가. 피고가 2002. 1. 10. 원고에 대하여 한 1996년도 귀속 근로소득세 2,595,147,220 원의 부과처분 중 2,472,612,970원을 초과하는 부분을 취소한다.

나. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

2. 소송총비용은 9/10는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

피고가 2002. 1. 10. 원고에 대하여 한 1996년도 귀속 근로소득세 2,595,147,220원의 부과처분을 취소한다.

2. 항소취지

가. 원고 : 제1심 판결 중 원고 패소부분을 취소한다. 피고가 2002. 1. 10. 원고에 대 하여 한 1996년도 귀속 근로소득세 2,595,147,220원의 부과처분 중 1,617,593,478원의 부과처분을 취소한다.

나. 피고 : 제1심 판결 중 피고 패소부분을 취소하고, 그 부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다.

가. 원고(변경 전 상호, 주식회사 □□)는 식품제조업 및 판매 ・ 유통업 등을 목적으로 하는 회사로, 1994. 11. 29. 연구소를 건립하기 위하여 원고의 대표이사이자 그 발행주식 총수의 100분의 47 이상을 소유하고 있던 대주주인 남AA로부터 그 소유의 별지 1 토지 목록 기재 각 토지(이하 '이 사건 토지'라 한다)에 관하여 사용승낙을 받은 다음, 1995. 4. 3. ○○군수로부터 위 목록 제14, 15항 기재 토지 중 23,603㎡에 관하여 보전임지전용허가를 받았고, 1995. 6. 22. 경기도지사로부터 이 사건 토지의 일부를 포함한 14,128㎡에 관하여 농지전용허가를 받았는데, 그 과정에서 농지전용부담금 등으로 200,938,390원을 지출하였다.

나. 원고는 1995. 8. 25. 남AA와 사이에 이 사건 토지에 관한 매매계약을 체결하면 서, 매매대금은 추후 원고가 그 부지조성공사를 마친 후 감정평가사의 감정평가를 거 쳐 결정된 금액으로 하기로 약정하였다(이하 위 매매계약을 '이 사건 매매계약'이라 한 다).

다. 이후 원고는 토목공사비 665,857,490원을 투입하여 부지조성공사를 완료한 후 △△감정평가법인에 이 사건 토지의 감정평가를 의뢰하였는데, △△감정평가법인은 1996. 5. 9. 이 사건 토지에 관하여 보전임지전용허가 및 농지전용허가를 거쳐 연구소 신축을 위한 부지조성공사가 완료됨에 따라 그 현황이 대지로 변경되었음을 기준으로 하여 이 사건 토지의 가액을 ㎡당 500,000원인 8,770,000,000원으로 평가하였다.

이에 따라 원고는 1996. 5. 12. 남AA와 사이에 이 사건 매매계약에 따른 매매대금을 8,700,000,000원(이하 '이 사건 매매대금'이라 한다)으로 확정하고, 1996. 6. 5. 위 금액에서 남AA에게 계약금 및 중도금으로 이마 지급한 금원을 제외한 나머지 금원을 지급한 후 같은 달 19. 이 사건 토지에 관한 소유권이전등기를 경료하였다.

라. 그런데 피고는 이 사건 토지의 적정 시가를 합계 2,015,631,050원{지목이 대지인 토지들에 관하여는 위 △△감정평가법인의 평가액 500.000원/㎡, 지목이 전답인 토지들에 관하여는 중앙토지수용위원회의 의뢰에 따라 한국감정원 및 △△감정평가법인이 1996. 5. 3.을 가격시점으로 하여 평가한 인근 전답의 평균가액인 119,675원/㎡(전) 및 117,675원/㎡(답), 지목이 임야인 토지들에 관하여는 한국토지개발공사가 1995. 9. 28. 남AA로부터 협의취득 한 인근의 ○○시 ○○읍 ○○리 산 36-2 임야의 취득가액인 56,500원/㎡를 각 적용하여 산출한 금액}으로 보고, 원고가 남AA로부터 이 사건 토지를 8,700,000,000원에 매입한 것은 특수관계자로부터 자산을 고가로 매입한 것이라는 이유로 구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문개정되기 전의 것, 이하 같다) 제20조 및 구 법인세법시행령(1998. 5. 16. 대통령령 제15797호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제46조 제2항 제4호에 의하여 그 차액 6,684,368,950원(= 8,700,000,000원 - 2,015,631,050원)을 익금에 산입한 후 위 차액에서 원고가 자산으로 계상한 토목공사비 665,857,490원과 기상여 처분금액 취소분 110,061,917원을 차감한 5,908,449,543원을 남AA에게 상여처분하여 원고에게 소득금액변동통지를 하였으나, 원고가 근로소득세 원천징수 납부를 하지 아니하자, 2002. 1. 10. 원고에게 1996년도 귀속 근로소득세 2,595,147,220원을 부과하는 이 사건 처분을 하였다.

