2. 원고의 청구를 기각한다.

3. 소송총비용은 원고가 부담한다.

피고가 2013. 7. 16. 원고에게 한 2011년 귀속 양도소득세 17,162,910원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

2. 항소취지

주문과 같다.

이 부분에 관한 이 판결의 이유는 제1심 판결문의 이유 중에서, ① 제2쪽 제4행의 “양도하였고” 부분을 “양도하였고(소유권 이전 등기일은 2011. 4. 29.)”라고, ② 제2쪽 제6행의 “환산취득가액을 675,978,301원으로” 부분을 “환산 취득가액을 675,978,301원으로, 장기보유특별공제를 338,242,404원 등으로”라고, ③ 제2쪽 제11행의 “환산취득가액을 594,846,621원으로” 부분을 “환산 취득가액을 594,846,621원으로, 장기보유특별공제를 362,991,108원 등으로”라고 각 고쳐 쓰는 이외에는 제1심 판결문의 “1. 처분 경위” 부분(제1심 판결문 제2쪽 제2행부터 제2쪽 제17행까지) 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항 , 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자들의 주장 요지

(1) 원고

이 사건 건물과 그 대지(이하, ‘이 사건 부동산’이라 한다)는 1개의 건물이 주택 부분(2층 부분)과 주택 외의 부분(1층 부분)이 복합되어 있는 형태로 이 사건 처분에 적용될 구 소득세법(2011. 5. 2. 법률 제10625호로 개정되기 전의 것, 이하, ‘소득세법’이라 한다) 제89조 제1항 제3호 , 구 소득세법 시행령(2011. 6. 3. 대통령령 제22950호로 개정되기 전의 것, 이하, ‘시행령’이라 한다) 제154조 제3항 에 의할 때, 이 사건 건물 전체를 주택으로 보아 그 양도차익을 산출하여야 한다. 그러나 피고는 위 건물 중 1층 부분은 상가로, 2층 부분은 주택으로 각각 구분하여 양도차익을 산출하여 이 사건 처분을 하였으므로 위 처분은 위법하다. 나아가, 이 사건 처분 전에 서울특별시 관악구청장은 이 사건 부동산에 관한 재산세를 부과함에 있어 그 전체를 주택으로 보아 재산세를 부과하여 온 사정 등에 비추어 보면 이 사건 처분은 신뢰보호원칙에도 위반된다.

(2) 피고

시행령 제154조 제3항 은 소득세법 제89조 제1항 제3호 를 적용할 수 있을 때에만 적용할 수 있는 것이고, 이 사건 부동산에 관한 환산 취득가액을 산정함에 있어서까지 위 규정을 적용할 수 없다. 나아가, 고가주택에 해당되는 이 사건 부동산에 관하여는 소득세법 제89조 제1항 제3호 , 시행령 제154조 제3항 을 적용할 여지도 없다. 한편, 원고가 주장한 위 관악구청장의 그 동안의 이 사건 부동산에 관한 재산세 부과 내역만을 이유로 이 사건 처분이 신뢰보호원칙에 위반된다고 볼 수 없다.

나. 관계 법령

[별지] 기재와 같다.

다. 판단

(1) 살피건대, 소득세법 제89조 제1항 제3호 , 시행령 제156조 제1항 , 제160조 제1항 등에 의하면, 양도대상 주택 및 이에 딸린 토지가 그 양도 당시의 실지거래가액 합계액 9억 원을 초과하는 고가주택에 해당되면 1세대 1주택에 관한 양도소득세 비과세 규정( 소득세법 제89조 제1항 제3호 )이 적용되지 않고 양도소득세가 과세됨이 원칙이라 할 주1) 것이다. 따라서 소득세법상 1세대 1주택 비과세 요건을 갖추었더라도 당해 양도주택이 시행령 제156조 제1항 이 정한 고가주택에 해당된다면 소득세법 제89조 제1항 제3호 , 시행령 제154조 제3항 등이 아니라 소득세법 제95조 제3항 , 시행령 제160조 등에 따라 양도차익을 산정하여 양도소득세를 과세하여야 할 것이다. 비록 시행령 제154조 제3항 에서는 소득세법 제89조 제1항 제3호 (1세대 1주택 비과세 규정)를 적용함에 있어서 하나의 건물이 주택과 주택 외 부분으로 복합되어 있는 경우(이하, ‘겸용주택’이라 한다)로서 주택 부분 면적이 주택 외 부분보다 더 크면 그 전부를 주택으로 보도록 규정하고 있지만, 이는 겸용주택 중에서 소득세법 제89조 제1항 제3호 가 적용될 경우에 주택 외 부분도 주택으로 간주하여 1세대 1주택 비과세 규정을 적용할 수 있다는 것으로 이해될 뿐이다. 결국, 소득세법 제89조 제1항 제3호 가 적용되지 않는 고가주택에 해당되는 겸용주택에 관하여는 시행령 제160조 등에 따라 양도차익을 산정함에 있어 주택 외 부분까지 당연히 주택으로 간주할 수 있다고 볼 수는 없다고 판단된다.

