하여 한 법인세 경정청구 거부처분을 취소한다.

가. 원고는 군인 ・ 군무원의 생활안정과 복지증진을 위해 1984. 2. 1. AA공제회법에 따라 설립된 비영리법인이다.

나. 원고는 OO시 OO동 102 외 1,298필지 토지(이하 포괄하여 '이 사건 토지'라 한다)를 소유하고 있고, 2009. 6.경 원고가 그 발행주식의 71.88%를 소유하고 있는 BB캐피탈 주식회사(이하 '소외 회사'라 한다)에 OOOO원(이하 '이 사건 대여금'이라 한다)을 연 6.3%의 이율로 대여하였다.

다. 원고는 2009 사업연도의 법인세 과세표준 및 세액 신고 시, 이 사건 대여금을 업무와 관련없이 지급한 가지급금(이하 '업무무관가지급금'이라한다)으로 보아 그에 관한 지급이자를, 이 사건 토지를 업무와 관련없는 부동산(이하 '비업무용 부동산'이라 한다)으로 보아 그에 관한 지급이자와 유지비용인 재산세를 아래와 같이 각각 손금불산입 하여 피고에게 신고하였다[원고는 2009 사업연도 법인세의 과세표준을 OOOO원, 총결정세액을 OOOO원으로 하고, 여기에서 원천납부세액과 자진납부세액 등 기납부세액 합계 OOOO원을 공제한 –OOOO원(= OOOO원 - OOOO원)을 징수할 세액으로 산출하여 신고하였다].

[손금불산입 내역](단위 : 원)

구분

금액

손금불산입 금액

비고

쟁점 대여금

OOOO

OOOO

지급이자

쟁점 토지

OOOO

OOOO

지급이자

재 산 세

OOOO

OOOO

업무무관비용

합계

OOOO

OOOO

라. 이후 원고는 피고에게, 이 사건 대여금과 이 사건 토지가 업무무관가지급금 및 비업무용부동산에 해당하지 않는다는 이유로, 위 지급이자 및 재산세 등의 비용을 손금에 산입하여 2009 사업연도 법인세 OOOO원(세액 계산 내역은 별지 2 '세액계산내역' 중 '원고 주장' 부분과 같다)의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 피고는 2013. 5. 27. 원고의 경정청구를 거부하였다(이하 '이 사건 거부처분'이라 한다).

마. 원고는 이 사건 거부처분에 대하여 조세심판원에 심판을 청구하였으나, 조세심판원은 2014. 8. 19. 원고의 청구를 기각하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

" 소외 회사는 원고의 특수관계자에 해당하지 않고, 이 사건 대여금의 대여는 원고의 목적사업인 '금융 업무' 내지 '기타수익사업'에 해당하므로 이 사건 대여금은 업무무관 가지급금에 해당하지 않는다. 또한, 이 사건 토지는 원고의 주택건설사업 계획승인 신청에 대한 OO시장의 반려처분으로 인하여 업무에 사용하지 못한 것이므로, '취득후 법령에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산' 내지 '도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 업무에 사용하지 아니하는 부동산'에 해당하여 비업무용부동산으로 볼 수 없다. 따라서 이와 다른 전제에서 이루어진 피고의 이 사건 거부처분은 위법하여 취소되어야 한다.",3. 관계 법령

별지 1 '관계 법령' 기재와 같다.

4. 판단

가. 이 사건 대여금이 업무무관가지급금에 해당하는지 여부

1) 구 법인세법(2009. 12. 31. 법률 제9898호로 개정되기 전의 것, 이하 '법'이라 한다) 제28조 제1항 제4호 나목은 '차입금 중 제52조 제1항의 규정에 의한 특수관계자에게 당해 법인의 업무와 관련 없이 지급한 가지급금 등의 가액에 상당하는 금액의 이자를 손금에 산입하지 않는 것'으로 규정하고 있으므로, 이 사건 대여금에 관한 지급이자가 위 규정에 의하여 손금불산입 되기 위해서는 이 사건 대여금이 '원고의 특수관계자에게 업무와 관련 없이 대여한 자금'에 해당하여야 한다.

2) 소외 회사가 원고의 특수관계자에 해당하는지 여부

가) 피고는, 원고와 소외 회사가 구 법인세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22035호로 개정되기 전의 것, 이하 '시행령'이라 한다) 제87조 제1항 제2호 '주주 등과 그 친족' 및 제7호 '독점규제 및 공정거래에 관한 법률에 의한 기업집단에 소속된 다른 계열회사'에 해당하므로 소외 회사가 원고의 특수관계자에 해당한다고 주장한다.

