2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2016. 10. 18. 원고에 대하여 한 부가가치세 2011년 제2기 44,161,260원, 2012년 제1기 24,655,980원, 2012년 제2기 63,258,810원, 2013년 제1기 12,704,870원, 2014년 제2기 35,248,170원, 2015년 제1기 62,238,190원, 2015년 제2기 89,592,270원의 부과처분을 모두 취소한다.

가. 원고는 토목건축공사업 등을 목적으로 하는 법인으로 주식회사 YY주택과 특수관계에 있다.

나. 원고는 시행사인 주식회사 YY주택(이하 '이 사건 시행사'라 한다)과 사이에2011. 8. 10. 광주 남구 BB동 YYPPPPP 아파트 신축공사에 관하여 계약금액 28,332,291,460원의 도급계약을 체결하고, 2014. 7. 1. 전북 완주군 GG YYPPPPP 아파트 신축공사에 관하여 계약금액 37,417,347,000원으로 하는 도급계약을 체결하여 이를 시공하였다. 위 각 아파트는 전부 국민주택 규모 이하의 아파트로, 이 사건 시행사가 아파트 전 세대에 관하여 발코니 확장형으로 사업을 진행하여 원고는 위 각 아파트 전 세대에 발코니 확장공사를 시공하였다(이하 위 각 아파트를 '이 사건 국민주택'이라 하고, 이 사건 국민주택에 대하여 한 발코니 확장공사를 '이 사건 발코니 공사'라 한다).

다. 원고는 2011년 제2기부터 2015년 제2기까지의 부가가치세를 신고하면서, 이 사건 발코니 공사 용역(이하 '이 사건 용역'이라 한다)의 공급이 부가가치세 면세대상인 이 사건 국민주택의 공급에 포함되는 것으로서 부가가치세 면세대상에 해당한다고 판단하여 이 사건 발코니 공사에 대한 부가가치세를 면세로 신고하였다.

라. 광주지방국세청장은 2016. 7. 5.부터 2016. 9. 1.까지 원고에 대한 법인통합조사를 실시한 결과, 피고에게 이 사건 용역이 부가가치세 과세대상에 해당한다는 과세자료를 통보하였다. 이에 피고는 2016. 10. 18. 원고에 대하여 2011년 제2기 44,161,260원, 2012년 제1기 24,655,980원, 2012년 제2기 63,258,810원, 2013년 제1기 12,704,870원, 2014년 제2기 35,248,170원, 2015년 제1기 62,238,190원, 2015년 제2기 89,592,270원의 부가가치세(가산세 포함)를 경정・고지하였다.

마. 원고는 이에 불복하여 2017. 1. 13. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2017. 4. 17. 원고의 위 심판청구를 기각하였다.

바. 한편, 피고는 위 심판청구와 관련한 원고의 현장별 공통매입세액 적용 주장이 이유가 있다고 보아 2017. 3. 22. 원고에 대하여 부가가치세 2011년 제2기 1,156,980원, 2012년 제1기 215,960원, 2012년 제2기 515,930원, 2013년 제1기 2,092,110원, 2014년 제2기 15,117,550원, 2015년 제1기 13,497,870원, 2015년 제2기 15,933,760원을 각 감액하여 재경정・고지하였다(이하 위와 같이 감액 경정된 후 남아 있는 부분을 '이 사건 처분'이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1, 2호증(각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 소 중 감액된 부분에 대한 취소청구 부분의 적법 여부

행정처분이 취소되면 그 처분은 효력을 상실하여 더 이상 존재하지 않으며, 존재하

지 않은 행정처분을 대상으로 한 취소소송은 소의 이익이 없어 부적법하다(대법원

2012. 12. 13. 선고 2012두18202 판결 등 참조).

직권으로 보건대, 앞서 본 것과 같이 피고가 2017. 3. 22. 원고에 대하여 부가가치세 2011년 제2기 1,156,980원, 2012년 제1기 215,960원, 2012년 제2기 515,930원, 2013년 제1기 2,092,110원, 2014년 제2기 15,117,550원, 2015년 제1기 13,497,870원, 2015년 제2기 15,933,760원을 각 감액하여 재경정・고지한 사실을 인정할 수 있으므로, 위 감액된 부분은 효력을 상실하여 더 이상 존재하지 아니한다.