마. 한편 원고는 연구소 부지를 확보하는 과정에서 이 사건 토지에 인접한 양BB 소유의 ○○시 ○○읍 ○○리 352-2 답 2,565㎡(약 776평)를 매입하기로 하면서, 1994. 6. 당시 위 일대 토지의 시가를 전과 답은 평당 300,000원에서 400,000원, 대지는 평당 1,300,000원에서 1,800,000원으로 파악하고, 양BB 소유의 위 토지는 지목이 답으로 되어 있어 평당 350,000원이면 매입할 수 있는데 향후 대지로 전환하면 시가가 평당 1,400,000원 정도로 상승하게 되므로 위 토지를 조속히 매입하되 잔금은 대지조성이 완료된 후에 지급하기로 방침을 정하였다.

이에 따라 원고는 1994. 6. 11. 양BB와 사이에 위 토지에 관하여 매매대금을 271,600,000원(㎡당 약 105,887원, 평당 350,000원)으로 정하여 매매계약을 체결한 다음 양BB로부터 위 토지에 관한 사용승낙을 받고, 이후 1995. 6. 22. 위 토지에 관하여 농지전용허가를 받았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 갑 제3 내지 6호증의 각 1, 2, 갑 제13호 증의 1 내지 27, 갑 제14호증의 1 내지 5 을 제1호증의 1, 2, 을 제2, 3호증, 을 제4 호증의 1 내지 7, 을 제5호증의 1, 2, 을 제8 내지 10호증, 을 제15 내지 17호증의 각 기재, 제1심 증인 이CC의 증언, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

1) 원고의 주장

가) 원고는 이 사건 매매계약 당시 이 사건 토지의 시가가 불분명하여 관계 법령에 따라 감정평가법인의 감정을 거쳐 매매대금을 정하였는바, 이 사건 토지의 적정 시가는 이 사건 매매대금 8,700,000,000원 중 원고가 부지조성 등을 위하여 지출한 비용 866,795,880원을 공제한 7,833,204,120원이다.

나) 설령 이 사건 매매대금이 객관적인 시가에 상당하는 것으로 볼 수 없다고 하더라도, 환송 전 당심 감정인이 1996. 6. 5.을 가격시점으로 하여 이 사건 토지의 현황이 연구소용 부지 내지 전원주택 부지임을 전제로 평가한 이 사건 토지의 감정가액인 6,840,600,000원 내지 6,051,300,000원, 적어도 제1심 감정인이 이 사건 토지의 현 황이 대지임을 전제로 평가한 이 사건 토지의 감정가액인 5,104,140,000원에서 각 원고가 부지조성 등을 위하여 지출한 비용 866,795,880원을 공제한 금원을 시가로 보아 야 할 것이다.

다) 반면에, 피고가 이 사건 토지의 적정 시가라고 주장하는 2,015,631,050원은 관계 법령에서 허용되지 않는 방법으로 평가한 것일 뿐만 아니라, 인근 토지의 거래사례나 개발 등으로 인한 이익을 반영하지 아니하여 이를 이 사건 토지의 적정 시가로 볼 수 없다.

라) 따라서 위 2,015,631,050원이 이 사건 토지의 적정 시가임을 전제로 한 이 사건 처분은 ① 이 사건 매매계약이 부당행위계산 부인대상에 해당하지 아니한다는 점에서 위법하며, ② 가사 이 사건 매매계약이 부당행위계산 부인대상에 해당한다고 하더라도 이 사건 부과처분 금액이 과다하다는 점에서 위법하다.

2) 피고의 주장

피고가 이 사건 처분을 할 당시 한 시가평가는 객관적이고 합리적인 방법에 의한 시가로 볼 수 있으므로, 이 사건 처분은 적법하다.