나) 법 제52조 제1항은 "납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 "특수관계자"라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다."고 규정하고, 시행령 제87조 제1항은 "법 제52조 제1항에서 "대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자"라 함은 법인과 다음 각 호의 1의 관계에 있는 자(이하 "특수관계자"라 한다)를 말한다"고 규정하면서 그 제1호 내지 제8호에서 당해 법인과 일정한 관계에 있는 법인 및 개인을 특정하여 열거하고 있다.

위와 같이 법 제52조 제1항은 납세의무자인 법인이 특수관계자와 한 거래 또는 그로 인한 소득금액의 계산을 부당행위계산부인의 대상으로 규정하면서 특수관계자의 범위를 대통령령에 위임하고 있고, 그 위임에 따라 시행령 제87조 제1항은 납세의무자인 법인과 같은 항 각호의 1의 관계에 있는 자를 특수관계자로 규정하고 있으므로, 문언상 납세의무자인 법인을 기준으로 하여 그와 위 각 호의 1의 관계에 있는 자만이 특수관계자에 해당한다고 보아야 한다. 이와 달리 납세의무자인 법인과 거래를 한 상대방을 기준으로 하여 납세의무자인 법인이 위 각호의 1의 관계에 있는 경우에 위 거래상대방이 특수관계자에 해당한다고 보는 것은 위 시행령 조항의 문언에 반하여 허용될 수 없다. 뿐만 아니라, 특수관계자의 범위를 어떻게 정할지는 입법정책의 문제이므로 위 시행령 조항을 그 문언과 달리 확장해석하거나 유추해석 하는 방법으로 특수관계자의 범위를 넓혀야 할 이유도 없다(대법원 2011. 7. 21. 선고 2008두150 판결 참조).

다) 먼저 소외회사가 위 시행령 제87조 제1항 제2호의 특수관계자에 해당하는지에 관하여 보건대, 위와 같은 법리에 의하면, 위 규정에 의한 특수관계자에 해당하기 위해서는 납세의무자인 원고를 기준으로 하여 소외 회사가 원고의 주주나 출자자에 해당하여야 하는바, 이 사건 대여금의 대여 당시 소외 회사가 원고의 주식 또는 지분을 소유하고 있었다는 점을 인정할 아무런 증거가 없는 이상, 원고가 소외 회사의 발행주식의 71.88%를 소유한 주주였다는 사정만으로는 소외 회사가 시행령 제87조 제1항 제2호의 특수관계자에 해당한다고 할 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

라) 다음으로 소외회사가 위 시행령 제87조 제1항 제7호의 특수관계자에 해당하는지에 관하여 본다. 독점규제 및 공정거래에 관한 법률(이하 '공정거래법'이라 한다) 제2조 제2호는 '기업집단이라 함은 동일인이 다음 각 목의 구분에 따라 대통령령이 정하는 기준에 의하여 사실상 그 사업 내용을 지배하는 회사의 집단을 말한다'고 규정하면서 '동일인이 회사인 경우 그 동일인과 그 동일인이 지배하는 하나 이상의 회사의 집단'(가목), '동일인이 회사가 아닌 경우 그 동일인이 지배하는 2 이상의 회사의 집단'(나목)을 규정하고, 같은 조 제3호는 '계열회사라 함은 2 이상의 회사가 동일한 기업집단에 속하는 경우에 이들 회사는 서로 상대방의 계열회사라 한다'고 규정하고 있다.

