2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2014. 8. 12.원고에 대하여 한 2011년 제1기 부가가치세 00,000,000원의 부

과처분을 취소한다.

가. 원고는 2005. 6. 1. 설립되어 서울 00구 00동 000-0에서 석유화학제품 및 부생품 도소매업을 영위하는 법인으로서, 2011년 제1기 부가가치세 과세기간 동안 ㈜000셀(이하 '000셀'이라 한다)에 석유부산물(N.A.R)을 판매하고 2011. 1.부터 2011.3.까지 아래와 같이 공급가액 합계 000,000,000원의 매출세금계산서 3매(이하 포괄하여 '이 사건 세금계산서'라 한다)를 발행한 후 이에 따라 피고에게 부가가치세를 신고하였다.

나. 00지방국세청은 2013. 6. 27.부터 같은 해 8. 11.까지 000셀에 대한 유류유통과정조사를 실시하여 원고로부터 발행받은 이 사건 세금계산서는 실물거래 없이 허위로 발행받은 것이라고 판단하고 피고에게 이를 통보하였다.

다. 이에 피고는 2014. 5. 12.부터 같은 해 7. 14.까지 원고의 2011년 제1기 부가가치세 과세기간에 대한 거래질서조사를 실시하여 이 사건 세금계산서에 의한 거래가 위장거래에 해당하는 것으로 판단하고, 2014. 8. 12. 원고에게 부가가치세 00,000,000원을 결정・고지하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

라. 원고는 이에 불복하여 2014. 8. 18. ◇◇지방국세청장에게 이의신청을 하였으나, ◇◇지방국세청장은 2014. 9. 25. 원고의 신청을 기각하였고, 이에 원고는 2014. 11. 19. 국세청장에게 심사청구를 하였으나, 국세청장은 2015. 1. 27. 원고의 청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 을 제4 내지 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

피고는 000셀 측의 일방적인 진술과 자료만을 근거로 이 사건 세금계산서가 허위라고 판단하여 이 사건 처분을 하였으나, 원고는 000셀로부터 주문받은 제품을 ◐◐화학으로부터 구매하여 000셀에게 인도하고, 그러한 실물거래에 따라 이 사건 세금계산서를 발행한 것이므로, 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

3. 관계 법령

별지 기재와 같다.

4. 판단

가. 관련 법리

부가가치세 납세의무자가 제출한 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다거나 세금계산서의 기재 내용이 사실과 다르다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어, 세금계산서의 기재 내용의 진위가 다투어지고, 납세의무자가 주장하는 세금계산서에 기재된 거래가 허위임이 상당한 정도로 증명된 경우에는, 세금계산서에 기재된 바와 같은 거래를 실제로 하였다는 점에 관하여 장부와 증빙 등 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2007두1439 판결 등 참조). 또한 세금계산서의 기재내용이 사실과 다르다는 의미는 과세의 대상이 되는 소득・수익・계산・행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다고 규정한 국세기본법 제14조 제1항의 취지에 비추어, 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 재화 또는 용역에 관하여 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리키는 것이므로, 재화 등을 공급하는 거래가 실제로 존재한다 하더라도 그 거래 당사자가 세금계산서의 기재와 다른 세금계산서도 '사실과 다른 세금계산서'에 해당한다(대법원 2012. 3. 29. 선고 2011두26695 판결 등 참조).

