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기각
청구법인이 제공한 보건관리업무 대행용역이 부가가치세 면제대상인지 여부

조세심판원 조세심판 | 조심2015중3829 | 부가 | 2015-12-23

[청구번호]

[청구번호]조심 2015중3829 (2015. 12. 23.)

[세목]

[세목]부가[결정유형]기각

[결정요지]

[결정요지]청구법인은 「의료법」에 따른 의료기관이 아닌 「산업안전보건법」에 따라 보건관리업무 대행기관으로 지정된 법인이고, 청구법인에 고용된 의사가 제공하는 용역은 「의료법」에 따른 의료인이 직접 제공한 용역이 아닌 보건관리 대행기관이 제공한 대행용역인 점, 「산업안전보건법」에 따른 보건관리사가 제공하는 용역에 대하여는 「부가가치세법」에 별도의 면세규정이 없는 점 등에 비추어 청구법인이 제공한 보건관리업무 대행용역을 부가가치세 과세대상으로 보아 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없음

[주 문]

심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가.청구법인은「산업안전보건법」상 보건관리자를 전임으로 선임하지 못하는중소기업에 대하여 보건관리자의 업무를 위탁받아 대행하는 보건관리전문기관으로, 보건관리대행 용역(이하 “쟁점용역”이라 한다)에 대하여 부가가치세 면제대상으로 보아 부가가치세를 신고하지 않았다.

나. 처분청은 쟁점용역이 「부가가치세법」(2013.6.7. 법률 제11873호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제12조 제1항 제5호 및 같은 법 시행령(2013.6.28. 대통령령 제24638호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제29조에 따라 부가가치세가 면제되는 의료보건용역으로 열거되지 아니하여 부가가치세 과세대상으로 보아, 2015.1.7. 청구법인에게 부가가치세 2009년 제2기분 OOO2010년 제1기분 OOO2010년 제2기분 OOO2011년 제1기분 OOO2011년 제2기분 OOO2012년 제1기분 OOO2012년 제2기분 OOO2013년 제1기분 OOO및 2013년 제2기분 OOO합계 OOO을 각 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2015.3.20. 이의신청을 거쳐 2015.7.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1)청구법인은 「산업안전보건법」에 의거 “고용노동부장관으로부터 지정받은 보건관리전문기관”으로서, 청구법인이 제공하는 보건관리대행용역은 “국민후생적 의료보건용역”이므로 당연히 면세되어야 한다.

(가) 청구법인과 의료기관이 제공하는 보건관리용역은 일반적인 의료용역이 아닌 「산업안전보건법 시행령」 제17조에 규정되어 있는 보건관리용역이다.

(나) 법에 규정된 동일한 용역을 의사, 간호사가 제공하고 있는 것으로써 법에 규정된 동일한 용역을 제공함에도 불구하고 의료기관에 속한 의사, 간호사가 제공하면 면세되고, 청구법인과 같은 일반법인에 속한 의사, 간호사가 제공하면 과세된다는 해석은 납득이 가지 않는 억지해석으로서 「산업안전보건법」의 입법취지를 이해하지 못한 잘못된 해석인 것이다.

(다)청구법인이 제공하는 보건관리용역은 다른 의료기관이 제공하는 보건관리용역과 마찬가지로 「산업안전보건법」에 의한 고용노동부장관으로 부터 지정을 받은 보건관리대행업체로서 제공하는 용역이다.

모두 「산업안전보건법」에서 정한 인력, 장비, 시설을 갖추어 의료에 관한 지식, 경험, 숙련에 관한 정보를 제공하는 의료보건용역이며, 동일한 보건관리대행업체로서 의료기관이 의사를 고용하여 의료보건용역을 제공하는 것과 청구법인과 같은 일반법인이 의사를 고용하여 의료보건용역을 제공하는 것은 차이가 없다.

(라) 보건관리용역을 수행하기 위한 보건관리기관으로 지정받기 위해서는 「의료기관」이든 청구법인과 같은「일반법인」이든 모두 엄격한 인력 및 시설·장비요건을 갖추어야 하고, 엄격한 요건을 갖춘 보건관리대행기관만이 「산업안전보건법 시행령」 제17조 상의 보건관리업무를 OOO고시하는 동일한 비용으로 제공할 수 있는 것이며, 청구법인도 이에 따라 보건관리대행용역을 제공한 것이다.