나. 관계 법령

별지 3 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 부당행위계산 부인대상의 해당 여부

가) 구 법인세법 제20조예 정한 부당행위계산 부인이란 법인이 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 구 법인세법 시행령 제46조 제2항 각 호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이고, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래 행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인 지의 여부에 따라 판단하되, 비특수관계자 간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 한다(대법원 1996. 7. 26. 선고 95누8751 판결, 대법원 2007. 12. 13. 선고 2005두14257 판결 등 참조).

나) 이 사건의 경우, 위 인정사실에서 나타나는 다음과 같은 사정, 즉 이 사건 매매계약 당시 원고에게 연구소 건립을 위하여 반드시 이 사건 토지를 사용하지 않으면 안 되는 부득이한 사정이 있었다고는 보이지 않는 점, 원고는 지목이 전 ・ 답 등인 토지를 매수하여 대지로 조성하는 경우 그 시가가 급격히 상승하리라는 것을 잘 알고 있었던 점 등을 종합하여 보면, 남AA가 개인 소유의 이 사건 토지에 대하여 원고 비용을 들여 보전임지전용허가와 농지전용허가를 받은 후 이 사건 매매계약을 체결하고 그 매매대금 역시 원고 비용을 들여 이 사건 토지를 대지로 조성한 후 그 변경된 현황을 기준으로 산정한 행위는 상법상 이사의 충실의무에 위배된 행위이고, 이 사건 매매계약은 시가를 초과하여 원고의 노력과 비용으로 이루어진 지가상승분까지 대표이사 개인에게 귀속시킨 것으로서 경제적 합리성이 결여된 비정상적인 행위이므로, 구 법인세법 제20조, 구 법인세법 시행령 제46조 제2항 제4호 소정의 부당행위계산 부인대상에 해당한다 할 것이다.

2) 이 사건 토지의 시가

가) 구 법인세법 제20조, 구 법인세법 시행령 제46조 제2항 제4호는 '출자자 등으로부터 자산을 시가를 초과하여 매입한 때'를 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우의 하나로 들고 있고, 구 법인세법 제32조 제5항, 구 법인세법 시행령 제94조의2 제1항 제1호는 '법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 이익처분에 의한 상여 ・ 배당 ・ 기타소득 ・ 기타사외유출로 한다'고 규정하고 있다.

위 각 규정과 부당행위계산 부인 제도의 취지, 저가양도로 인한 부당행위계산 부인에 있어 매매계약체결시기와 양도시기가 다른 경우 토지 등의 양도가 부당행위계산에 해당하는지 여부는 그 대금을 확정 짓는 거래 당시를 기준으로 판단하는 반면, 그 토지의 양도차익을 계산함에 있어서는 양도가액을 양도시기를 기준으로 산정하고 이는 그 선택의 이유와 기준을 달리하므로 양자가 기준시기를 달리 본다고 하여 불합리한 것은 아닌 점(대법원 1989. 6. 13. 선고 88누5273 판결, 대법원 1999. 1. 29. 선고 97누15821 판결 참조), 이러한 기준시기의 구별은 고가매입의 경우의 세무회계 처리방법, 소득처분의 시기와 방법에 비추어 동일하게 적용될 수 있는 점 등을 종합하면, 고가매입으로 인한 부당행위계산 부인의 경우에도 토지 등의 취득이 부당행위계산에 해당하는지 여부 결정의 기준시기는 거래 당시인 반면, 그 익금에 산입하여 소득처분할 금액 산정의 기준시기는 특별한 사정이 없는 한 그 취득시기로 봄이 상당하다 할 것이므로, 이 사건 토지의 취득시기인 1996. 6. 5. 당시의 시가를 이 사건 토지의 시가로 보아야 할 것이다.

나) 나아가 고가매입의 기준이 되는 이 사건 토지의 시가에 관하여 살피건대, 이 사건 토지의 객관적 교환가치를 인정할 자료가 없는 이상 시가가 불분명한 경우에 해당하므로, 구 법인세법시행규칙(1997. 3. 29. 총리령 제622호로 개정되기 전의 것) 제16조의2에 따라 '지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률'에 의한 감정평가법인이 감정한 가액에 의하거나, 감정한 가액이 없는 경우에는 개별공시지가에 의하여 그 시가를 평가하여야 할 것이다.

