2.소송비용은 원고가 부담한다.

가. 대전지방국세청장은 2008. 1.경부터 2008. 3.경까지 원고에 대하여 고소득자영업자 조사를 실시하여, 원고가 2002년부터 2006년까지 사이에 한 [별지2] '2002년 이 후 원고의 부동산 양도 내역표(이하 '부동산 양도 내역표'라고 한다)'의 '부동산'란에 기재된 ○○시 ◇◇면 ◇◇리 55-19 외 34필지(이하 "이 사건 토지"라고 한다)의 양도행위는 구 소득세법 제19조(2006. 12. 30. 법률 제8144호로 개정되기 전의 것) 제1항 제12호, 구 같은 법 시행령 제34조(2010. 2. 18. 대통령령 제22034호로 개정, 삭제되기 전의 것)에 규정된 부동산매매업에 해당한다고 보아서 피고에게 원고의 각 과세기간별 수입금액을 과세자료로 통보하였다.

나. 이에 피고는 원고가 이 사건 토지의 양도로 인한 부동산매매 사업소득으로 2002 년 85,079,088원, 2003년 230,545,000원, 2004년 561,511,350원, 2006년 88,356,600원을 각 누락하였다고 보아서 2008. 6. 2. 원고에 대하여 2002년 귀속 종합소득세 26,148,530원, 2003년 귀속 종합소득세 금 106,870,640원, 2004년 귀속 종합소득세 금 250,703,300원 및 2006년 귀속 종합소득세 22,122,880원 등 합계 405,845,350원을 부과하였다.

다. 원고는 이에 불복하여 2008. 9. 2. 조세심판원에 심판청구를 제기하였고, 2010. 3. 18. 위 심판청구가 기각되었으나, 피고는 2010. 7. 21. 위 부과처분 중 2002년 귀속 종합소득세 26,148,530원은 부과제척기간이 경과된 것이라는 이유로 이를 직권취소하였다(위와 같이 직권 취소되고 남은 2003년, 2004년 및 2006년 귀속 종합소득세 부과처분을 이하 "이 사건 처분"이라고 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실 갑 제1호증 갑 제2호증, 을 제1호증 내지 을 제4호증, 을 제13호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 ○○시에서 거주하며 농사를 지어온 농업인인데, 원고가 이 사건 토지를 경작하기 위해서 취득하였다가 양도하여 이미 양도소득세를 신고・납부하거나 농지대토에 관한 양도소득세 비과세 규정을 적용받았고, 일부 토지는 원고 본인의 의지와 무관하게 국가에 의하여 공익사업을 위하여 수용되었던바, 이러한 사정에 비추어 이 사건 토지는 부동산매매업을 목적으로 양도한 것으로 볼 수 없음에도 불구하고 피고가 원고를 부동산매매업자로 보아 이 사건 토지의 양도에 관하여 종합소득세를 과세한 이 사건 처분은 위법하다고 주장한다.

나. 관계 법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 인정사실

(1) 원고는 골재생산 판매업 조림 ・ 원예사업 등을 하는 주식회사 □□건설의 주주로서 2000. 2. 28.부터 현재까지 위 회사의 이사로 근무하면서 계속 급여를 받아왔고, 2003년경에는 자동차부품제조업체인 '△△산업'으로 사업자등록을 하였다. 한편 원고의 주소지는 ○○시 ○○면 ○○리 94-3이다.

(2) 원고는 1985년 이후 2007년까지 사이에 [별지1] '1985년 이후 원고의 부동산 취득 및 양도 내역'(이하 '부동산 취득 및 양도 내역'이라고 한다)의 '취득내역'란 기재 와 같이 총 43건의 부동산을 매매 또는 경락 등으로 취득하였고, '양도내역'란 기재와 같이 1989년부터 2006년까지 사이에 총 62건의 부동산을 매매 또는 수용 등을 원인으로 양도하였다. 원고가 위와 같이 취득・양도한 토지는 위 '부동산 취득 및 양도 내역'의 각 '소재지'란에서 보는 바와 같이 원고의 주소지인 ○○시 ○○면 ○○리 뿐만 아니라, ○○시 aa면, bb동, cc면, dd면, ee면, ff동 및 △△시 gg면 등 여러 곳에 산재하여 있다.

