갑 제1 내지 5, 7, 8, 19, 38 내지 41호증, 제6, 43호증의 각 1, 2, 제9호증의 1 내지 8, 제42호증의 1 내지 3, 을 제1호증의 1, 2, 제2, 3호증의 각 1 내지 8, 제4, 5호증의 각 기재와 변론의 전취지를 종합하면, 원고는 일본국내에 본점을 두고, 서울 중구 태평로 2가 150에 서울지점을 설치하여 무역업, 중개업 등을 영위하는 외국법인으로서 피고에게 1976사업년도(1976. 4. 1.부터 1977. 3. 31.까지)의 매출이익, 배당수입, 차관수수료, 차관착수금 및 판매수수료의 수입에 의한 결산서상 당기 순이익을 금 2,961,616, 631원으로, 1977사업년도(1977. 4. 1.부터 1978. 3. 31.까지)의 같은 수입에 의한 결산서상 당기 순이익을 금 1,929,702,670원으로 각 신고하고 그에 따른 법인세와 같은 방위세를 납부하였으며, 1977. 4. 1.부터 같은 해 6. 30.까지(이하 1977. 4-6월이라 줄임)의 법인영업세 부분에 대하여는 도매(무역)부분과 써비스(오파)부분의 순수입금이 도합금 19,246,449,577원인 것으로 신고하고 그에 따른 법인영업세 금 296,991,320원을 자진납부를 한 사실에 대하여, 피고는 1981. 7. 6. 원고가 (1) 1976사업년도의 법인세의 신고에 있어 차관착수금에 대한 매출이익 금 443,946,186원 등 소득신고누락이 있었다하여 이를 포함한 금 1,908,468,220원을 익금가산하고 이에 대하여 금 364,499,169원은 손금으로 산입하여 결정한 과세표준금액 금 4,708,917,517원을 근거로 별지세액계산표 이 사건 처분란 기재와 같은 내용으로 세액을 결정한 다음, 기결정고지세액 금 842,208,926원 등을 뺀 나머지 법인세 금 116,851,841원 및 같은 방위세 금 25,041,179원을 부과고지하고, (2) 1977사업년도의 법인세의 신고에 있어 차관착수금에 대한 매출이익 금 173,416,400원, 차관금리에 대한 중개수수료금 372,230,225원, 소외 주식회사 ㅇㅇ사, ㅇㅇ냉동식품 주식회사의 수산물판매수수료 금 288,681,990원, 소외 ㅇㅇ봉제 주식회사에 대한 대손금 331,421,341원 등 도합금 1,165,749,956원의 소득신고누락 또는 부당한 손금산입을 하였다 하여 이를 포함한 금 2,120,898,180원을 익금가산하고, 이에 대하여 금 1,317,760,971원은 손금으로 산입하여 결정한 과세표준금액 금 3,137,616,660원을 근거로 산출한 법인세 금 631,476,260원 및 같은 방위세 금 132,670,256원을 부과고지하며, (3) 1977. 4-6월의 법인영업세 부분에 있어 도매(무역)부분의 영업이익 중 재화 및 용역의 공급시기는 1977. 6. 30. 이전이면서 구 영업세법에 의한 수익실현의 시기가 도래하지 아니한 거래부분에 대하여 부가가치세법 시행령(1976. 12. 31. 