2. 항소비용(청구확장으로 인하여 생긴 비용 포함)은 원고가 부담한다.

가. 원고는 2009. 3. 19.부터 2009. 4. 21.까지 00자동차 주식회사(이하'00자동차'라 한다)의 신주인수권(이하 '이 사건 신주인수권'이라 한다)을 매수한 후 이를 계속 보유하던 중 2011. 12. 13. 이를 행사하여 1,376,000,000원(주당 6,880원)을 납입한 후 2011. 12. 22. 00자동차 주식 200,000주를 취득하였다.

나. 원고는 2012. 2. 3.부터 2012. 8. 2.까지 아래와 같이 00자동차 주식(이하 '이 사건 주식'이라 한다)을 양도한 후 법정신고기한 이후인 2015. 3. 31. 이에대한 양도소득세 과세표준과 세액(세율 30%를 적용하였다)을 신고하고 세액을납부하였으며, 피고는 그 신고대로 과세표준 및 세액을 결정하는 신고시인결정을 하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

주식양도일자

양도주식(주)

결정일자

세액(가산세 포함, 원)

2012. 2. 3.

100,000

2015. 5. 18.

2,574,542,930

2012. 6. 25.

500

2015. 6. 11.

15,126,556

2012. 8. 2.

4,500

2015. 6. 11.

130,730,392

다. 원고는 2015. 6. 15. 위 양도소득세 중 가산세 915,597,091원을 감면하여 달라는 "가산세감면 등 신청서"를 제출하였고, 피고는 2015. 7. 1. 가산세 부과는 정당하다는 이유로 원고의 신청을 거부하였으며, 이에 원고는 2015. 7. 1. 이의신청을, 2015. 10. 21. 심사청구를 각 하였으나 모두 기각되었다.

2. 관계 법령

별지 기재와 같다.

3. 피고의 본안전항변에 대한 판단

이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는 제1심 판결의 해당 부분 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.

4. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 원고는 이 사건 주식을 신주인수권을 행사함으로써 취득하였는바, 행사가액의납입은 신주인수권을 행사하기 위한 요건일 뿐 대가의 지급이 아니어서 신주인수권 행사가액을 이 사건 주식의 거래가액이라고 할 수 없으므로, 신주인수권취득가액과그 행사가액은 소득세법 제97조 제1항 제1호 가목의 실지거래가액이 아니다.

신주인수권을 행사하여 행사이익이 발생한 경우 그 행사이익은 양도차익에 포함시킬 수 없고, 이 사건 주식의 취득가액은 주식매수선택권 규정을 유추적용하여 원고가 이 사건 주식을 취득할 당시의 이 사건 주식의 시가를 이 사건 주식의 취득가액으로보거나, 이 사건 주식의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우로서 취득일 이전1월간의 한국거래소의 최종시세가액의 평균액을 취득가액으로 보아야 한다. 위와 같이이 사건 주식의 취득가액을 보는 경우 원고는 양도차손을 입었을 뿐이어서 원고에게 양도소득이 있음을 전제로 한 이 사건 처분은 그 하자가 중대・명백하여 모두 무효이다.

2) 일정한 주권상장법인의 대주주가 주식등을 양도하여 발생하는 소득에 대해서1년미만 보유한 주식등에 대해서는 30%, 1년 이상 보유한 주식등에 대해서는20%의 세율이 적용된다. 신주인수권을 행사하여 취득한 주식의 보유기간은 행사된 신주인수권 보유기간까지 합산하여야 하므로, 이 사건 주식의 보유기간은 이 사건 신주인수권의 보유기간인 2년 이상의 기간이 합산되어 그 양도소득에 대한 세율은 20%가 적용되어야 한다. 그럼에도 피고는 이 사건 주식만의 보유기간만을 인정하여세율 30%를 적용한 이 사건 처분을 하였으므로, 이 사건 처분 중 세율 20%를 초과하는 부분은 그 하자가 중대・명백하여 무효이다.

나. 판단

1) 첫째 주장에 대하여

신주인수권을 매입한 후 이를 행사하여 취득한 주식을 양도한 데 대하여 양도소득세를 과세하는 경우 비록 신주인수권의 보유기간 동안 그 가치가 상승하였다고 하더라도

신주인수권을 처분하지 아니하고 행사한 이상 신주인수권의 가치상승분 등은 주식을

양도할 때 주식의 양도가액에 포함되어 비로소 실현되는 것이고, 신주인수권과 주식은

모두 양도소득에 대하여 과세가 되며 그 세율도 동일하므로 구 소득세법(2013. 1. 1.

