2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2017. 6. 5. 원고에게 한 가산세 4,167,860원의 부과처분 및 2016년 2기분 부가가치세 56,802,200원의 환급신청 거부처분을 각 취소한다(원고는 2019. 4. 16.자 청구취지 변경신청서를 제출하면서 청구취지를 "피고가 2017. 6. 5. 원고에 대하여 2016년 2기분 부가가치세 4,167,860원을 부과한 처분을 취소하고, 원고가 2017. 1. 25. 피고에 대하여 조기환급 신청한 2016년 2기분 부가가치세 56,802,200원을 환급하라."라고 기재하였으나, 아래에서 보는 처분의 경위와 대법원 1997. 4. 25. 선고 96노17868 판결의 취지에 따라 위와 같이 선해한다).

가. 원고는 2016. 5. 3. AAA으로부터 충남 ○○군 ○○읍 ○○리 000에 있는 □□프라자 ○○3호 및 ○○4호(이하 '이 사건 ○○3호 상가', '이 사건 ○○4호 상가'라 하고, 합하여 '이 사건 상가들'이라 한다)를 각 405,730,000원(부가가치세 별도)에 매수하는 계약을 체결하였는데(이하 '2016. 5. 3.자 매매계약'이라 한다), 그 구체적인 내용은 아래와 같다.

나. 원고는 2016. 6. 1. AAA으로부터 이 사건 상가들을 각 434,131,100원(= 대지가격 121,719,000원 + 건물가격 284,011,000원 + 부가가치세 28,401,100원)에 매수하는 계약을 새로 체결하였는데(이하 '2016. 6. 1.자 매매계약'이라 하고, '2016. 5. 3.자 매매계약'과 통칭하여 '이 사건 매매계약'이라 한다), 그 구체적인 내용은 아래와 같다.

다. 2016. 5. 4. 이 사건 상가들에 대한 사용승인이 이루어졌고, AAA은 2016. 5.24. 위 상가들에 관한 소유권 보존등기를 마쳤다. 원고는 2016. 6. 2. 이 사건 상가들에 관한 소유권이전등기를 마쳤고(등기원인 : 2015. 10. 17. 매매, 이하 '이 사건 소유권이전등기'라 한다), 2016. 6. 3. 위 상가들을 담보로 △△새마을금고로부터 4억 원을대출받아 AAA에게 이 사건 매매대금(이 사건 ○○3호, ○○4호 상가 각 2억 원씩)으로 지급하였다.

라. 원고는 2016. 7. 28. BBB와 이 사건 ○○3호 상가에 관하여 임대차보증금 2,000만 원, 월차임 170만 원으로 한 임대차계약을 체결하였고, 위 보증금으로 AAA에게 이 사건 매매대금의 잔금 일부를 지급하였다.

마. 이 사건 ○○3호 상가에 관하여, 원고는 2016. 9.경 CCC종중과 매매대금을 3억 5,000만 원으로 한 매매계약을 체결하였고, 2016. 9. 29. CCC종중 명의의 소유권 이전등기가 마쳐졌다. 이 사건 ○○4호 상가에 관하여, 원고는 2016. 10. 19. DDD와 매매대금을 4억 원으로 한 매매계약을 체결하였고, 2016. 10. 27. DDD 명의의 소유권 이전등기가 마쳐졌다.

바. 원고는 AAA에게, 2016. 9. 30. 이 사건 ○○3호 상가 매매대금으로 1억 1,000만 원을, 2016. 10.경 이 사건 ○○4호 상가 매매대금으로 총 151,727,000원(2016. 10. 11. 39,814,000원, 같은 달 26. 111,913,000원)을 지급하였고, 2016. 10. 10. AAA으로부터 이 사건 상가들에 관하여 각 공급가액 284,011,000원, 세액 28,401,100원으로 기재된 세금계산서 2부(이하 '이 사건 세금계산서'라 한다)를 교부받았다.

사. 원고는 2016. 10. 14. 이 사건 상가들의 처분은 사업의 포괄적 양도에 해당하여 재화의 공급이 아니라고 보아 과세표준을 0원으로 하고, 이 사건 세금계산서의 매입세액을 환급받기 위해 2016년 2기분 부가가치세 조기환급을 신청하였다.