대통령령 제8409호, 이하 같다) 부칙 제6조 제3항 에 의하여 영업세법상 수익실현의 시기가 도래한 것으로 보아야 할 소외 ㅇㅇ제철주식회사에 대한 차관상환분 등 도합 금 20,587,825,429원, 써비스(오파)부분의 영업이익 중 소외 주식회사 ㅇㅇ사, ㅇㅇ냉동식품주식회사의 수산물판매수수료 금 98,386,518원의 각 영업이익 신고누락이 있었다 하여 이를 포함한 도합금 39,917,284,546원을 과세표준으로 하고 거기에 가산세 등을 더하여 산출한 법인영업세에 기신고납부한 금 296,991,320원을 공제한 나머지 법인영업세 금 405,676,979원을 부과고지하였다가, 원고가 이에 불복하여 국세심판소에 심판을 제기하자 국세심판소에서는 1982. 5. 20. 위 각 부과처분 중 1977사업년도 법인세의 금 128,908,736원, 1977. 4-6월 법인영업세의 금 42,929,914원의 각 소외 ㅇㅇ사, ㅇㅇ냉동식품주식회사의 수산물 판매수수료에 상당하는 법인세, 같은 방위세 및 법인영업세의 부과처분을 취소하는 결정을 함에 따라, 피고는 그시경 별지세액계산표 이 사건 처분란 기재와 같은 내용으로 1977사업년도의 법인세의 과세표준을 금 3,008,707,924원(3,137,616,660원-128,908,736원)으로 감액하고 이에 근거한 법인세는 금 560,092,303원 및 같은 방위세는 금 117,419,005원, 1977. 4-6월의 법인영업세의 과세표준을 금 39,874,254,631원(39,917,284,546원-42,929,914원)으로 감액하고 이에 근거한 법인영업세는 금 403,723,667원인 것으로 각 갱정한 사실, 원고는 1982. 7. 12. 위 각 과세처분에 불복하여 이 법원 82구516호로 위 각 과세처분의 취소를 구하는 행정소송을 제기하였으며 이 법원은 1983. 11. 4. 피고가 위 각 과세처분을 함에 있어서 납세고지서에 과세표준과 그 세액의 계산명세서를 첨부하지 아니하였다는 이유로 원고 승소의 판결을 선고하였고, 이 판결은 대법원에서 1984. 4. 10. 선고 83누657 판결 로 상고기각되어 확정되자, 피고는 원고에게 1984. 4. 23. 별지세액계산표 이 사건 처분란 각 기재와 같이 앞서의 각 부과처분과 모두 같은 내용이나(10원 미만을 버린 점만 다르다) 그 과세표준과 세액의 명세를 첨부하여 1984년 4월 수시분으로 1976. 사업년도에 법인세 과세표준을 금 4,708,917,517원, 법인세 금 116,851,840원 및 같은 방위세 금 25,041,170원(이하 이 사건 1976.사업년도 부과처분이라 한다), 1977.사업년도에 법인세 과세표준을 금 3,008,707,924원, 법인세 금 560,092,300원 및 같은 방위세 금 117,419,000원(이하 이 사건 1977.사업년도 부과처분이라 한다), 1977. 4-6월 법인영업세 과세표준을 금 39,874,254,631원, 법인영업세 금 403,723,660원(이하 이 사건 1977. 4-6월 법인영업세라 한다)으로 각 결정하여 고지하고, 나아가 1984. 4. 30. 앞서의 각 부과처분으로 징수하였으나 위 판결에 의하여 취소확정됨으로써 원고에게 환급하여야 할 법인세 도합금 676,944,140원, 방위세 도합금 142,460,170원 및 부가가치세(법인영업세)도합금 403,723,600원을 각 이 사건 부과처분으로 징수할 금액에 충당하는 처분을 한 사실을 각 인정할 수 있고 반증이 없다.

