2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2015. 10. 28. 원고에 대하여 한 각 법인세 부과처분 중 2011 사업연도분 108,751,740원, 2012 사업연도분 102,887,730원, 2013 사업연도분 83,395,890원, 2014 사업연도분 75,695,150원 부분을 각 취소한다.

가. 원고는 1998. 1. 1. "인O시 남O구 호OO로 (OO동)"를 본점 소재지로 하여 설립된 법인으로서, 법인등기부상 "스텐레스 강판 판매업", "스텐레스 제품제조 및 판매업", "스텐레스 가공업", "철강무역업 및 도.소매업" 및 "이에 부대하는 사업 일체"를 그 목적사업으로 하고 있었다.

나. 원고는 2005. 3. 4. 한국OOOO공단과 사이에 아OOOOO단지 내 당O시 송O읍 부O리 공장용지 33,057㎡(이하 '이 사건 토지'라고 한다)에 관한 입주계약을 체결하였고, 같은 날 주식회사 하OOOOOO로부터 이 사건 토지를 매매대금 3,669,899,000원에 매입하였으며, 이에 따라 2005. 10. 6. 이 사건 토지에 관한 소유권 이전등기를 마쳤다.

다. 원고는 2008. 3. 5. 이 사건 토지 지상 공장건물에 관한 건축허가를 받고서 2008. 5. 31. 착공하였고, 2009. 3. 13. 이 사건 토지 지상에 별지1 목록 기재 공장(이하 '이 사건 OO공장'이라고 하고, 이 사건 토지와 이 사건 OO공장을 통틀어서는 '이 사건 부동산'이라고 한다)을 완공하여 그 사용승인을 받았으며, 2009. 4. 8. 이 사건 OO공장에 관한 소유권보존등기를 마쳤다.

라. 원고는 2010. 6. 18. 주식회사 선OO틸(이하 '선OO틸'이라고 한다)에게 이 사건 OO공장 및 그 부지(이 사건 토지 중 일부인 것으로 보인다)를 임대차보증금

400,000,000원, 차임 월 40,000,000원으로 정하여 임대하여 주었고, 선OO틸은 그 무렵부터 현재까지 이 사건 OO공장 및 그 부지를 사용하고 있다.

마. OO지방국세청장은 2015. 8. 17.경부터 2015. 10. 9.경까지 원고에 대한 법인제세통합조사를 실시하고서 "① 이 사건 부동산 전체를 '비업무용 부동산'으로 보아 관련 지급이자 및 감가상각비, 유지관리비용 등을 손금불산입하고, ② 특수관계법인인 주식회사 우OOO피 등에 대한 매출채권을 지연회수한 것에 대하여 업무와 관련이 없는 가지급금으로 보아 인정이자를 익금산입 및 관련 지급이자를 손금불산입하여야 한다" 는 내용의 법인세 경정결의안을 통보하였고, 이에 따라 피고는 2015. 10. 28. 원고에 대하여 2010 사업연도분 56,704,700원, 2011 사업연도분 168,279,857원, 2012 사업연도분 151,154,264원, 2013 사업연도분 149,953,490원, 2014 사업연도분 124,355,621원을 부과하는 내용의 각 법인세 경정.고지처분을 하였다(이하 '이 사건 종전 처분'이라고 한다).

바. 원고는 이 사건 종전 처분에 불복하여 2016. 1. 12. 조세심판원에 심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 2016. 9. 29. 원고의 심판청구를 일부 받아들여(위 ② 부분) 주식회사 우OOO피에 대한 외상매출금의 지연회수와 관련된 지급이자를 손금산입하는 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 심판청구(위 ① 부분)는 기각하는 결정을 하였다.

사. 피고는 2016. 10. 19. 조세심판원의 위 결정에 따라 원고에 대하여 이 사건 종 전 처분에서 부과한 각 법인세를 2011 사업연도분 168,279,857원, 2012 사업연도분 148,203,117원, 2013 사업연도분 136,970,308원, 2014 사업연도분 124,355,621원으로 각 일부 감액하였다(2011 사업연도분 및 2014 사업연도분은 이 사건 종전 처분과 동일하다. 이하 이 사건 종전 처분 중 위와 같이 일부 감액 등으로 남아 있는 부분을 '이 사건 처분'이라고 한다).

