관계 법령과 기록에 비추어 살펴보면, 이러한 원심의 사실인정과 판단은 옳은 것으로 수긍이 가고, 거기에 채증법칙 위반 또는 심리미진으로 사실을 오인하거나 관계 법리를 오해한 위법이 있다고 할 수 없다. 그리고 원고의 공장이 위와 같이 이전조건부등록공장에 해당되고 그 등록이 피고의 위법한 행정지도로 인한 것이라고 볼 자료가 없으므로, 이 점을 다투는 상고이유의 주장은 받아들일 수 없다.

2. 수질환경보전법 부칙 제4조 제1항과 대기환경보전법 부칙 제4조 제1항은 각 "이 법 시행당시 종전의 환경보전법 제15조 제1항 또는 제2항 의 규정에 의하여 배출시설의 설치 또는 변경에 대한 허가를 받은 자는 제10조 제1항 또는 제2항 의 규정에 의한 허가를 받은 것으로 본다."고 규정되어 있는바, 원고의 공장에 대하여는 1983. 3. 9. 구 환경보전법(1990. 8. 1. 법률 제4257호로 폐지) 제15조 제1항 의 규정에 따라 피고로부터 배출시설 설치허가를 받은 바 있었으므로, 이 사건 폐수배출시설에 대하여는 수질환경보전법 제10조 제1항 에 의한 설치허가를 받은 것으로, 대기배출시설에 대하여는 대기환경보전법 제10조 제1항 에 의한 설치신고가 수리된 것으로 간주된다고 할 것이다.

그런데 기록에 의하면, 원고는 1997. 10. 24. 피고에 대하여 "1999. 6. 30.까지 현 소재지의 공장을 폐쇄하고 양문산업단지로 공장을 이전하겠다."는 취지의 공장이전서약서를 제출하였고, 피고는 통상산업부 고시 제1997-118호 '임진강유역 조건부등록공장의 조건이행기한 연장 및 정리에 관한 사항'에 따라 1997. 12. 2. 같은 취지의 조건을 붙여 이전조건부 공장등록증을 교부하였으며, 1998. 4. 14. 유효기간을 1999. 6. 30.까지로 하여 수질환경보전법에 따른 폐수배출시설 설치허가 및 대기환경보전법에 따른 대기배출시설 설치신고 수리를 한 사실을 알 수 있는바, 이에 의하면, 피고는 그 1998. 4. 14.자 폐수배출시설 설치허가 및 대기배출시설 설치신고 수리처분으로써 종전의 폐수배출시설 설치허가 및 대기배출시설 설치신고 수리로 간주되는 처분을 실질적으로 취소 또는 변경하였다고 봄이 상당하고, 이러한 종전의 설치허가 및 설치신고 수리로 간주되는 처분의 취소 또는 변경이 당연무효라고 볼 수 없으며, 또 원고가 그 각 처분에 대해 소정의 기간 내에 불복한 바도 없다.

따라서 그 새로운 설치허가 및 설치신고 수리처분에 부가된 조건에 따라 그 유효기간이 경과됨으로써 그 설치허가 및 설치신고 수리처분의 효력도 소멸되었다고 할 것이므로, 이러한 사실에 기초를 두고 수질환경보전법 제21조 제1항 , 대기환경보전법 제21조 제1항 에 근거하여 한 이 사건 폐수배출시설과 대기배출시설 폐쇄명령은 적법한 것으로 보아야 한다.

원심의 판단은 다소 미흡한 점이 있기는 하나, 결국 이러한 취지로서 옳은 것으로 수긍이 가고, 거기에 채증법칙 위반 또는 심리미진으로 사실을 오인하거나 관계 법리를 오해한 위법이 있다고 할 수 없다.

3. 그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여 관여 법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.