2. 당사자의 주장

피고는 위 과세처분의 사유와 그 적용법조를 들어 이 사건 부과처분이 적법하다고 주장함에 대하여, 원고는 첫째, 이 사건 각 부과처분은 피고의 1981. 7. 6.자의 각 부과처분의 취소에 대한 확정판결인 이 법원 1983. 11. 4. 선고 82구516 판결의 기판력에 저촉되고, 또한 국세부과권에 대한 국세기본법(1984. 8. 7. 법률 제3746호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제27조 의 규정은 위 법이 개정되기 이전의 시점에서도 해석상 국세징수권과는 달리 제척기간에 관한 규정이라고 보아야 하므로 이 사건 각 부과처분을 할 수 있었던 1977. 5. 31. 또는 1978. 5. 31.부터 위 규정의 5년의 기간이 경과한 1982. 5. 30. 또는 1983. 5. 30.이 됨으로써 시효의 중단이나 정지를 인정할 여지가 없이 국세부과권은 소멸한 것이라고 보아야 할 것인데도 이 사건 각 부과처분을 한 것은 위법하며, 둘째, 차관계약은 차관착수금, 연불금의 액수, 차관기관, 차관기간 동안의 차관이자율 및 상환기간, 상환조건 등을 계약의 내용으로 하여 종합적으로 체결되는 것으로, 차관착수금 역시 차관계약의 불가분적 일부를 구성하는 것이므로 그에 대응하는 매출이익은 외자도입법(1983. 12. 31. 법률 제3691호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제24조 제1항 에 의하여 당연히 법인세가 과세될 수 없고, 세무당국으로서도 차관착수금에 대하여 법인세나 소득세를 계속 부과하지 아니한 조세관행이 성립되었으므로 이와 같은 종래의 법해석과 조세관행을 무시하고 소급하여 차관착수금에 대하여 한 이 사건 각 부과처분은 소급과세금지의 원칙에 위배되어 위법하며, 그렇지 아니하다 하더라도 소득에 관한 조세의 이중과세 회피 및 탈세방지를 위한 대한민국과 일본국간의 협약 제6조 (2), (5) 에 의하면, 원고 법인의 본점소득원천배분액은 국내원천소득에서 제외시키고 그 나머지에 대하여만 과세를 하도록 되어 있음에도, 원고 법인의 차관착수금에 대한 매출이익을 이에 따라 원천소득별 배분비율로 계산하지 아니하고 소득전부에 대하여 과세한 이 사건 과세처분은 위법하고, 셋째, 원고는 차관거래분에 대한 중개수수료 수입을 선적기준으로 계산하여 원금에 대한 수수료만을 세무신고하였던 바, 피고는 연불조건 차관거래의 경우 연불금리는 당해 상품대금에 포함되는 것으로 보고 그 금리부분에 대하여도 수수료를 계산하여 이 사건 과세를 하였으나 기업회계 원칙상 연불금리가 반드시 상품대금에 포함된다고 볼 수 없으며, 국제 상거래관습에 의하더라도 연불금리는 본체 가격과 별개로 취급하여 본체가격에 대하여만 중개수수료를 수수하는 것이고 이에 따라 원고도 실제로 금리부분에 대한 알선수수료를 수령한 바는 없으므로 피고가 금리에 대한 알선수수료를 익금가산하여 과세함은 실질과세의 원칙에 위배되어 위법할 뿐만 아니라, 이 사건 중개수수료는 원고 본점이 원고의 한국지점에 지급한 것으로 원고법인 내부의 본, 지점간에 거래일 뿐이지 원고의 대외적거래에 의하여 발생한 수익이 아니므로 법인세의 과세대상이 될 수 없음에도 이를 익금가산한 이 사건 부과처분은 위법하고, 넷째, 한국내 원양어업체인 소외 ㅇㅇ사, ㅇㅇ냉동 주식회사가 수산물을 해외에 판매함에 있어 소외 ㅇㅇ홍콩(홍콩현지법인) 및 원고회사의 런던지점과 사이에 수산물 위탁판매계약을 체결하고 이들 일본상사에게 취급수수료를 지급하였는데, 피고는 위 ㅇㅇ홍콩이 수령하는 판매수수료 중 원고회사 본사에 귀속되는 부분이 있다고 하여 그 수수료 수입 누락금액을 익금가산하였으나, 원고는 주식회사 ㅇㅇ사 등과 ㅇㅇ홍콩법인과의 수산물거래에 대하여 인정수수료로 2퍼센트를 자진신고하였으며 이 사건 과세대상이 된 수수료는 일본국내에서 수산물을 판매하여 얻은 매매이익으로서 일본국내의 원천소득이고 한국내의 원천소득이 아니므로 이들 수수료 중 일부를 원고회사 본사의 수입분으로 보아 과세한 것은 위법하며, 그렇지 아니하다 하더라도 피고는 총 수수료 금액중 원고회사 본사 수입분을 과대계상하여 과세표준을 산출하였으니 과대계상한 부분만큼은 위법하여 이를 취소하여야 하고, 다섯째, 소외 ㅇㅇ봉제 주식회사가 1977. 3. 31.경 파산상태에 빠지게 됨에 따라 위 회사의 은행채무에 대한 연대보증인인 원고는 위 회사가 그 채무를 지급하지 못하게 되어 위 회사를 대위하여 위 채무를 변제하게 되었는데도 이러한 대위변제금을 대손금으로 손금인정을 하여 주지 아니하는 것은 위법하며, 여섯째, 부가가치세법이 시행되기 이전의 시점인 1977. 4. 1.부터 같은 해 6. 30.까지 사이에 위 법상의 재화 및 용역의 공급시기는 도래하였으나 구 영업세법상의 수익실현의 시기가 도래하지 아니한 거래분에 대하여 위 부가가치세법 시행령 제6조 제3항 을 적용하여 1977. 6. 30.에 모두 수익실현의 시기가 도래한 것으로 보고 위 거래분을 법인영업세의 과세표준에 더하여 이 사건 부과처분을 한 것은 위법하고, 나아가 피고가 1981. 7. 6.자 각 과세처분의 취소로 원고에게 환급하여 주어야 할 금원으로 법인세 도합금 676,944,140원, 같은 방위세 도합금 142,460,170원 및 부가가치세 금 403,723,600원에 충당한 처분은 취소되어야 한다고 주장한다.