아. 피고는 2017. 1. 11. 원고가 부가가치세 신고를 누락한 것으로 보아 원고에게2016년 2기분 부가가치세 1,502,350원을 경정 ・ 고지하였다가, 원고의 이의신청을 받고 2017. 6. 5. 이를 직권취소하였다. 피고는 위 직권취소와 동시에, 원고가 이 사건 상가들을 공급받은 시기를 이 사건 세금계산서가 발행된 2016. 10. 10.이 아니라 원고 명의의 소유권 이전등기가 마쳐진 2016. 6. 2.로 보아 2016년 2기분 부가가치세 과세표준에서 위 상가들에 대한 매입세액을 공제하지 않음으로써 부가가치세 환급신청은 거부하고, 초과환급신고 가산세 4,167,860원을 부과하는 처분을 하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

자. 원고는 조세심판원에 이 사건 처분의 취소를 구하는 행정심판을 제기하였으나, 2017. 11. 23. 이를 기각하는 결정이 내려졌다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 8, 10호증, 을 제1, 2, 3호증(가지번호 있는것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법여부

가. 원고 주장의 요지

1) 원고는 금융기관으로부터 이 사건 상가들을 담보로 한 대출을 받아 매매대금

중 일부를 지급하기 위하여 AAA과의 합의에 따라 미리 이 사건 소유권이전등기를 마친 것이고, 나머지 잔금을 지급하기 못하여 위 상가들의 열쇠를 수령하지 못하였으므로, 실제로 위 상가들의 사용 ・ 수익이 가능한 때인 잔금지급일을 그 공급시기로 보는 것이 타당한데, 이 사건 ○○3호 상가는 잔금지급 전인 2016. 7. 28. 임대차계약이 이루어져 임대차보증금이 미지급 잔금으로 지급되었으므로 위 계약일을, 이 사건 ○○4호 상가는 매도일인 2016. 10. 19.을 각 공급시기로 보아야 한다.

2) 따라서 이 사건 세금계산서 작성일이 속하는 과세기간과 이 사건 상가들의 사용 ・ 수익일이 속하는 과세기간이 2016년 2기로 동일한바, 위 상가들에 대한 매입세액은 2016년 2기 부가가치세 산정시 공제되어야 하므로, 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관련법리

"1) 세금계산서 작성일이 속하는 과세기간이 사실상의 거래시기가 속하는 과세기간과 다르지 않는 이상 사실상의 거래시기와 다소 일치하지 않는 세금계산서가 작성되었다 하더라도 그 세금계산서의 기재사항에 의하여 거래사실이 확인되면 그 세금계산서에 기재된 매입세액은 공제되어야 한다(대법원 1990. 2. 27. 선고 89누7528 판결, 대법원 1991. 10. 8. 선고 91누6610 판결 등 참조). 그러나, 이는 어디까지나 세금계산서의 실제작성일이 속하는 과세기간과 사실상의 거래시기가 속하는 과세기간이 동일한 경우 (이러한 경우이면 세금계산서 상의 '작성연월일'이 실제작성일로 기재되든, 사실상의 거래시기 또는 어느 특정시기로 소급하여 기재되든 묻지 아니한다)에 한한다고 보아야 할 것이고, 과세기간이 경과한 후에 작성한 세금계산서는, 작성일자를 공급시기로 소급하여 작성하였다 하더라도, 부가가치세법 제17조 제2항 제1호의2 본문 소정의 "필요적 기재사항의 일부가 사실과 다르게 기재된" 세금계산서에 해당하므로 이 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제되어서는 아니된다(대법원 2004. 11. 18. 선고 2002두5771 판결 등 참조).",2) 부가가치세법 제6조 제1항, 제9조, 부가가치세법 시행령 제14조 등의 취지를 종합하면，재화의 공급이란 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것을 말하는 것으로서 부가가치세의 성질에 비추어 보면 그 인도 또는 양도는 재화를 사용.소비할 수 있도록 소유권을 이전하는 행위를 전제로 하는 것이다(대법원 2006. 10. 13. 선고 2005두2926 판결 등 참조).

3) 종합소득세과세처분 취소소송에서 과세근거로 되는 과세표준에 대한 입증책임은 과세관청에 있는 것이고, 과세표준은 수입으로부터 필요경비를 공제한 것이므로 수입 및 필요경비의 입증책임도 원칙적으로 과세관청에 있다 할 것이나, 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로, 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평 등을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증케 하는 것이 합리적인 경우에는 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에 부합한다(대법원 2004. 9. 23. 선고 2002두1588 판결 등 참조).

