소송비용은 피고의 부담으로 한다.

각 성립에 다툼이 없는 갑 제1호증, 갑 제2호증의 1, 2, 갑 제4호증의 1, 2, 갑 제5 내지 9호증, 을 제1, 2호증의 각 기재에 당사자 변론의 전취지를 종합하면, 원고는 여러가지 목적을 가진 특수합금 알루미늄 선박 및 기타 선박의 수리 및 건조업 등을 영위하는 법인으로서 1985.4.20. 해양경찰대(계양담당자 재무관 총경 조용규)로부터 신예 250톤급 경비함정 1척의 건조공사를 총도급금액 금 2,739,000,000원(공급가액 금 2,490,000,000+부가가치세 금 249,000,000원)에 수급한 후 1986.2.17. 그 선수금 1,245,000,000원을 수령하면서 당해 부가가치세 금 124,500,000원을 징수하고 공급가액을 금 1,245,000,000원, 부가가치세를 금 124,500,000원으로 기재한 일반세율 세금계산서를 작성 교부한 다음 같은 해 4.25. 1986년 제1기분 부가가치세 예정신고시에 위 선수금 1,245,000,000원을 일반세율 과세표준금액에 포함시켜 신고하고 징수한 위 부가가치세 금 124,500,000원을 자진납부하였다가 같은 해 5.13. 해양경찰대에 대한 감사원 감사결과 위 경비함정은 조세감면규제법 제73조 제1호 에 의하여 부가가치세 영세율이 적용되는 방위산업물자인데도 위 계약체결시 해양경찰대가 원고에게 부가가치세를 징수당한 것은 잘못이라는 지적이 있고 이를 통보받자 같은 해 5.21. 위 경비함정 건조공사의 총도급금액을 금 2,490,000,000원(당초의 총도급금액 금 2,739,000,000원-부가가치세 금 249,000,000원)으로 수정하는 계약서를 다시 작성하고 이에 따른 영세율 세금계산서를 작성 교부한 다음 같은해 5.26. 국세기본법 제45조 에 의하여 위 선수금 1,245,000,000원을 영세율과세표준금액에 포함시켜 과세표준 수정신고를 한 사실, 이에 대하여 피고는 위 경비함정이 감사원의 위 지적과 같이 부가가치세영세율 적용대상 물자인 것이 분명하다하여 위 선수금에 대한 매출세액을 영세율을 적용하여 감액갱정하면서 다만 원고가 위 수정신고시에 조세감면규제법시행령 제58조 제4항 제1호 소정의 납품증명서를 첨부하지 아니하였으므로 이를 적법한 수정신고로 볼 수 없고 따라서 원고는 위 예정신고시나 수정신고시에 위 거래에 따른 영세율과세표준을 신고하지 아니한 셈이 된다 하여 부가가치세법 제22조 제4항 에 따라 영세율과세표준신고불성실가산세 금 12,450,000원(신고하지 아니한 영세율과세표준금액 1,245,000,000X100분의 1)을 산출하여 이를 1987.4.16.자로 원고에 대하여 부과고지한 사실을 인정할 수 있고 반증이 없다.

2. 과세처분의 적법여부

원고는 이 사건 청구원인으로서, 국세기본법 제49조 에 의하면 정부는 같은 법 제45조 의 규정에 의하여 과세표준수정신고서를 제출한 자에 대하여는 당초 신고의 과소로 인하여 부과하여야 할 가산세를 그 수정된 범위내에서 면제하도록 되어 있고, 다만 조세감면규제법시행령 제58조 제4항 제1호 에 의하면 같은 법 제73조 제1호 에 의하여 영세율이 적용되는 재화의 공급에 관하여는 그 부가가치세예정신고, 확정신고 또는 영세율 등 조기환급신고를 하는 때에 당해 신고서에 공급받는 기관의 장이 발행하는 납품증명서를 첨부하여 제출하도록 규정되어 있으나 그 취지는 과세관청이 영세율 신고의 진정여부를 확인하여야 하는 행정력의 낭비를 막기 위한 것에 불과하므로 당해 재화가 영세율 적용대상 물자인 것이 분명한 이상 영세율을 증명하는 서류를 첨부하지 아니하였다 하여 그 수정신고를 부적법하다고는 볼 수 없을 뿐 아니라 위 예정신고 또는 수정신고 당시 원고는 아직 위 경비함정을 납품은 커녕 건조조차 하지 못하여 그 납품증명서를 발급받을 수 없는 상태에 있었으므로 납품증명서의 미첨부를 원고의 귀책사유로 돌릴 수는 없는 것임에도 피고가 원고의 위 수정신고를 납품증명서의 첨부가 없다는 이유로 부적법하다고 보아 이 사건 가산세부과처분을 한 것은 위법하다고 주장하고, 이에 대하여 피고는 위와 같은 경위로 한 이 사건 부과처분은 적법하다고 주장한다.

