2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 1997년부터 2012. 9.까지 사이에 자신의 주소지1)인 AA BB구 CC동 소재 공사장에서 야간경비로 일하거나 일용직으로 일하던 사람으로서 1997. 9. 3. AA BB구 DD동 1XX-2 전 754㎡(이하 '이 사건 토지'라 한다)를 임의경매 절차에서 낙찰 받아 1997. 11. 19. 이 사건 토지에 관한 소유권이전등기를 마쳤다. 원고의 주거지와 이 사건 토지는 약 4km 정도 떨어져 있는데, 2012년경 도로가 정비되기 전까지 위 두 장소 사이의 왕래는 배편이 이용되었다(배편으로 약 7~8분 정도 소요된다).

나. 원고는 이 사건 토지의 소유권을 취득하기 전부터 원고의 주거지와 가까운 곳에 5필지의 농지를 소유하고 있었는데, 원고에 대하여 작성된 농지원부에 기재되어 있는 이 사건 토지와 위 5필지 농지의 내역은 아래 표의 기재와 같다(아래 표의 순번 6번 토지가 이 사건 토지이다).

[표] 원고의 농지 내역

다. 한편 원고는 2010. 8. 16. 이 사건 토지에 인접한 AA BB구 DD동 2XX-4 대 3㎡와 같은 동 2XX-5 대 3㎡(이하 위 두 토지와 이 사건 토지를 통틀어 '이 사건 토지 등'이라 한다)를 매수한 다음 2010. 9. 8. 그 소유권이전등기를 마쳤는데, 이 사건 토지 등은 모두 국토의 계획 및 이용에 관한 법률상 자연녹지이자 토지거래허가구역 내에 있다.

라. 원고는 이 사건 토지 등을 주식회사 FFFF(이하 '소외 회사'라 한다)에게 매도하기 위하여 2012. 5. 21. 소외 회사와 함께 AA광역시 BB구청에 이 사건 토지 등에 관한 토지거래계약허가신청을 하였다. 그에 따라 위 구청 소속 허가 담당 공무원 방GG이 이 사건 토지를 방문하여 현장을 둘러본 후 '토지거래계약허가 검토 의견서'(갑 제16호증, 이하 '이 사건 검토 의견서'라 한다)를 작성하였는데, 이 사건 검토 의견서상 '대상물건'란에는 이 사건 토지의 공부상 지목과 현실 지목이 모두 '전'으로, '종합의견'란에는 '현재 나지 상태이며, 매수인이 취득 후 근린생활시설(사무소)을 신축하여 이용하고자 함은 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제119조 제1호 마목에 해당하므로, 같은 법 제118조 제4항에 의거 토지거래계약을 허가하고자 한다.'는 취지로 각 기재되어 있고, 이 사건 검토 의견서에는 방GG이 위와 같이 이 사건 토지를 방문하였을 때 그 현장을 찍어 둔 사진(을 제4호증의 2, 이하 '이 사건 현장사진'이라 한다)이 첨부되어 있다.

마. 원고와 소외 회사는 2012. 6. 5. AA광역시 BB구청장으로부터 이 사건 토지 등에 관한 토지거래계약허가를 받은 다음 2012. 7. 25. 이 사건 토지 등에 관하여 대금을 7억 원으로 정하여 매매계약을 체결하였고, 그에 따라 소외 회사는 2012. 9. 13. 이 사건 토지 등에 관한 소유권이전등기를 마쳤다(이하 원고의 소외 회사에 대한 이 사건 토지 등 양도를 '이 사건 양도'라 한다).

바. 원고는 2012. 10. 10. 이 사건 양도에 따른 양도소득세의 과세표준을 신고함에 있어, 원고가 이 사건 토지를 약 15년 동안 보유하면서 8년 이상 자경하였음을 전제로, 구 소득세법(2013. 1. 1. 법률 제11611호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제95조 제1항, 제2항에 따라 이 사건 토지의 양도차익(양도가액에서 필요경비를 공제한 금액)에서 '장기보유 특별공제액' {양도차익에 이 사건 토지의 보유기간(10년 이상)에 따른 공제율 100분의 30을 곱하여 계산한 금액}을 공제하고, 구 조세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제69조 제1항에 따라 이 사건 토지에 관한 양도소득세가 100%가 감면되는 것으로 하여 과세표준을 산정한 다음, 그에 따라 납부할 양도소득세를 253,2XX원으로, 지방소득세를 25,3XX원으로 산정하여 이를 모두 납부하였다.

