2. 원고의 청구를 기각한다.

3. 소송총비용은 원고가 부담한다.

피고가 2008. 6. 13. 원고에 대하여 한 별지 부과처분목록 기재 부가가치세 및 법인 세 부과처분을 각 취소한다.

2. 항소취지

주문과 같다.

가. 원고는 1994.경 서울 AA구 AA동 77 일원에서 대지면적 980.8평, 연면적 11,690평(지하 6층, 지상 15층) 규모의 업무용 빌딩 및 호텔을 신축하는 내용의 부동산 개발을 계획하였다.

나. 한편, 원고 및 원고의 당시 대표이사이던 최CC, 최CC의 자녀이자 원고의 임원인 최AA, 최BB는 아래 표와 같이 서울 AA구 AA동 66 토지 등을 각 취득하였다.

(아래 표 생략)

다. 서울특별시장은 2000. 7. 25. 서울 AA구 AA동 77 일대 8,149.9㎡(이후 8.163.3㎡로 늘어났다)를 AA구역 도심재개발구역으로 지정 ・ 고시(서울특별시 고시 제 2000-197호)하였다.

라. XX씨디 주식회사는 2002. 7. 24. 도심재개발사업시행인가신청을 하였고, 서울 종로구 도시계획위원회는 2002. 10. 11. XX씨디 주식회사를 시행자로 하는 사업시행 인가를 조건부로 결정하였고, 이에 서울특별시 종로구청장(이하 '종로구청장'이라 한다) 은 2003. 2. 24. XX씨디 주식회사를 시행자로 한 AA구역 도심재개발사업시행을 인 가하였다.

마. 이에 AA구역 도시재개발구역 내에 토지를 소유하고 있던 최BB가 2002. 11. 21.경 종로구청장을 상대로 서울행정법원 2002구합38726호로 위 AA구역 도심재개발 사업시행인가처분의 취소를 구하는 내용의 소(이하 '1차 소송'이라 한다)를 제기하였고, 서울행정법원은 2003. 5. 1. 위 도심재개발사업시행인가처분을 취소한다는 판결을 선고 하였으며, 이에 종로구청장이 항소 및 상고를 제기하였으나 모두 기각되어 2005. 3. 11. 위 판결이 확정되었는데, 위 1차 소송에 원고, 최CC, 최AA가 원고보조참가인으로 참가하였다.

바. 한편, 원고는 2005. 3. 22. 최CC 등 임원이 소유한 토지에 대한 토지사용승낙서를 첨부하여 서울 AA구 AA동 77, 43, 44-1, 64, 66 대 1.126.54㎡ 지상 지하 2층, 지상 11층 연면적 4,790.74㎡ 건물과 같은 동 80 대 341.65㎡(이하 위 토지 전부를 합하여 '이 사건 각 토지'라 한다) 지하 2층, 지상 10층, 연면적 2,280.82㎡ 건물의 건축 허가신청을 하였으나, 2005. 6. 16. 종로구청장으로부터 이마 결정된 AA 도심재개발 구역에 적합하지 않다는 이유로 건축허가신청 반려통지를 받았다. 이에 원고는 2005. 7. 25. 서울행정법원 2005구합22746호로 건축허가신청반려처분취소를 구하는 소(이하 '2차 소송'이라 한다)를 제기하였으나, 서울행정법원은 2006. 1. 10. 원고의 청구를 기 각하였고, 이에 원고가 항소 및 상고를 제기하였으나 모두 기각되었다.

사. 원고는 이 사건 각 토지와 관련한 소송비용인 868,932,958원(= 1차 소송비용 768,719,418원 + 2차 소송비용 100,213,540원), 재산세 등 유지관리비 19,106,610원을 2002 ~ 2005사업연도 손금에 산입하고 해당 매입세액을 공제하였으나, 피고는 1차 소송비용과 유지관리비를 업무와 관련 없는 비용으로 보아 손금불산입하고 같은 비용과 관련된 부가가치세를 매입세액 불공제하는 것으로 하여 2002 ~ 2006사업연도 법인세 및 부가가치세 348,782,610원을 과세예고통지하였다.