나. 이 사건 처분의 적법 여부

위와 같은 법리를 토대로 이 사건에 관하여 보건대, 을 제2 내지 4, 7 내지 10, 13, 14호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재, 증인 정**의 일부 증언에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 이 사건 세금계산서에 기재된 000셀과의 거래가 허위임이 상당한 정도로 증명되었다고 할 것이고, 위 거래가 실제 이루어졌다는 취지의 증인 정**의 일부 증언(앞에서 믿는 부분 제외)은 믿기 어렵다. 또한, 갑 제3 내지 9호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재만으로는 그와 같은 거래가 실제로 이루어졌다고 인정하기에 부족하며, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

1) 00지방국세청은 이 사건 세금계산서의 매입처인 000셀에 대한 조세범칙(유류유통과정)조사를 실시하여, 000셀이 불법해상유 공급업체로부터 0,000백만 원 상당의 벙커씨유를 무자료로 매입하고, 원고를 포함한 용제대리점 등으로부터 0,000백만 원 상당의 매입세금계산서를 실물거래 없이 가공으로 수취하였다고 판단하여 000셀에게 부가가치세 0,000백만 원, 법인세 000백만 원 및 교통세 000백만 원을 부과하였다.

"2) 피고는 00지방국세청이 위 조사 당시 확보한 000셀의 매입장, 매출장 및 자금출납장을 제출하였는데, 000셀의 매입장을 보면, 다른 업체들과 사이의 거래에 대해서는 매입품목, 수량, 단가 및 매입가 등이 상세하게 기재되어 있는 반면, 원고와의 거래에 대해서는 아래와 같이 그 품목이 이 사건 세금계산서와 다른 벙커씨유('B/C')로 되어 있을 뿐만 아니라, 구체적인 수량이나 단가 등이 기재되어 있지 않고, 원고가 이 사건 세금계산서에 따라 거래하였다고 주장하는 석유부산물(N.A.R)에 대해서는 그 거래내역이 전혀 기재되어 있지 않다.",[000셀의 매입장 중 원고로부터의 매입내역 부분(발췌)](단위 : 천원)

날짜

매입처

유무

구분

수량

(드럼)