3. 판단

가. 원고의 첫째 주장에 관한 판단

먼저 원고의 기판력저촉주장에 대하여 보건대, 앞서 판시한 바와 같이 이 사건 소송의 대상은 피고의 1984. 4. 23.자 1976.사업년도, 1977.사업년도 및 1977. 4-6월 귀속분에 관한 이 사건 각 부과처분이고, 확정된 이 법원 82구516호 판결의 소송물은 피고의 1981. 7. 1.자 각 과세처분으로서 이 사건 각 부과처분과는 별개의 처분이므로 이 사건 각 부과처분이 위 확정판결의 기판력에 저촉된다는 원고의 이 부분 주장은 이유 없고, 다음으로 국세부과권에 관한 위 국세기본법 제27조 의 규정은 위 법이 개정되기 이전의 시점에서는 국세징수권과 함께 국세부과권에 대한 소멸시효에 관하여 규정하고 있는 것이지 국세부과권에 대한 제척기간에 대하여만 규정하고 있는 것이라고는 해석되지 아니하고, 이 사건 각 세금에 대한 국세부과권은 1981. 7. 6.자 위 각 과세처분에 의하여 시효가 중단되었다고 볼 것이니 이 부분 원고의 주장도 이유 없다.

나. 원고의 둘째 주장에 관한 판단

구 외자도입법(1983. 12. 31. 법률 제3691호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제24조 제1항 은 대주가 차관계약에 의하여 취득하는 이자 또는 이와 관련하여 생기는 이자소득에 대하여는 소득세 또는 법인세를 부과하지 아니한다고 규정하고, 같은 법 제2조 제8호 에 의하면 차관계약이라 함은 대한민국 국민이 외국인으로부터 대외지불수단을 차용하거나 수출신용제도에 의하여 자본재 또는 원자재를 도입하는 계약이라고 규정하고 있는 바, 위 판시에서 인용한 갑 제38, 39호증 및 갑 제44, 45호증의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면, 원고는 1976. 3. 2. 및 같은 해 7. 15. 소외 ㅇㅇ제철주식회사와 소외 ㅇㅇ공사와 사이에 연불 분할상환조건의 물자차관공여계약을 체결하였는 바, 그 계약의 내용은 (1) 1976. 3. 2.자 차관도입자 소외 ㅇㅇ제철주식회사와 사이에는 차관용도를 증설시설에 필요한 장비제공으로 하고 차관계약금액을 금 20,800,000,000엔(일본국 화폐, 이하 같다)으로 하되 소외 ㅇㅇ제철주식회사는 계약금의 10퍼센트에 해당하는 금 2,080,000,000엔 및 계약금의 5퍼센트에 해당하는 금 1,040,000,00엔은 이를 착수금으로서 원고가 증설시설의 시공보증금을 공탁한 후 30일이내 및 장비납품의 진도에 따라 적당한 비레로 3개월마다 분할하여 지급하고 나머지 금액은 매 6개월마다 20회 균분상환하기로 약정하고, (2) 1976. 7. 15.자 차관도입자 소외 ㅇㅇ공사와 사이에는, 차관용도를 ㅇㅇ화력발전소에 설치할 장비시설로 하고 차관계약금액을 금 18,660,000,000엔으로 하되, 계약금의 10퍼센트에 해당하는 금 1,866,000,000엔 및 계약금의 5퍼센트에 해당하는 금 933,000,000엔은 이를 착수금으로서 소외 ㅇㅇ공사가 중간선적을 하였다는 통고를 받은 후 20일이내 및 계약체결일로부터 2개월이내에 각 지급하고 나머지 금액은 매 6개월마다 20회 분할상환하기로 약정하는 등의 차관계약을 체결하고, 원고가 위 차관도입자들로부터 1976.사업년도에 차관착수금으로 받은 금원의 매출이익이 도합 금 443,946,186원, 1977.사업년도에 차관착수금으로 받은 금원의 매출이익이 도합금 173,416,400원이 되는 사실을 인정할 수 있으며, 달리 위 인정을 좌우할 증거는 없는 바, 위 인정사실에 의하면 원고가 이 사건 차관공여계약을 체결함에 있어 차관착수금을 포함하여 전체의 차관공여액을 계약금액으로 명시하고 그 착수금 및 나머지 금액의 상환조건을 계약내용으로 정하고 있음을 알 수 있으므로, 그 차관계약상의 대주인 원고가 차관도입자인 소외 ㅇㅇ제철주식회사 및 ㅇㅇ공사로부터 착수금을 지급받음으로써 생기는 소득은 위 외자도입법 제24조 제1항 소정의 차관계약과 관련하여 생기는 기타 소득에 해당한다고 볼 것이어서( 대법원 1990. 11. 13. 선고 90누110 판결 참조) 이는 법인세의 과세대상이 될 수 없다 할 것임에도 불구하고 이와 관련한 1976.사업년도 귀속분 소득 금 443,946,186원 및 1977.사업년도 귀속분 소득 금 173,416,400원을 원고의 과세대상 소득으로 보고 익금산입한 이 부분에 관한 이 사건 각 부과처분은 원고의 이 부분 주장중 나머지 점에 대하여 더 나아가 살펴 볼 필요없이 위법하다 할 것이므로 원고의 둘째 주장은 이유 있다.