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 7호증, 을 제1 내지 3호증의 각 기재(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

가. 아래 (1)항 내지 (4)항과 같은 이유에서, 이 사건 부동산 중 적어도 이 사건 OO공장 및 그 사용에 직접 제공된 부지(원고 주장 직접 제공 부지 면적: 16,500㎡)는 원고의 업무용 부동산인 것으로 보아야 한다.

(1) 제1 주장

원고는 2009. 3. 13. 이 사건 OO공장에 관한 사용승인을 받은 이래 2010년 6월경까지 이 사건 OO공장에 기계 등을 설치하고서 이를 운영함으로써 이 사건 부동산 전체를 직접 사용하여 원고의 법인등기부상 목적사업인 "스텐레스 제품제조업" 등을 영위하다가 2010. 6. 18. 동일한 목적사업을 영위하는 업체인 선OO틸에 이 사건 OO공장 및 그 부지를 임대하여 주게 된 것이므로, 이 사건 OO공장 및 그 부지를 선OO틸에 임대한 것은 원고의 목적사업인 "스텐레스 제품제조업"에 부대하는 사업으로서 실질적으로 원고의 업무에 해당하고, 임대된 상황이라고 하더라도 이 사건 OO공장 및 그 부지는 원고의 업무용 부동산에 해당한다.

(2) 제2 주장

가사 이 사건 OO공장 및 그 부지를 선OO틸에 임대한 것이 실질적으로 원고의 업무에 해당하는 것으로 볼 수 없다고 하더라도, 원고는 2008. 3. 5. 이 사건 토지 지상 공장건물에 관한 건축허가를 받은 뒤 2008. 5. 31. 착공하였으므로, 이는 법인세법 시행규칙 제26조 제3항 제1호 본문 소정의 "토지를 취득하여 업무용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 경우"에 해당하고, 이 경우 당해 부동산을 업무에 직접 사용한것으로 보아야 한다. 그렇다면 이 사건 OO공장 및 그 부지는 원고의 업무용 부동산에 해당한다.

(3) 제3 주장

또한 원고는 2008. 5. 26. 이 사건 토지를 사업장 소재지로 하여 '우OOOO틸 ㈜ OO공장'이라는 명의로 법인사업자등록을 신고하였으므로 이 사건 토지를 처음부터 타에 임대할 목적으로 취득한 것이 아니고, 이후 2010년경까지 이 사건 OO공장에 기계 등을 설치하고서 이를 운영함으로써 이 사건 부동산 전체를 직접 사용하여 원고의 목적사업인 스텐레스 제품제조업 등을 영위하다가 2010. 6. 18. 동일한 목적사업을 영위하는 업체인 선OO틸에 이 사건 OO공장 및 그 부지를 임대하여 주게 된 것인바, 이는 법인세법 시행규칙 제26조 제4항 본문 중 괄호 내 부분 소정의 "공장.건축물의 부속토지 등 법인의 업무에 직접 사용하던 토지를 임대하는 경우"에 해당하고, 이 경우에도 당해 부동산을 업무에 직접 사용한 것으로 보아야 한다.

(4) 제4 주장

한편 원고는 2009년경부터 2014년경까지 이 사건 토지가 구 지방세법(2015. 12. 29. 법률 제13636호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 지방세법'이라고 한다) 제106조

제1항 제3호 가목, 구 지방세법 시행령(2016. 12. 30. 대통령령 제27710호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 지방세법 시행령'이라고 한다) 제102조 제1항 제1호가 정하는 분리과세대상인 '공장용지'임을 전제로 한 각 지방세 부과처분을 받고 이를 납부하여 왔는데, 이 사건 토지가 원고의 비업무용 부동산이라면 이 사건 토지는 분리과세대상인 '공장용지'라고 할 수 없고 종합합산과세대상이 되었어야 할 것인바, 원고로서는 위 각 지방세 부과처분을 받고 지방세 과세관청으로부터 이 사건 토지가 '공장용지'로 인정받았다고 신뢰할 수밖에 없었으므로, 이 사건 토지를 비업무용 부동산으로 보는 것은 신뢰 보호원칙에 반한다.