법률 제11611호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 소득세법'이라 한다) 제97조 제1항제1호 가목에 따라 양도차익을 산정하기 위하여 양도가액에서 공제하여야 할 필요경비인

신주인수권의 취득가액과 행사가액 등을 공제한 양도차익 전부가 주식의 양도소득이라고할 것이다(다만, 자산의 보유기간에 따라 차이가 나는 세율을 결정함에 있어 주식의

보유기간과 신주인수권의 보유기간을 합산할지 여부만이 문제가 될 뿐이다).

구 소득세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24356호로 개정되기 전의 것, 이하'구 소득세법 시행령'이라 한다) 제163조 제13항에 의하면, 주식매수선택권을행사하여 취득한 주식의 양도차익을 산정할 때 취득가액을 주식매수선택권 행사당시의 시가로 규정하여 주식매수선택권 행사이익을 양도소득에서 제외하고 있으나, 이는 구 소득세법시행령 제38조 제1항 제17호가 주식매수선택권을 행사하여 얻은이익을 근로소득에 포함하도록 정하고 있어 이중과세를 방지하기 위한 규정일 뿐이어서 신주인수권을 행사하여 주식을 취득한 경우에 유추적용할 수 없다.

앞서 든 증거에 의하면, 원고는 이 사건 주식을 아래 표와 같은 취득가액으로 취득

하였다가 양도한 사실이 인정되므로, 이 사건 주식의 양도차익은 있다. 원고의 주장은

양도일자

주식수

(주)

취득가액(원)

양도가액(원)

양도차익(원)

신주인수권매입가액

신주인수권행사가액

합계

2012. 2. 3.

100,000

329,895,550

688,000,000

1,017,895,550

6,728,881,800

5,685,065,074

2012. 6.25.

500

1,636,843

3,440,000

5,076,843

39,400,000

34,009,077

2012. 8. 2.

4,500

14,731,589

30,960,000

45,691,589

346,500,000

299,435,151

2) 둘째 주장에 대하여

가) 과세요건이나 조세감면 등에 관한 법령의 규정이 특정 법률관계나 사실관계에

적용되는지가 법리적으로 명확하게 밝혀져 있지 아니한 상태에서 과세관청이 그 중 어느하나의 견해를 취하여 해석・운영하여 왔는데, 나중에 과세관청의 해석이 잘못된 것으로밝혀졌더라도 그 해석에 상당한 합리적 근거가 있다고 인정되는 한 그에 따른 납세의무자의신고납부행위는 하자가 명백하다고 할 수 없어 이를 당연무효라고 할 것은 아니다(대법원 2014. 1. 16. 선고 2012다23382 판결 참조).

나) 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 가목, 제104조 제1항 제11호에 의하면, 일정한

주권상장법인의 대주주가 주식등을 양도하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득으로

하되, 1년 미만 보유한 주식등의 양도소득에 대해서는 30%, 1년 이상 보유한 주식등의

양도소득에 대해서는 20%의 세율이 적용된다.

신주인수권을 행사하여 주식을 취득한 경우 주식은 신주인수권의 변형이라고 볼 수 있고, 구 소득세법 제104조 제1항 제11호 가목에서 "주식"이 아니라 "주식 등"의 보유기간을 1년 미만으로 정하고 있으며, 신주인수권이 행사되어 취득한 주식의 양도차익에는신주인수권으로 보유한 기간 중의 가치상승분이 포함되어 있으므로, 세율을 결정함에있어 신주인수권의 행사로 취득한 주식의 보유기간은 해당 주식이 행사되기 이전에 신주인수권으로 보유한 기간을 합산하여 정하여야 한다고 볼 여지가 있다.

그러나, 한편 신주인수권은 우선적으로 신주를 배정받을 권리를 말하는 것이어서 법률적,경제적으로 주주로서의 권리를 표창하는 주식과 동일하다고 보기 어려우므로 신주인수권으로보유한 기간이 주식의 보유기간에 포함될 수 없다고 볼 수 있고, 구 소득세법 제98조에 의하면, 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등을 제외하고는 자산의 대금을 청산한 날인 바, 이 사건 주식의보유기간은 주식을 취득한 날, 즉 이 사건 주식의 실지거래가액에 포함되는 신주 행사가액을전부 완납한 날인 2011. 12. 13.이라고 볼 수도 있으므로, 세율 결정을 위한 주식의 보유기간이 주식만의 보유기간을 의미한다는 해석에도 상당한 합리적인 근거가 있다. 따라서 이 사건 처분에 이 사건 신주인수권의 보유기간을 합산하여 결정된 세율인 20%를적용하지 않고 이 사건 주식만의 보유기간으로 결정된 세율인 30%를 적용한 하자가있다 하더라도 그러한 하자가 중대・명백한 하자라고 볼수 없다. 원고의 주장은 이유 없다.

5. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 모두 이유 없으므로 이를 기각하여야 할 것인바,

제1심 판결은 이와 결론을 같이 하여 정당하므로, 원고의 항소와 당심에서 확장된 청구를 모두 기각한다.