다. 원고의 셋째 주장에 관한 판단

위 판시에서 인용한 각 증거와 갑 제11 내지 13, 40, 46 내지 48호증의 각 기재 및 변론의 전취지를 종합하면, 피고가 이 사건 1977.사업년도 부과처분의 과세표준 금액중 차관금리에 대한 중개수수료 수입으로 익금산입한 액수는 금 372,230,225원인데 그것은 원고의 해외 현지법인들이 소외 ㅇㅇ공사, ㅇㅇ제철주식회사 및 ㅇㅇ방적주식회사에 대하여 차관을 공여토록 하는 내용의 차관계약을 중개한 데에 따른 수수료인 바, 그 내용을 살펴보면, 1977. 1. 24. 홍콩의 현지법인인 ㅇㅇ홍콩과 소외 ㅇㅇ공사간의 원금 3,298,640.99불(미합중국 화폐단위, 이하 같다)상당의 물자차관에 대하여 리보+2퍼센트 내지 1.175퍼센트로 정한 이율로 계산한 이자금액을 기초로, 위 계약내용에 정한 수수료율로 산출한 차관금리에 대하여 지급하는 수수료 109,582불, 같은 해 4. 11. 같은 당사간의 원금 6,283,450불상당의 물자차관에 대한 같은 이율로 계산한 이자금액을 기초로 위 수수료율로 산출한 차관금리 수수료 210,066불, 1976. 2. 9. 미국의 현지법인인 ㅇㅇ미국과 소외 ㅇㅇ제철 주식회사간의 원금 17,530,000불상당의 물자차관에 대한 같은 이율로 계산한 이자금액을 기초로 위 수수료율로 산출한 차관금리 수수료 242,199불, 1977. 9. 3. 위 ㅇㅇ홍콩과 소외 ㅇㅇ방적주식회사간의 원금 4,989,796.68불의 현금차관에 대한 같은 이율로 계산한 이자금액을 기초로 위 수수료율로 산출한 차관금리 수수료 205,771불 등 도합금 767,618불의 그 당시 환율인 1불당 485원으로 환산한 금원인 사실을 인정할 수 있고 반증이 없는 바, 위 인정사실에 의하면 피고가 이 사건 차관 중개수수료로 계상한 것은, 원고회사의 해외 지점이 한국내의 회사에 대하여 차관을 제공한데 대한 중개수수료가 아니고, 원고회사와 법률상 별개의 법인인 해외 현지법인이 한국내의 회사에 대하여 차관을 제공한데 대한 중개수수료 수입이므로, 이를 원고회사의 본지점간의 내부거래에 불과하다고는 할 수 없으니 그 수입이 법인세의 과세대상이 된다고 볼 것이나, 이 사건에 있어서는 원고가 위 각 차관계약을 중개하면서 차관금액(원금)에 대한 소정의 중개수수료 이외에 후에 추가 지급될 이자액을 포함한 총액을 기준으로 한 중개수수료를 지급받았다고 볼 만한 증거가 없으며, 리보율의 변동에 따른 상환이율의 변동 때문에 상환할 이자의 총액을 위 각 차관계약 당시 특정할 수 없다는 사정을 고려하여 볼 때, 차관원금을 기준으로 중개수수료를 산정함이 정당하다 할 것이므로, 피고가 위 차관원금을 기준으로 한 원고의 신고액을 초과하여 차관이자에 대한 중개수수료 수입이 발생하였다 하여 1977.사업년도 귀속분으로 금 372,230,225원을 원고의 과세소득으로 산입하여 한 이 사건 부과처분은 위법하다 할 것이니 원고의 셋째 주장도 이유 있다.