그런데 이 사건 매매대금 중 보전임지전용허가 및 농지전용허가, 부지조성공사 등으로 인한 지가상승분에 해당하는 부분은 원고의 노력과 비용으로 이루어진 것임은 앞서 본 바와 같으므로 이 사건 토지의 매매가액을 산정함에 있어서 보전임지전용허가 및 농지전용허가, 부지조성공사 등으로 인한 지가상승분은 제외되어야 한다고 봄이 상당하다 할 것인데, 제1심 감정인 양DD의 감정결과에 의하면, 위 감정인은 1996. 6. 5.을 가격시점으로 하고, 1994. 11. 29.자 남AA의 원고에 대한 이 사건 토지의 사용승낙이 있기 이전의 현황대로 그 지목을 전・답으로 상정하여 그 시가를 2,294,118,000원으로 평가한 사실을 인정할 수 있으므로(위 감정평가액을 제외한 나머지 제1심과 환송 전 당심에서의 다른 감정결과들은 가격시점을 1996. 6. 5.로 하지 않거나, 원고 비용으로 이 사건 토지가 일부 개발이 된 상태, 또는 개발이 완료된 현황을 반영한 것들이므로 그 결과를 이 사건에 있어서 시가로 인정하기에는 부적절하다), 이 사건 토지의 이 사건 매매계약 당시의 시가는 2,294,118,000원이라 할 것이다.

다) 한편, 갑 제12호증의 1, 2, 4, 5, 6의 각 기재에 의하면, 원고가 1996. 7. 4. 박EE로부터 ○○시 ○○읍 ○○리 250-1 전 262㎡를 280,000,000원에 매입한 사실, 이 사건 매매계약 체결을 전후로 1995. 6. 15. ○○시 ○○읍 ▽▽리 산 29 임야 8,826 ㎡가 1,468,500,000원에, 같은 리 246 답 863㎡가 104,400,000원에, 같은 리 247 답 916㎡가 110,800,000원에, 같은 리 248 답 3,236㎡가 391,600,000원에, 같은 리 164-2 답 3,246㎡가 343,700,000원에, 같은 리 96 임야 19,567㎡가 1,538,940,000원에, 1995. 8. 17. ○○시 ○○읍 ○○리 255-9 임야 559㎡가 176,000,000원에, 1995. 10. 9. ○○시 ○○읍 ▽▽리 177-9 답 1,376㎡가 560,100,000원에, 1995. 11. 1. ○○시 ○○읍 ▽▽리 157-1 답 1,686㎡, 같은 리 159 전 490㎡가 862,800,000원에 각 거래된 사실은 인정되나, 위 각 토지와 이 사건 각 토지가 위치, 규모, 용도, 거래시점 등 토지가 갖는 개별성에 비추어 동일 조건 아래에 있다고 볼 아무런 증거가 없으므로, 인근 토지의 매매사례에 비추어 볼 때 이 사건 매매대금이 객관적 시가에 상당하다는 원고의 주장 은 받아들이지 아니한다.

3) 소결

따라서 원고에게 인정할 남AA의 소득금액은 이 사건 매매가액과 위 적정시가의 차액인 6,405,882,000원(= 8,700,000,000원 - 2,294,118,000원)에서 원고가 이 사건 각 토지를 부지로 조성함에 있어 토목공사비로 지출하였음을 이유로 자산에 계상하였던 665,857,490원 및 기 상여처분금액 취소분 110,061,917원을 차감한 5,629,962,593원(= 6,405,882,000원 - 665,857,490원 - 110,061,917원)이므로, 피고가 이 사건 매매계약이 부당행위계산에 해당함을 이유로 원고에게 부과할 1996년도 귀속 근로소득세는 별지 2 세액산출내역표 중 환송 후 당심이 산출한 세액란 고지세액항 기재와 같이 2,472,612,970원임이 계산상 명백하다.

그러므로 피고가 이 사건 매매계약을 구 법인세법시행령 제46조 제2항 제4호 소정의 '출자자 등으로부터 자산을 시가를 초과하여 매입한 때'에 해당되어 구 법인세 법 제20조의 부당행위계산 부인의 대상이 된다고 보아 이 사건 매매계약 당시의 시가인 1,930,880,000원을 상회하는 2,015,631,050원과 이 사건 매매대금의 차액을 남AA에 대한 상여로 소득처분한 후 근로소득세를 부과한 이 사건 처분 중 2,472,612,970원을 초과하는 부분은 위법하므로 취소되어야 한다.

3. 결 론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 피고의 항소를 일부 받아들여 제1심 판결을 위와 같이 변경하기로 하여 주문과 같이 판결한다.