2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지피고가 2017. 4. 24. 원고에 대하여 한 2016년 귀속 양도소득세 47,600,000원의 경정・ 고지처분을 취소한다.

가. 원고는 ○○지방법원 98타경28311 부동산임의경매 절차에서 ○○ ○○구 ○○동 ○○○-○○ 대지 590.7㎡와 위 지상 공장 507.98㎡(이하 '이 사건 토지' 및 '기존공장'이라 한다)를 1998. 12. 17. 낙찰받아 1998. 12. 22. 소유권이전등기를 마쳤다. 나. 원고는 2000. 11. 15. 기존공장을 철거하고 2001. 1. 4. 이 사건 토지 지상에 공장을 신축하여 부동산임대업을 영위하다 2016. 8. 18. 이 사건 토지 및 신축공장을 1,357,360,000 원에 양도하였다.

다. 원고는 2016. 8. 24. 양도소득세 예정신고를 하고 양도소득세 184,962,080원(기존 공장 취득가액 1억 4,000만 원 산입)을 자진 납부한 후, 기존공장 취득가액을 1억 원으로 산입하고 기존공장에 대한 공사비 44,000,000원을 필요경비에 추가로 산입하여야 한다는 이유로 2016. 12. 28. 피고에게 양도소득세 경정청구를 하였다.

라. 피고는 2017. 4. 24. 원고에게 기존공장의 취득가액 및 공사비를 필요경비에서 부인하여 원고의 경정청구를 거부함과 동시에 합산대상 양도소득금액 100,737,095원을 합산하여 2016년 귀속 양도소득세 47,600,000원을 부과하는 경정・고지처분(이하 '이 사건 처 분'이라 한다)을 하였다. 마. 원고는 이에 불복하여 2017. 6. 15. 이의신청을 하였으나 기각되었고, 2017. 8. 23. 조세심판원에 행정심판을 제기하였으나 2017. 11. 15. 기각 결정을 받았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3호증, 을 제1 내지 4호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 처분은 다음과 같은 사유로 위법하므로 취소되어야 한다.

1) 원고는 이 사건 토지 및 기존공장을 경매절차에서 낙찰받을 때부터 기존공장을 철거하고 공장을 신축하려고 하였으나 제3자가 유치권을 행사하여 상당한 기간 동안 기존공장을 철거하지 못하였다. 따라서 기존공장의 취득가액 및 공사비도 필요경비로 인정되어야 한다.

2) 이 사건 토지 취득가액은 그 실지거래가액이 분명하지 않은 경우에 해당하므로 구소득세법(2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제97조 제1항 제1호 나목에 의한 환산가액으로 평가하여야 한다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 기존공장 취득가액 및 공사비 필요경비 인정 여부

1) 관련 법리

토지와 그 지상건물을 함께 취득하였다가 토지만을 이용하기 위하여 건물을 철거하고 나대지 상태로 토지만을 양도하는 경우, 철거된 건물의 취득가액과 철거비용 등을 토지의 취득가액에 포함되는 양도자산의 필요경비로 산입하기 위하여는 취득 후 단시일 내에 건물의 철거에 착수하는 등 토지와 건물의 취득이 당초부터 건물을 철거하여 토지만을 이용하려는 목적이었음이 명백한 것으로 인정될 때에 한 한다(대법원 1990. 1. 25. 선고 89누53 판결). 뿐만 아니라 기존건물을 철거하여 나대지 상태로 양도하지 아니하고 그 지상에 새 건물을 건축하여 양도하는 경우에도 위와 같은 요건을 갖춘 때에는 기존건물의 취득가액이나 철거비용 등은 양도소득의 필요경비로서 공제하는 것이 옳을 것이다(대법원 1992. 9. 8. 선고 92누7399 판결). 한편 소득세 과세처분 취소소송에서 과세근거로 되는 과세표준에 대한 입증책임은 과세관청에 있는 것이고, 과세표준은 수입으로부터 필요경비를 공제한 것이므로 수입 및 필요경비의 입증책임도 원칙적으로 과세관청에 있다 할 것이나, 필요경비는 납세의무 자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로, 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평 등을 고려하여 납세의무자로 하여 금 입증케 하는 것이 합리적인 경우에는 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에 부합한다(대법원 2007. 10. 26. 선고 2006두16137 판결 등 참조). 2) 판단

위에서 든 증거 및 을 제5, 6호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 보면, 원고는 1998. 12.경 이 사건 토지 및 기존공장을 취득한 후 1999. 2. 1. 부동산 임대업의 사업자등록을 하였는데 그 사업장 소재지는 이 사건 토지인 사실, 원고는 임대수입에 대하여 1999년도 및 2000년도 부가가치세를 납부한 사실, 원고는 기존공장을 철거한 후 2001. 2. 3. 신축공장을 건축하였는데 이는 이 사건 토지 및 기존공장 취득일로부터 약 2년 2개월이 경과한 후인 사실, 이 사건 토지 및 신축공장을 양도한 후인 2016. 8. 18. 사업자 폐업신고를 한 사실 등이 인정되고, 이러한 사실에 유치권을 주장하는 자로 인하여 기존공장을 단시간 내에 철거하지 못하였다고 인정할 아무런 자료는 없는 점 등을 더하여 보면, 원고가 이 사건 토지 및 기존공장을 취득할 때부터 기존공장을 철거하여 공장을 신축하려는 목적이었음이 명백하다 할 수 없다.

따라서 기존공장의 취득가액이나 공사비 등은 양도소득의 필요경비로서 공제할 수 없다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

라. 토지 취득가액을 환산가액으로 평가하여야 하는지 여부

구 소득세법 제97조 제1항 제1호 가목, 나목은 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비 중 취득가액에 관하여 '토지 또는 건물의 취득에 든 실지거래가액으로 하되 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액으로 한다.'고 규정하고 있다. 또 구 소득세법 제100조 제1항 내지 제4항, 소득세법 시행령 제166조 제6항, 부가가치세법 시행령 제64조는 양도차익을 계산함에 있어 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되, 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산하도록 정하고 있다.

을 제4호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 원고는 이 사건 토지 및 기존공장을 취득할 당시 낙찰가액으로 323,617,119원을 납부한 사실이 인정되는바, 이 사건 토지 및 기존공장의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 해당하지 않고 다만 토지와 건물의 가액 구분이 불분명한 경우에 해당하므로, 피고가 위 관련 규정에 따라 이 사건 토지 및 기존공장을 기준시가에 따라 안분계산하여 이 사건 토지의 취득가액을 필요경비로서 공제한 것은 적법하고, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

3. 결론

원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

심급 사건

참조조문

참조판례