나. 결국 이 사건 부동산 중 이 사건 OO공장 및 그 부지를 비업무용 부동산으로 보고서 아래 [표] 기재 관련 지급이자, 재산세 및 감가상각비를 손금불산입하여 결정된 세액, 즉 이 사건 처분으로 원고에게 부과된 법인세액 중 2011 사업연도분 108,751,740원, 2012 사업연도분 102,887,730원, 2013 사업연도분 83,395,890원, 2014 사업연도분 75,695,150원 부분은 모두 부당하므로 취소되어야 한다.

3. 관련 법리

가. 관련 법령

별지2 '관련 법령' 기재와 같다.

나. 관련 법리

(1) 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니 하며 특히 조세 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합한다(대법원 1998. 3. 27. 선고 97누20090 판결 등 참조). 한편 법규 상호간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다고 할 것 이다(대법원 2008. 2. 15. 선고 2007두4438 판결 등 참조).

(2) 법인세법 및 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 법인세법'이라고 한다) 제27조 제1호는 법인이 비업무용 자산("해당 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산1)")을 취득.관리함으로써 생기는 비용을 손금불산입하도록 규정하면서 그 비업무용 자산의 범위를 대통령령에서 정하도록 위임하고, 이러한 위임을 받은 법인세법 시행령 제49조 제1항 제1호, 제2항은 비업무용 자산 중 비업무용 부동산의 범위에 관한 일반적인 기준을 제시하는 한편 그 구체적인 내용을 기획재정부령으로 정하도록 위임하고 있고, 그 위임에 따라 법인세법 시행규칙 제 26조는 비업무용 부동산의 범위에 관하여 보다 구체적으로 규정하고 있다. 이러한 각 규정의 입법취지는 타인 자본에 의존한 무리한 기업확장으로 기업의 재무구조가 악화 되는 것을 방지하고 대기업의 금융자산에 의한 부동산투기 및 비생산적인 업종에 대한 무분별한 기업확장을 억제하여 기업자금의 생산적 운용을 통한 기업의 건전한 경제활 동을 유도하며 아울러 국토의 효율적 이용을 도모하기 위한 데에 있다고 할 것이므로, 법인이 보유하고 있는 부동산이 비업무용 부동산에 해당하는지 여부는 위와 같은 비업무용 부동산 관련 차입금에 대한 지급이자 손금불산입 규정의 입법취지와 법인세법 제 27조 제1호가 비업무용 부동산의 구체적인 범위에 관하여 시행령.시행규칙에 위임한 취지 등을 고려하여 판단하여야 한다(대법원 2006. 2. 10. 선고 2005두12527 판결2)).

1) 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것) 제27조 제1호는 "당해법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산"이라고 규정하고 있으나 내용상 차이는 없다.

4. 판단

가. 제1 주장에 관한 판단

(1) 법인세법 및 구 법인세법 제27조 제1호, 법인세법 시행령 제49조 제1항 제1 호의 위임에 따라 손금불산입되는 "법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산"에 있어서의 "법인의 업무"에 관하여 규정하고 있는 법인세법 시행규칙 제26조 제2항에 따르면, "법인의 업무"라 함은 '1. 법령에서 업무를 정한 경우에는 그 법령에 규정된 업무', '2. 각 사업연도 종료일 현재의 법인등기부상의 목적사업(행정관청의 인가.허가 등을 요하는 사업의 경우에는 그 인가.허가 등을 받은 경우에 한한다)으로 정하여진 업무'에 한정된다.

(2) 살피건대, 원고가 2010. 6. 18.부터 이 사건 OO공장 및 그 부지를 선OO틸 에 임대한 것은 "임대사업"에 해당하고, 이는 원고의 법인등기부상 고유한 목적사업이었던 "스텐레스 제품제조업" 등과는 다른 별도의 사업임은 물론 그러한 고유한 목적사업과 사이에 필수적이거나 직접적 또는 본질적인 관련성이 있다고 할 수 없어 그에 부대하는 사업이라고도 볼 수 없으므로(갑 제1호증의 기재에 의하면 원고는 2015. 9. 21.에 이르러서야 "부동산 임대업"을 원고의 법인등기부상 목적사업으로 추가하는 변경등기를 마친 사실을 인정할 수 있다), 원고가 선OO틸에 임대한 이 사건 OO공장 및 그 부지는 원고의 법인등기부상 목적사업으로 "부동산 임대업"이 추가되기 이전까지는 원고 법인의 업무에 직접 사용하는 부동산으로 볼 수 없다. 따라서 원고의 제1 주장은 이유 없다.