라. 원고의 넷째 주장에 관한 판단

위 판시 인용의 각 증거와 갑 제35호증, 그 문서의 방식과 취지에 비추어 외국에서 공문서로 작성된 것으로 인정되어 그 진정성립이 추정되는 갑 제32호증(갑 제14 내지 18호증과 같다)의 각 기재와 변론의 전취지를 종합하면, 원고회사의 홍콩현지법인인 소외 ㅇㅇ홍콩은 1976. 4. 1.부터 1977. 3. 31.까지 사이에 소외 주식회사 ㅇㅇ사 및 소외 ㅇㅇ냉동식품주식회사와 위 회사들 소속 어선이 포획한 어획물을 구입하여 일본국내에 판매하거나 제3국에 수출하기로 하는 내용의 어획물을 매매기본계약을 각 체결함에 있어, ㅇㅇ홍콩과 원고회사본사가 받을 취급수수료는 위 주식회사ㅇㅇ사 혹은 ㅇㅇ냉동식품주식회사가 ㅇㅇ홍콩에 매도하는 어획물의 매매대금의 5퍼센트로 하되 ㅇㅇ홍콩이 건네 받은 위 5퍼센트중 ㅇㅇ홍콩이 취득하는 취급수수료를 3.5퍼센트 혹은 2.5퍼센트로 하고 ㅇㅇ홍콩이 원고회사본사에 지급하는 취급수수료를 그 나머지 1.5퍼센트 혹은 2.5퍼센트로 각 약정한 사실을 인정할 수 있고, 달리 위 인정을 좌우할 증거는 없으며, 한편 소득에 관한 조세의 이중과세 회피 및 탈세방지를 위한 대한민국과 일본국간의 협약 제6조 (2) 에 의하면 일방체약국의 거주자 또는 법인이 타방체약국내에 항구적 시설을 가지고 있는 경우에는 그 타방체약국내의 원천에서 생기는 그 거주자 또는 그 법인의 전 소득에 대하여 그 타방체약국에서 그 항구적 시설에 과세할 수 있다고 규정하고 있는 바, 원고회사의 서울지점은 위 협약 제6조 에서 규정한 항구적 시설에 해당한다고 할 것이므로 위 판시에서 인정한 사실에서와 같이 원고회사가 한국내 법인과 홍콩현지법인과의 위 어획물 매매기본계약에 따른 취급수수료 수입을 얻은 이상, 그 소득이 원고의 한국지점을 거쳐 발생한 소득이든 한국지점을 통하지 아니하고 원고의 해외지점 혹은 해외 현지법인 사이의 직거래에 의한 소득이든, 그 소득이 한국내의 원천에 의한 것인 한 원고의 한국내의 항구적 시설의 소득으로 보아 한국내 지점에 대하여 과세처분을 할 수 있다 할 것이고, 원고는 수수료의 2퍼센트를 자진신고 납부한 바가 있으니 이를 이 사건 판매수수료 수입에서 공제하여야 한다고 주장하나, 자진신고 납부한 금액은 홍콩현지법인과 위 주식회사ㅇㅇ사, ㅇㅇ냉동식품주식회사와 사이의 어획물 판매거래에 대한 알선중개수수료 명목으로 신고한 것이지 판매수수료 명목으로 신고한 것이 아닌 것으로 보이므로, 자진신고 납부액과 이 사건 판매수수료 수입누락액을 별개의 것으로 보아 과세한 이 사건 각 부과처분은 정당하다 할 것이며, 또한 앞서 판시에서 인정한 사실과 갑 제35호증, 제43호증의 1, 2의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면, 피고는 당초 소외 ㅇㅇ홍콩과 소외 주식회사ㅇㅇ사, ㅇㅇ냉동식품주식회사와 사이의 어획물 매매기본계약에 따른 판매수수료 수입 5퍼센트중 1.5/4를 위 ㅇㅇ홍콩의 수입으로, 2.5/4를 원고 회사의 수입으로 각 인정하여 이와 관련된 원고회사의 판매수수료 수입누락액을 1977.사업년도 귀속분 금 288,681,990원, 1977. 4-6월 귀속분 금 98,386,518원으로 산출하여 이를 근거로 과세처분을 하였다가, 원고의 불복에 따라 국세심판소에서 위 판매수수료 수입중 2.5/4를 원고회사의 수입으로 계상한 것은 근거가 없고 위 어획물 매매계약서상의 약정을 근거로 하여 판매수수료 수입중 1.5/5 혹은 2.5/5를 원고회사 귀속분으로 개별적으로 계산하여 원고회사의 판매수수료 수입누락액을 1977.사업년도 귀속분 금 159,773,254원, 1977. 4-6월 귀속분 금 56,979,625원으로 각 결정하자 피고가 위 국세심판소의 결정에 따라 감액 갱정결정을 하여 이 사건 각 부과처분을 하기에 이른 사실을 인정할 수 있고 달리 위 인정에 어긋나는 증거가 없으므로, 피고가 적출해 낸 위 판매수수료 수입 누락액의 계산에 아무런 잘못이 없다 하겠으니 결국 원고의 넷째 주장은 모두 이유가 없다.

