상고비용은 원고가 부담한다.

1. 상고이유 제1점에 대하여

부가가치세법(2007. 12. 31. 법률 제8826호로 개정되기 전의 것) 제11조 제1항 제4호, 부가가치세법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19892호로 개정되기 전의 것, 이하 '시행령'이라 한다) 제26조 제1항 제3호는 외국을 항행하는 선박에 공급하는 재화에 대하여는 영세율을 적용하도록 규정하면서, 시행령 제64조 제3항 제5호, 제65조 제2항은 그와 같은 영세율이 적용되는 경우 부가가치세 예정신고서 및 확정신고서에 관할세관장이 발급하는 선적완료증명서를 첨부하여 제출하도록 규정하고 있다.

위 규정의 내용을 종합하면, 외국을 항행하는 선박에 공급하는 재화임을 이유로 부가가치세법상 영세율을 적용받기 위하여는 당해 재화가 외국항행선박에 실제로 공급되어야 하며, 그러하지 아니한 이상 관할세관장으로부터 외국항행선박에 대한 선적완료증명서를 발급받아 제출하였다거나 그 선적완료증명서가 허위라는 사실을 알지 못하였다고 하더라도 당해 재화에 대하여 영세율을 적용받을 수 없다고 봄이 상당하다.

원심은 그 채용 증거를 종합하여, ① XXX오일 주식회사(2008. 1. 11. 원고에게 흡수합병되었다. 이하 '원고'라 한다)는 2003년 2기와 2004년 1기의 과세기간 중 선박회사인 ☆☆해운 주식회사와 △△해운 주식회사(이하 '☆☆해운 등'이라 한다)에 공급가액 합계 2,343,875,775원 상당의 외국항행선박용 연료유 합계 7,830,932ℓ(이하 '이 사건 유류'라 한다)를 영세율로 매출하였다는 내용의 부가가치세 신고를 한 사실, ② 그러나 위 과세기간 중 원고가 ☆☆해운 등과 실제로 거래한 적이 없고 이 사건 유류는 외국항행선박에 공급되지 않은 채 국내용으로 전용되었으며, 원고가 부가가치세 신고서에 첨부하여 제출한 이 사건 유류의 공급확인서와 선적완료증명서는 허위임이 밝혀진 사실, ③ 원고는 이 사건 유류의 공급업무와 외국항행선박의 선장으로부터 유류공급확인서를 받아 이를 세관장에게 제출하여 선적완료증명서를 발급받는 업무를 주식회사 ○○켐(이하 '○○켐'이라 한다)에 위임한 사실, ④ 피고는 이 사건 유류가 외국항행선박에 공급되지 않았다는 이유로 그에 대한 영세율 적용을 부인하여 2007. 2. 9. 원고에게 2003년 2기분과 2004년 1기분 부가가치세를 경정ㆍ고지하는 이 사건 처분을 한 사실 등을 인정한 다음, 원고는 이 사건 유류에 대한 선적완료증명서가 허위라는 점을 직접 알았거나 그렇지 않다 하더라도 이 사건 유류의 공급대행자인 ○○켐이 그러한 사정을 앎으로써 원고도 이를 알게 된 것으로 봄이 상당하므로 이러한 허위의 선적완료증명서에 대응하는 이 사건 유류의 공급은 부가가치세법상 영세율의 적용대상이 될 수 없다고 판단하였다.

앞서 본 규정과 법리 및 기록에 비추어 살펴보면, 원심이 원고가 이 사건 유류에 대한 선적완료증명서가 허위라는 사실을 알았다고 보아야 한다는 점을 논거로 든 부분은 부적절하지만, 이 사건 유류가 외국을 항행하는 선박에 실제로 공급되지 아니하여 영세율 적용대상이 될 수 없다고 판단한 결론은 정당하고, 거기에 상고이유로 주장하는 영세율 적용에 관한 법리오해 등의 위법이 없다.원고가 상고이유에서 지적한 대법원 판결들은 이 사건과 사안을 달리하는 것이어서 원용하기에 부적절하다.

2. 상고이유 제2점에 대하여

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상 제재로서 그 의무의 이행을 납세의무자에게 기대하는 것이 무리인 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다(대법원 2009. 9. 10. 선고 2008두16001 판결 등 참조).

원심은 전항에서 본 사실관계 등을 토대로 하여, 관할 세관에서는 공급자가 제출한 유류공급확인서 등에 대한 형식적인 서류심사만을 거쳐 선적완료증명서를 발급하고 있으므로 이 사건 유류에 대한 선적완료증명서가 허위로 작성된 주요 원인은 원고가 허위의 유류공급확인서를 제출하였기 때문인 점, 원고는 이 사건 유류의 공급업무 및 이에 부수한 유류공급확인서 기타 세관서류작성과 신고 업무를 ○○켐에 위임하였으나 ○○켐은 원고의 대행자에 불과하므로 ○○켐의 업무수행으로 인한 책임은 원고에게 귀속되는 점, ○○켐은 이 사건 유류의 공급과 관련하여 작성된 유류공급확인서와 선적완료증명서의 내용이 모두 허위임을 알면서도 원고를 대행하여 이를 교부받은 점 등을 종합하여, 이 사건 유류는 외국을 항행하는 선박에 실제로 공급되지 아니하여 영세율 적용대상이 될 수 없음에도 원고가 자신에게 책임 있는 사유로 허위의 선적완료증명서에 근거하여 영세율 적용대상으로 신고하였으므로 원고에게 이 사건 유류의 공급에 관한 부가가치세 신고・납부 의무의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 할 수 없다고 판단하였다.

앞서 본 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 위와 같은 판단은 정당한 것으로 수긍할 수 있고, 거기에 상고이유로 주장하는 가산세에 관한 법리오해의 위법이 없다.

3. 결론

그러므로 상고를 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.