나. 제2 주장에 관한 판단

(1) 원고가 2005. 3. 4. 한OOOOO공단과 사이에 이 사건 토지에 관한 입주계약을 체결하고 같은 날 이 사건 토지를 매입하였으며, 2008. 3. 5. 이 사건 토지 지상 공장건물에 관한 건축허가를 받은 다음 2008. 5. 31. 착공한 사실은 앞서 본 바와 같다.

(2) 법인세법 시행규칙 제26조 제3항은 법인세법 및 구 법인세법 제27조 제1호,

법인세법 시행령 제49조 제1항 제1호, 제2항의 위임에 따른 규정으로서, 비업무용 자산의 범위로 "법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산"이라고 정하고 있는 법인세법 시행령 제49조 제1항 제1호를 적용함에 있어서 부동산을 업무에 직접 사용하는 것으로 보는 경우에 관하여 규정하고 있고, 법인세법 시행규칙 제26조 제3항에 따라 비업무용 부동산이 아니라 당해 법인의 업무에 직접 사용한 부동산으로 인정받기 위해서는 토지를 취득하여 업무용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 경우(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)(제26조 제3항 제1호)에 해당하거나 법인세법 시행규칙 제26조 제1항 제2호의 규정에 의한 매매용 부동산을 유예기간내에 양도하는 경우(제26조 제3항 제2호)에 해당하여야 할 것이다(이 사건에서는 법인세법 시행규칙 제26조 제3항 제1호 해당 여부만이 문제가 되고 있다).

(3) 살피건대, ① 법인세법 시행규칙 제26조 제3항 제1호 본문은 부동산을 업무에 직접 사용한 것으로 보는 경우로서 "토지를 취득하여 업무용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 경우"라고 규정하고 있는데, 업무용으로 사용하기 위하여 착공하였다고 하더라도 실제 완공되어 업무에 직접 사용되기 이전까지는 객관적으로 업무에 직접 사용되고 있는 것으로는 볼 수 없다고 할 것임에도 위 규정은 이러한 경우를 업무에 직접 사용하는 것으로 보아 주는 것이어서 특혜규정이라고 할 것인바, 그렇다면 이는 엄격하게 해석되어야 하는 점, ② 법인세 시행규칙 제26조 제3항 제1호 본문은 '부동산을 업무에 직접 사용하는 것으로 보는 경우'로서 "토지를 취득하여 업무용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 경우"라고 규정하고 있을 뿐 "착공이 이루어진 부동산"이라고 명시하고 있지는 아니하고 있어, "착공한 경우"가 당연히 어떠한 토지 지상에 착공이 이루어지기만 하면 해당 부동산(토지 또는 착공된 건축물)을 그때부터 향후 업무에 직접 사용하는 부동산으로 보겠다는 것을 의미한다고 단정할 수는 없고, 그 규정의 문언 내용 자체로는 '착공하는 행위'를 '직접 사용한 행위'로 보아 주겠다는 것으로 보이는 점, ③ 더구나 같은 제1호 단서에서는 "다만, 천재지변.민원의 발생 기타 정당한 사유 없이 건설을 중단한 경우에는 중단한 기간 동안 업무에 사용하지 아니한 것으로 본다"고 규정하고 있고, 제1호 본문은 '착공한 경우'라고 명시하고 있을 뿐 그 완공 여부에 관한 사항은 전혀 규정하고 있지도 아니한데, 제1호 본문의 "착공한 경우"를 "착공이 이루어진 부동산"으로 해석한다면 토지를 취득하여 업무용으로 사용하기 위하여 건설에 착공하기만 하면 이를 업무용 부동산으로 보게 되는 것이어서, 굳이 건설 중단기간 동안에는 업무용에 사용한 것으로 보지 않는다는 단서 규정을 둘 필요가 없을 것으로 보이고, 이러한 단서 규정은 본문의 "착공한 경우"가 착공하여 공사를 진행한 건 설기간 동안 업무에 직접 사용한 것으로 보아 주겠다는 취지임을 전제로 하여 마련된 것으로 볼 여지가 있는 점, ④ 업무용으로의 사용을 위하여 토지상에 건축된 건축물이 완공 이후에 해당 건축물과 그 부지가 실제 어떤 용도로 사용될지 여부는 소유자의 의사나 상황에 따라 얼마든지 변경될 수 있음을 고려할 때, 업무용으로의 사용을 위한 건설에 착공하였다는 사정만으로 해당 건축물과 부지를 완공 이후까지도 업무 직접 사용 여부나 상황에 상관없이 계속하여 업무용 부동산으로 보는 것은 합리적 이유가 있다고 할 수 없고, 건설기간이 종료되어 건축물이 완공된 이후에는 그 실제 사용 상황에 따라 업무용 부동산인지 여부를 판단하여 과세함이 공평과세나 실질과세의 원칙에 부합한다고 할 것인 점 등을 종합하여 보면, 법인세법 시행규칙 제26조 제3항 제1호 본문이 업무에 직접 사용한 것으로 보는 것으로 규정하고 있는 "토지를 취득하여 업무용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 경우"는 법인이 취득한 토지상에 업무용으로의 사용을 위하여 건축물을 착공한 경우에는 그 건축물이 완공되기까지의 건설기간 동안은 그 토지를 업무용 부동산으로 본다는 취지의 규정이라고 봄이 상당하다.