아. 원고는 이에 불복하여 2007. 1. 11. 과세전적부심사청구를 제기하였고, 피고는 2008. 3. 31. 과세전적부심사에서 1차 소송비용(768,719,418원)은 해당 사업연도 기준 최BB, 원고, 최CC, 최AA 각 소유 토지 시가 평가 합계액에서 원고 소유 토지의 기준시가 평가액이 차지하는 비율에 해당하는 금액만을 손금으로 보고, 유지관리비는 업무무관 비용으로 보아 해당 매입세액을 불공제하여 2008. 6. 13. 원고에게 아래 표와 같이 2002~2006 사업 연도 법인세 합계 271,428,110원, 2002년 2기~2006년 1기 부가가치세 합계 45,856,890원을 경정 ・ 고지하였다.

(아래 표 생략)

자. 원고는 이에 불복하여 2008. 9. 8. 심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 2010. 2. 5.경 유지관리비(19,106,610원)는 손금에 산입하는 것이 타당하다는 일부 인용 결정 을 하였으며, 이에 따라 피고는 2010. 2. 23. 아래 표와 같이 법인세를 감액경정하여 원고에 대한 2002~2006사업연도 법인세 및 2002년 2기~2006년 1기 부가가치세는 별지 부과처분목록 기재 각 법인세 및 부가가치세가 남게 되었다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

(아래 표 생략)

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 16호증, 을 제1 내지 19호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자들의 주장

(1) 원고의 주장

1차 소송은 원고가 그 주요 목적사업인 도심재개발사업을 추진하기 위하여 또는 그 일환으로써 제기한 것이고, 1차 소송의 승패에 따른 효익의 대부분도 원고가 얻게 되는 점, 따라서 그 소송비용의 대부분을 원고가 부담한 점 등에 비추어 보면, 원고가 부담한 위와 같은 소송비용은 그 전부가 원고의 도심재개발사업과 관련한 비용이므로 손금에 포함시켜야 할 것임에도, 이와 달리 이 사건 각 토지의 기준시가 보유 비율에 따라 원고에 대한 안분액 이외의 부분은 원고의 업무와 관련 없는 비용으로 보고 한 이 사건 처분은 위법하다. 더욱이 원고가 부담한 소송비용은 법인세법 제19조에서 규정하는 손금에 해당한다.

(2) 피고의 주장

1차 소송의 당사자는 원고를 포함한 최 영 환 등 이 사건 각 토지 의 소유자들이고, 소송에 따른 효익은 AA구역 도심재개발사업 계획구역 안의 토지 소유자를 포함하여 소송의 당사자들 모두에게 돌아가는 것이 명백하므로 1차 소송비용 전부가 원고에게만 귀속된다고 볼 수 없으며, 소송의 승소시 원고 및 최CC 등의 토지 소유비율에 따라 이해관계가 발생하므로 1차 소송의 비용은 원고가 전액 부담할 것이 아니라 토지소유 자인 개인이 부담하는 것이 타당하다 할 것이므로, 1차 소송비용을 최BB, 원고, 최CC, 최AA가 각 보유한 토지의 기준시가로 안분하여 법인세 등을 부과한 이 사건 처분은 적법하다(이하, 원고가 보유한 토지를 최BB, 원고, 최CC, 최AA가 각 보유한 토지의 기준시가로 안분한 원고의 지분을 '이 사건 보유지분'이라 한다).

특히 법인세법 제19조 제2항은 "손비는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다 고 규정하고 있는바, 1차 소송비용 중 원고가 이 사건 보유 지분을 넘어서 부담한 소송비용은 최CC, 최BB, 최AA가 부담하여야 할 비용을 대신 지급 한 것으로 이례적인 것에 해당하므로, 이 부분 소송비용은 손금의 요건 중 통상성을 갖추지 못하였다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 인정사실

(1) 원고는 1964. 8. 17. 설립된 법인으로서, 그 목적사업은 광산개발사업, 비소광석 가공 및 안료제조업(1999. 3. 5. 추가), 국내외 무역 및 대리점업, 부동산임대업, 합성수지 제조 판매업, 전자제품 제조 판매업, 음향 및 영상기기 제조업, 위 각 사업과 관련된 부대사업, 재개발사업 및 건축사업(1999. 3. 5. 추가)으로 되어 있다.

(2) 대차대조표에 나타난 원고의 분야별 매출액 구성은 아래 표와 같다.

(아래 표 생략)

(3) 원고는 AA구역 도심재개발구역 지정 ・ 고시 이후 도심재개발사업의 추진 및 시행에 주력하여, 2001. 9.경 OO웨이브, 주식회사 △△랜드 및 주식회사 □□ Korea에게 위 재개발사업의 시행대행용역을 발주하였다.