수량

단가

매입가

지출

잔액

11/1/12

000켐

3P

무

B/C

00,000

00,000

11/2/8

000켐

3P

무

B/C

0,000

0,000

11/3/3

000켐

3P

무

B/C

0,000

0,000

11/4/29

000켐

3P

무

B/C

0,000

0,000

"３) 000셀의 자금출납장에 의하면, 000셀은 원고에 대하여 2011. 1. 5.부터 같은 해 4. 29.까지 이 사건 세금계산서상 공급가액 및 세액에 상당하는 금액과 위 표와 같이 '3P'로 기재된 금액을 지급하였는데, 이 중 공급가액 및 세액에 상당하는 금액은 그 지출 당일 또는 그로부터 1~3일 전후에 같은 금액을 돌려받은 것으로 기재되어 있다. 한편, 증인 정**은 위3P'가 3%를 의미한다고 진술하였고, 위 표에서 2011. 1. 12.자 금액인 00,000,000원은 원고가 2010. 12. 31. 000셀에게 발행한 세금계산서의 공급대가인 000,000,000원의 3%(천원 이하 절사)에, 2011. 2. 8.자 금액인 0,000,000원은 이 사건 세금계산서 중 원고가 2011. 1. 31. 000셀에게 발급한 세금계산서의 공급대가인 000,000,000원의 3%(천원 이하 절사)에, 2011. 3. 3.자 금액인 0,000,000원은 원고가 2011. 2. 28. 000셀에게 발급한 세금계산서의 공급대가 000,000,000원의 3%(천원 이하 절사)에, 2011. 4. 29.자 금액인 0,000,000원은 원고가 2011. 3. 31. 에벤에셀에게 발급한 세금계산서의 공급대가 000,000,000원의 3%(천원 이하 절사)에 각 해당하는 금액이다. 000셀이 원고에게 물품의 공급대가 이외에 3%의 금액을 추가로 지급하여야 할 별다른 이유가 있었음을 인정할 자료가 없고, 아래에서 보는 바와 같이 장부를 조작하여 해당 금액을 횡령한 것이라는 증인 정**의 진술도 믿기 어려우며, 이는 허위의 매출세금계산서를 발행해주는 대가, 일명 자료대로서 지급한 금액일 가능성이 높은 것으로 보인다(000셀의 자금출납장 및 매입장에는 원고를 포함하여 위 00지방국세청의 조사에서 허위의 매입세금계산서를 수취한 혐의로 적발된 매입처들에 대하여 원고와 마찬가지로 모두 '3P'에 해당하는 금액을 지급한 것으로 기재되어 있다).",４) 원고는 000셀의 장부는 담당자인 정**이 그 조작사실을 시인한 것으로서 이를 신뢰하기 어렵다고 주장하고, 증인 정**은 이 법원에서의 증언 및 사실확인서(갑 제6호증)에서 운송비 등 운영자금으로 사용하기 위해 000셀의 장부에서 원고와의 거래 부분을 조작하여 0천여만 원을 착복한 사실이 있으며, 원고로부터 납품받은 N.A.R을 용제로 일괄 정리하였기 때문에 매입장에 N.A.R이 별도로 기재되어 있지 않은 것이라고 진술하였다. 그러나, ① 000셀의 매입장을 보면, '용제'를 매입한 다른 업체들과의 거래에 대해서는 그 품목을 '용제'로 기재하고 그 수량, 단가 및 매입가 등이 상세히 기재하고 있는 반면, 원고를 포함하여 가공매입세금계산서를 수취한 혐의로 적발된 업체들과의 거래에 대해서는 위 1)항 기재 표와 같이 전혀 다른 품목인 벙커씨유와 그 매입가액만이 기재되어 있는 점, ② 과세관청의 000셀에 대한 조사과정에서 작성된 장00(000셀의 실질적 운영자), 정**(자금관리 담당자로서 각종 장부 작성)에 대한 범칙혐의자 심문조서 및 문답서(을 제3, 13호증)에 의하면, 조사자가 원고와의 거래에 관하여 매입장부에 기재된 품목(B/C : 벙커씨유)과 이 사건 세금계산서의 품목(N.A.R)이 차이나는 이유와 원고와의 거래에서 공급대가의 3%를 제외한 현금을 다시 돌려받은 이유가 무엇인지 묻자 장00과 정**은 공통적으로 위와 같은 사실이나 장부의 내용을 특별히 부인하지 않은 채 '정확히는 설명을 할 수 없다'는 답변만을 하였고(원고를 포함하여 허위매입세금계산서 수취로 적발된 업체들과의 거래에 대해 모두 마찬가지로 답변하였음), 장00은 정**로부터 위와 같은 장부의 내용을 보고받았다고 진술하였으며, 장00 또는 000셀이 정**을 횡령 등으로 고소하였음을 인정할 자료도 없는 점, ③ 증인 정**의 진술과 같이 장부를 조작하여 자금을 횡령하고자 하였다면 실제로 원고 등으로부터 돈을 돌려받았다고 하더라도 오히려 이를 기재하지 않았을 것인 점, ④ 000셀은 위 1)항 기재와 같은 00지방국세청의 조세 부과처분 중 허위세금계산서 수취로 인한 부가가치세 및 법인세 부과처분에 대해서는 불복청구를 제기한 바 없고, 유사석유제품 제조로 인한 교통세 부과처분에 대해서만 불복청구를 제기한 점 등을 종합해보면, 증인 정**의 위 증언 및 사실확인서의 기재는 믿기 어렵고, 000셀의 매입장 및 자금출납장의 기재 내용은 사실에 부합하는 것으로 판단된다.