(4) 결국 법인세법 시행규칙 제26조 제3항 제1호 본문은 이 사건 OO공장이 완공된 이후의 사업연도의 법인세 부과처분인 이 사건 처분에 관하여는 적용될 여지가 없으므로, 이와 전제를 달리하는 원고의 제2 주장도 이유 없다.

다. 제3 주장에 관한 판단

(1) 원고가 2005. 3. 4. 한OOOOO공단과 사이에 이 사건 토지에 관한 입주계약을 체결하고 같은 날 이 사건 토지를 매입하였으며, 2008. 3. 5. 이 사건 토지 지상 공장건물에 관한 건축허가를 받은 다음 2008. 5. 31. 착공한 사실은 앞서 본 바와 같고, 앞서 본 증거들에 갑 제8 내지 20호증의 각 기재 또는 영상을 종합하여 보면 원고가 착공 직전인 2008. 5. 26. 이 사건 토지를 사업장 소재지로 하여 '우OOOO틸 ㈜ OO공장'이라는 명의로 법인사업자등록을 한 사실, 이후 원고는 2009. 3. 13. 이 사건 OO공장을 완공하고 사용승인을 받았으며, 2009. 3. 5. 이 사건 OO공장에서 사용할 20톤 크레인을 구입하였고, 위 크레인 등을 이 사건 OO공장에 설치한 사실이 인정되므로, 원고가 2010. 6. 18. 선OO틸에 이 사건 OO공장 및 그 부지를 임대하여 주기 전에 이를 일부나마 원고의 업무에 직접 사용하였던 것으로 볼 여지는 있다.

(2) 그러나 앞서 살핀 바와 같이 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 합리적 이유 없이 확장해석되거나 유추해석될 수는 없으나, 법규 상호간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다고 할것이다.

이 사건에 관하여 보건대, 법인세법 시행규칙 제26조 제4항 본문은 "법인세법 시행령 제49조 제1항 제1호의 규정을 적용함에 있어서 건축물이 없는 토지를 임대하는 경우(공장.건축물의 부속토지 등 법인의 업무에 직접 사용하던 토지를 임대하는 경우를 제외한다) 당해 토지는 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산으로 본다"라고 규정 하고 있고, 해당 조항 자체만으로는 건축물의 부속토지 등 법인의 업무에 직접 사용하던 토지를 임대하는 경우에는 건축물이 없는 토지이더라도 업무에 직접 사용한 것으로 보게 되는 것으로 되어 있다.