따라서 이 사건 소 중 부가가치세 2011년 제2기 44,161,260원 중 43,004,280원, 2012년 제1기 24,655,980원 중 24,440,020원, 2012년 제2기 63,258,810원 중62,742,880원, 2013년 제1기 12,704,870원 중 10,612,760원, 2014년 제2기 35,248,170원 중 20,130,620원, 2015년 제1기 62,238,190원 중 48,740,320원, 2015년 제2기 89,592,270원 중 73,658,510원을 각 초과하는 부분에 대한 취소청구 부분은 소의 이익이 없어 부적법하다.

3. 나머지 취소청구 부분에 대한 판단

가. 원고의 주장

1) 이 사건 용역은 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호에 따라 부가가치세가 면

제되는 이 사건 국민주택 신축공사와 사실상 일체로 이루어지거나, 이 사건 국민주택 신축공사에 통상적으로 수반되는 것이므로 부가가치세 면제의 대상이다.

2) 피고는 부가가치세를 산정함에 있어 이 사건 국민주택을 기본형으로 시공하였을 경우와 발코니 확장형으로 시공하였을 경우의 공사대금을 비교하여 증가 부분에 한하여 이 사건 처분의 과세표준으로 하여야 함에도, 전체 공사대금에 대하여 이 사건 국민주택의 총 분양가액 중 시행사와 수분양자 사이에 체결된 발코니 확장공사 부분이 차지하는 비율을 곱하여 이 사건 용역의 공급가액을 특정하였다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 이 사건 처분의 적법 여부

1) 이 사건 용역의 공급이 부가가치세 면세대상에 해당하는지 여부

가) 구 조세특례제한법(2003. 12. 30. 법률 제7003호로 개정되기 전의 것) 및 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호, 조세특례제한법 시행령 제106조 제4항 제1호, 제 51조의2 제3항, 구 주택법(2015. 1. 6. 법률 제12989호 및 2016. 1. 19. 법률 제13782호로 개정되기 전의 것) 제2조 제3호는 부가가치세 면세대상의 하나로 주거전용면적 1세대당 85㎡ 이하인 국민주택을 들고 있다.

한편, 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 전부개정되기 전의 것) 제1조 제4항은 '주된 거래인 재화 또는 용역의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는

용역의 공급은 주된 거래인 재화 또는 용역의 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다'고 규정하고 있고, 제12조 제3항은 '면세되는 재화 또는 용역의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다'고 규정하고 있으며, 구 부가가치세법 시행령(2013. 6. 28. 대통령령 제24638호로 개정되기 전의 것) 제3조 제2호는 부가가치세법 제1조 제4항의 규정에 의하여 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 보는 재화 또는 용역의 하나로 '거래의 관행으로 보아 통상적으로 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급에 부수하여 공급되는 것으로 인정되는 재화 또는 용역'을 들고 있다. 부가가치세법 제14조 제1항 제2호는 '주된 재화 또는 용역의 공급에 부수되어 공급되는 것으로서 거래의 관행으로 보아 통상적으로 주된 재화 또는 용역의 공급에 부수하여 공급되는 것으로 인정되는 재화 또는 용역의 공급은 주된 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다'고 규정하고 있고, 제26조 제2항은 '면세되는 재화 또는 용역의 공급에 통상적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 그 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다'고 규정하고 있다. 어떤 거래가 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 필수적으로 부수되는 것에 해당하는지 여부는 구 부가가치세법 제1조 제4항 및 구 부가가치세법 시행령 제3조, 부가가치세법 제14조 제1항에 주의적으로 규정된 구체적 재화나 용역의 유형을 참고하되, 궁극적으로는 구체적 사실관계에 따라 거래내용, 생산과정 등을 종합적으로 고려하여 판단할 문제라 할 것이다(대법원 2008. 9. 25. 선고 2008다29895 판결 등 참조).

그리고 조세법률주의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하며, 합리적 이유 없이 확장・유추 해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합한다(대법원 2008. 10. 9. 선고 2008두11594 판결 등 참조).