사. 그러나 피고는, 이 사건 토지가 구 소득세법 제104조의3 소정의 '비사업용 토지'에 해당하고, 또한 원고가 이 사건 토지에서 8년 이상 자경하지 않았다고 판단하여, 장기보유 특별공제액 공제 및 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 적용하지 않는 것으로 과세표준을 재산정하고, 2014. 5. 7. 원고에 대하여 위와 같이 재산정된 과세표준에 따라 산출된 양도소득세 253,X00,000원(기납부 세액 제외, 가산세 포함) 및 지방소득세 25,XX0,000원을 경정・고지하는 처분(이하 '이 사건 처분'이라 한다)을 하였다.

아. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2014. 6. 26. AA지방국세청에 이의신청을 하였으나 2014. 7. 25. 위 이의신청이 기각되었고, 다시 2014. 9. 26. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2014. 12. 31. 위 심판청구 또한 기각되었다. 이에 원고는 2015. 3. 2. 이 사건 소를 제기하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 13, 16, 18, 19호증(각 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제2, 6호증의 각 기재 및 영상, 증인 방GG의 증언, 증인 김HH의 일부 증언, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부에 대한 판단

가. 원고의 주장

피고는 이 사건 토지가 구 소득세법 제104조의3에 따른 '비사업용 토지'에 해당하고, 원고가 이 사건 토지를 8년 이상 자경하지 않았다는 이유로 이 사건 처분에 이르렀다. 그러나 원고는 1997. 9. 이 사건 토지를 취득하여 2012. 9. 이를 양도할 때까지 15년 동안 이 사건 토지를 소유하였는데, 그 기간 중 1997. 9.부터 2004년까지 7년 4개월 동안은 배추, 호박, 옥수수, 상추 등 각종 채소를 경작하였고, 2010. 4.부터 2012. 9.까지 2년 6개월 동안은 매실 묘목 50그루를 심어 관리하는 등 합계 9년 10개월 동안 이 사건 토지에서 농작물 등을 자경하였으므로, 이 사건 토지는 구 소득세법 제104조의3에 따른 '비사업용 토지'라 할 수 없고, 구 조세특례제한법 제69조 제1항에 따른 8년 이상의 자경 요건이 충족되었다. 따라서 이 사건 양도에 따른 양도소득세를 산정함에 있어, 원고에 대해서는 구 소득세법 제95조 제1항, 제2항에 따른 장기보유 특별공제액 공제 및 구 조세특례제한법 제69조 제1항에 따른 자경농지에 대한 양도소득세의 감면이 적용되어야 할 것인바, 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 원고가 1997. 9. 3. 자신의 거주지와 약 4km 정도 거리에 있는 이 사건 토지를 낙찰받아 그 소유권을 취득한 후 이를 2012. 9. 13. 소외 회사에 양도하기까지 약 15년 동안 이 사건 토지를 소유하고 있었음은 위에서 본 바와 같다. 그런데 구 조세특례제한법 제69조 제1항, 구 조세특례제한법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24368호로 개정되기 전의 것) 제66조 제1항, 제4항, 13항 및 구 소득세법 제95조 제1항, 제2항, 제104조의3 제1항 제1호 가목, 구 소득세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24356호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제168조의6 제1호, 제168조의7, 제168조의8, 농지법 제2조 제5호에 의하면, 원고의 주장과 같이 원고가 이 사건 토지를 소유하면서 1997. 9.부터 2004년까지 및 2010. 4.부터 2012. 9.까지 이 사건 토지에서 농작물 등을 자경(농지 소유자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성 식물의 재배에 상시 종사 하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것) 하였는지 여부에 따라 원고에 대하여 구 소득세법 제95조 제1항, 제2항에 따른 장기보유특별공제액 공제 및 구 조세특례제한법 제69조 제1항에 따른 자경농지에 대한 양도소득세의 감면을 적용할 것인지 여부가 결정된다고 할 것이다.