(4) 그런데 XX씨디 주식회사를 시행자로 한 위 AA구역 도심재개발사업시행인가 조건부 결정으로 인하여 이 사건 각 토지 위에 빌딩을 신축하려던 원고의 계획이 무산될 처지에 놓이게 되었다. 이에 원고의 임원이면서 당시 원고의 대표이사인 최CC의 딸인 최BB는 이DD 변호사의 자문을 거쳐 1차 소송을 제기하였고, 원고 및 당시 원고의 대표이사인 최CC, 원고의 임원이면서 최CC의 딸인 최AA는 AA법률사무소의 법률자문을 거쳐 위 법률사무소를 소송대리인으로 선임하여 원고 명의로 소송을 제기할 계획이었다가, 최BB가 이미 위와 같이 1차 소송을 제기하였으므로 동일 사안에 대한 중복 회피, 소송기간 단축, 소송대리인의 편의 등을 위하여 보조참가인으로 참가하여 소송을 수행하기로 하였다.

(5) 원고는 1차 소송과 관련하여 소송위임 계약 등을 체결하고, AA법률사무소 등 소송대리인에게 아래 표와 같이 722,681,000원을 지급하였다. 1차 소송의 원고였던 최BB, 보조참가인이었던 이 사건의 원고, 최CC, 최AA는 공동으로 변호사 한EE, 주FF, 노GG, 허HH을 소송대리인으로 선임하였고 그 변호사 보수는 원고가 단독으로 부담하였다.

(아래 표 생략)

(6) 이 사건 각 토지에 대하여, 기준시가에 의한 2006년 6월 현재 지분비율은 원고 12.42%, 최CC 57.09%, 최AA 25.88%, 최BB 4.61%이다.

[인정근거] 앞서 든 증거들, 제1심 증인 신KK의 증언

라. 판단

(1) 법인세법의 손금과 관련된 법리

법인세법 제19조 제1항은 "손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다 라고 규정하면서, 다시 제2항에서는 "제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이 거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다 라고 규정하고 있다.

법인세법 제19조 제2항에서 규정하고 있는 손금의 요건은 먼저 "사업과 관련하여 발생하거나 지출될 것"을 의미하는 사업관련성 요건, "일반적으로 용인되는 통상적인 것"을 의미하는 통상성, "수익과 직접 관련된 것"인 수익관련성을 요건으로 한다.

위 요건들과의 관계에 있어서는 "사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서"라는 부분은 "일반적으로 용인되는 통상적인 것"이라는 부분만을 수식하는 것으로 봄이 상당하고, 따라서 법인세법상의 손금은 "사업관련성과 통상성을 동시에 갖춘 것" 또는 "수익관련성의 요건을 갖춘 것"이라고 봄이 타당하다.

(2) 공동소송의 소송비용과 관련된 법리

민사소송법 제102조 제1항은 "공동소송인은 소송비용을 균등하게 부담한다 고 규정하여 공동소송인의 소송비용 균등분담의 원칙을 규정하고 있다.

이에 따라 수인의 공동소송인이 공동으로 변호사를 선임하여 소송을 수행하게 한 경우에, 특별한 사정(예컨대 그 공동소송이 실질적으로는 독립소송이나 다름없을 정도로 공동소송인 사이에 관련성이 희박하면서도 형식상으로만 공동소송으로 되어 있다는 등)이 없는 한, 그 공동소송인들이 지급하였거나 지급할 변호사보수를 소송비용에 산입함에 있어서는, 각 공동소송인별로 소송목적의 값을 정하여 위 규칙 제3조에 의한 변호사보수를 각 개인별로 산정한 다음 이를 합산할 것이 아니라, 동일한 변호사를 선임한 공동소송인들의 각 소송목적의 값을 모두 합산한 총액을 기준으로 위 규칙 제3조에 따른 비율을 적용하여 변호사보수를 산정하여야 할 것이다(대법원 2001. 9. 3. 선고 2000마4624 판결 , 2001. 8. 13. 자 2000마7028 결정 등 참조),

(3) 쟁점의 정리

최BB가 제기한 1차 소송에 원고, 최CC, 최AA가 최BB를 위하여 보조참가를 하면서 원고가 이 사건 보유지분을 넘어서 최BB, 최CC, 최AA에 대한 소송비용을 모두 부담한 사실은 앞서 인정한 바와 같은바, 이러한 원고의 1차 소송비용 부담행위를 법인의 손금으로 인정할 수 있는지 여부가 이 사건의 쟁점이다(원고의 1차 소송비용 부담행위의 손금 인정 여부에 따라 2002년 내지 2006년 부가가치세 부과처분의 취소 여부도 결정된다).