나) 위 법령의 규정내용과 법리에 비추어 보건대, 앞서 든 증거들과 을 제3호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 용역이 거래의 관행으로 보아 이 사건 국민주택의 공급에 통상적으로 부수하여 공급되는 것이라거나 필수적으로 부수되는 것에 해당된다고 보기 어렵고, 이 사건 국민주택의 공급과 독립된 별개의 거래로서 부가가치세 과세대상에 해당된다고 할 것이며, 원고가 아파트 전 세대를 발코니 확장형으로 사업을 진행한 이 사건 시행사로부터 아파트 신축공사와 발코니 확장공사를 하나의 도급계약에 의하여 도급받았고 공사대금을 일괄하여 정하여 지급받았다고 하더라도 달리 볼 것은 아니다.

(1) 이 사건 국민주택은 발코니와 구조적으로 구분되어 있고, 부가가치세 면세대상인 국민주택은 이 사건 국민주택에 한정된다.

(가) 발코니는 건축물의 내부와 외부를 연결하는 완충공간으로서 전망・휴식등의 목적으로 건축물 외벽에 접하여 부가적으로 설치되는 공간을 말한다(건축법 시행령 제2조 제14호). 2005. 12. 2. 대통령령 제19163호로 건축법 시행령이 개정되어 제2조 제1항 제15호가 신설되면서 발코니 구조변경이 합법화되었는데(2008. 10. 29. 대통령령 제21098호로 개정되면서 조문 위치가 제2조 제14호로 이동하였다), 이는 입주자의 편의와 주거의 질적 향상을 위하여 건축물의 내부와 외부를 연결하는 완충공간인 발코니를 필요에 따라 거실・침실・창고 등 다양한 용도로 사용할 수 있도록 하기 위한것이다. 국민주택 공급 시 발코니를 확장하여야 하는 것은 아니고 국 민주택 공급 후에도 발코니 확장이 별개의 용역으로 공급될 수 있으므로, 발코니 확장은 국민주택의 공급에 필수적인 사항이 아니다.

(나) 발코니는 공동주택 외벽의 내부선을 기준으로 산정한 주거전용면적에 포함되지 않는데[구 주택법 시행령(2005. 3. 8. 대통령령 제18733호로 개정되기 전의것) 제3조 제2항, 구 주택법 시행규칙(2005. 3. 9. 건설교통부령 제427호 및 2016. 8. 12. 국토교통부령 제353호로 전부개정되기 전의 것) 제2조], 확장된 발코니 부분의 면적까지 고려할 경우 주택법상 국민주택으로 인정되는 면적을 초과하게 될 가능성이 있어 오히려 조세특례제한법에서 서민의 주거안정을 위해 국민주택 내지 그 건설용역을 부가가치세 면세대상으로 규정한 취지에 반한다.

(다) 구 건축법 시행령 제2조, 제46조 제4항의 위임에 따른 발코니 등의 구조변경절차 및 설치기준(2005. 12. 8. 건설교통부고시 제2005-400호로 제정된 것) 제9조에 의하면 건축물대장을 작성함에 있어 발코니 구조변경으로 인한 주거전용면적은주택법령에 따라 당초의 외벽의 내부선을 기준으로 산정한 면적으로 하도록 규정하고있다. 이는 발코니 구조변경이 있더라도 당초 국민주택규모 부분에 대한 세제혜택 등이 변함없이 적용될 수 있도록 하기 위한 것으로 보인다.

(라) 국민주택의 공급을 부가가치세 면제대상으로 규정한 구 조세특례제한법 및 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호는 건축법 시행령이 발코니 구조변경을 합법화하는 내용으로 개정되기 이전부터 존재하였던 규정이므로, 위 규정이 이 사건 국민주택의 공급을 넘어 발코니의 확장공사의 공급까지 면제대상으로 하려는 취지라고보기 어렵다.

