2. 소송비용은 피고가 부담한다.

가. 원고는 2001. 12. 10. 인천 XX구 XX동 206-3 대지 496㎡(이하 '이 사건 토지'라 고 한다)를 취득하여 보유하다가 2007. 11. 22. 김AA에게 양도하였다.

나. 원고는 2007. 12. 31. 이 사건 토지를 사업용 토지로 보아 일반 누진 세율 36%를 적용하여 2007년 귀속 양도소득세 59,780,178원을 신고 ・ 납부하였다.

다. 피고는 이 사건 토지가 구 소득세법(2008. 12. 26. 법률 제9270호로 개정되기 전 의 것, 이하 '소득세법'이라고 한다) 제104조의3 제1항에서 정한 비사업용 토지에 해당한다고 보아 중과세율 60%를 적용하여 2008. 12. 10. 원고에게 2007년 귀속 양도소득세 91,957,724원을 부과하는 이 사건 처분을 하였다.

라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2009. 3. 2. 국세청장에게 심사청구를 하였으나, 국세청장은 2009. 7. 15. 위 심사청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실 갑 제1. 3호증, 을 제1, 2, 3호증(가지번호 있는 경우 가지 번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 ① 이 사건 토지는 환지 방식으로 도시개발사업이 시행되는 곳에 있는 토지로서 2004. 11. 상수도 설치공사가 완료되어 그 무렵부터 건축이 가능하였으므로, 구 소득세법 시행규칙(2009. 4. 14. 기획재정부령 제74호로 개정되기 전의 것, 이하 '소득세법 시행규칙'이라고 한다) 제83조의5 제1항 제8호에 따라 건축이 가능한 때부터 2 년간 비사업용 토지로 보지 아니하는 경우에 해당하거나(즉 2004. 11.부터 만 2년 동안 비사업용 토지로 보지 않게 되고, 이 경우 소득세법 시행령 제68조의6에서 정한 비사업용 토지 기간기준 가운데 제1호 나목에 정한 기준을 충족하지 못하게 된다. 양도 일 직전 3년인 2004. 11. 22.부터 2007. 11. 21.까지 기간 중 비사업용 토지에 해당하지 않는 기간이 만 2년이 되어 비사업용 토지에 해당하는 기간은 1년에 불과하게 되고 결국 비사업용 토지에 해당하는 기간이 양도일 직전 3년 중 1년을 초과해야 한다는 제 1호 나목의 기준을 충족하지 못하게 되기 때문이다.), ② 원고가 이 사건 토지를 취득한 후 도시개발계획의 사업 기간이 연장되어 소득세법 시행규칙 제83조의5 제1항 제 12호에 따라 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니한 기간 동안 비사업용 토지로 보지 아니하는 경우에 해당하므로, 이 사건 토지가 비사업용 토지에 해당함을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다고 주장한다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령의 기재와 같다.

다. 주장 ①에 대한 판단

이 사건 토지가 포함된 사업구획에 관하여 2004. 11. 상수도 설치공사가 완료되어 그 무렵부터 건축이 가능하였다는 점에 관하여 이를 인정할 아무런 증거가 없으며, 오히려 인천광역시 서구청에 대한 사실조회 결과에 따르면 이 사건 토지구획정리사업의 기반 시설이 준공된 날은 2007. 4. 3.인 사실을 인정할 수 있으므로, 더 나아가 살필 필요 없이 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다.

라. 주장 ②에 대한 판단

1) 인정 사실

가) 인천광역시장(당시 인천직할시장)은 1994. 12. 28. 인천직할시 공고 제1994-365호로 시행 위치는 인천 XX구 XX동 173 번지 일원, 사업기간은 1994. 12.부터 1997. 12.까지, 시행 면적은 343,700㎡인 경서지구 토지구획정리사업(이하 '이 사건 토지구획정리사업'이라고 한다)의 사업시행을 인가 ・ 공고하였다.

