2. 소송비용은 피고가 부담한다.

가. 원고는 1996. 12. 3. 설립되어 화물중개， 대리업 등을 영위하다가 2003. 8.부터 해상화물운송업， 해운중개업 등을 영위하는 법인으로서， 2004 사업연도부터 2007 사업연도까지 귀속분 법인세 신고 시 조세특례제한법(2007.12.31. 법률 제8827호로 개정되기 전의 것， 이하 '조세특례제한법'이라 한다) 제7조에 의하여 2004 사업연도에는 000 원， 2006 사업 연도에는 000원， 2007 사업 연도에는 000원의 각 법인세를 감면받았다.

나. 그런데 대전지방국세청은 2009. 3. 25.부터 2009. 4. 21.까지 원고에 대한 세무조 사를 실시한 결과， 원고가 2004， 2006， 2007 각 사업연도에 행한 '선원부용선 선박을 대선하는 사업(원고가 선주나 다른 외항선박운항사업체로부터 선박과 선원을 함께 임 차한 후 직접 운항하지 않고 임차한 선박과 선원을 그대로 다른 제3의 외항선박운항업 자 등에게 재임대하고 수익을 얻는 형태， 이하 '이 사건 사업'이라 한다)'은 한국표준산업분류표상 기타운송장비 임대업이고， 이를 주된 사업으로 하는 기업은 조세특례제한법 제7조 소정의 중소기업 특별세액감면 대상업종(물류산업)에 해당하지 않는다 하여 피고에게 감면을 배제하라는 취지의 조사결과를 통지하였고， 이에 따라 피고는 2009. 8. 10. 원고에게 합계 1，616，107，440원의 법인세(= 2004 사업연도 귀속 법인세 000원 + 2006 사업연도 귀속 법인세 000원 + 2007 사업연도 귀속 법인세 000 원)를 경정 ・ 고지하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

다. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2009. 8. 31. 조세심판원에 심판청구를 제기하 였으나， 조세심판원은 2010. 6. 29. 이를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실， 갑 제1， 2호증， 을 제1 내지 4호증(가지번호 포함)의 각 기재， 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 이 사건 사업은 조세특례제한법 제7조 소정의 중소기업 특별세액감면 대상업종 중 하나 인 물류산업에 해당한다.

2) 그렇지 않다고 하더라도， 이 사건 처분은 ① 해상화물운송의 중개， 선박의 대 여 • 용대선 또는 매매를 중개하는 사업인 해운중개업의 경우에 조세특례제한법 제7조에 의하여 법인세가 감액되고 있는 점에 비추어 조세평등의 원칙에 반하고，② 2009년 이전까지 피고가 선원부용선 선박을 대선하는 경우를 수상운송업으로 보아 조세특례제한법 제7조를 적용 해 오던 관행 및 신뢰보호의 원칙에도 반한다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

우선， 이 사건 사업이 조세특례제한법 제7조 소정의 중소기업 특별세액감면 대상업종 중 하 나인 '물류산업'에 해당하는지에 관하여 본다. 조세특례제한법 제7조 소정의 중소기업 특별세액감면 대상업종 중 하나인 '물류산업'은 운수 업 중 화물운송업， 화물취급업， 창고업， 화물터미널운영업， 화물운송주선업， 화물포장업， 화물검수서비스업， 화물형량서비스업 및 항만법에 의한 예선엽과 기타 산업용 기계장비 임대업 중 파렛트임대업을 말하는 것인바(조세특례제한법 제6조 제3항， 같은 법 시행령 제5조 제8항)， 갑 7， 13， 15 내지 22， 25， 27， 28， 29호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재와 증인 정덕명의 증언 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면， 이 사건 사업은 선원이 승무한 선박을 대선하는 것으로서 화물운송업에 해당한다고 봄이 상당하므로， 조세특례제한법 제7조 소정의 중소기업 특별세액감액대상업종 중 하나인 물류산업에 포함된다 할 것이다.

1) 조세특례제한법 제2조 제3항은 조세특례제한법상 업종의 분류는 조세특례제한법에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 통계법 제22조의 규정에 의하여 통계청장이 고시하는 한국표준산업분 류에 의하는 것으로 규정하고 있다. 통계청장이 고시한 한국표준산업분류표에 의하면， 각종 운송시설에 의한 여객 및 화물 운송업， 창고업 및 기타 운송관련 서비스업을 수행하는 산업활동을 운수업으로 분류하고， 이를 다시 수상운송업， 해상운송업， 외항운송 업 등으로 분류하고 있는데， 외항운송업 중 하나인 외항화물운송엽의 예시로 '승무원 딸린 외항화물 선박임대'를 들고 있다. 한편， 운전자 없이 운송장비를 임대할 경우에는 운송장비의 종류에 따라 기계장비 및 소비용품 임대업으로 분류하고 있는데， 그 중 운송장비 임대업의 하나인 그 외 기타 운송장비 임대업의 예시로 선박임대를 들고 있고， '승무원 딸린 수상운송장비 임대'는 운송장비 임대업에서 제외된다는 점을 명시하고 있다. 이와 같이 한국표준산업분류표에서는 원칙적으로 선박을 임대하면서 승무원을 함께 임대하는지 여부에 따라 운송업과 임대업을 나누고 있는바， 그 승무원을 자기 소속 승무원으로 제한하고 있지는 않다.

