김AA

○○세무서장

1. 피고의 상고이유에 관하여

기록에 의하면, 피고는 이 사건 상고 후인 2011. 10. 5. 원고에 대한 이 사건 양도소득세 부과처분 중 OOOO원을 초과하는 부분을 직권으로 취소하는 내용의 경정결정을 한 사실을 알 수 있으므로, 이 부분에 관한 원고의 이 사건 소는 이미 그 효력이 소멸한 처분의 취소를 구하는 것으로서 부적법하게 되었다.

2. 원고의 상고이유에 관하여

" 가. 소득세법(2007. 12. 31. 법률 제8825호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제96조 제2항은 토지 또는 건물을 2006. 12. 31.까지 양도하는 경우에 그 양도소득세액 계산의 기초가 되는 자산의 양도가액을 산정하는 방법과 관련하여 원칙적으로 당해 자산의 양도 당시의 기준시가에 의하되,허위계약서의 작성, 주민등록의 허위이전 등 부정한 방법으로 부동산을 취득 또는 양도하는 경우로서 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 경우'(제5호)와양도자가 양도 당시 및 취득 당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 확정신고기한까지 납세지 관할 세무서장에게 신고하는 경우'(제6호) 등에 있어서는 당 해 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 사이에 실제로 거래한 가액, 즉 실지거래가액 에 의하도록 규정하고 있다.", 그리고 소득세법 제114조 제6항은 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 하여 양도소득세과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 당해 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할 세무서장 등이 실지거래가액을 확인한 때에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득세과세표준과 세액을 경정하도록 규정하고 있다.