특히 1차 소송은 AA구역 도심재개발구역 내에 토지를 소유하고 있던 최BB가 종로구청장을 상대로 소송을 제기하여 XX씨디 주식회사의 인가신청이 구 도시재개발 법 소정의 동의요건을 갖추지 못하여 부적법하다는 등의 주장을 하면서 AA구역 도심 재개발 사업시행인가처분의 취소를 구하는 내용의 사안에 해당하는데, 이러한 사업시행인가처분의 취소를 구하는 소송은 재개발구역 내에 토지를 소유하고 있는 사람들에게 모두 영향을 미치는 소송에 해당하는 점도 고려하여야 한다.

따라서 아래에서는 원고의 1차 소송비용이 법인세법 제19조 제2항에서 규정하고 있는 손금의 요건 중 "사업관련성과 통상성을 동시에 갖춘 것" 또는 "수익관련성"의 요건을 갖출 것인지에 관하여 살피도록 한다.

(4) 사업관련성에 관한 검토

먼저 원고가 1차 소송과 관련하여 지출한 소송비용이 원고의 사업과 관련하여 지출된 비용인지 여부에 관하여 보건대, 앞서 본 바와 같이 원고는 1994.경 AA지구 내에 있는 원고의 임원인 최BB, 최CC 등 소유인 서울 AA구 AA동 77 등 토지의 지상에 업무용 빌딩 및 호텔을 신축하는 것을 그 내용으로 하는 부동산개발계획을 세웠고, 위 부동산개발을 위하여 1994. 12. 31.부터 1997. 8. 4.까지 사이에 4회에 걸쳐 AA동 66, 44-1, 43, 44-5 토지를 매입하기도 한 사실, 원고는 1999. 3. 5.경 정관상 '재개발 사업 및 건축사업'을 목적사업에 추가하였고, AA구역의 도심재개발사업이 추진되자 원고도 도심재개발사업의 추진 및 시행에 주력하여, 2001. 9.경 OO웨이브, 주식회사 △△랜드 및 주식회사 □□ Korea에게 위 재개발사업의 시행대행용역을 발주한 사실, 그러나 서울 종로구 도시계획위원회의 XX씨디 주식회사를 시행자로 하는 사업시행인가 조건부 결정 및 이에 기한 종로구청장의 사업시행인가로 인하여 이 사건 각 토지 위에 빌딩을 신축하려는 원고의 계획이 무산될 처지에 놓이게 되자, 원고는 이를 다투기 위하여 AA법률사무소를 소송대리인으로 선임하여 1차 소송에 참가하였고 이와 관련하여 각종 비용을 지출하게 된 사실, 원고는 1차 소송에서 2005. 3. 11. 최종적으로 승소 확정되자, 같은 달 22. 최CC 등 임원이 소유한 토지에 대하여 토지 사용승낙을 받아 이 사건 각 토지 위에 빌딩 건축허가신청을 한 사실을 인정할 수 있는 바, 위와 같은 사실관계 의하면 원고가 1차 소송을 하게 된 것은 주로 이 사건 각 토지 위에 업무용 빌딩을 신축하여 '재개발 사업 및 건축사업, 부동산임대업' 등 원고 의 목적사업을 위한 것이므로, 1차 소송과 관련하여 원고가 지출한 비용은 원고의 사업과 관련하여 발생한 비용으로 봄이 상당하다 할 것이다.