(2) 수분양자의 분양가격에는 이 사건 국민주택의 분양가격과 발코니 확장비용을 구분하게 되어 있다. 위 건축법 시행령의 개정에 따라 관련 규정들도 제정 또는 개정되었는데, ① 발코니 등의 구조변경절차 및 설치기준 제7조는 사업주체가 발코니 등 구조변경을하는 경우 주택공급 승인 신청을 함에 있어 분양가와 별도로 발코니 등 구조변경에 따른 비용을 제출하도록 하고, 주택의 공급을 위한 모집공고를 함에 있어서 위 각 비용일체를 공개하도록 규정하였고, ② 구 주택법(2014. 12. 31. 법률 제12959호로 개정되기 전의 것) 제38조 제1항 제3호 및 구 공동주택 분양가격의 산정 등에 관한 규칙 (2015. 12. 29. 국토해양부령 제268호로 개정되기 전의 것) 제3조, 제4조, 제7조에서도'분양가격에 포함되지 아니하는 품목'으로서 사업주체가 입주자모집공고에 제시하여 입주자에게 추가로 선택할 수 있도록 하는 품목으로 '발코니 확장'을 규정하면서, 사업주체가 발코니 확장을 추가선택품목으로 하는 경우 입주자모집공고에서 그에 따른 비용을 해당 주택의 분양가격과 구분하여 표시하도록 규정하였으며, ③ 건설교통부장관의 2006. 1. 16.자 공동주택의 발코니 설계 및 구조변경 업무처리 지침 등 관련 법령에서는 발코니 구조변경은 입주예정자의 선택사항으로서 사업주체로 하여금 입주예정자와 사이에 주택공급계약과 별도로 발코니 구조변경공사계약을 체결하도록 규정하였다.

(3) 이 사건 시행사의 수분양자에 대한 발코니 확장 공급은 이 사건 국민주택의 공급에 통상적 또는 필연적으로 부수된다고 볼 수 없으므로, 면세재화인 이 사건 국민주택의 공급과 별개로 부가가치세 과세대상으로 보아야 한다(대법원 2016. 1. 28. 선고 2015두48617 판결, 대법원 2014. 12. 11. 선고 2014두40036 판결 등 참조).

(가) 이 사건 시행사는 수분양자에게 이 사건 국민주택 전체 세대를 발코니확장형으로 정하여 공급함에 있어 이 사건 국민주택에 관한 분양계약서를 작성하는 것과는 별도로 발코니 확장계약서를 따로 작성하고 분양대금과 별도의 용역대금을 산정하여 수령하였다.

(나) 수분양자는 발코니 확장형으로 분양되는 이 사건 국민주택을 선택하여 분양계약을 체결하였고, 발코니 확장형을 원하지 않았다면 분양계약을 체결하지 않았을 것이다.

(다) 만약 이 사건 시행사가 특정 사업지구의 아파트 전체 세대를 발코니확장형으로만 공급하는 경우에는 발코니 확장의 공급이 부가가치세 면세대상에 해당되는 반면, 발코니 확장형과 발코니 비확장형으로 구분하여 공급하는 경우에는 발코니확장의 공급이 부가가치세 면세대상에 해당되지 않는다고 한다면, 발코니 확장의 부가가치세 면세대상 해당 여부를 이 사건 시행사의 의사나 선택에 좌우되도록 하는 부당한 결과가 초래된다.

(4) 원고의 이 사건 시행사에 대한 발코니 확장용역이 이 사건 국민주택 건설용역과 별개로 과세대상에 해당하는지 여부는 이 사건 시행사의 수분양자에 대한 발코니 확장 공급이 이 사건 국민주택 공급과 별개로 과세대상에 해당하는지 여부와 마찬가지로 취급하는 것이 타당하다.

(가) 구 조세특례제한법 및 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호, 같은 법시행령 제106조 제4항 제1, 2호는 부가가치세 면세대상의 하나로 '국민주택 및 당해 주택의 건설용역'을 나란히 열거하면서 동일하게 취급하고 있다. 국민주택과 그 건설용

역은 서민층의 주택복지 향상을 위하여 국민주택(재화) 그 자체뿐만 아니라 그를 건설하는 용역까지 면세하는 방법으로 주택가격을 저렴하게 하고자 하는 데 그 취지가 있다.

원고와 이 사건 시행사 사이의 이 사건 도급계약은 이 사건 시행사가 수분양자와 체결한 이 사건 국민주택 공급계약 및 발코니 확장 공급계약의 이행을 위하여 체결되었는데, 각 거래단계 모두 이 사건 국민주택과 확장된 발코니를 대상으로 하는 점은 동일하다. 위 규정은 각 거래단계별로 발생하는 이 사건 국민주택과 이 사건국민주택의 건설용역만을 면세대상으로 취급하고 있을 뿐이다.