(3) 원고는 위와 같이 취득한 토지에 대하여 [별지3] '부동산 변경 이력' 기재와 같이 수차례에 걸쳐서 대규모 토지를 여러 필지로 분할하고, 토지의 지목을 "전, 답, 묘지" 등에서 "공장용지, 대지, 창고용지, 도로" 등으로 지목변경을 하였으며, 인접 토지 등을 합병하거나 경계정정을 하는 등의 작업을 거쳐서 타에 양도하였다. 원고는 이와 관련하여 2000년 - 2006년 사이에 대한지적공사에 경계복원측량신청 28건, 도면작성 2건, 분할측량 82건, 지적현황조사 16건을 의뢰하였다.

(4) 또한 원고는 준농림지역에 있던 원고 소유의 ○○시 ○○면 ■■리 산 22-15 임야 29,056㎡에 대하여는, 원고의 동생으로서 가정주부인 최AA가 대표자로 등기된 ◇◇산업 명의로 하여금 자동차 차체용품공장설립 승인을 받도록 하게 한 뒤 사업자등록은 하지도 아니한 채 위 토지의 평탄작업을 마치고, 2003. 12. 11. 공장신설변경승인, 2004. 1. 29. 토지거래허가를 받아 2004. 2. 12. 주식회사 ●●씨에게 위 토지를 양도하였다.

그리고 원고는 준농림지역에 있던 원고 소유의 ○○시 ●●면 ●●리 122 과수원 2,862㎡에 대하여는, 원고의 형으로서 농사를 짓고 있던 최BB이 대표자로 등록된 □□산업 명의로 금속조립구조재 공장설립 승인을 받게 한 뒤 부가가치세 등 세무 신고 없이 2003. 3. 17. 위 회사를 폐업신고하게 한 다음 토지거래허가를 얻어 2004. 2. 2. 허CC에게 이를 양도하였다.

(5) 원고가 2002년부터 2006년까지 사이에 양도한 이 사건 토지의 실지 양도가액의 합계액은 31억 1,555만 원(이 사건 과세기간인 2003년부터 2006년까지는 27억 7,490만 원)에 이르고, 같은 기간 동안의 원고의 근로소득액은 1억 8,020만 원 정도이었다.

(6) 원고는 위와 같이 이미 양도한 이 사건 토지 외에도 현재 [별지4] '원고의 부동산 보유현황' 기재와 같이 ○○시 및 △△시 일원에 12필지 토지(면적합계 44,987㎡ 기준시가 기준 가액 합계액 5억 1,436만 원 상당)를 보유하고 있다.

[인정근거] 다툼 없는 사실 갑 제1호증 을 제5호증 내지 을 제12호증(각 가지변호 포 함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

