2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 비철금속 도매업을 영위하는 법인으로서, ○○고철 이CW로부터 2009년 2기 부가가치세 과세기간 중인 2009. 11. 25. 26,437,400원, 2009. 12. 8. 21,290,800원 합계 47,728,000원(이하 '이 사건 매입액'이라 한다)의 매입세금계산서 2매(이하 '이 사건 세금계산서'라 한다)를 교부받아 매입세액 4,772,800원을 납부세액에서 공제하고, 해당금액을 원고 법인의 손금에 산입하여 각 부가가치세 및 법인세 신고를 하였다.

나. 경주세무서장은 2010. 4. 5.부터 같은 해 6. 11.까지 ○○고철에 대한 자료상조사를 실시한 결과 '이 사건 세금계산서는 위장거래에 의한 세금계산서로서 사실과 다르다'는 이유로 위 매입세액을 공제하지 아니하고 지출증빙불비 가산세 규정을 적용하여, 2009년 271분 부가가치세 및 2009년 귀속 법인세를 경정ㆍ고지하도록 피고에게 통보하였다.

다. 이에 피고는 2011. 1. 5. 원고에게 2009년 제2기 부가가치세 8,037,420원을, 2009년 사업연도 법인세 7,702,940원을 각 부과(이하 '이 사건 부가가치세등 처분'이라 한다)하였다.

다. 원고는 이에 불복하여 2011. 4. 7. 조세심판원에 이 사건 부가가치세등 처분의 취소를 구하는 심판청구를 하였으나, 2011. 6. 23. 기각되었다.

라. 한편, 피고는 2011. 8.경 원고에게, 납부기한이 2011. 8. 8.인 2010년 귀속 근로 소득세 10,193,440원의 원천징수를 고지(이하 '이 사건 근로소득세 처분'이라 한다)하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1, 5 내지 7호증(각 가지번호 포함), 을 1 내지 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 소 중 이 사건 근로소득세 처분의 취소를 구하는 청구의 적법 여부

직권으로 이 사건 소 중 이 사건 근로소득세 처분의 취소를 구하는 청구의 적법 여부에 관하여 보기로 한다.

가. 원고는 피고를 상대로 이 사건 근로소득세 처분도 그 취소를 구하고 있으나, 조 세처분의 취소를 구하는 행정소송은 일반의 행정소송에 적용되는 행정심판의 임의적 전치주의와는 달리 반드시 국세기본법이 정한 심사청구 또는 심판청구 등의 전심절차 를 거쳐야 하고, 그러한 적법한 전심절차를 거치지 아니한 채 제기된 행정소송은 부적법하게 된다. 그러므로 보건대, 앞서 본 바에 의하면, 원고가 이 사건 부가가치세등 처분에 대하여는 조세심판원에 대한 심판청구를 적법하게 거친 사실은 인정되나, 이 사건 근로소득세 처분에 대하여는 위와 같은 전심절차를 거쳤음을 인정할 증거가 없고, 부가가치세 처분과 근로소득세 처분은 각기 독립한 별개의 처분으로서 부가가치세 처분만을 대상으로 한 심사청구의 효력이 근로소득세 처분에까지 미칠 수 없을 뿐 아니라 특별히 중복하여 전심절차를 거칠 필요가 없는 경우에도 해당하지 않으므로, 이 사건 소 중 이 사건 근로소득세 처분의 취소를 구하는 소는 부적법하다.

