국세기본법 제81조 , 제65조 제5항 , 제56조 의 각 규정을 모아보면, 국세부과처분에 대한 심판결정은 그 심판청구를 받은 날로부터 90일 이내에 하여야 하고 그 결정기간내에 결정의 통지가 없는 때에는 심판청구는 기각된 것으로 보며, 조세부과처분에 대한 행정소송은 심판청구에 대한 결정의 통지를 받은 날, 결정의 통지를 받지 못한 경우에는 심판청구가 기각된 것으로 보는 그 결정기간이 경과된 날로부터 60일 이내에 이를 제기하여야 하는 바, 위의 심판청구가 기각된 것으로 보는 경우에는 그 기간의 경과로서 당연히 기각된 것으로 보며 그 기간경과후에 심판청구인에게 결정서가 송달되었다고 하여 이에 아무런 영향을 미칠 수는 없는 것이다 ( 당원 1986.5.27. 선고 85누999 판결 및 1984.11.27. 선고 84누245 판결 등 참조), 기록에 의하면, 원고는 1985.3.8. 심판청구를 하고 이로부터 90일 이내인 같은해 6.6.(공휴일)의 다음날인 6.7.까지 위 심판청구에 대한 결정의 통지를 받지 못하였으므로(같은해 6.10.에야 위 심판청구기각 결정을 받았다) 이로부터 60일 이내인 같은해 8.6.까지 행정소송을 제기하여야 함에도 불구하고 같은해 8.7.에야 이 사건 소를 제기하였음이 분명하니 그렇다면 이는 특단의 사유가 없는 한 제소기간 도과후에 제기된 부적법한 소임을 면할 수 없다 할 것이다.

그러므로 원심으로서는 이 사건 심판청구절차에 있어서 보정요구가 있었는지 여부 등을 가려 제소기간의 준수여부에 관한 심리판단이 있었어야 함에도 이에 관하여는 전혀 심리한 흔적도 없이 만연히 본안에 관한 판단을 하였음은 제소기간에 관한 법리를 오해하였거나 심리를 다하지 아니하여 판결에 영향을 미친 위법을 범한 것이라고 아니할 수 없다.

따라서, 상고이유를 판단할 필요없이 원심판결중 원고 패소부분을 파기환송하기로 하여 관여법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.