그러므로 살피건대, 부가가치세법 제22조 소정의 가산세는 같은법에 의한 과세의 적정을 기하기 위하여 납세의무자에게 일정한 사항의 의무를 과하고 그 이행을 확보하기 위하여 납세의무자가 이들 의무를 해태하였을 때 그에 대하여 가해지는 일종의 행정벌적인 성격을 가지는 제재로서 그 의무를 해태함에 있어 정당한 사유가 있는 경우에는 가산세를 부과할 수 없다고 할 것인 바, 이 사건에 있어 앞에 나온 각 증거에다 각 성립에 다툼이 없는 갑 제3호증의 1, 2의 각 기재 및 증인 김형철의 증언과 당사자변론의 전취지를 종합하면, 원고는 당초 이 사건 경비함정이 조세감면규제법 제73조 제1호 에 의한 부가가치세영세율 적용대상물자인 줄을 알지 못하고 위 도급계약을 맺었다가 계약 후 1986.3.8. 그 부가가치세예정신고에 즈음하여 혹시나 위 함정이 부가가치세영세율 적용대상물자가 아닌가 하고 국세청장에게 질의까지 하였으나 국세청장으로부터 명확한 답변을 듣지 못하자 위 선수금의 수령에 관하여 우선 일반세율을 적용한 부가가치세예정신고를 하고 징수한 위 부가가치세 금 124,500,000원을 자진납부까지 하였다가 그 후 감사원의 지적을 받은 해양경찰대로부터 위 함정이 부가가치세영세율 적용대상물자라는 이유로 위 계약의 수정요청을 받고는 즉시 위 계약을 수정함과 동시에 영세율을 적용한 수정세금계산서를 작성 교부하고는 납부한 위 부가가치세를 환급받아 해양경찰대에 반환한 다음 다시 적법한 기간내인 1986.5.26. 영세율과세표준 수정신고까지 마쳤으나 다만 도급계약에서 정한 기한에 따라 같은 해 12.20.에야 위 함정의 건조를 완성하여 이를 인도하였던 관계상 위 수정신고 당시 그 납품증명서를 첨부하지는 못하였던 사실을 인정할 수 있고 달리 위 인정을 뒤집을 증거가 없으니, 따라서 위 인정사실과 같이 위 경비함정이 부가가치세영세율 적용대상물자인 것이 위와 같은 경위를 거쳐 원고와 피고 쌍방에게 분명해진 이상 그 수정신고시에 원고가 그 영세율임을 증명하는 서류를 첨부하지 아니하였다 하여 이 점만으로 원고에게 행정벌로서 제재를 가할 만한 세법상의 어떠한 의무해태가 있었다고는 볼 수 없다 할 것이고, 가사 원고의 위 수정신고가 납품증명서를 첨부하지 아니함으로써 조세감면규제법시행규칙의 위 조항을 위반한 불성실한 신고가 된다고 하더라도 그 수정신고당시 납품증명서를 첨부할 수 없었던 사정이 있었음이 위 인정과 같은 이상 앞에서 본 가산세의 성질에 비추어 거기에는 가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유가 있었다고 보는 것이 또한 상당하므로 어느 모로 보나 원고에 대한 이 사건 가산세부과처분은 위법함을 면할 수가 없다고 할 것이다.

3. 결론

그렇다면, 이 사건 부과처분이 위법하다 하여 그 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 이유있으므로 이를 인용하고 소송비용은 패소자인 피고의 부담으로 하여 주문과 같이 판결한다.

판사 안용득(재판장) 이영석 김태기

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