소득세법 기본통칙89-21 [매매특약이 있는 주택의 1세대 1주택 비과세 판정]

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

가. 원고는 1978. 5. 17. ○○ ○○구 ○○동 ○○ 대 198.3㎡를 취득한 후 1982. 6. 3.경 위 토지상에 연면적 261.19㎡의 연와조 평슬래브지붕 지하 1층. 지상 2층 주택을 신축하여 1982. 7. 2. 그 소유권보존등기를 마쳤고(이하 위 주택을 '이 사건 주택'이라 하고, 위 대지를 '이 사건 부수토지'라 한다), 그 후 1983. 10. 14. 경 미국으로 이민하였다.

나. 원고는 2005. 1. 26.경 조○○, 김○○와의 사이에 이 사건 주택 및 부수토지를 1,080,000,000원에 매도하되, 중도금 400,000,000원은 2005. 2. 28. 잔금 580,000,000원은 2005. 3. 31. 각각 수수하고, 중도금 수령 후 매수인의 요청이 있으면 이 사건 주택의 철거를 허락하며, 그 철거는 매도자의 위임을 받아 매수자가 실시하기로 하는 내용의 매매계약을 체결하였다.

다. 이 사건 주택은 위 매매특약에 따라 2005. 3. 15. 철거되었고, 이 사건 부수토지에 관하여 2005. 3. 21. 조○○, 김○○ 명의로 소유권이전등기가 경료되었다. 원고는 위 매매계약 체결 및 철거 당시 이 사건 주택 이외에는 국내에 다른 주택을 보유하고 있지 않았다.

라. 한편 원고는 이 사건 주택의 철거 다음날인 2005. 3. 16. ○○ ○○구 ○○동 ○○ ○○○○○○○○ 제103동 제1303호 아파트(이하 '이 사건 아파트'라 한다)를 매매로 취득하여 이 사건 부수토지에 대한 소유권이전등기 경료시까지 보유하고 있었다.

마. 원고는 2005. 6. 30.경 이 사건 주택 및 부수토지의 양도에 따른 양도소득세 예정 신고를 함에 있어, 위 양도가 구 소득세법(2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제95조 제3항, 제89조 제3호 소정의 고가주택인 "1세대 1주택"의 양도에 해당한다는 이유로 구 소득세법 시행령(2005. 12. 31. 대통령령 제19254호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제160조 제1항에 따라 양도차익을 362,982,678원으로, 장기보유특별공제액을 181,491,337원으로 각 산정한 후, 그에 따른 양도소득세로 47,463,180원을 신고 · 납부하였다.

바. 이에 대하여 피고는 2005. 11. 7. 원고가 조○○, 김○○에게 이 사건 부수토지에 대한 소유권이전등기를 경료해 줄 당시 이 사건 아파트를 보유하고 있었으므로 이 사건 주택 및 부수토지의 양도를 구 소득세법 제95조 제3항, 제89조 제3호 소정의 "1세대 1주택"의 양도로 볼 수 없고, 따라서 고가주택인 "1세대 1주택"에 대한 특례규정인 구 소득세법 시행령 제160조 제1항이 적용될 여지가 없다는 이유로, 이 사건 주택 및 부수토지의 양도가액인 1,080,000,000원에서 취득가액인 259,526,630원과 필요경비 3,762,338원을 공제한 816,711,032원의 양도차익에 대하여 140,474,310원의 양도소득세를 경정고지하는 이 사건 처분을 하였다.

[인정근거] 갑 제1 내지 5호증, 을 제1호증의 1 내지 5, 을 제2호증의 1 내지 4의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