(마) 처분청은 일반인이 안마사를 고용하여 안마용역을 제공하는 것은 과세된다는 판례(대법원 2013.5.9. 선고 2011두5834 판결)를 예로 들면서 청구법인이 의사를 고용하여 제공하는 의료용역도 이와 비슷하므로 과세대상이라는 의견이나, 일정한 요건을 갖추지 않은 불특정다수 일반인이 안마사를 고용하여 안마용역을 제공하는 것은 안마용역내용이 법에 근거하지 않으므로 무슨 안마용역을 제공하는지 안마업소마다 불분명하고, 정상적인 안마용역이 제공되고 있는지도 확인이 불가능하므로 당연히 면세되지 않는 것이며, 대법원판례에 판시되어 있는 안마용역은 청구법인이 제공하는 용역과 전혀 다른 별개의 용역이므로 비교대상이 되지 않는다.

(2) 「산업안전보건법」상 보건관리대행용역은 오랜 기간 동안 국세행정의 관행상 면세되는 의료보건용역으로 인정되어 왔다.

(가) 처분청은 「산업안전보건법」 제16조에 의거 보건관리전문기관이 제공하는 보건관리대행용역은 국세행정관행상 면세대상으로 인정하여 1990.7.14. 보건관리제도가 신설 도입된 이래 지금까지 별도로 「부가가치세법」상 면세로 열거됨이 없이도 과세한 사실이 없었으나, 국세청 예규(법규부가2009-73, 2009.3.31., 부가-699, 2014.8.12.)를 근거로 최초로 청구법인에게 과세하였다.

(나) 이와는 달리 「산업안전보건법」 제42조 지정측정기관이 제공하는 작업환경측정용역은 면세대상이 아니라 하여 과세하여 왔으나,재정경제원의 검토(세제실소비세과 500-5321, 1996.2.16.)를 거쳐 2000.12.29.세법개정시 「부가가치세법」상 면세대상으로 열거하여 현재는 과세하지 않고 있다.

(다) 이러한 과세행정은 앞뒤가 맞지 않는 과세행정으로써, 당초 당연히 면세로 인정되어 「부가가치세법」에 굳이 면세로 열거할 필요가 없어서 열거하지 않은 보건관리대행용역은 지금에 와서 열거되지 않았다 하여 과세하고, 작업환경측정용역에 대하여는 당초에 과세대상이었으나 결과적으로는 보건관리용역이므로 면세로 봄이 타당하다고 하여 「부가가치세법」상 면세로 열거하게 되어 면세하는 본말이 전도된 과세행정이 된 것이다.

(3)작업환경측정용역은 “작업환경측정업무를 하고자 하는 법인”이 수행하여도 면세용역으로 인정되고, 보건관리용역은 “보건관리업무를 하고자 하는 법인”이 수행하였다고 하여 면세용역으로 인정하지 않는 처분은 「세법해석의 기준」에 위배되는 잘못된 처분이다.

(가) 보건관리대행용역과 작업환경측정용역은 1995.10.19. 신설된 「산업안전보건법 시행령」이 1997.5.16. 개정되기 전까지 용역제공기관이 대부분 국가·지자체 소속기관, 종합병원, 대학병원 등 의료기관이었으나, 중소규모 영세사업장에 대한 의료보건용역지원을 확대를 위하여 “보건관리업무를 하고자 하는 법인”, “작업환경측정업무를 하고자 하는 일반법인”을 추가하면서 지정기관요건 범위를 확대하였다.

(나) 범위가 확대됨에 따라 보건관리용역과 작업환경측정용역은 1997.5.16. 이후부터는 청구법인을 비롯한 일반법인도 사업자로부터 위탁받아 각각 용역을 제공할 수 있게 되었다.

(다) 보건관리용역은 사업장근로자의 건강보호와 근로자의 건강유지와 증진을 위한 필요한 의학적 조치를, 작업환경측정용역은 근로자의 산업재해예방, 안전 및 보건증진을 위하여 작업장 작업환경을 측정·제시를 주요내용으로 하는 모두 의료보건용역이다.

(라) 그럼에도 불구하고 “작업환경측정업무를 하고자 하는 법인”의 작업환경측정용역은 면세로 열거되었다고 면세로 인정하고, 당연히 의료보건용역으로 볼 수 있는 “보건관리업무를 하고자 하는 법인”의 보건관리 용역에 대하여는 「부가가치세법」에 열거되지 않았다 하여 과세하는 것은 “세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다”는 “세법해석의 기준”을 위반한 처분이다.