나. 한편, 조세행정에 있어서 2개 이상의 같은 목적의 행정처분이 단계적ㆍ발전적 과정에서 이루어진 것으로서 서로 내용상 관련이 있다든지, 세무소송 계속 중에 그 대상인 과세처분을 과세관청이 변경하였는데 위법사유가 공통된다든지, 동일한 행정처분에 의하여 수인이 동일한 의무를 부담하게 되는 경우에 선행처분에 대하여 또는 그 납세의무자들 중 1인이 적법한 전심절차를 거친 때와 같이, 과세관청과 국세심판원으로 하여금 기본적 사실관계와 법률문제에 대하여 다시 판단할 수 있는 기회를 부여하였을 뿐더러 납세의무자로 하여금 굳이 또 전심절차를 거치게 하는 것이 가혹하다고 보이는 등 정당한 사유가 있는 때에는 납세의무자가 전심절차를 거치지 아니하고도 과세처분 의 취소를 청구하는 행정소송을 제기할 수 있다(대법원 2006. 4. 14. 선고 2005두10170 판결 등 참조). 이 사건이 이러한 경우에 해당하는 지에 관하여 살피건대, 갑 2호증의2, 갑 7호 증, 을 2호증의 각 기재에 의하면, 피고가 원고에게 이 사건 부가가치세등 처분을 하면서 소득종류를 '상여'로, 귀속자를 원고 대표자 윤XX으로, 귀속연도를 '2009년'으로 하여 52,501,020원의 소득금액 변동통지를 한 사실, 이 사건 근로소득세 처분은 귀속연도를 '2010년'으로, 납부기한 2011. 8. 8.로 하여 부과한 사실을 인정할 수 있는 바, 위 인정사실에 의하면, 이 사건 근로소득세 처분은 귀속연도가 '2010년'이고, 이 사건 부가가치세등 처분과 관련한 소득금액 변동통지의 귀속연도는 '2009년'으로 이 사건 부가가치세등 처분과 이 사건 근로소득세 처분이 2개 이상의 같은 목적의 행정처분이 단계적ㆍ발전적 과정에서 이루어진 것으로서 서로 내용상 관련이 있어 기본적 사실관계와 법률문제가 동일하다고 볼 수 없으므로, 이 사건 근로소득세 처분이 특별히 전심절차를 거칠 필요가 없는 경우에 해당한다고도 보기 어렵다.

다. 따라서 이 사건 소 중 이 사건 근로소득세 부과처분의 취소를 구하는 청구는 부 적법하다.

3. 이 사건 부가가치세등 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 원고가 이CW를 대리한 정YK를 이CW로 오인하였으나, ① 거래당시 이CW 의 사업자등록증 및 운전면허증 사본을 교부받은 점, ② 원고가 이CW에 대한 사업자 등록증에 대하여 국세청에 조회를 한 결과 유효한 사업등록자였던 점, ③ 원고가 2회에 걸쳐 폐동을 구입한 후 당일 이CW의 사업자계좌에 그 대금을 송금한 점, ④ 오랜 사업을 하고 있는 원고가 이CW가 자료상임을 알았다면 거래를 할 이유가 없는 점 등을 고려하면, 원고는 선의의 거래당사자에 해당한다.

2) 따라서 피고의 이 사건 부가가치세등 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

1) 거래처인 ○○고철에 관한 정황

가) ○○고철의 사업장인 경주시 안강면 산대리 0000은 나대지 상태로 방치되어 있는 곳으로, 사무실이나 울타리 등 정상적인 사업체를 운영할 수 있는 시설이 전혀 구비되어 있지 않은 장소이다.

나) ○○고철은 2009. 5. 18. 개업하여 2010. 4. 26. 폐업하였는데, 개업 후 2009. 2분기에만 50억 9,600만 원의 매출세금계산서를 발행한 데 비해, 17억 6,000만 원의 매입만이 있어 매입 대비 매출이 지나치게 과대하고, 위 기간 매입 거래처인 GS코리아와 DS통상은 국세청으로부터 자료상으로 고발되거나 실물 매입이 전무한 사업체로 의심받은 업체들이다.

다) 2010. 1분기에 ○○고철은 14억 5,800만 원의 매출세금계산서만 발행하고, 매입 자료는 전혀 없었다.