한편 법인세법 및 구 법인세법 제27조 제1호, 법인세법 시행령 제49조 제1항 제1 호(가목 및 나목)는 "법인의 업무"에 직접 사용되지 아니하는 부동산에 관한 비용을 손금산입하지 아니하는 것으로 규정하고 있는데, 법인세법 시행령 제49조 제2항의 위임에 따라 마련된 법인세법 시행규칙 제26조 제2항은 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산을 규정한 법인세법 시행령 제49조 제1항 제1호 가목 및 나목에서의 "법인의 업무"를 '1. 법령에서 업무를 정한 경우에는 그 법령에 규정된 업무' 및 '2. 각 사업 연도 종료일 현재의 법인등기부상의 목적사업으로 정하여진 업무'라고 규정하고 있고, 법인세법 시행규칙 제26조 제4항에서 위와 같이 '법인세법 시행령 제49조 제1항 제1호를 적용함에 있어 건축물이 없는 토지를 임대하는 경우 당해 토지는 업무에 직접 사용 하지 아니하는 부동산으로 보되, 건축물의 부속토지 등 법인이 업무에 직접 사용하던 토지를 임대하는 경우를 제외한다'는 규정을 두고 있다.

(3) 위와 같은 법인세 법령상 관련 규정의 내용에서 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 법인세법 및 구 법인세법 제27조, 법인세법 시행령 제49조 제1항 제1호는 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산은 법인 업무와의 직접 관련성이 없다고 인정하여 이에 관한 비용을 손금불산입하는 것으로 정하고 있으므로, 관련 비용이 손금산입되기 위하여는 해당 부동산이 '법인의 업무'에 '직접 사용'되는 부동산에 해당되는 것이 당연히 전제되어야 하고 법인의 업무에 직접 사용되지 아니하는 부동산은 업무용 부동산 자체에 해당한다고 할 수 없다고 보아야 하는 점, ② 이와 같이 법인 업무에 직접 사용하지 아니하는 비업무용 부동산 해당 여부의 판정 등에 관하여 필요한 사항을 기획재정부령으로 정하도록 법인세법 시행령 제49조 제2항이 위임함에 따라 '비업무용 부동산 등의 범위'를 정하고자 법인세법 시행규칙 제26조가 마련된 것이고, 법인세법 시행규칙 제26조는 제2항에서 법인 업무에의 직접 사용 부동산 해당 여부 판정의 기준이 되는 '법인의 업무'를 '법령에 규정된 업무'와 '법인등기부상 목적사업으로 정하여진 업무'로 규정하고 있는데, 법인세법 시행규칙 제26조가 같은 조 제4항에서 건축물이 없는 토지를 임대하는 경우(건축물의 부속토지 등 법인의 업무에 직접 사용하던 토지를 임대하는 경우를 제외)를 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산으로 본다고 규정하면서도 비업무용 부동산 판정에 있어서의 "법인의 업무"를 정한 같은 조 제2항의 내용을 배제한다는 내용을 별도로 규정하고 있지 아니하고 있는 이상, 제4항의 적용에 있어서 '법인의 업무'에 관한 같은 조 제2항의 적용이 당연히 배제되는 것으로는 볼 수 없는 점, ③ 법인등기부상의 임대업이 목적사업으로 되어 있지 아니한 법인이 목적사업 자체와는 무관하게 부동산을 임대하는 것은 객관적으로 법인의 업무에 직접 사용한 것이라고 볼 수는 없고 그것이 해당 법인의 업무에 직접 사용하여 오던 부동산이었다고 하더라도 다르지 아니하며, 이러한 임대 부동산을 해당 법인의 업무에 직접 사용한 부동산으로 보아 관련 비용의 손금산입을 인정하는 것은 공평과세나 실질 과세의 원칙에도 부합한다고 할 수 없는 점, ④ 앞서 본 바와 같이 법인세법 및 구 법인세법 제27조, 법인세법 시행령 제49조 제1항 제1호의 입법취지가 부동산투기 및 비생산적 업종에 대한 무분별한 기업확장을 억제하고 기업의 건전한 경제활동을 유도하고자 하는 것인데, 법인세법 시행규칙 제26조 제4항이 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산으로 보는 것으로 규정하고 있는 '건축물이 없는 토지 임대'의 경우는 투기 목적의 부동산 보유일 가능성이 상당히 있고 부동산의 보유 자체는 생산적 성격을 갖고 있다고 보기 어렵다고 할 것인 것을 고려할 때, 건축물이 없는 토지 임대의 경우를 비업무용 부동산으로 본다는 법인세법 시행규칙 제26조 제4항은 목적사업이 임대업으로 되어 있는 법인이 임대하는 경우이어서 법인의 업무에 직접 사용하는 것으로 보아야 하더라도 임대 대상 부동산이 건축물이 없는 나대지 상태의 토지인 경우까지 업무용 부동산으로 인정하는 것은 지나치다고 보아 임대업을 목적사업으로 하는 법인의 나대지 상태 토지 임대 부분에 관하여는 손금산입을 인정하지 않겠다는 취지에서 마련된 것으로 볼 여지 또한 충분히 있는 점 등을 종합하여 보면, 법인세법 시행규칙 제26조 제4항에 의하여 "건축물의 부속토지 등 법인의 업무에 직접 사용하던 토지를 임대하는 경우"로서 업무에 직접 사용하는 부동산으로 인정되어 관련 비용이 손금산입되기 위하여는 같은 조 제2항이 비업무용 부동산 해당 여부 판정에 있어 "법인의 업무"로 정하고 있는 바와 같이 해당 법인의 법인등기부상 목적사업으로 임대업이 정하여져 있어야 한다고 보는 것이 합목적적 해석이라고 할 것이다.