" 위 규정의 문언상, 기업집단은 백사의 집단'을 말하고, 따라서 동일인이 회사가 아닌 경우 그 동일인이 지배하는 회사들이 기업집단을 이룰 뿐 그 동일인은 기업집단에 속하지 않는다고 봄이 상당하다. 공정거래법 또는 법인세법상 회사의 개념에 관하여 별도로 규정하고 있는 조항은 찾아볼 수 없으므로, 회사에 관한 가장 기본적인 사항을 규정하고 있는 상법에 따르면, 회사란 '상행위 기타 영리를 목적으로 하여 설립한 사단'을 의미한다[구 상법(2011. 4. 14. 법률 제10600호로 개정되기 전의 것) 제169조]. 원고가 군인 ・ 군무원의 생활안정과 복지증진을 위해 AA공제회법에 따라 설립된 비영리법인임은 앞에서 본 바와 같으므로, 원고는, 회사'에 해당하지 않는다고 할 것이고, 따라서 원고가 소외 회사와 함께 기업집단에 속한다거나 서로 상대방의 계열회사가 된다고 할 수도 없다.", 3) 결국, 소외 회사는 법 제52조 제1항의 규정에 의한 원고의 특수관계자에 해당하지 않으므로, 이 사건 대여금은 법 제28조 제1항 제4호 나목의 나머지 요건들에 대하여 더 나아가 살펴볼 필요 없이 위 규정에 의해 그 지급이자의 손금불산입 대상이 되는 업무무관가지급금에 해당한다고 할 수 없다. 따라서 피고의 이 사건 거부처분 중 이 사건 대여금 관련 부분은 이와 다른 전제에서 이루어진 것으로서 위법하여 취소되어야 한다.

나. 이 사건 토지가 비업무용부동산에 해당하는지 여부

1) 인정 사실

가) 원고는 등기부상 주택사업, 부동산 개발업 등을 그 목적사업으로 하고 있다.

나) 원고는 2002년경 이 사건 토지를 취득한 후, 이 사건 토지에 관한 개발사업을 추진하기 위하여 2002년부터 2006년경까지 OO시장에게 '주택건설 사업계획 승인신청서', '지구단위계획구역 내 공동주택건립을 위한 주민제안서', 'OO시 OO2지구 제1종 지구단위계획 주민제안서' 등을 제출하였는데, 이에 대하여 OO시장은 OO시의 지역개발기본방향 및 도시기본계획 지표와 부합하지 않는다거나, 향후 3년 이내에 수립할 지구단위 계획수립시 검토하고자 한다거나, 시 전역에 대한 도시 기본계획을 구체화하기 위한 도시계획 재정비를 위하여 설계용역이 진행 중에 있다거나, 도시기본계획에서 정하는 생활권별 인구배분계획을 충족하지 못하였다는 등의 사유로 원고의 신청을 반려하였다.

다) OO시장은 2007. 9. 13. 2020년 도시기본계획을 승인하였고, 원고는 2007. 10. 31. OO시장에게 '공동주택건립을 위한 제1종 지구단위계획 주민제안서'를 제출하였다가 같은 해 11. 9. 다시 OO시장에게 서류의 내용을 수정, 보완하기 위하여 위 주민제안서를 취하한다는 내용의 서류를 제출하였다.

라) 이후 원고는 2008. 4.경 주식회사 CC건설(이하 'CC건설'이라 한다)에게 이 사건 토지 및 그에 대한 사업권을 양도하는 계약을 체결하였고, 이후부터는 CC건설이 OO시장에게 이 사건 토지에 대한 사업계획승인신청서를 제출하였으며, OO시장은 2011. 9. 22. CC건설의 주택건설사업계획을 승인하고 그에 따른 도시관리 계획을 결정 ・ 고시하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 12 내지 34호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2) 법인세법상 비업무용부동산에 관한 규정과 그 해석

법 제27조 제1호, 제28조 제1항 제4호 가목 및 시행령 제49조 제1항 제1호 가목에서는 내국법인이 각 사업연도에 지출한 비용 중 비업무용부동산, 즉 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산을 취득 ・ 관리함으로써 생기는 비용과 차입금 중 업무무관자산의 가액에 상당하는 금액의 이자는 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다고 규정하고, 한편, 구 법인세법 시행규칙(2009. 3. 30. 기획재정부령 제66호로 개정되기 전의 것, 이하 '시행규칙'이라 한다) 제26조 제5항 제2호 가목 및 제29호는 '당해 부동산의 취득 후 법령에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산'과 '당해 부동산의 취득 후 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 업무에 사용하지 아니하는 부동산'을 업무무관자산에서 제외하고 있다.