라) ○○고철은 거래처로부터 송금받은 거래대금을 즉시 현금으로 전액 인출하였고, 2009.2기분 부가가치세 3억 1,200만 원을 납부하지 않았다.

2) 경주세무서장은 이러한 정황에 의거하여 ○○고철 대표 이CW를 고발하였고, 이CW는 경찰에서 어릴 때부터 알고 지내는 선배 정YK의 부탁에 의해 2009. 4.경 자신의 명의를 사용하도록 허락하였고, 그 대가로 약 600만 원을 받았으며, 실제 업무는 모두 정YK가 처리하였고, 자신은 명의만 대여해 주었다는 취지로 진술하였다.

3) 원고는 2009. 11. 25. 이CW 명의의 농협계좌에 29,081,640원을, 2009. 12. 8. 이CW 명의의 기업은행 계좌에 23,419,880원을 각 전화이체의 방법으로 송금하여 주었는데, 원고가 각 입금한 돈은 그 입금일에 그 계좌에 입금된 다른 돈과 같이 모두 현금으로 인출되었다.

4) 원고는 최초 과세전적부심사청구시에는 2009. 11. 25. 신규거래자인 ○○고철 대표 이CW가 직접 차량에 동스크랩을 싣고 원고의 사업장을 방문하였다고 주장하였으나, 원고의 대표 윤XX은 이 법원에서 2009. 11. 25. 폐동을 처음 거래할 당시 ○○고철의 사업주언 이CW의 사업자등록증, 운전면허증사본, 통장사본 등을 받은 후 국세청 홈페이지에서 ○○고철이 정상사업자인지 여부에 대하여 확인을 하였을 뿐, 당시 원자재 파동이 있어 물건을 구하기 어려운 상황이어서 납품을 한 사람이 이CW 본인인지 운전면허증 사진과 대조를 하지 않았다고 진술하고 있다.

5) 이CW와 정YK의 각 자동차운전면허대장에 있는 사진을 보면, 서로 오인할 정도로 닮았다고 보기는 어렵다.

[인정근거] 갑 3, 4, 6 내지 8호증, 을 3 내지 7호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 이 법원의 원고 본인신문 일부결과, 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 판단컨대, 어느 특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래라는 이유로 그 거래에서 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는 부가 가치세법 제17조 제2항 제1의2호가 규정하고 있는 '사실과 다른 세금계산서'에 해당한 다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담함이 원칙이고(대법원 2008. 12. 11. 선고 2008두9737 판결 참조), 일반적으로 세금부과처분 취소소송에 있어서 과세요건사실에 관한 증명책임은 과세권자에게 있다 할 것이다. 그러나 구체적인 소송과정에서 경험칙 에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실이 밝혀지면 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상 적격이 되지 못하는 사정을 입증하지 않는 한, 당해 과세처분이 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수 없다(대법원 2009. 9. 24. 선 고 2009두6568호 판결 등). 또한, 실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 세금계산서는 공급받는 자가 세금계산서의 명의위장사실을 알지 못하였고 알지 못한 데에 과실이 없다는 특별한 사정이 없는 한 그 매입세액을 공제 내지 환급 받을 수 없으며, 공급받는 자가 위와 같은 명의위장 사실을 알지 못한 데에 과실이 없다는 점은 매입세액의 공제 내지 환급 을 주장하는 자가 이를 입증하여야 한다(대법원 2002. 6. 28. 선고 2002두2277 판결 참조)

2) 이러한 법리에 따라 이 사건에 관하여 본다.