(나) 이 사건 국민주택 건설용역과 발코니 확장 건설용역은 별개의 용역으로 구분된다. 원고는 이 사건 국민주택의 건설원가와 이 사건 발코니 확장의 건설원가를 각각 산출해 낸 다음 이 사건 시행사와 도급계약을 체결함에 있어 이 사건 국민주택 공사금액과 이 사건 발코니 확장 공사금액을 구분하여 공사대금을 정할 수 있었다.

시공사가 시행사와 국민주택 건설공사와 발코니 확장 공사에 관하여 별개의 계약을 체결하는 방법, 하나의 도급계약을 체결하더라도 각각의 계약금액을 구분하는 방법, 하나의 도급계약을 체결하고 단일한 계약금액을 정하더라도 전체 공사대금에서 발코니 확장 공사비를 정산하여 계산하는 방법으로 각각의 공급가액을 구분 산정하는 것은 충분히 가능하다. 이 사건 발코니 확장 건설용역이 이 사건 국민주택의 건설용역에 필수적으로 부수되는 것으로서 이 사건 발코니 확장 건설용역공급과 이 사건 국민주택 건설용역공급이 물리적으로 분리 불가능한 하나의 건설용역공급이라고 보기 어렵다. 원고와 이 사건 시행사가 이 사건 발코니 확장 공사와 이 사건 국민주택 건설 공사를 하나의 도급계약으로 체결하면서 각각의 공사대금을 구분하지 않고 일괄적으로 공사대금을 정하였고, 원고가 이 사건 시행사로부터 각각의 기성 공사대금을 구분하지 않고 일괄적으로 수령하였다는 사정만으로 달리 볼 수 없다.

(다) 원고는 수분양자가 발코니 확장형 아파트를 분양받기로 선택한 것을 전제로 하여 이 사건 시행사로부터 이 사건 국민주택 건설 공사와 발코니 확장 공사를 일괄 도급받아 시공하였으므로, 발코니 확장 공사도 수분양자의 선택에 따른 결과로볼 수 있다. 이 사건 국민주택 전체 세대가 발코니 확장형으로 공급된다고 하더라도, 그러한 사정만으로 원고가 공급한 발코니 확장용역의 성격이 달라진다고 보기 어렵다.

(라) 만약 원고가 이 사건 시행사로부터 이 사건 국민주택 건설 공사와 발코니 확장 공사를 도급받으면서 각각의 공사대금을 구분하지 않고 일괄로 공사대금을 정하는 경우에는 발코니 확장의 건설용역이 부가가치세 면세대상에 해당되고, 각각의공사대금을 구분하여 정하는 경우에는 발코니 확장의 건설용역이 부가가치세 면세대상에 해당되지 않는다고 한다면, 발코니 확장의 건설용역이 부가가치세 면세대상에 해당하는지 여부를 원고의 의사나 선택에 좌우되도록 하는 부당한 결과가 초래된다.

(마) 이 사건 시행사의 수분양자에 대한 발코니 확장 공급이 과세대상임에도 원고의 이 사건 시행사에 대한 발코니 확장 건설용역공급을 면세대상으로 볼 경우 누적효과에 의해 수분양자(최종 소비자)의 부가가치세 부담이 증가하는 결과가 발생할 수 있다. 전체 거래단계 중 중간단계를 면세하고 최종단계를 과세할 경우, 면세사업자로서는 전 단계에서 지급한 부가가치세를 공제받지 못하므로 이를 매입원가로 하여 물건 값에 포함시켜 공급하고, 다음 단계의 과세사업자는 매입세액 공제 없이 부가가치세가 포함된 위 공급금액을 매입원가로 하여 물건 값에 그대로 포함시켜 공급하면서 다시 그 전체에 대한 부가가치세를 거래 징수하여 납부함으로써 최종소비자의 부가가치세 부담이 증가하는 결과가 되는데, 이와 같이 거래단계 전체적으로 창출된 부가가치보다 더 많은 부가가치세가 과세되는 효과를 누적효과라 한다. 이는 수분양자의 부가가치세 부담을 덜어주기 위하여 국민주택 공급에 대하여 부가가치세를 면제하기로 한 조세특례제한법의 입법취지에 반한다. 원고가 누적효과로 추가적인 이익을 얻는 것이 없고 국세의 일실도 없다는 점은 위 입법취지와 무관하다.