나) 그 후 인천광역시장은 1997. 12. 5. 인천광역시 공고 제1997-374호로 이 사건 토지구획정리사업의 사업기간을 2000. 12. 27.까지로 변경하는 내용의 사업계획 변경인가 ・ 공고를 하였고, 2000. 8. 23. 인천광역시 공고 제2000-348호로 사업기간을 다 시 2003. 12. 27.까지로 연기하는 내용의 사업계획 변경인가 ・ 공고를 하였으며, 그 후 2001. 9. 18. 인천광역시 공고 제2001-382호로 이 사건 토지구획정리사업 환지계획을 인가하였다.

다) 원고는 2001. 12. 10. 이 사건 토지를 경매로 취득하였다.

라) 인천광역시장은 2003. 4. 19. 인천광역시 공고 제2003-153호로 이 사건 토지구획정리사업의 사업기간을 2004. 12. 27.까지로, 2004. 12. 10. 인천광역시 공고 제 2004-850호로 2006. 12. 27.까지로, 2006. 12.경 인천광역시 공고 제2006-1237호로 2007. 10. 27.까지로, 2007. 10. 10. 인천광역시 공고 제2007-1033호로 2008. 12. 27.까 지로, 2008. 12. 22. 인천광역시 공고 제2008-1373호로 2009. 12. 27.까지로, 2009. 12. 21. 인천광역시 공고 제2009-1460호로 2010. 3. 27.까지로 각 변경하는 내용의 사업계획변경인가 ・ 공고를 하였다.

마) 원고는 이 사건 토지를 취득한지 약 5년 11개월이 경과한 2007. 11. 22. 김 AA에게 이 사건 토지를 양도하고 소유권이전등기를 마쳐주었는데, 원고와 원고의 세대원들은 이 사건 토지를 취득한 때부터 양도할 때까지 다른 주택을 보유하고 있지 않았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 인천광역시 개발계획과와 인천광역시 서구청 도시개발과에 대한 각 사실조회 회선, 변론 전체의 취지

2) 판단

가) 소득세법상 '비사업용 토지'의 판단 기준

(1) 소득세법 제104조의3 제1항 본문, 같은 항 제4호 (다)목에 따르면 '대통령령이 정하는 기간 동안' 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 '토지의 이용상황 ・ 관계 법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 감안하여 거주 또는 사업과 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령이 정하는 것'이 아닌 토지는 비사업용 토지에 해당한다. 그리고 구 소득세법 시행령(2008. 2. 22. 대통령령 제20618 호로 개정되기 전의 것 이하 '소득세법 시행령'이라 한다) 제168조의6 제1호 각 목에 의하면 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우 위 '대통령령이 정하는 기간'은 ① 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간, ② 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간, ③ 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간의 모두에 해당하는 기간을 말한다. 또한 소득세법 시행령 제168조의11 제l항 제13호는 위 '거주 또는 사업과 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령이 정하는 것'의 하나로 주택을 소유하지 아니하는 1세대가 소유하는 1필지의 나지로서 주택 선축의 가능여부 등 을 고려하여 기획재정부령이 정하는 기준(법령의 규정에 따라 주택을 신축할 수 없거나 제한되지 않는 대지)에 해당하는 토지(660㎡ 이내에 한한다)를 들고 있다.

(2) 한편, 소득세법 제104조의3 제2항에 따르면, 토지의 취득 후 법률의 규정으로 인한 사용의 금지 그 밖에 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다. 이에 따라 마련된 소득세법 시행령 제168조의14 제1항 제4호, 소득세법 시행규칙 제83조의5 제1항 제12호에 따르면 '당해 토지를 취득한 후 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지'는 그러한 사유가 존재하는 기간 동안 소득세법 제104조의3 제1항이 정한 비사업용 토지에 해당하지 아니하는 토지로본다.

(3) 결국, 문제되는 토지가 소득세법 제104조의3 제1항 각 호에 해당하더라도, 그 토지를 소유한 기간이 5년 이상인 경우, 같은 조 제2항, 소득세법 시행령 제168조 의14 제1항 각 호가 정한 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있고, 그 기간이 ① 양도일 직전 5년 중 3년 이상이거나, ② 양도일 직전 3년 중 2년 이상이거나, ③ 소유자가 그 토지를 소유한 기간의 100분의 80 이상인 경우에는 비사업용 토지에 해당하지 아니한다.

