상고비용은 피고의 부담으로 한다.

1. 부가가치세법 제5조 제1항 , 제17조 제2항 제5호 , 제22조 제1항 제1호 등의 관계규정에 의하면, 신규로 사업을 개시하는 자는 사업개시일로부터 20일 내에 정부에 등록하여야 하고 사업개시일 전이라도 등록할 수가 있으며 그와 같은 사업자등록을 하기 전의 매입세액은 부가가치세의 납부세액의 결정에 있어 이를 매출세액에서 공제하지 아니할 경우의 하나로 규정하고 있고, 신규로 사업을 개시하는 자가 사업개시일로부터 20일 내에 사업자등록을 신청하지 아니한 때에는 그 사업개시일로부터 등록을 신청한 날이 속하는 기간까지의 공급가액에 대하여 일정비율의 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제하게 되어 있으며, 이때 사업자등록을 하기 전의 매입세액이란 사업자가 등록신청을 하기 전의 매입세액이라고 보아야 할 것이다 ( 당원 1983.6.14. 선고 81누416 판결 참조).

따라서 원심이 확정한 바와 같이 원고가 그 판시와 같이 사업자등록을 마친 후 사업을 영위해왔고 피고가 판시와 같은 서울지방국세청장의 내부지침에 의거하여서 원고의 사업자등록을 직권으로 말소한 후 미등록사업자로 분류하여 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니하고 미등록가산세를 적용하였으나 원고는 사업을 계속하여 이 사건 과세기간중 매출세액과 매입세액이 발생하였다고 한다면 그와 같은 매입세액은 위에서 본 매출세액에서 공제하지 아니할 경우의 하나인 "사업자등록을 하기 전의 매입세액"에 해당하는 것이라 할 수 없고, 또 위 원심확정의 사실관계 하에서라면 이를 사업자등록신청을 하지 아니한 때에 해당한다고 하여서 가산세를 부과할 수도 없다 할 것이다.

2. 뿐만 아니라 사업자등록은 과세관청으로 하여금 납세의무자를 파악하여 과세자료를 확보케 하려는 데에 취지를 둔 사업사실의 신고제도로서 사업자가 소관세무서장에게 사업자등록신청서를 제출함으로써 성립하고, 사업자가 폐업하거나 또는 신규로 사업을 개시하고자 하여 사업개시일 전에 등록한 후 사실상 사업을 개시하지 아니하게 되는 때에는 사업자가 등록말소를 신고하거나 정부가 직권으로 이를 말소하도록 하고 있으므로, 원고가 사업자등록을 마치고 계속해서 사업을 영위하고 있음에도 피고가 이를 말소한 것이라면, 위 등록말소행위는 정당한 조처라고는 할 수 없다.

3. 다만 소관세무서장은 사업자의 적법한 등록신청에 대하여 이를 수리할 뿐 그 사업자등록증의 교부나 검열 등은 그 등록사실을 증명하는 증서의 교부행위 내지 사업자의 신고사실을 증명하는 사실행위에 지나지 않고( 당원 1988.3.8. 선고 87누156 판결 참조) 그 말소 또는 휴,폐업사실의 기재일 뿐 그에 의하여 사업자로서의 지위에 변동을 가져오는 것이 아니라는 점에서 과세관청의 직권말소나 사업자등록증의 회수 등 행위는 불복의 대상이 되는 행정처분으로 볼 수가 없으니, 그에 관하여 원심이 피고의 사업자등록말소가 행정처분이라고 설시한 것이라든지 나아가 이를 무효인 행정지침에 기초한 당연무효의 처분이라고 설시한 것등은 잘못이라고 하겠으나, 원심은 결국 이 사건 원고의 사업자등록을 말소할 사유가 없고 단지 사업자등록이 말소되었다고 하여서 매입세액의 공제를 부인하거나 미등록가산세를 부과한 피고의 과세처분이 모두 위법하다고 보았으므로, 원심이 위 과세처분이 위법하다고 본 결론에 있어서 옳고 위에서 본 설시상의 잘못이 결론에 영향을 미친 바 없다.

이와 반대의 견해에서, 위 사업자등록의 말소가 정당하다거나 또는 등록말소행위가 행정처분이라는 전제 아래 원고가 불복하지 아니한 이상 그 처분이 확정되었다고 하는 등의 논지는 어느 것이나 이유가 없다.

4. 그러므로 상고를 기각하고 상고비용은 패소자의 부담으로 하기로 하여 관여 법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.