2) 이 사건 부가가치세 세액산정의 적법 여부

(가) 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 증명책임은 과세관청에게 있으므로 과세소득확정의 기초가 되는 재화의 공급가액에 관한 증명책임도 과세관청이 부담함이 원칙이다.

다만 과세관청이 납세의무자가 신고한 재화의 공급가액을 기초로 과세를 한 이상 그 공급가액이 실제와 다르다는 점에 관하여는 장부와 증빙 등 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 주장・증명할 필요가 있다(대법원 2006. 4. 14. 선고 2005두16404 판결 등 참조).

(나) 피고는 이 사건 시행사가 수분양자에게 공급한 아파트 총 공급가액에서 발코니 확장 부분 공급가액이 차지하는 비율(이하 '이 사건 공급가액 비율'이라 한다)에이 사건 국민주택 및 발코니 확장 공사의 총 공급가액을 공하여 원고가 이 사건 시행사에 공급한 발코니 확장 공사용역의 공급가액을 산정하였다.

앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 이 사건 공사도급계약은 이 사건 국민주택 공사와 발코니 확장 공사를 구분하지 아니하고 일체로 체결되었으므로, 계약서상 금액을 기준으로 각각의 공급가액을산정하는 것이 불가능한 점, ② 원고가 각각의 공급금액을 나누어 부가가치세 신고자료제출을 하지 않은 이상 이 사건 공급가액 비율과 원고가 이 사건 시행사로부터 도급받은 발코니 확장 공사의 '원가율'이 동일하다는 것을 전제로 한 이 사건 처분은 그 합리성을 인정할 수 있는 점, ③ 이 사건 국민주택 공사도급계약과 같이 아파트 공사와 발코니 확장공사를 구분하지 아니하고 공사대금이 정해지고, 납세자가 발코니 확장공사에 대하여 부가가치세 신고를 하거나 자료를 제출하지 않은 경우 발코니 확장 공사의 공급가액을 산정할 수 없는 것으로 보게 되면 사실상 부가가치세의 과세 여부가 도급계약의 방식이나 납세자의 의사에 좌우되는 부당한 결과를 가져올 수 있는 점 등을 고려할 때, 원고가 이 사건 시행사에게 공급한 발코니 확장 건설용역공급 부분과 이 사건 시행사가 수분양자에게 공급한 발코니 공급 부분의 원가율이 다르다는 점은 납세의무자가 제출한 자료에 기초하여 산정한 과세금액을 변경해야 하는 특별한 사정으로서 원고가 이를 주장・증명해야 한다고 봄이 타당하다.

그런데 갑 제5 내지 8호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 원고가 제출한 발코니 확장비 산출내역서는 세무조사 종료후에 작성되었고, 이를 뒷받침하는 구분 수취된 세금계산서 등의 자료가 없는 점, 발코니 확장비 산출내역서의 금액이 일관되지 아니하고, 일부 발코니 확장비 산출내역서에서는 발코니 확장금액보다 발코니 비확장금액이 더 큰 점 등에 비추어 보면, 원고가 제출한 발코니 확장비 산출내역서에 기재된 발코니 확장금액과 발코니 비확장금액을 비교하여 그 증가분만을 발코니 확장 공사용역의 공급가액으로 산정할 수는 없고, 달리 원고가 이 사건 시행사에게 공급한 부분과 이 사건 시행사가 수분양자에게 공급한부분의 원가율이 다르다는 점을 인정할 증거가 없다. 따라서 근거과세의 원칙에 반하여 피고의 이 사건 부가가치세 세액산정이 잘못되었다고 볼 수는 없다.

4. 결론

그렇다면 이 사건 소 중 감액된 부분에 대한 취소청구 부분의 소는 부적법하므로 이를 각하하고, 원고의 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.