위 규정들을 종합하여 보면, 토지를 취득한 후 법령에 의하여 사용이 금지 또는 제한되거나 도시계획의 변경과 같은 정도에 준하는 정당한 사유로 인하여 부득이하게 토지를 사용하지 못하게 된 경우에는 비업무용부동산으로 보지 않는다는 것인바, 이와 같이 비업무용부동산에 해당하는지 여부를 판단하는 기준으로서의 '정당한 사유'라 함은 법령 또는 도시계획변경에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유는 물론 업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당한 사유의 유무를 판단하는 데에는 비업무용 부동산의 보유를 법인의 차입금에 대한 지급이자의 손금불산입 요건으로 하고 있는 입법취지를 충분히 고려하면서 해당 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 부동산의 취득목적에 비추어 업무에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 업무에 사용할 수 없는 법령상 ・ 사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 부동산을 업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 2002. 5. 2. 선고 2000두4989 판결, 대법원 2004. 2. 13. 선고 2002두11479 판결 등 참조). 또한, '법령에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 토지'란 법령의 규정 그 자체에 의하여 직접 부동산의 사용이 금지 또는 제한되는 경우뿐만 아니라 행정작용에 의하여 현실적으로 부동산의 사용이 금지 또는 제한되는 경우도 포함되고, 이와 같은 사용제한에 해당하는지 여부는 법인이 토지를 취득할 당시의 구체적인 목적과 사용제한의 형태 등도 아울러 고려하여 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 2000. 2. 8. 선고 98두6029 판결 등 참조).

3) 이 사건 토지가 2009 사업연도 당시 비업무용부동산에 해당하는지 여부

위와 같은 법리에 비추어 이 사건 토지가 이 사건 과세기간인 2009 사업연도 (2009. 1. 1. ~ 2009. 12. 31.) 당시 비업무용부동산에 해당하는지 여부에 관하여 보건대, 이 사건 토지의 경우 시행령 제49조 제1항 제1호 가목 단서 및 시행규칙 제26조 제1항 제1호의 유예기간(취득일로부터 5년)이 경과하였음은 명백하고, 원고가 이를 업무용으로 사용하기 위하여 건설에 착공하였음을 인정할 증거도 없으므로 원고의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산에 해당하고, 다만, 원고가 주장하는 비업무용부동산의 제외사유, 즉 '취득 후 법령에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산' 또는 '도시 계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 업무에 사용하지 아니하는 부동산'에 해당하는지 여부가 문제된다. 위 인정사실에 의하면, 원고가 2006년경까지 이 사건 토지를 업무에 사용하기 위하여 상당한 노력을 한 점은 인정되나, 2007년 이후, 특히 2009 사업연도를 기준으로 볼 때, 법령 또는 행정작용에 의하여 부동산의 사용이 금지 또는 제한되었다거나, 원고가 이 사건 토지를 업무에 사용하기 위해 진지한 노력을 다하였음에도 OO시장의 반려처분 등 외부적인 사정으로 인하여 부득이하게 토지를 사용하지 못하게 되었다는 점을 인정할 만한 증거가 없고(2009년도에는 CC건설이 사업계획승인신청서를 제출하여 OO시장으로부터 반려 통지를 받았을 뿐이다), 원고가 2008. 4. 경 CC건설에게 사업권 및 이 사건 토지에 대한 소유권을 양도하기로 하는 계약을 체결한 이상, 원고가 2009 사업연도에 스스로 그 업무에 사용하고자 하는 노력 없이 이 사건 토지를 보유하고 있는 것에 대하여 법령에 의한 사용의 금지 ・ 제한 또는 도시계획의 변경에 준하는 정당한 사유가 인정될 수도 없다.

따라서 원고의 2009 사업연도를 기준으로 할 때, 이 사건 토지는 비업무용부동산에 해당한다고 할 것이므로, 피고의 이 사건 거부처분 중 이 사건 토지 관련 부분은 적법하고, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

다. 정당한 세액

변론 전체의 취지에 의하면, 원고의 2009 사업연도에 있어 이 사건 대여금에 관한 지급이자 OOOO원을 손금에 산입하는 경우, 별지 2 '세액계산내역' 중 '정당세액' 부분 기재와 같이 2009 사업연도 법인세의 과세표준은 OOOO원, 총결정세액은 OOOO원인 사실이 인정되고, 원고의 기납부세액이 합계 OOOO원, 당초결정세액이 -OOOO원인 사실은 앞에서 본 바와 같다. 그렇다면 원고의 2009 사업연도의 정당한 법인세액은 -OOOO원(= OOOO원 - OOOO원)이 되어 당초 결정세액에서 OOOO원(= OOOO원 - OOOO원)이 추가로 감액되어야 함이 계산상 명백하고, 따라서 이 사건 거부처분 중 OOOO원(= OOOO원 - OOOO원, 10원 미만 버림)을 초과하는 부분은 위법하여 이를 취소하여야 한다.

5. 결론

원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 인용하고 나머지 청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.