(마) 세법을 해석·적용함에 있어서 과세권과 납세자의 재산권 어느 쪽에도 치우치지 않은 엄격한 세법의 해석·적용이 이루어져야 한다는 “과세의 형평”과, 해당 세법의 제정목적을 고려하여 해당 조항의 목적에 합당하게 해석되어야 한다는 것을 의미하는 “해당 조항의 합목적성”을 위반한 처분이므로 마땅히 취소되어야 한다.

(4)처분청은 「국세기본법」상 신의ㆍ성실 및 소급과세의 금지의 원칙을 위반하였다.

(가) 처분청은 「산업안전보건법」에 의한 보건관리대행용역에 대하여 제도도입 이후 청구법인에게 부과처분하기까지 청구법인뿐만 아니라 다른 보건관리대행업체에 대하여도 부가가치세를 과세하지 아니하다가 최초로 2009년 제2기 과세기간부터 부가가치세를 과세하였다.

(나) 처분청은 보건관리대행용역에 대하여 그동안 면세로 인정하면서 제도가 도입된 1990.7.14. 이후로 과세하지 않았고, 청구법인은 그러한 처분청의 견해를 신뢰하고 계속하여 면세로 신고하여 왔으나, 처분청은 그동안 지켜온 상호간의 신뢰를 져버리고 새로운 해석 국세청예규(부가-699, 2014.8.12.)를 근거로 과세하였다.

(다) 이러한 처분청의 처분은 「국세기본법」 제15조의 신의성실의 원칙 및 같은 법 제18조 제3항의 소급과세의 금지의 원칙을 위반한 부당한 처분인 것이다.

(라) 만일 처분청의 예규와 같이 과세대상이라 하여 처분청이 2009년 제2기부터 과세하였다면 청구법인은 늦어도 2010년부터는 사업자로부터 부가가치세를 징수하여 납부하였을 것이고, 보건관리대행기관으로부터 용역을 제공받는 사업자는 매입세액공제를 받았을 것이며, 청구법인은 가산세까지 포함된 부가가치세를 부담하지 않았을 것이다.

(5) 위 내용을 종합해 보면 청구법인이 고용노동부장관이 지정하는 보건관리대행기관으로서 제공하는 보건관리대행용역은 그동안 국세행정관행상 면세되는 의료보건용역으로 인정되어 왔을 뿐만 아니라 국민후생적 의료보건용역이므로 당연히 면세대상이다.

그럼에도 불구하고 처분청이 과세대상용역으로 판단하여 과세한 처분은 착오에 의한 부당한 처분이고, 신의·성실, 세법해석의 기준 및 소급과세금지의 금지의 원칙을 위반한 위법한 처분이므로 마땅히 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 「부가가치세법」에 열거되지 아니한 보건관리대행 용역은 부가가치세가 면제되는 의료보건용역에 해당하지 아니한다.

조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고, 특히부가가치세 면제 규정과 같은 경우 과세 사업과의 형평에 맞게 엄격하게 해석하여야 하는 바(대법원 1998.3.27. 선고 97누20090 판결, 같은 뜻임), 「산업안전보건법」 제17조에 따른 보건관리업무 대행용역은 「부가가치세법 시행령」 제29조에 열거되어 있지 아니하므로 부가가치세 면제용역에 해당하지 아니하는 반면, 「부가가치세법 시행령」 제29조 제12호에 열거된 「산업안전보건법」 제42조의 규정에 의한 지정측정기관이 공급하는 작업환경측정용역에 대해서는 부가가치세를 면제하고 있다.

(2)청구법인이 제공한 보건관리대행 용역은 「부가가치세법」상 의료보건용역에해당하지 아니한다.

「부가가치세법」에 따라 부가가치세가 면제되는 의료보건용역은 「의료법」에 규정하는 의사나 의료기관이 공급의 주체가 되어 「의료법」 규정에 따라 제공하는 의료보건용역을 의미하는 것으로, 「의료법」에 규정하는 의료기관이 아닌 청구법인이 의사를 고용하여 제공하는 의료용역은 부가가치세 면제 대상인 “「의료법」에 따른 의사가 제공하는 용역”에 해당하지 아니한다(대법원 2013.5.9. 선고 2011두5834 선고, 같은 뜻임).

(3) 보건관리 전문법인이 제공하는 보건관리용역은 부가가치세가 면제되지 아니하는 것으로 일관되게 해석하고 있다.