(2) 또한, 이 사건 부동산과 같이 그 실지양도가액(16억 원)은 확인되나, 실지취득가액을 확인할 수 없는 경우에 시행령 제176조의2 제2항 제2호 가 정한 환산가액으로 그 취득가액을 적용하는 경우(= 실지양도가액 × ), 위 환산가액을 산정함에 있어 필요한 기준시가에 대해 규정한 소득세법 제99조 제1항 제1호 가 2005. 7. 13. 법률 제7579호로 개정되면서 “토지( 가.목 )”, “건물( 나.목 ), ”오피스텔·상업용 건물( 다.목 )“ 및 ”주택( 라.목 )“으로 구분함과 아울러 ”주택“의 기준시가는 토지 가격을 제외하고 기준시가를 산정하는 ”건물“과는 달리 토지 가격이 포함된 「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」 에 따라 지방자치단체가 결정·공시하는 개별주택가격을 기준시가로 정하고 있다. 따라서 위 법률 제7579호로 개정된 소득세법이 적용되는 이 사건에서는 이 사건 부동산 중 주택 부분과 주택 외 부분에 관한 환산 취득가액은 위 관련 규정들이 정한 바에 따라 각각 분리하여 별도의 방식으로 산정하는 것이 원칙이라 할 것이고, 그와 달리 원고의 위 주장처럼 이 사건 부동산은 그 주택 부분이 주택 외 부분보다 더 큰 겸용주택에 해당된다는 이유만으로 위 부동산의 주택 외 부분까지도 모두 위 주택 부분에 관한 기준시가에 기초하여 환산 취득가액을 산정할 수 있다고 볼 만한 아무런 법률적 근거를 발견할 수 없다.

(3) 나아가, 조세 법률관계에 있어서 신뢰보호의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정될 특별한 사정이 있을 경우에 적용되는 예외적인 원칙이라 할 것이므로 과세관청의 행위에 대하여 신뢰보호의 원칙을 적용하기 위해서는, 과세관청이 공적인 견해표명 등을 통하여 부여한 신뢰가 평균적인 납세자로 하여금 합리적이고 정당한 기대를 가지게 할 만한 것이어야 한다( 대법원 2013. 12. 26. 선고 2011두5940 판결 참조). 그런데 이 사건에서 원고가 제출한 증거들만으로는, 피고가 직접 원고에게 원고의 위 주장과 같은 신뢰보호원칙을 주장할 수 있는 공적인 견해 표명을 한 것이라고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거도 없다. 설령 원고가 이 사건 부동산은 그 전부를 주택으로 보아 그 양도에 따른 양도차익을 산정할 수 있다고 기대하였더라도, 그러한 막연한 기대를 법률상 보호가치가 있는 신뢰라고 보기도 어렵다. 결국, 그와 다른 전제에 기초하여 이 사건 처분이 신뢰보호원칙에 위반된다는 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

라. 소결론

따라서, 위와 같은 사정들을 위 관계 법령의 내용과 종합해 볼 때, 원고가 제출한 증거들과 그 주장의 사정을 모두 고려한다고 하더라도, 피고가 이 사건 건물 중 1층은 주택이 아닌 상가로, 2층은 주택으로 구분하여 위 부동산의 환산 취득가액 내지 장기보유특별공제액 등을 산정하여 한 이 사건 처분이 위법하다고 볼 수 없다. 결국, 그와 다른 전제에 기초한 원고의 이 사건 청구는 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이를 기각할 것인데, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로, 피고의 항소를 받아들여 제1심 판결을 취소하고 원고의 청구를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

[별지 관계법령 생략]

주1) 다만, 실지거래가액 합계액이 9억 원을 초과하지 않는 1세대 1주택의 양도에 관한 양도소득세 비과세와의 균형상 시행령 제160조에서 고가주택이라도 양도소득세의 일정액을 감경하도록 규정하고 있다.