2) 그렇다면, 이 사건의 쟁점은 원고의 주장과 같은 자경 사실이 인정되는지 여부라 할 것인데, 양도소득세 감면 등을 위한 요건으로서의 양도대상 토지의 자경사실은 이를 주장하는 양도자가 적극적으로 입증하여야 하고, 양도한 토지가 8년 이상 농지로서 이용된 사실이 인정된다 하여 이로써 양도자가 자경한 사실까지 추정되는 것은 아니다(대법원 1994. 10. 21. 선고 94누996 판결 등 참조).

3) 위 법리를 기초로 하여 이 사건을 살피건대, 원고에 대하여 작성된 농지원부상 이 사건 토지는 원고가 자경하는 것으로 기재되어 있는 사실은 위에서 본 바와 같고, 갑 제15, 27호증, 을 제1호증의 각 기재, 갑 제9, 24, 25호증(을 제4호증의 2와 같다)의 각 영상에 의하면, 1998. 6.경, 1999. 5.경, 2000. 4.경, 2001. 6.경, 2003. 6.경, 2004. 5.경 찍힌 이 사건 토지의 각 항공사진(2002. 5.경 찍힌 항공사진 제외)에는 이 사건 토지의 일부분에 밭고랑이 형성되어 있는 것으로 보이는 영상이 담겨 있는 사실, 원고가 2010년경 이 사건 토지에 매실 묘목(그 수량은 정확히 알 수 없다)을 심은 사실, 원고의 2012. 5. 21.자 토지거래계약허가신청에 따라 그 허가 여부를 검토하기 위하여 이 사건 토지를 방문한 담당 공무원 방GG이 그 당시 찍어 둔 이 사건 현장사진(을 제4호증의 2)에는 이 사건 토지 일부에 매실 묘목 몇 그루(그 수량은 정확히 알 수 없다)가 심어져 있는 모습이 담겨 있는 사실이 인정되기는 한다.

그러나 앞서 인정한 바 있거나 앞서 든 증거들 및 을 제1호증의 갑 제24, 25호증, 을 제1, 5호증의 각 영상, 증인 방GG의 증언, 증인 김HH의 일부 증언에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 고려해 보면, 원고가 제출한 증거들만으로는, 원고가 1997. 9.부터 2004년까지 및 2010. 4.부터 2012. 9.까지 이 사건 토지에서 채소 등 농작물과 매실 등을 자경하였다는 점을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

① 원고는 2010. 4.경 이 사건 토지에 매실 묘목 5X주를 심었는데, 그 해 여름 이 사건 토지 인근 주민인 김HH가 이 사건 토지에서 멸치 건조 작업을 하다가 매실 묘목을 훼손시켰고, 이에 2011. 4.경 다시 매실 묘목 3X주를 추가로 심어 이를 자경하였다고 주장한다. 그런데 JJJ세무서 소속 공무원은 2013. 6. 24. 이 사건 토지 인근에 거주하는 주민 양II으로부터 '이 사건 토지에 매실 묘목이 심어져 있었으나 관리가 되지 않아 풀밭으로 되어 있었던 것으로 기억한다.'는 취지의 확인서(을 제1호증의3)를 받았고, 원고도 인정하는 바와 같이 이 사건 토지 인근에 거주하는 김HH가 2010년 여름 무렵 이 사건 토지에 불을 때는 솥을 걸어놓고 멸치 건조 작업을 하는 바람에 당시 이 사건 토지에 심어져 있던 매실 묘목 반 이상이 훼손된 적이 있다. 위와 같은 점을 고려해 보면, 원고는 이 사건 토지에 매실 묘목을 심은 후 정기적으로 이 사건 토지에 들러 묘목을 살피는 등 이를 정상적으로 관리한 것으로 보이지 않고 (만약 이 사건 토지에 심어진 매실 묘목이 정상적으로 관리되고 있었다면, 인근 주민이 이 사건 토지에 무단으로 들어와 심지어 불을 때는 솥을 걸어놓고 매실 묘목을 훼손할 만한 작업을 할 수는 없었을 것이다), 사실상 위 매실 묘목은 심어진 후 그대로 방치된 것으로 보인다. 즉 원고는 이 사건 토지에 매실 묘목을 형식적으로 심기만 하였을 뿐, 그 후 이를 실제로 재배한 것으로 보기 어렵다.