보건관리 대행기관으로 지정된 법인이 제공하는 보건관리업무는 부가가치세가 면제되는 의료보건용역에 해당하지 않는다는 국세청 질의회신(법규부가 2009-73, 2009.3.31., 부가가치세과-699, 2014.8.12.)과 마찬가지로 기획재정부 예규(부가가치세과-384, 2015.5.29.)에서도 일관되게 보건관리 전문법인이 제공하는 보건관리용역은 부가가치세가 면제되지 아니하는 것으로 해석하고 있고, 납세의무 성립일 당시의 조세법규를 근거로 쟁점용역에 대하여 2009년 제2기부터 과세한 처분청의 당초 처분은 적법하므로, 그동안 과세하지 않은 부가가치세를 국세청 예규(부가-699, 2014.8.12.)를 근거로 2015년에 와서야 과세하는 것은 신의성실 원칙과 세법해석의 기준 및 소급과세금지 원칙을 위반한 처분이라는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다.

(4) 「산업안전보건법」제16조에 따라 보건관리 대행기관으로 지정된 법인이 제공하는 같은 법 시행령 제17조에 따른 보건관리 업무의 대행용역은 「부가가치세법」제12조 제1항 제5호 및 같은 법 시행령 제29조에 따른 부가가치세가 면제되는 의료보건용역에 해당되지 아니하므로 처분청이 쟁점용역을 부가가치세 과세대상으로 보아 부가가치세를 과세한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

「산업안전보건법」상 보건관리대행기관으로 지정된 청구법인이 제공한 보건관리업무 대행용역이 부가가치세 면제대상인지 여부

나. 관련 법령 등

(1) 부가가치세법(2013.6.7. 법률 제11873호로 개정되기 전의 것)

제12조【면세】① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

5.의료보건 용역(수의사의 용역을 포함한다)으로서대통령령으로 정하는 것과 혈액

(2) 부가가치세법 시행령(2013.6.28. 대통령령 제24638호로 개정되기 전의 것)

제29조【의료보건용역의 범위】법 제12조 제1항 제5호에 규정하는 의료보건용역은 다음 각 호에 규정하는 것(「의료법」 또는 「수의사법」에 따라 의료기관 또는 동물병원을 개설한 자가 제공하는 것을 포함한다)으로 한다.

1.「의료법」에 따른의사·치과의사·한의사·조산사 또는 간호사가제공하는 용역. 다만, 「국민건강보험법」 제41조 제3항에 따라요양급여의 대상에서 제외되는 다음 각 목의 진료용역은 제외한다.

가. 쌍꺼풀수술

나. 코성형수술

다.유방확대·축소술. 다만, 유방암 수술에 따른 유방 재건술은 제외한다.

라. 지방흡인술

마. 주름살제거술

12. 「산업안전보건법」 제42조의 규정에 의한 지정측정기관이 공급하는 작업환경측정용역

(3) 의료법

제2조【의료인】① 이 법에서 “의료인”이란 보건복지부장관의 면허를 받은 의사·치과의사·한의사·조산사 및 간호사를 말한다.

② 의료인은 종별에 따라다음 각 호의 임무를 수행하여 국민보건 향상을 이루고 국민의 건강한 생활 확보에 이바지할 사명을 가진다.

1.의사는의료와 보건지도를 임무로 한다.

2. 치과의사는 치과 의료와 구강 보건지도를 임무로 한다.

3. 한의사는 한방 의료와 한방 보건지도를 임무로 한다.

4. 조산사는 조산(助産)과 임부(姙婦)·해산부(解産婦)·산욕부(産褥婦) 및 신생아에 대한 보건과 양호지도를 임무로 한다.

5.간호사는상병자(傷病者)나 해산부의 요양을 위한 간호 또는 진료 보조 및 대통령령으로 정하는 보건활동을 임무로 한다.

(4) 산업안전보건법

제16조【보건관리자 등】① 사업주는 사업장에 보건관리자를 두어 제13조 제1항 각 호의 사항 중 보건에 관한 기술적인 사항에 관하여 사업주 또는 관리책임자를 보좌하고 관리감독자에게 조언·지도하는 업무를 수행하게 하여야 한다.

② 관리책임자는 제15조에 따른 안전관리자와 제16조에 따른 보건관리자를 지휘·감독한다.

③ 관리책임자를 두어야 할 사업의 종류·규모, 관리책임자의 자격, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(5) 산업안전보건법 시행령

제17조【보건관리자의 업무 등】① 법 제16조 제2항에 따라 보건관리자가 수행하여야 할 업무는 다음 각 호와 같다.