(1) 원고 : 피고가 이 사건 처분을 한 근거는 원고가 2주택 보유자라는 데에 있으나, 원고가 이 사건 아파트를 취득한 것은 2005. 3. 16.인데 그 전날인 2005. 3. 15. 이 사건 주택이 멸실됨으로써 원고는 그에 대한 소유권을 상실하였으므로 원고는 2주택을 보유한 일이 없다. 또한 소득세법 기본통칙에 따르면 매매계약 후 양도일 이전에 매매특약에 의하여 "1세대 1주택"에 해당되는 주택을 멸실한 경우에는 매매계약일 현재를 기준으로 한다고 규정하고 있으므로, 이 사건 주택 및 부수토지의 양도가 "1세대 1주택"의 양도에 해당하는지 여부는 매매계약일인 2005. 1. 26.을 기준으로 하여야 하는데, 이 사건 매매계약 체결 당시 원고는 이 사건 주택만을 보유하고 있었다. 따라서 원고가 2주택 보유자에 해당함을 이유로 한 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 피고 : 국내에 1주택만을 소유하면 거주자가 해외이민 등으로 인해 비거주자가 된 상태에서 국내의 1주택을 양도하는 경우에는 보유기간의 제한 없이 "1세대 1주택"규정의 적용을 받는 것이지만, 이 경우에도 구 소득세법 시행령 제154조 제1항 본문 단서의 규정에 의하여 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우에만 위 규정의 적용이 있다 할 것인데, 원고가 이 사건 주택의 양도일 현재 2주택을 보유하고 있었으므로, 이 사건 주택 및 부수토지의 양도에는 구 소득세법 제95조 제3항, 동법 시행령 제160조 제1항이 적용될 여지가 없고, 따라서 이 사건 처분은 적법하다.

나. 관련 법령

구 소득세법(2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것)

○ 제89조비과세양도소득

다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다

3. 대통령령이 정하는 일세대 일주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득

○ 제95조 양도소득금액

①양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

③제89조제3호의 규정에 의하여 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 제1항의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.

구 소득세법 시행령(2005. 12. 31. 대통령령 제19254호로 개정되기 전의 것)

○ 제154조1세대1주택의 범위

①법 제89조 제3호에서 "대통령령이 정하는 1세대 1주택"이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 "1세대"라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(서울특별시, 과천시 및 「택지개발촉진법」 제3조의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정·고시된 분당·일산·평촌·산본·중동 신도시지역에 소재하는 주택의 경우에는 당해 주택의 보유기간이 3년 이상이고 그 보유기간중 거주기간이 2년 이상인 것)을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니한다.

1. 「임대주택법」에 의한 건설임대주택을 취득하여 양도하는 경우로서 당해 건설임대주택의 임차일부터 당해 주택의 양도일까지의 거주기간이 5년이상인 경우

2. 다음 각목의 1에 해당하는 경우. 이 경우 가목 및 나목에 있어서는 그 양도일 또는 수용일부터 2년 이내에 양도하는 그 잔존주택 및 그 부수 토지를 포함하는 것으로 한다.

가. 주택 및 그 부수토지의 전부 또는 일부가 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 의한 협의매수·수용 및 그 밖의 법률에 의하여 수용되는 경우

나. 삭제

다. 국외이주 기타 재정경제부령이 정하는 경우

○ 제160조고가주택에 대한 양도 차익 등의 계산

①법 제95조제3항의 규정에 의한 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각 호의 산식에 의하여 계산한 금액으로 한다. 이 경우 당해 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하는 때에는 6억원에 당해 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분 계산한다.

1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익

법 제95조제1항의 규정에 의한 양도차익 X (양도가액 － 6억원)/양도가액

2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액

법 제95조제2항의 규정에 의한 장기보유특별공제액 X (양도가액 － 6억원)/양도가액

②제1항 후단의 규정에 의한 양도가액의 안분계산은 법 제100조제2항의 규정을 준용한다.

소득세법 기본통칙

89-21 [매매특약이 있는 주택의 1세대 1주택 비과세 판정]

영 제154조 제1항의 규정에 따른 1세대 1주택 비과세의 판정은 양도일 현재를 기준으로 한다.

다만, 매매계약 후 양도일 이전에 매매특약에 의하여 1세대 1주택에 해당되는 주택을 멸실한 경우에는 매매계약일 현재를 기준으로 한다.