５) 원고는 이 사건 세금계산서상 물품의 운송비는 000셀이 지급하였다고 주장하면서 '이 사건 세금계산서에 따라 물품을 실제로 000셀에게 운송한 사실이 있고, 이 사건 세금계산서에 따른 거래와 관련하여 운송비 외에는 현금을 주고받은 적이 없다'는 내용의 오△△과 이△△ 명의 사실확인서(갑 제5호증의 1, 2)를 제출하였다. 그러나, 000셀의 장00과 정**은 과세관청의 조사과정에서 공통적으로, 000셀이 매입한 제조원료의 운송방식에 대하여 '폐유는 수집하는 것이기에 회사차량이 수거해오고, 나머지 제조원료는 그 매출처에서 대부분 용차차량으로 회사에 배달해주었으며, 용차차량비용은 매출처에서 지급하였다'고 진술하였으며, 원고뿐만 아니라 000셀에서도 이△△나 오△△에게 운송비를 지급하고 받은 세금계산서나 영수증 기타 증빙자료가 제출된 바 없고, 000셀의 자금출납장에도 이에 관한 아무런 기재가 없는 점 등에 비추어 볼 때, 오△△과 이△△의 위 사실확인서는 믿기 어렵다.

6) 장00과 정**은 과세관청의 조사과정에서 공통적으로, 000셀이 원고를 포함한 일부 매입처들의 계좌로 매입세금계산서의 공급가액과 그 3%에 상당하는 금액을 송금하고, 이후 위 공급가액 상당액을 다시 돌려받은 경위에 대하여, '거래관행상 매입처의 법인통장으로 송금하고, 매입한 실물을 영업하는 딜러가 용차기사와 같이 오면 딜러에게 현금을 지급하고, 용차기사 혼자 오면 용차기사에게 현금을 지급합니다. 그래서 한 매입품목에 이중으로 돈을 지급한 것이기 때문에 다시 현금으로 돌려받습니다'라고 진술하였고, 한편, 정**은 이 법정에서, '이△△가 돈을 미리 가져다주면 이를 원고의 통장으로 송금하고, 이후 이△△가 물품을 받아서 000셀에 가지고 오면 이△△에게 물품대금을 지급하였으며, 해당 물품대금이 원고에게 전달되었는지 여부는 확인하지 않았다'고 진술하였다. 그러나, 위 과세관청에서의 진술과 같이 물품대금을 원고 및 용차기사에게 이중으로 지급하고 이후 이를 다시 현금으로 돌려받는다는 것은 상식적으로 이해하기 어렵고, 그 진술과 같이 이중으로 지급하였다고 하더라도 매입거래처인 원고로부터는 이를 다시 돌려받고 딜러 또는 용차기사에게만 실질적인 물품대금을 지급하였다면 원고와의 사이에 정상적인 거래가 있었다고 볼 수 없다. 또한, 정**의 이 법정에서 증언의 경우 운송인인 이△△가 단순히 운송비를 목적으로 000셀에 수억 원의 물품대금을 먼저 지급하면서까지 거래를 진행하였다는 것으로 쉽게 납득하기 어렵고, 000셀의 자금출납장에 기재된 수입 및 지출 내역과도 일치하지 않으므로, 위 증언 역시 신빙성이 있다고 볼 수 없다.

7) 갑 제7호증의 기재에 의하면, 서울중앙지방검찰청이 2015. 6. 3. 원고와 원고의 대표이사인 이▼▼의 조세범처벌법위반 혐의에 대하여 각 혐의 없음 결정을 한 사실은 인정된다. 그러나, 검찰의 무혐의결정에 대해 확정된 형사판결과 동일한 증거가치를 부여할 수는 없고, 행정재판은 반드시 검사의 불기소사실에 구속받는 것은 아니고 법원은 증거에 의한 자유심증으로써 그와 반대되는 사실을 인정할 수 있는바(대법원 2000. 6. 9. 선고 99두2314 판결 등), 위 불기소처분의 이유는 이 사건 세금계산서가 허위라고 보기에 증거가 불충분하다는 것인데, 위에서 살펴본 점들에 비추어 볼 때, 위와 같은 불기소처분이 있었다는 사정만으로 이 사건 세금계산서의 내용이 사실에 부합한다는 점이 적극적으로 증명되었다고 볼 수 없다.

다. 소결

따라서, 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 보아 이루어진 이 사건 처분은 적법하고, 원고의 주장은 이유 없다.

5. 결론

원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.