1. 법 제19조 제1항에 따른 산업안전보건위원회에서 심의·의결한 업무와 안전보건관리규정 및 취업규칙에서 정한 업무

2. 안전인증대상 기계·기구등과 자율안전확인대상 기계·기구등 중 보건과 관련된 보호구(保護具) 구입 시 적격품 선정에 관한 보좌 및 조언·지도

3. 법 제41조에 따라 작성된 물질안전보건자료의 게시 또는 비치에 관한 보좌 및 조언·지도

4. 법 제41조의2에 따른 위험성평가에 관한 보좌 및 조언·지도

5. 제22조 제1항에 따른 산업보건의의 직무(보건관리자가 별표 6 제1호에 해당하는 사람인 경우로 한정한다)

6. 해당 사업장 보건교육계획의 수립 및 보건교육 실시에 관한 보좌 및 조언·지도

7. 해당 사업장의 근로자를 보호하기 위한 다음 각 목의 조치에 해당하는 의료행위(보건관리자가 별표 6 제1호 또는 제2호에 해당하는 경우로 한정한다)

가. 외상 등 흔히 볼 수 있는 환자의 치료

나. 응급처치가 필요한 사람에 대한 처치

다. 부상·질병의 악화를 방지하기 위한 처치

라. 건강진단 결과 발견된 질병자의 요양 지도 및 관리

마. 가목부터 라목까지의 의료행위에 따르는 의약품의 투여

8. 작업장 내에서 사용되는 전체 환기장치 및 국소 배기장치 등에 관한 설비의 점검과 작업방법의 공학적 개선에 관한 보좌 및 조언·지도

9. 사업장 순회점검·지도 및 조치의 건의

10. 산업재해 발생의 원인 조사·분석 및 재발 방지를 위한 기술적 보좌 및 조언·지도

11.산업재해에 관한 통계의 유지·관리·분석을 위한 보좌 및 조언·지도

12. 법 또는 법에 따른 명령으로 정한 보건에 관한 사항의 이행에 관한 보좌 및 조언·지도

13. 업무수행 내용의 기록·유지

14. 그 밖에 작업관리 및 작업환경관리에 관한 사항

제18조【보건관리자의 자격】법 제16조 제2항에 따른 보건관리자의 자격은 별표 6과 같다.

[별표 6]

보건관리자의 자격(제18조 관련)

보건관리자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사람으로 한다.

1. 「의료법」에 따른 의사

2. 「의료법」에 따른 간호사

3. 법 제52조의2 제2항에 따른 산업보건지도사

4. 「국가기술자격법」에 따른 산업위생관리기사 또는 환경관리기사(대기 분야만 해당한다) 이상의 자격을 취득한 사람

5. 「국가기술자격법」에 따른 산업위생관리산업기사 또는 환경관리산업기사(대기 분야만 해당한다)의 자격을 취득한 사람

6. 「고등교육법」에 따른 전문대학 또는 이와 같은 수준 이상의 학교에서 산업보건 또는 산업위생 관련 학과를 졸업한 사람

7. 「고등교육법」에 따른 전문대학 또는 이와 같은 수준 이상의 학교에서 보건위생 관련 학과를 졸업한 사람으로서 산업보건위생에 관한 학과목을 12학점 이상 수료한 사람

제19조【보건관리 업무의 위탁 등】① 법 제16조 제3항에 따라 보건관리자의 업무를 위탁할 수 있는 보건관리전문기관은 지역별 보건관리전문기관과 업종별·유해인자별 보건관리전문기관으로 구분한다.

② 보건관리자의 업무를 보건관리전문기관에 위탁할 수 있는 사업은 상시 근로자 300명 미만을 사용하는 사업 및 외딴곳으로서 고용노동부장관이 정하는 지역에 소재하는 사업으로 한다.

③ 제1항에 따른 업종별·유해인자별 보건관리전문기관에 보건관리 업무를 위탁할 수 있는 사업의 종류는 고용노동부령으로 정한다.

④ 보건관리 업무의 위탁에 관하여는 제15조 제2항을 준용한다.

제19조의2【보건관리전문기관의 지정요건】법 제16조 제3항에 따른 보건관리전문기관으로 지정받을 수 있는 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로서 고용노동부령으로 정하는 인력·시설 및 장비를 갖춘 자로 한다.