다. 판단

1) 위 법리에 비추어 이 사건에서 보건대, 부가가치세 납부세액을 정함에 있어 매출세액에서 공제되는 매입세액과 관련된 사항은 원고의 지배영역 안에 있어 과세관청인 피고로서는 그 입증이 어려우므로, 원고가 이를 입증하여야 한다고 봄이 타당하다.

2) 그런데 원고가 제출한 증거들만으로는 원고가 이 사건 상가들을 공급받은 시기가 2016년 2기분 부가가치세의 과세기간에 속한다는 점을 인정하기에 부족하고, 오히려 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 원고는 이 사건 상가들에 관하여 자신 명의의 소유권이전등기가 마쳐진 2016. 6. 2.경부터 위 상가들을 사용 ・ 수익할 수 있는 지위에 있었으므로, 설령 원고 주장대로 그 당시 현실적인 인도를 받지 못하였다고 하더라도 원고가 위 상가들을 공급받은 시기는 2016년 1기분 부가가치세의 과세기간에 속한다고 봄이 타당하다. 따라서 이 사건 상가들에 대한 매입세액은 2016년 2기 부가가치세 산정시 공제대상이 될 수 없으므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 받아들이지 아니한다.

가) 원고는 2016. 6. 3. 이 사건 상가들에 자신을 채무자로 한 근저당권을 설정하여 금융기관으로부터 대출을 받았고, 대출금으로 위 상가들에 대한 매매대금을 지급하였는바, 자신의 이익을 위하여 위 상가들의 재산상 가치를 이용하였다.

나) 이 사건 상가들에 관하여 2016. 6. 1.자 매매계약이 새로 체결되었으나, 2016. 5. 3.자 매매계약의 특약사항 중 AAA이 위 상가들의 임차인을 구하여 원고의 명의로 임대차계약을 체결하여 주기로 하는 내용의 약정은 그대로 유지되었던 것으로 보이는데(다만, 임대차계약이 체결되지 않을 경우 1년간 월160만 원을 지급한다는 내용의 약정이 2016. 6. 1.자 매매계약의 체결에도 불구하고 유지되었는지 여부는 기록상명확하지 않다), 위 약정에 따른 AAA의 의무는 원고의 잔금지급을 전제로 하지 않는 것으로 보인다. 앞서 본 바와 같이 실제로 AAA은 원고가 이 사건 매매대금 중 4억 원만을 지급하였음에도 임차인을 물색하여 2016. 7. 28. 이 사건 ○○3호 상가에 관하여 원고를 임대인으로 한 임대차계약이 체결되었고, 위 임대차계약에 따른 보증금은 이 사건 매매대금으로 지급되었다.

다) 한편, 이 사건 ○○4호 상가의 경우 원고가 이를 매도할 때까지 임대차계약이 체결되지 않았으나, 이 사건 ○○3호 상가와 마찬가지로 2016. 6. 2. 이후 언제라도 원고를 임대인으로 한 임대차계약이 체결될 수 있는 상태에 있었다.

라) 갑 제12, 13호증의 각 기재에 의하면, AAA이 2016. 8. 1. 이 사건 상가들의 2016년 5, 6, 7월분 전기료를 납부하고, 2016. 7. 25. 위 상가들에 대한 원고의 재산세를 납부하였던 사실이 인정되나, 이는 원고가 위 상가들을 임대 목적으로 이용할 수 없음을 이유로 한 것이 아니라, AAA이 2016. 5. 3.자 매매계약의 특약사항에도 불구하고 원고에게 위 상가들의 임차인을 구해주지 못하자 원고 대신에 위 전기료와 재산세를 납부하여 준 것에 불과해 보인다.

마) 부가가치세법 제15조 제1항 제2호는 부동산과 같이 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우 '재화가 이용가능하게 되는 때'를 재화의 공급시기로 규정하고 있는데, 위 조항에서 말하는 '이용'이라는 것이 현실의 인도를 통하여 재화를 물리적으로 사용하는 것에 한정된다고 볼 근거는 없으므로, 소유권자로서 재화의 교환가치를 누리는 것도 위 '이용'에 포함된다고 해석함이 타당하다.

3. 결 론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

심급 사건

참조조문

참조판례