(5) 통상성에 관한 검토

법인세법 저1119조 제2항에서 손금의 요건으로 규정하고 있는 "일반적으로 용인되는 통상적인 비용"이라 함은 납세의무자와 같은 종류의 사업을 영위하는 다른 법인도 동일한 상황 아래에서는 지출하였을 것으로 인정되는 비용을 의미하고, 그러한 비용에 해당하는지는 지출의 경위와 목적, 형태, 액수, 효과 등을 고려하여 객관적으로 판단하여야 할 것인바(대법원 2009. 11. 12. 선고 2007두12422 판결 등 참조), 원고가 1차 소송과 관련하여 이 사건 보유지분을 초과하여 지출한 소송비용이 법인세법 제19조 제2 항에서 규정하는 "일반적으로 용인되는 통상적인 것"인지 여부에 관하여 보건대, 관련 법리 및 앞서 든 증거들에 을 제21호증의 1, 2의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들 즉, ① 1차 소송은 AA구역 도심재개발 구역 내에 토지를 소유하고 있던 최BB가 AA구역 재개발사업시행인가 취소소송을 제기하였고, 원고, 최CC, 최AA는 보조참가인으로 1차 소송에 참가한 점, ② 1차 소송의 내용은 최BB가 XX씨디 주식회사의 인가신청이 구 도시재개발법 소정의 동의요건을 갖추지 못하여 부적법하다는 주장을 하면서 AA구역 도심재개발 사업시행인가처분의 취소를 구하는 사안에 해당하는데, 이와 같이 사업시행인가처분의 취소를 구하는 소송은 재개발구역 내에 토지를 소유하고 있는 사람들에게 모두 영향을 미치는 소송에 해당하는 점, ③ 비록 최BB, 원고, 최CC, 최AA가 서로 이해관계를 같이하기는 하지만, 최BB, 원고, 최CC, 최AA가 모두 독립하여 AA구역 도심재개발사업 지역 내에 토지를 소유하고 있었을 뿐만 아니라, 최CC과 최AA는 위 토지 소재지에서 .부동산 임대 내지 주차장 등의 사업을 한 사실도 있어 최BB, 원고 최CC, 최AA는 고유의 이해관계에 따라 1차 소송을 제기할 수 있는 점, ④ 공동소송인은 소송비용을 균등하게 부담하는 것이 원칙일 뿐만 아니라, 법률적으로 보조참가인은 당사자의 승소보조자에 불과하여 피참가인을 보조하기 위하여 참가하는 자로서 소송당사자가 부담할 비용을 보조참가인이 부담하는 것은 합리적이라고 볼 수 없는 점(원고의 보조참가는 법률적으로 본소의 판결이 참가인에게도 미치는 경우인 공동소송적 보조참가에 해당한다고 보이나, 공동소송적 보조참가라고 하더라도 이와 달리 판단할 이유가 없다), ⑤ 1차 소송의 승소로 원고는 AA구역 도심재개발사업을 원고가 시행할 수도 있는 반사적인 이익을 얻었을 것으로 보이나, 1차 소송의 승소 등 원고의 노력에도 불구하고 결국 ◇◇레스코 주식회사가 2008. 2. 27. 서울특별시 종로구 고시 제2008-5호로 AA구역 도시 환경정비사업의 사업시행인가를 받고, 현재 도시환경정비사업이 진행 중에 있는 점 등을 모두 종합하여 보면, 원고가 이 사건 보유지분을 초과하여 1차 소송비용을 모두 부담한 것은 실질적으로 원고와 특수관계에 있던 최BB, 최CC, 최AA가 지출해야 할 비용까지를 원고가 대신 지급한 것으로 봄이 상당하고, 비록 사업관련성이 인정된다고 하더라도 "일반적으로 용인되는 통상적인 비용"에 해당한다고는 볼 수 없다.

(6) 수익관련성에 관한 검토

사업관련성 및 통상성의 요건을 모두 결여하거나 일부를 결여한 경우에도 법인의 수익과 직접 관련이 있는 것은 손금에 해당한다고 할 것이므로, 원고가 1차 소송과 관련하여 이 사건 보유지분을 초과하여 지출한 소송비용이 법인세법 제19조 제2항에서 규정하고 있는 "수익과 직접 관련된 것"인지 여부에 관하여 보건대, 위 요건은 원고의 비용이 수익과 "직접" 관련된 경우에만 인정된다고 할 것인데, 1차 소송의 승소 등 원고의 노력에도 불구하고 결국 ◇◇레스코 주식회사가 2008. 2. 27. 서울특별시 종로구

고시 제2008-5호로 AA구역 도시환경정비사업의 사업시행인가를 받고, 현재 도시환경 정비사업을 진행 중에 있는 점을 앞서 본 바와 같으므로, 원고가 이 사건 보유지분을 초과하여 1차 소송비용을 모두 부담한 것을 법인세법 제19조 제2항에서 규정하고 있는 "수익과 직접 관련된 것"에 해당한다고 볼 수 없다.

(7) 소결론

따라서 원고가 이 사건 보유지분을 초과하여 지출한 1차 소송비용은 법인세법 제19조 제2항에서 "손금의 요건"으로 규정된 "사업관련성과 통상성을 동시에 갖춘 것" 또는 "수익관련성"의 요건을 갖춘 것이 아니어서 법인세법상 손금으로 볼 수 없다. 이를 전제로 한 피고의 이 사건 처분은 적법하다. 결국 원고의 주장은 모두 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 피고의 항소는 이유 있어 제1심 판결을 취소하고 원고의 청구를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.