1. 법 제52조의4에 따라 등록한 산업보건지도사

2. 국가 또는 지방자치단체의 소속 기관

3. 「의료법」에 따른 종합병원 또는 병원

4. 「고등교육법」 제2조 제1호부터 제6호까지의 규정에 따른 대학 또는 그 부속기관

5. 보건관리 업무를 하려는 법인

제21조【산업보건의의 자격】법 제17조 제2항에 따른 산업보건의의 자격은 「의료법」에 따른 의사로서 직업환경의학과 전문의, 예방의학 전문의 또는 산업보건에 관한 학식과 경험이 있는 사람으로 한다.

제22조【산업보건의의 직무 등】① 법 제17조 제2항에 따른 산업보건의의 직무 내용은 다음 각 호와 같다.

1. 법 제43조에 따른 건강진단 결과의 검토 및 그 결과에 따른 작업 배치, 작업 전환 또는 근로시간의 단축 등 근로자의 건강보호 조치

2. 근로자의 건강장해의 원인 조사와 재발 방지를 위한 의학적 조치

3. 그 밖에 근로자의 건강 유지 및 증진을 위하여 필요한 의학적 조치에 관하여 고용노동부장관이 정하는 사항

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 심리자료 등에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 국세청 전산자료에 의하면 청구법인은 2006.7.28. 개업하였고, OOO에서 사업을 영위하고 있으며, 주종목은 작업환경측정업인 것으로 나타난다.

(나) 「산업안전보건법」에 따라 근로자의 건강보호 유지와 직업병 예방의 직접적인 수단이 되는 보건관리자의 업무들은 청구법인과 같은 산업보건전문기관이 위탁 수행하는 것으로 같은 법 제16조에 따른 보건관리대행·제42조에 따른 작업환경측정·제43조에 따른 특수건강진단 등이며, 이중 보건관리대행을 제외한 작업환경측정과 특수건강진단은 「부가가치세법 시행령」 제35조 제13호와 제1호에 따라 각각 부가가치세가 면제되고 있다.

(다) 청구법인은 쟁점용역을 면세대상으로 보고 아래 <표1>과 같이 신고를 하였고, 처분청은 아래 <표2>와 같이 쟁점용역을 부가가치세 과세대상에 포함하여 이 건 부과처분을 하였다.

(2) 청구법인은 쟁점용역이 부가가치세 면제대상이라고 주장하며, OOO발행한 보건관리대행기관지정서, 보건관리업무 수행기관명부(18개) 등을 제시하고 있다.

(가) 청구법인은 「산업안전보건법」 제16조 등에 의거 고용노동부에 보건관리대행기관(산업보건전문기관)으로 지정(2015.3.20.자 지정서 제출)된 보건관리전문법인으로 보건관리자(의사 등)를 전임으로 선임하지 못하는 중소기업 등에 보건관리자의 업무를 위탁 받아 대행하는 회사이다.

(나) 청구법인은 2009.9.14. OOO청구법인에게 발행한 보건관리대행기관 지정서를 제출하였고, 그 지정내용을 보면 총대행(지정)한계는 사업장 100개소, 근로자 10,000명이고, 대행(지정)지역은 OOO관할지역으로 기재되어 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대,

조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적인 이유 없이 확장해석 하거나 유추해석 하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 부가가치세 면제 규정과 같은 명백히 특혜규정이라 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다 할 것이다.

부가가치세가 면제되는 의료보건용역이란 「의료법」에 규정하는 의사나 의료기관이 공급의 주체가 되어 「의료법」에 따라 제공하는 의료보건용역을 의미하는 것(대법원 2013.5.9. 선고 2011두5834 판결, 같은 뜻임)으로, 청구법인은 「의료법」에 따른 의료기관이 아닌 「산업안전보건법」에 따라 보건관리업무 대행기관으로 지정된 법인이고, 청구법인에 고용된 의사가 제공하는 용역은 「의료법」에 따른 의료인이 직접 제공한 용역이 아닌 보건관리 대행기관이 제공한 대행용역인 점, 「산업안전보건법」 제42조의 규정에 의한 지정측정기관이 공급하는 작업환경측정용역에 대하여는 「부가가치세법 시행령」 제29조에 의거 부가가치세를 면제하고 있으나, 「산업안전보건법」에 따른 보건관리자가 제공하는 용역에 대하여는 별도의 부가가치세 면제규정이 없는 점 등에 비추어 청구법인이 제공한 보건관리업무 대행용역을 과세대상으로 보아 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호 의하여 주문과 같이 결정한다.