(1) 부동산의 양도로 인한 소득이 소득세법상 사업소득인지 혹은 양도소득인지는 양도인의 부동산 취득 및 보유현황, 조성의 유무, 양도의 규모, 횟수, 태양, 상대방 등에 비추어 그 양도가 수익을 목적으로 하고 있는지 여부와 사업활동으로 볼 수 있을 정도의 계속성과 반복성이 있는지 등을 고려하여 사회통념에 따라 판단하여야 하고, 그 양도의 태양이 토지수용법에 의한 협의수용이라 하여 달리 볼 것은 아니며, 그 판단을 할 때에는 단지 당해 양도 부동산에 대한 것뿐만 아니라, 양도인이 보유하는 부동산 전반에 걸쳐 당해 양도가 행하여진 시기의 전후를 통한 모든 사정을 참작하여야 한다. 또한 거주자의 부동산 양도로 인한 소득은, 그 양도가 사업의 일환으로 행하여진 것인지의 여부에 따라 소득세법상 종합소득세의 과세대상인 사업소득이나 양도소득세의 과세대상인 양도소득 중 어느 한 쪽에만 해당되는 것이고, 종합소득과 양도소득은 과세단위를 달리하는 것이므로, 부동산 양도로 인한 소득에 대하여 양도소득세와 종합소득세가 각각 부과된 경우에는 실체관계를 따져 어느 쪽의 부과처분이 위법한 것인지를 판별하여야 하는 것이지, 실체적 위법 여부에 관계없이 언제나 나중에 행하여진 부과처분이 이중과세라는 이유로 무효가 된다거나 위법하게 되는 것은 아니다(대법원 2010. 7. 22. 선고 2008두21768 판결, 대법원 2001. 4. 24. 선고 99두5412 판결 참조). 그리고 과세관청이 부동산 거래로 인한 소득을 양도소득으로 인정하여 양도소득세로 결정한 후 그 결정에 사업소득으로 인정하여야 할 것을 양도소득으로 인정한 오류가 있는 것을 발견하고 사업소득으로 인정하여 종합소득세로 경정하였다 하여 거기에 법적 안정성을 해하는 등과 같은 위법이 있다거나 신의칙에 반한다고 볼 수는 없다(대법원 1995. 11. 7. 선고 94누14025 판결 참조)

(2) 이 사건에서 살피건대, 위 인정사실에 비추어 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ① 원고는 1985년 이후 2006년까지 매매 또는 경락 등으로 43건의 토지를 취득하고, 매매 또는 수용으로 62건의 토지를 양도하였는데, 그 과정에서 상품가치를 높이기 위해서 분할・합병, 경계정정, 지목변경을 거치거나 준농림지역에 속하는 토지거래허가구역 내의 토지들에 대하여 형식상 공장설립 승인을 받아 공장용지로 지목변경을 받는 등이 사건 토지에 대한 일련의 조성・ 개발 작업을 거친 점,② 원고는 2000년 경부터 주식회사 □□건설의 이사로 재직하면서 계속 급여를 받아왔고, 더욱이 원고가 취득한 토지들은 원고의 주소지와 상당히 떨어진 곳에 산재하고 있을 뿐만 아니라 일부 토지의 취득 당시 지목은 농지가 아닌 대지나 묘지, 구거, 임야이었으며, 더욱이 취득 토지들에 대하여 위와 같이 경작과 무관한 분할・합병, 지목변경 등의 과정을 거쳤던바, 이러한 사정들에 비추어 보면 원고가 농업인으로서 직접 자경하기 위해서 이 사건 토지들을 취득하였다는 주장은 선뜻 납득하기 어렵고, 이 사건에서 원고가 이 사건 토지들을 직접 자경하였다고 인정할 만한 자료도 없는 점,③ 원고는 1985년경부터 2005년경까지 사이에 경매나 매매를 통하여 토지들을 지속적으로 취득하였고, 아울러 이러한 토지를 위와 같이 분할・합병하거나 지목을 변경하여 1988년부터 2006년까지 사이에 계속적으로 양도하였으며, 그 부동산 거래 횟수 및 가액도 총 62건에 2002년부터 2006년까지 사이에 거래가액이 31억 1,555만 원에 이르는 등 대규모로 이루어진 점 등을 종합하면, 원고는 이 사건 토지의 양도가 행하여진 2002년 이전부터 사회통념상 사업 활동으로 인정되어지는 형태로 부동산의 거래행위를 하여 왔고, 이 사건 처분의 과세 기간 동안에 이루어진 이 사건 토지들의 양도도 전매이익을 얻을 목적으로 취득하여 이를 보유하다가 그 부동산매매업의 일환으로서 판매한 것으로 인정되므로 이 사건 토지의 양도에 의한 소득은 부동산매매업에서 발생한 소득에 해당한다고 보아야 할 것이다.

(3) 따라서 피고가 원고를 부동산매매업자로 보아 이 사건 토지 중 2002년 양도 분을 제외한 나머지 토지의 양도에 관하여 원고에게 종합소득세를 부과한 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로, 원고의 청구를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.