마. 원고의 다섯째 주장에 관한 판단

원고는 소외 ㅇㅇ봉제주식회사에 대한 연대보증으로 인한 대손금이 금 331,421,341원이라고 주장하나, 위 갑 제32호증에 의하여 그 진정성립이 인정되는 갑 제20 내지 28호증의 각 기재와 변론의 전취지를 종합하면, 원고가 ㅇㅇ봉제주식회사의 주식 총 수의 30퍼센트를 소유하는 주주가 되어 위 회사의 상품의 판매관계를 일체 책임지기로 하고 소외 ㅇㅇ산업주식회사 등과 함께 1973. 10. 2.경 설립한 소외 ㅇㅇ봉제주식회사(이하 소외회사라 한다)가 그 영업의 부진으로 1977. 3. 31.경 파산상태에 이르게 된 사실, 원고는 위 소외회사의 대주주로서 같은 대주주인 소외 ㅇㅇ산업주식회사 등과 위 소외회사가 파산 당시 부담하고 있던 총 채무 및 청산절차 비용 금 189,000,000원 등, 도합금 660,589,019원을 50퍼센트씩 부담하기로 합의함에 따라 원고가 1977.사업년도 기간에 부담하게 된 대손금이 도합금 331,421,341원(위 660,589,019원의 50퍼센트는 330,294,509원에 불과하나 그간의 환율의 변동에 의하여 일부금액이 증액된 것이다)에 이른다고 하여 손금으로 피고에게 신고하였는데, 위 금원 중 금 150,000,000원 부분은 소외회사의 소외 ㅇㅇ은행에 대한 보증채무의 이행부분이며, 그 나머지는 위 ㅇㅇ산업주식회사의 합의에 따른 채무부담을 위한 출자금원인 사실 등을 각 인정할 수 있고 반증이 없으며, 법인세법상 대손충당금으로 손금이 되기 위하여는 정상적인 영업거래에서 발생한 외상매출금 등 법인세법 제14조 , 같은 법 시행령 제19조 , 제20조 , 제21조 에서 각 정하는 채권의 대손이어야 하고, 약정에 의하여 채권의 전부 또는 일부를 포기하는 경우에는 이를 대손금으로 보지 아니하며 기부금 또는 접대비로 보고[기본통칙 2-3-49...(9) 참조], 나아가 특수관계에 있는 법인에 대한 보증채무의 이행으로 인하여 제3 채권자에게 지급한 금액도 대손금으로 인정할 여지가 없으며, 위 대한민국과 일본국간의 협약 제8조 (1) 에 의하면 타방체약국내에서 소득에 취득하는 일방체약국의 거주자 또는 법인이 어느 타인과 상호 관련이 있으며, 또한 그 상호 관련 있는 자들이 그들간에 상호 독립적인 자간에 보통 맺어지는 것과 상이한 약정을 체결하거나 또는 조건을 부과하는 경우에는, 그 약정 또는 조건이 없었더라면 그 거주자 또는 법인에게 발생하였을 것이나, 그 약정 또는 조건 때문에 발생하지 아니한 소득은, 본협약의 적용상, 그 거주자 또는 법인의 소득에 포함시켜서 그 타방체약국에서 과세될 수 있다라고 규정하고 있고, 같은 조문 (2)에서는 어느 한 자가 다른자의 경영, 지배 또는 자본에 직접 또는 간접으로 참가하는 경우 상호관련이 있는 것으로 규정하고 있는 바, 이러한 협약의 규정은 국내법인 법인세법의 규정에 우선하여 그 판단의 기준이 될 것이며 법인세령의 규정은 위 협약의 규정 내용에 반하지 아니하는 범위내에서 그 적용이 있다 할 것인 즉, 위 판시 인정사실에 의하면, 원고는 소외 회사의 주식 30퍼센트를 소유하는 대주주로서 그 상품의 판매관계를 책임지는 등으로 소외회사의 자본과 경영에 직, 간접으로 참가하고 있다고 인정이되는 바이므로 그들사이에 상호관련이 있다고 봄이 상당하다 할 것이니, 위에서 인정한 바와 같은 특수관계에 있는 소외회사에 대한 보증채무의 이행으로 금 150,000,000원을 부담하는 것이나, 또한 원고가 보유하고 있는 소외회사의 주식을 포기하는 외에 더 나아가 소외회사의 대외채무 등을 변제하여 주기 위하여 금 181,421,341원(331,421,341원-150,000,000원)을 추가로 부담하기로 소외 ㅇㅇ산업주식회사 등과 합의한 것은 모두 정상적인 영업거래에 인한 것이라고는 도저히 볼 수 없으므로 이는 법인세법상 대손금으로 인정될 수 없다 할 것이니 원고의 다섯째 주장은 이유 없다.