② 원고의 2012. 5. 21.자 토지거래계약허가신청에 따라 그 허가 담당 공무원 방GG가 이 사건 토지를 방문한 후 작성한 이 사건 검토 의견서(갑 제16호증) 중 '대상물건'란에는 이 사건 토지의 공부상 및 현실 지목이 모두 '전'으로 기재되어 있기는 하다. 그러나 방GG는 이 법원에 증인으로 출석하여 '본인은 당시 신규직원이어서 정확하게 전과 대지나 이런 지목 부분에 대해서 명확하게 모르는 부분이 있었다. 그래서 웬만하면 공부상 지목과 현실 지목을 동일하게 쓴 경우가 많았다. 이 사건 토지에 농작물이 경작되고 있어서 현실 지목을 전(田)이라고 적은 것은 아니고, 실제 당시 이 사건 토지에 나무나 농작물이 있었는지 여부는 정확히 기억나지 않고 그런 부분을 확인하지는 않았다.'고 증언하였다. 위와 같은 방GG의 증언 내용에 의하면, 이 사건 검토의견서에 이 사건 토지의 현실지목이 '전'으로 기재되어 있다는 사정만으로는, 방GG가 이 사건 토지를 방문한 2012. 5. 무렵 원고가 이 사건 토지에서 실제로 농작물이나 매실 묘목을 경작 또는 재배하고 있었다는 점이 입증되었다고 볼 수 없다.

③ 원고는 1997. 9.경부터 2004년경까지 이 사건 토지에서 각종 채소 등 농작물을 자경하였다고 주장한다. 그런데 위에서 본 바와 같이 1998. 6.경, 1999. 5.경, 2000. 4.경, 2001. 6.경, 2003. 6.경, 2004. 5.경 찍힌 이 사건 토지의 각 항공사진에는 이 사건 토지의 일부분에 밭고랑이 형성되어 있는 것으로 보이는 영상이 담겨 있는바(다만, 2002. 5.경 찍힌 이 사건 토지의 항공사진에는 밭고랑이 보이지 않는다), 이에 따르면 1998년부터 2001년까지와 2003년부터 2004년까지 약 6년 동안은 이 사건 토지 일부에서 실제로 농작물이 경작된 것으로 보이기는 한다. 그러나 위와 같이 이 사건 토지가 위 기간 동안 농지로서 이용된 사실이 인정된다 하여 이로써 원고가 자경한 사실까지 추정된다고 볼 수는 없고, 그다지 신빙성이 없는2) 갑 제14호증(자경사실확인서), 갑 제21호증의 2 내지 11(각 인우보증서)의 각 기재와 증인 김HH의 증언 외에는 위 기간 동안 원고가 이 사건 토지에서 농작물을 자경하였다는 점을 인정할 만한 객관적인 증거가 없다. 더구나 원고는 이 사건 토지의 소유권을 취득하기 전에 원고의 주거지와 가까운 곳에 5필지의 농지를 소유하고 있었고 그 중 2필지 농지는 타인에게 임대하기까지 하였으며, 자신의 주소지인 AA BB구 CC동 소재 공사장에서 야간경비 또는 일용직 근로자로 일하기도 하였는바, 그런데도 굳이 원고가 1997. 9.경부터 2004년경까지 배를 타고 이 사건 토지에 가서 직접 농작물을 경작하였다고 보는 것은 그다지 설득력이 없다 {설령 원고가 이 사건 토지를 소유한 약 15년(1997. 9. 3.부터 2012. 9. 13.까지)의 기간 중 1997. 9.경부터 2004년경까지 이 사건 토지에서 각종 채소 등 농작물을 자경하였다고 가정하더라도, 그 자경기간은 약 6~7년에 불과하여 구 조세특례제한법 제69조 제1항에 따른 자경농지에 대한 양도소득세 감면 대상에 해당하지 않고, 위 자경기간을 제외한 나머지 비(非)자경기간은 구 소득세법 시행령 제168조의6 제1호에 따른 '비사업용 토지'의 요건을 충족하므로 장기보유 특별공제액 공제 대상에도 해당하지 않는다}.