" 나. 원심은, ① 원고의 부(父) 김BB가 2006. 7. 13. OO시 OO면 OO리 1259-3 대 719㎡(이하이 사건 제1토지'라 한다)와 같은 리 1265 대 777㎡ 및 그 지상 주택(이하이 사건 제2토지 및 주택'이라 한다)을 주식회사 CC주택에 대금 OOOO원에 일괄하여 매도한 사실, ② 위 매매 당시 김BB는 이 사건 제1토지와 이 사건 제2토지 및 주택을 대금 OOOO원에 함께 매도하는 내용의 매매계약서 외에 이 사건 제1토지를 대금 OOOO원에 매도하는 내용의 매매계약서, 이 사건 제2토지 및 주택을 대금 OOOO원에 매도하는 내용의 매매계약서를 따로 작성한 사실, ③ 김BB는 2006. 8. 31. 위 매매와 관련하여 위와 같이 따로 작성한 매매계약서를 증빙서류로 제출하면서 이 사건 제1토지의 양도가액은 실지거래가액인 매매대금 OOOO원이고, 이 사건 제2토지 및 주택은 1세대 1주택으로서 비과세 대상이라는 내용으로 양도소득세과세표준 예정신고를 하고 이에 따라 산출한 세액 OOOO원을 자진납부한 사실, ④ 그 후 김BB가 2007. 5. 7. 사망하여 원고 등 3인이 그 상속인이 된 사실, ⑤ 피고는 김BB의 예정신고 내용과 달리 총 매매대금 OOOO원을 감정평가액에 비례 ・ 안분하여 이 사건 제1토지의 실지거래가액은 OOOO원, 이 사건 제2토지 및 주택의 실지거래가액은 OOOO원이라고 파악하고, 또한 이 사건 제2토지 및 주택은 고가주택으로서 양도소득세 비과세 대상이 아니라고 보아, 2007. 12. 1. 원고에게 위 실지거래가액을 각 부동산의 양도가액으로 하여 산정한 결과에 따라 원고가 추가 납부할 양도소득세를 OOOO원으로 경정고지하는 내용의 이 사건 처분을 한 사실을 인정하였다. 이어서 원심은, 위와 같은 사실관계에 의하면 이 사건 제1토지의 경우 소득세법 제96조 제2항 제5호, 제6호, 제114조 제6항 등에 따라 실지거래가액으로 양도가액을 산정하여야 한다고 전제하고, 그 판시와 같은 계산을 거쳐 원고가 추가 납부하여야 할 정당한 2006년도 귀속 양도소득세액은 OOOO원이라고 판단하였다. 그러나 위와 같은 원심의 판단은 다음과 같은 이유에서 그대로 수긍하기 어렵다.", " (1) 소득세법 제96조 제2항 제5호의 문언과 내용, 그리고 위 규정이 2006. 12. 31.까지의 부동산 양도에 관하여는 원칙적으로 기준시가에 의하여 그 양도가액을 산정하도록 한 것에 대한 예외라는 점 등에 비추어 볼 때, 부동산의 취득 또는 양도 그 자체와 관련된 것이 아니라 양도자가 양도소득세과세표준 예정선고를 하며 그 실지거래가액에 관하여 사실과 다른 내용의 계약서를 증빙서류로 제출한 것에 불과한 때에는 위 규정의허위계약서의 작성 등 부정한 방법으로 부동산을 취득 또는 양도하는 경우'에 해당한다고 할 수 없다(대법원 2000. 6. 27. 선고 98두16088 판결 등 참조).", " 그리고 소득세법 제96조 제2항 제6호에서 2006. 12. 31.까지의 부동산 양도에 관한 기준시가 과세원칙의 예외로 양도자가 실지거래가액을 신고하는 경우를 들면서 그 신고의 종기를 예정신고기한이 아니라 확정신고기한까지로 규정하고 있는 점, 양도자가 양도소득세과세표준 예정신고를 한 후 그와 다른 내용으로 확정신고를 한 경우에는 그 예정신고의 효력이 소멸되는 점, 이에 따라 소득세법 제114조 제6항의실지거래가액에 의하여 양도소득세과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우'라 함은 양도소득과세표준 확정신고기한까지 실지거래가액에 의한 예정신고 또는 확정신고의 효력이유지되고 있는 경우를 의미한다는 점 등에 비추어 볼 때, 양도자가 실지거래가액에 의하여 양도소득과세표준 예정신고를 한 후 확정신고기한 내에 기준시가에 의하여 양도소득과세표준 확정신고를 한 경우에는 소득세법 제96조 제2항 제6호 또는 제114조 제6항이 적용된다고 할 수 없고, 따라서 당초 예정신고한 가액이 사실과 달라 관할세무서장 등 이 실지거래가액을 확인하였다고 하더라도 그 확인된 실지거래가액에 의하여 양도소득과세표준과 세액을 경정할 수는 없다(대법원 2010. 4. 29. 선고 2009두5237 판결 등 참조).", (2) 원심판결 이유에 의하더라도, 김BB는 양도소득세과세표준 예정신고를 하면서 실지거래가액 신고에 관한 증빙서류로서 이 사건 제1토지에 관하여 따로 작성된 매매계약서를 제출한 것일 뿐 부동산의 취득 또는 양도 그 자체와 관련하여 위 매매계약서를 작성하거나 기타 부정한 방법을 사용하였다고는 보이지 아니하고, 한편 김BB가 이 사건 제1토지의 실지거래가액을 OOOO원이라고 하면서 양도소득세과세표준 예정신고를 한 후 그 상속인인 원고가 김BB의 사망일로부터 6개월이 경과하기 전인 2007. 11. 6. 기준시가에 의하여 확정신고를 하였음을 알 수 있다.

따라서 특별한 사정이 없는 한 이 사건 제1토지의 양도와 관련하여 소득세법 제96조 제2항 제5호, 제6호 또는 제114조 제6항 등을 적용하여 그 실지거래가액에 의하여 양도가액을 산정할 수는 없고, 달리 소득세법 제96조 제2항 각호에서 정한 실지거래가액의 적용 사유가 존재하지 않는다면 원심으로서는 이 사건 제1토지의 경우 그 기준시가에 의하여 양도가액을 산정하고 이를 기초로 원고가 납부할 양도소득세액을 결정하였어야 할 것이다.

그런데도 원심은 기준시가에 의하여 이 사건 제1토지의 양도가액과 양도소득세액을 산정하여야 한다는 원고의 주장을 배척하고, 그 판시와 같은 이유만으로 소득세법 제96조 제2항 제5호, 제6호, 제114조 제6항 등에 따라 실지거래가액에 의하여 이 사건 제1토지의 양도가액을 산정하여야 한다고 판단하여 이에 따라 원고가 납부할 양도소득 세액을 산정하였으니, 이러한 원심판결에는 위 규정들의 해석 등에 관한 법리를 오해하여 필요한 심리를 다하지 아니한 잘못이 있다. 이 점을 지적하는 취지가 포함된 원고의 상고이유 주장에는 정당한 이유가 있다.

그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리 ・ 판단하도록 원심법원에 환송하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.