나) '정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지'에 해당하는지 여부

(1) 이 사건과 같이 토지를 취득할 당시 이미 토지구획정리사업이 시행되고 있었으나 그 후 사업 계획이 변경되어 사업 기간이 연장된 경우, 이는 원고의 책임에 속하지 않는 정당한 사유로 당초 예상과 달리 토지를 사업에 사용할 수 없는 경우에 해당하므로, 그 토지는 소득세법 시행령 제168조의14 제1항 제4호, 소득세법 시행규칙 제83조의5 제1항 제12호에 따라 '정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지'에 해당하고, 이 경우 당초의 토지구획정리사업 사업기간 종료일 이후부터 사업기간이 연장된 기간 동안은 '당해 사유가 발생한 기간'으로서 비사업용 토지에 해당하지 아니한다.

(2) 이에 대하여 피고는, 원고가 2001. 12. 10. 이 사건 토지를 취득할 당시 이미 토지구획정라사업이 진행되고 있어 사용이 제한된 토지였으므로, "당해 토지를 취득한 후 …정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지"라는 소득세법 시행 규칙 제83조의5 제1항 제12호가 정한 요건에 해당하지 않고, 원고는 비사업용 토지에 해당하는 이 사건 토지를 6년 11월 정도 가지고 있다가 양도하고 취득 가액의 약 2.5 배에 달하는 고액의 양도 차익을 실현하였고, 기반시설공사가 끝난 2007. 4. 3. 직후 이 사건 토지를 양도하였으며, 통상 토지구획정리사업은 시행자의 사정으로 사업계획이 얼마든지 변경될 수 있고 실제 빈번하게 사업계획이 변경되는 경우가 대부분이어서 원고는 사용이 제한된 토지를 위험을 감수하고 취득하였으므로 비사업용 토지로 보지 않는 경우에 해당할 수 없다는 취지의 주장을 한다. 그러나 앞서 본 법령 문언 취지를 종합하면, 그와 같은 토지구획정리 사업의 사업계획 변경이 없었다면 이 사건 토지를 사용할 수 있었는데, 원고가 이 사건 토지를 취득한 후 이 사건 토지구획정리 사업계획의 변경으로 사업 기간이 연장됨으로 말미암아 이 사건 토지가 사업에 사용하지 아니하게 된 경우에 해당한다고 보지 않을 수 없어, 앞서 본 법령에 따라 이 사건 토지 는 이 사건 토지 취득 후 토지구획정리 사업의 사업 기간이 연장된 기간 동안 비사업용 토지에 해당하지 않게 되었다. 피고의 주장은 받아들이지 않는다.

(3) 앞서 본 것처럼 원고가 이 사건 토지를 취득할 당시 예정되어 있던 이 사건 토지구획정리사업의 사업 기간은 2003. 12. 27.까지였으나, 원고가 이 사건 토지를 취득한 후 양도할 때까지의 기간 동안 네 차례에 걸쳐 이 사건 토지구획정리사업계획이 변경되어 사업 기간이 2008. 12. 27.까지로 연장되었으므로, 당초의 사업기간 종료일 다음날인 2003. 12. 28.부터 원고가 이 사건 토지를 양도한 2007. 11. 22.까지는 이 사건 토지가 그 취득 후 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지로서 비사업용 토지에 해당하지 아니한다고 보아야 한다. 따라서 이 사건 토지는 소득세법 시행령 제168조의6 제1호 각 목에서 정한 비사업용 토지의 기간 기준을 만족하지 못하므로(2004. 11. 22.부터 2007. 11. 21.까지 양도일 직전 3년의 기간이 모두 비사업용 토지에 해당하지 아니하는 기간이다) 비사업용 토지에 해당하지 않는다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용한다.