2) 이 사건 사업의 경우 원고는 재용선자에게 선박뿐 아니라 선장을 비롯한 선원까지 제공하였고， 재용선자가 원고에게 지급한 재용선료에는 선원비가 포함되어 있으며， 이와 같은 원고의 권한은 원고가 선주에게 선원비가 포함된 용선료를 지급하고 취득한 선박 및 선원에 대한 사용권에 근거하고 있는 것으로， 이를 선주가 정기용선자(원고)로 부터 용선료를 지급받고， 정기용선자(원고)에게 선원이 승무하고 항해장비를 갖춘 선박 을 항해에 사용하도록 하는 정기용선계약과 다르게 볼 만한 실질적인 차이가 없다.

3) 대법원도 재용선계약에 대하여 '선주와 용선자 사이의 주된 용선계약과 용선자와 재용선자 사이의 재용선계약은 각각 독립된 운송계약'으로서 이들을 '복수의 해상운송 주체'라고 표현하고 있는바(대법원 2004. 10. 27. 선고 2004다7040 판결 참조)， 재용선 계약의 원칙적인 성격을 운송계약으로 파악하고 있는 것으로 보인다.

4) 원고는 실제 선박의 항행 중에 선장에게 업무지시(운항항로， 주유， 선하증권 발 행， 선창청소， 하역작업 감독， 하역 등에 대한 지시)를 내리고， 선장으로부터 운항 등에 대한 사항(현재 어떤 운항을 하고 있는지， 선박의 위치가 어디인지， 연료가 어느 정도 소모되었는지， 어느 경로를 가고 있는지 등)을 보고받는 등 운항에 실질적 ・ 지속적으로 관여하였으며， 재용선해 준 선박의 운항에서 선하증권 내지 화물운송에 관한 이행보증 서를 발행하거나 보험에 부보하고， 운항 중 발생한 화물에 대한 손해를 화주에게 배상하기도 하였는바， 이는 선박만 임대한 경우 선박임대인이 하는 역할이나 부담하는 책임과는 차이가 있다(피고는， 원고가 위와 같이 운항에 관여하거나 화주와의 관계에서 운송에 관한 책임을 부담한 것은 선주와의 정기용선계약에 따른 정기용선자로서 한 행 위에 불과하다는 취지로 주장하나， 오히려 원고가 선박 및 선원을 그대로 재용선한 이 후에도 정기용선자로서의 지위를 상실하지 않고 유지한다는 사정은 이 사건 사업을 단순한 임대업이 아니라 운송업 이라고 보아야 하는 근거가 될 뿐이다).

5) 원고가 정기용선하여 관리하였던 선박 BB호의 경우， 2년 1개월 동안 5회의 정기용선(재용선) 및 2회의 항해용선을 통하여 운항을 하였는바， 원고가 정기용 선한 선박과 선원을 그대로 재용선하는 방법으로 시세차익만을 얻었다는 피고의 주장과는 달리， 원고가 재용선을 하는 이유는 정기용선계약을 통해 관리하고 있는 선박과 선원을 그 계약기간 동안 최대한 이용하기 위한 것으로， 직접 화주를 찾아 운송계약을 체결하거나 다른 운송업자와 항해용선계약을 체결하는 것과 함께 다른 운송업자와 정기용선계약을 체결하는 것(즉， 재용선하는 것)도 그러한 운송사무 유치의 방법 중 하나 로 이용하고 있는 것으로 보인다.

6) 정기용선계약과 항해용선계약은 계약기간을 정하는 방식에 차이가 있는 외에도 화물의 운송을 위해 직접 발생하는 운항비용의 부담방법， 운송에 따른 위혐의 분배방 법 등에 다소 차이가 있기는 하지만， 기본적으로 선장 기타 선원의 선임・감독권 및 그 들에 대한 급료지급의무가 선주에게 속한다는 점， 선박의 유지・관리를 위한 비용지급의 무를 선주가 부담한다는 점， 선적항， 양륙항의 결정 및 운송물의 결정은 용선자가 한다 는 점， 용선자가 화물의 적법성 및 기항항의 안전성을 담보할 의무를 진다는 점 등에 서 공통점이 있는바， 원고가 정기용선한 선박 및 선원에 관하여 정기용선계약을 체결 한 경우， 항해용선계약을 체결한 경우에는 운송업을 영위한 것으로 보는 것과 달리， 운송업이 아닌 임대엽을 영위한 것으로 보아야 하는 결정적인 차이가 있다고 보기는 어렵다.

7) 해운법도 제2조 제3호에서 '해상화물운송사업'이란 해상이나 해상과 접하여 있는 내륙수로에서 선박으로 물건을 운송하거나 이에 수반되는 업무(용대션을 포함한다)를 처리하는 사업(수산업자가 어장에서 자기의 어획물이나 그 제품을 운송하는 사업은 제외한다)으로서 항만운송사업법 제2조 제2항에 따른 항만운송사업 외의 것'이라고 정 의하여 해운법 제2조 제4호에서 정의하고 있는 용대션(해상여객운송사업이나 해상화물 운송사업을 경영하는 자 사이 또는 해상여객운송사업이나 해상화물운송사업을 경영하 는 자와 외국인 사이에 사람 또는 물건을 운송하기 위하여 선박의 전부 또는 일부를 용선하거나 대선하는 것)을 포함하는 한편， 해상여객운송사업이나 해상화물운송사업을 경영하는 자 외의 자 본인이 소유하고 있는 선박(소유권을 이전받기로 하고 임차한 선박을 포함한다)을 다른 사람(외국인을 포함한다)에게 대여하는 선박대여업(제2조 제7 호)과는 구별하고 있는바， 해상화물운송사업을 경영하는 자에 해당하는 원고가 선박을 용선하거나 대선하는 일은 해운법상의 '해상화물운송사업'에 포함된다. 따라서 이 사건 처분은 더 나아가 살필 필요 없이 위법하다.

3. 결 론

그렇다면， 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여， 주문과 같이 판결한다.