바. 원고의 여섯째 주장에 관한 판단

피고는 1977. 4-6월 도매(무역)부분 거래중 영업수익의 실현시기가 도래하지 않았음에도 위 부가가치세법 시행령 부칙 제6조 제3항 의 규정을 적용하여 도합금 20,570,825,429원의 차관 상환액에 대하여 1977. 6. 30. 수익의 실현시기가 도래한 것으로 의제하고 이 사건 부과처분의 과세표준에 산입하였는 바, 위 규정은 모법의 위임 근거도 없이 부가가치세법의 시행이후에 순차로 수익의 실현시기가 도래할 연불금에 대하여 수익의 실현시기를 위 법 시행일 전일로 의제하도록 규정한 것으로서 무효의 규정이라 할 것이므로( 대법원 1987. 8. 18. 선고 84누774 전원합의체 판결 참조), 위 금 20,570,825,429원을 과세표준에 산입하여 한 피고의 이 사건 1977. 4-6월 부과처분은 위법하다 할 것이니 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

4. 결 론

그렇다면 별지 세액계산서 기재 각 이 법원의 인정란에서와 같이 1976.사업년도 귀속분에서 차관착수금 매출이익에 해당하는 금 443,946,186원, 1977.사업년도 귀속분에서 같은 매출이익에 해당하는 금 173,416,400원, 차관 중개수수료에 해당하는 금 372,230,225원, 1977. 4-6월 귀속분에서 위 차관 상환액에 해당하는 금 20,570,825,429원을 각 과세표준에서 공제한 나머지 과세표준을 근거로 위 법인세법의 규정에 의한 정당한 세액을 산출하면, 1976.사업년도 귀속분은 법인세 및 같은 방위세가 한 푼도 남지 아니하고, 1977.사업년도 귀속분은 법인세 금 254,564,313원 및 같은 방위세 금 51,941,407원, 1977. 4-6월 귀속분은 법인영업세 금 2,592,572원이 된다 할 것이므로, 이 사건 각 부과처분중 1976.사업년도 부과처분 전부와 1977.사업년도 및 1977. 4-6월 법인세, 같은 방위세 및 법인영업세의 위 판시 각 인정금액을 초과하는 부과처분부분은 위법하여 이를 취소하며, 피고가 1984. 4. 30. 국세환급금으로 법인세 금 676,944,140원 및 같은 방위세 금 142,460,170원, 법인영업세 금 403,723,600원에 충당한 처분은 위 판시에서 인정한 정당한 세액인 법인세 금 254,564,313원, 같은 방위세 금 51,941,407원 및 법인영업세 금 2,592,572원에 각 충당한 범위내에서 이유 있고 위 각 금원을 초과하여 충당한 처분은 위법하다 할 것이니 이를 취소할 것인 바, 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위내에서 이유 있어 인용하고, 그 나머지 청구는 이유 없어 기각하며, 소송비용의 부담에 관하여는 행정소송법 제8조 제2항 , 민사소송법 제89조 , 제92조 를 각 적용하여 주문과 같이 판결한다.

1992. 7. 24.

심급 사건

참조조문

참조판례