(4) 앞서 제4의 가.항에서 본 바와 같이 원고는 2011 사업연도부터 2014 사업연도까지의 기간 동안에는 "부동산 임대업"을 "법인의 업무"로 하지 아니하였다고 볼 수 밖에 없고, 그렇다면 원고가 2010. 6. 18.경부터 현재까지 선OO틸에 임대함으로써 2011 사업연도부터 2014 사업연도까지의 기간 동안은 "임대사업"에 제공하였음이 명백한 이 사건 OO공장 및 그 부지는 법인세법 및 구 법인세법 제27조 제1호, 법인세법 시행령 제49조 제1항 제1호, 법인세법 시행규칙 제26조 제2항에 따라 "법인의 업무"와 직접 관련이 없다고 인정되는 부동산으로서 비업무용 부동산이라고 봄이 상당한바, 이처럼 법인세법 시행규칙 제26조 제2항에 따라 비업무용 부동산으로 인정되는 경우에는 법인세법 시행규칙 제26조 제4항 본문 규정이나 같은 항 본문 괄호 내 부분 규정은 적용될 여지가 없다고 할 것이다.

(5) 결국 법인세법 시행규칙 제26조 제4항 본문 괄호 내 부분 역시 이 사건 처분에 관하여는 적용될 수 없으므로, 이와 전제를 달리하는 원고의 제3 주장 역시 나머지 점에 관하여 살필 필요 없이 이유 없다.

라. 제4 주장에 관한 판단

구 지방세법 제106조 제1항 제3호 가목, 구 지방세법 시행령 제102조 제1항 제1호에 따르면 해당 토지가 납세의무자가 소유하고 있는 토지로서 '공장용지'에 해당하는 경우 분리과세대상인 것으로 정하고 있을 뿐 그 요건으로 해당 토지가 '공장용지'로서 법인의 업무에 직접 사용되는 토지일 것까지는 요구하고 있지 아니하고, 업무용 부동산에 관한 손금불산입 여부와 분리과세대상 여부는 직접적 관련성이 없는 별개의 문제 라고 할 것이므로, 지방세 과세관청이 원고에 대하여 이 사건 토지가 분리과세대상인 '공장용지'임을 전제로 한 지방세 부과처분을 하여 왔다고 하여 그러한 지방세 부과처분이 원고에게 이 사건 토지가 원고 법인의 업무에 직접 사용되는 토지라거나 그에 관한 비용이 손금산입된다는 점에 관하여 어떤 신뢰를 형성하였다고 할 수 없다. 따라서 원고의 제4 주장 또한 나아가 살필 필요 없이 이유 없다.

5. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.