각주2) 갑 제14호증 '자경사실확인서'에는 원고의 이 사건 토지 자경기간이 '1998년부터 2012년까지'로 기재되어 있는데, 이는 원고의 주장과도 배치되어 믿기 어렵다. 그리고 이 법원에 증인으로 출석하여 원고의 주장에 부합하는 증언을 한 증인 김HH는 위와 같이 믿기 어려운 위 '자경사실확인서'에 서명한 사람 중 한 사람인데, 위 증인의 이 사건 토지 자경기간에 관한 증언 내용은 위 '자경사실확인서'에 기재된 내용과도 불일치한다. 또한 갑 제21호증의 2 내지 11 각 '인우보증서'는 원고가 '이 사건 토지는 원고가 약 15년 전에 매입하여 자경한 사실이 틀림없습니다.'라는 취지의 문구가 인쇄된 종이에 위 김HH와 그 외 이 사건 토지 인근 주민들로 추측되는 사람들의 서명, 날인을 받은 것으로 보이는데, 그 내용이 구체적이지 못할 뿐만 아니라, 만약 위 인쇄된 문구의 의미가 '원고가 이 사건 토지 매입시부터 현재까지 약 15년 동안 이 사건 토지에서 자경하고 있다.'는 취지라면, 이는 원고의 주장과도 배치된다.

④ 원고는 AA지방국세청장에 대한 이의신청, 조세심판원에 대한 심판청구 단계 및 이 사건 소장에서는 이 사건 토지의 소유권을 취득한 1997. 9.경부터 이를 양도한 2012. 9.경까지 이 사건 토지에서 채소 등 농작물, 매실 묘목 등을 자경하였다고 주장하였지만, 이 사건 토지 인근의 주민인 김HH에 대한 증인신문이 있은 후 2015. 9. 8.자 준비서면에서부터는 '원고가 1997. 9.경부터 2004년까지 및 2010. 4.경부터 2012. 9.경까지 이 사건 토지에서 채소 등 농작물과 매실 묘목 등을 자경하였는데, 2004년에는 원고가 김HH의 부친에게 일당을 주어 이 사건 토지에서 농사일을 시키거나 원고가 직접 농사일을 하였고, 2005년부터 2010. 4.까지는 김HH의 부친이 원고의 허락을 얻어 이 사건 토지에서 농사를 지었다.'는 취지로 주장을 변경하였는바, 위와 같이 이 사건 토지에서의 자경 여부 및 그 기간에 관한 원고의 주장은 그 자체로 일관성이 없다.

⑤ 원고는 1997. 9.경부터 2004년까지 및 2010. 4.경부터 2012. 9.경까지 이 사건 토지에서 자신이 직접 경작 또는 재배하였다고 주장하는 채소 등 농작물을 어떻게 소비 또는 처분하였는지에 대해서는 아무런 입증을 하지 않았다.

4) 위와 같이 원고가 1997. 9.부터 2004년까지 및 2010. 4.부터 2012. 9.까지 이 사건 토지에서 채소 등 농작물과 매실 등을 자경하였다고 볼 수 없는 이상, 원고에 대해서는 구 소득세법 제95조 제1항, 제2항에 따른 장기보유 특별공제액 공제 및 구 조세특례제한법 제69조 제1항에 따른 자경농지에 대한 양도소득세의 감면이 적용될 수 없으므로, 이 사건 처분에 원고의 주장과 같은 위법이 있다고 할 수 없다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.