다. 판단

구 소득세법 시행령 제154조 제1항은 구 소득세법 제89조 제3호 소정의 "1세대 1주택"에 관하여 '1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우'를 말하는 것으로 규정하고 있고, 구 소득세법 제95조 제3항, 동법 시행령 제160조 제1항은 위 "1세대 1주택" 중 고가주택에 대한 특례를 규정하고 있으므로, 해당 양도에 대해 구 소득세법 제95조 제3항, 동법 시행령 제160조 제1항의 특례가 적용되기 위해서는 양도 당시 부수토지의 지상에 주택이 정착되어 있어야 하는 것이 원칙이라 할 것이지만, 이 사건과 같이 "1세대 1주택"에 해당되는 주택과 그 부수 토지를 모두 동일인에게 양도함에 있어 매수자의 필요에 의하여 토지에 대해서만 소유권이전등기를 경료하고, 건물은 매매특약에 따라 부수토지에 관한 소유권이전등기 이전에 철거하는 경우에는 적어도 종전의 주택이 철거될 당시 구 소득세법 제89조 제3호 소정의 "1세대 1주택"으로서의 요건을 갖추고 있었던 이상, 그 후 그 부수 토지가 나대지의 상태로 양도되었다는 이유만으로 "1세대 1주택"에 부수되는 토지가 아닌 것으로 보아 과세할 수는 없는 것이라고 해석하는 것이 "세법의 해석 · 적용에 있어 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다"고 규정한 국세기본법 제18조 제1항에 부합한다 할 것인바(대법원 1992. 5. 12. 선고 92누1889 판결 참조), 앞서 본 인정사실에 의하면 원고는 이 사건 주택의 철거 당시 이 사건 아파트를 취득하지 아니한 상태로서 국내에 이 사건 주택만을 보유하고 있었으므로 "1세대 1주택"으로서의 요건을 갖추고 있었다 할 것이다.

한편 원고는 이 사건 주택이 철거된 다음날 이 사건 아파트를 취득하여 이 사건 부수토지에 대하여 조○○, 김○○ 명의로 소유권이전등기를 경료해 줄 당시까지 이를 보유하고 있었고, 피고는 원고가 위와 같이 이 사건 부수토지의 양도시점에 다른 주택을 보유하고 있어 "1세대 1주택"에 해당하지 아니한다는 이유로 이 사건 처분을 하였으나, 위 소유권이전등기의 경료에 의해 양도된 것은 나대지 상태의 부수토지였을 뿐이고, 이 사건 주택은 이 사건 아파트 취득 전에 철거됨으로써 그에 대한 원고의 소유권이 종국적으로 소멸된 상태였으므로, 위 양도 당시 원고가 실제로 2주택을 보유하고 있었다고 볼 수는 없는 점, 이 사건과 같이 매매특약에 의해 주택이 철거되는 경우 잔여 부수토지의 양도가 그 실제에 있어서는 나대지의 양도임에도 불구하고 매매계약 체결 내지 주택 철거 당시 "1세대 1주택"의 요건을 갖추고 있었다면 비과세의 혜택을 부여하거나 양도차익 계산 등에 있어 혜택을 부여하는 것은 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성을 고려한 것일 뿐 부수토지인 나대지 자체를 주택으로 간주하기 위한 것이라고 보기는 어려운 점, 위와 같이 매매특약에 따라 주택을 철거하는 경우 매도인으로서는 기존 주택이 철거됨에 따라 주거 이전 등을 위해 새로운 주택을 취득할 필요가 있을 수 있다고 보이는데(비거주자의 경우에도 국내의 친족에게 주택을 사용하도록 하는 경우 등이 있을 수 있으므로 반드시 대체취득의 필요성 없다고 단정하기 어렵다), 부수토지의 양도 전까지 신규 주택을 취득한 경우 "1세대 1주택"에 해당하지 아니한다고 해석한다면 위와 같은 현실적 필요에 따른 대체주택의 취득에 대해서도 불이익한 취급을 하는 결과가 초래되어 과세의 형평에 부합하지 않게 되는 점, 소득세법 기본통칙이 양도일 이전에 매매특약에 의하여 "1세대 1주택"에 해당되는 주택을 멸실한 경우에는 매매계약일 현재를 기준으로 구 소득세법 시행령 제154조 제1항의 규정에 따른 "1세대 1주택" 해당 여부를 판정하도록 규정할 뿐 그 후 부수 토지 양도 이전에 새로이 주택을 취득한 경우에 대하여 예외로 한다는 규정을 따로 두지 아니한 점 등에 비추어 보면, 원고가 이 사건 부수 토지 양도 당시 이 사건 아파트를 보유하고 있었다는 사정만으로 구 소득세법 제95조 제3항, 동법 시행령 제160조 제1항의 적용이 배제된다고 볼 수는 없다 할 것이다.

따라서 이와 달리 이 사건 주택 및 부수토지의 양도에 대하여 구 소득세법 제95조 제3항, 동법 시행령 제160조 제1항의 적용이 배제된다고 보아 한 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결 론

그렇다면, 이 사건 처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.