가) 앞서 든 증거, 위 인정사실 및 변론 전체의 취지를 종합하면 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 이 사건 세금계산서를 발행한 ○○고철은 단기간의 사업 기간 동안 매출세금계산서만 집중적으로 발행한 후 폐업하였고, 부가가치세는 납부하지도 않았으며, 사업장에 사무실이나 영업의 흔적을 전혀 찾아 볼 수 없어 허위세금계산서를 발행하는 자료상인 것으로 보이는 점, ② ○○고철은 위와 같은 허위세금계산서를 발급한 후 상대방으로부터 송금받은 대금을 즉시 현금으로 인출하여 왔는데, 원고가 송금한 금원도 현금으로 인출된 점, ③ 정상적으로 영업을 영위하는 업체가 거래계좌에 입금된 수입금을 항상 전액 현금으로 인출한다는 것은 납득하기 어려운 점, ④ 이 사건 세금계산서상의 거래가 원고와 ○○고철간의 최초거래였고, 원고 대표 윤XX과 ○○고철 대표 이CW는 사전에 알고 있던 관계가 전혀 아니었음에도, 윤XX은 ○○고철의 사업자등록증, 이CW의 운전면허증 사본, 통장사본 외 별다른 본인 등의 확인을 하지 않은 점, ⑤ ○○고철의 사업자등록증 상의 사업자인 이CW는 정YK에게 명의를 대여하였을 뿐 실제 업무를 한 적은 전혀 없다고 진술하였는바, 이 사건 세금계산서상의 거래당시 현장에 있었던 원고의 대표 윤XX은 위 거래를 하면서 최초에는 이CW가 직접 원고의 사업장을 방문하였다고 주장하였다가 이 법원에서 물건을 판매하는 사람이 사업자등록증, 운전면허증 사본, 통장사본 등 서류를 다 가지고 다니고 있으며 사업자의 면허증 사본만 가지고 와도 물건을 받아준다고 진술하고 있고, 당시 원자재파동이 있어 물건을 구하기 어려운 상황이라고 진술하고 있는 점, ⑥ 원고와 ○○금속 이CW와의 2회의 거래만 있었고, 각각 원고가 송금한 통장이 농협 및 기업은행 통장으로 계좌가 다른 점, ⑦ 원고와 같은 고철 수집ㆍ판매 업체는 고철 수집과정에서 매입세금계산서를 교부받지 못하는 경우가 빈번하여 매입공제를 위해 매입세금계산서를 수집할 필요성이 많은 것이 현실인 점 등을 고려하면, 이 사건 세금계산서상의 거래는 정상적인 거래라 할 수 없어, 경험칙상 원고의 필요에 의해 ○○고철과 거래가 있었던 것처럼 위장한 세금계산서인 것으로 판단되고, 따라서 이 사건 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서인 사실이 추정된다.

나) 그러므로, 원고가 이 사건 세금계산서는 사실과 동일한 세금계산서인 사실 내지 위 세금계산서의 명의 위장사실을 알지 못하였고 알지 못한 데에 과실이 없다는 특별한 사정을 입증하여야 할 것인데, 앞서 본 바와 같은 이 사건 세금계산서 수수 경위, ○○고철의 운영형태, 원고와 ○○고철간의 거래 형태, 거래대금으로 입금된 자금의 흐름, 이CW의 진술 등에 비추어 보면, 갑 3호증의1 내지 6, 갑 8호증의 각 기재, 원고 대표자 윤XX의 본인신문결과는 이를 믿기 어렵거나, 이것만으로 위와 같은 사실을 인정하기에 부족하고, 달리 위 사실을 인정할 만한 증거가 없다.

다) 따라서, 결국 원고의 위 주장은 이유 없고, 앞서 판단한 바와 같이 이 사건 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서이며, 원고는 진정한 매입거래처로부터 세금계산서를 교부받지 않은 사실이 추정되므로, 이 사건 세금계산서를 위장 세금계산서임을 전제로 한 피고의 이 사건 처분들은 모두 적법하다 할 것이다.

4. 결 론

그렇다면 이 사건 소중 이 사건 근로소득세 부과처분의 취소를 구하는 소는 부적법 하여 이를 각하하고, 원고의 나머지 청구인 이 사건 부가가치세등 처분의 취소를 구하 는 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.