소송대리인 법무법인(유한)

담당변호사 ooo

소송수행자 oo

상고비용은 각자 부담한다.

를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다.

1. 원고의 상고이유에 대하여

가. 상고이유 제1점에 대하여

(1) 구 조세특례제한법(2003. 12. 30. 법률 제7003호로 개정되기 전의 것. 이하 ‘개정

전 조세특례제한법’이라 한다) 제63조의2는, 본사를 수도권 외의 지역으로 이전하는 법인에 대

하여는 일정기간 동안 당해 과세연도의 과세표준에서 토지 및 건물의 양도차익을 차감

한 금액(이하 ‘감면대상과세표준’이라 한다)에 일정한 비율을 곱하여 산출한 금액에 대

한 법인세액을 감면하되, 다만 주택을 신축하여 판매하는 법인이 대통령령이 정하는

주택 및 주택에 부수되는 토지(이하 ‘주택 부수토지’라 한다)를 양도함으로써 발생하는

소득은 감면대상과세표준에 포함하도록 하였고, 그 위임에 따른 구 조세특례제한법 시

행령(2003. 12. 30. 대통령령 제18176호로 개정되기 전의 것. 이하 ‘개정 전 조세특례제한법 시행령’이라 한다) 제60조의2 제5항은 주택 부수토지를 ‘판매를 목적으로 신축한 주택에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적의 5배(도시계획구역 외의 토지는 10배) 이내의 토지’로 정하였다.

그런데 2003. 12. 30. 법률 제7003호로 개정된 조세특례제한법(이하 ‘개정 조세특례제한법’이

라 한다)은 제63조의2 제1항 단서에서 ‘대통령령이 정하는 건설업을 영위하는 법인’을

감면제외업종의 하나로 추가하면서, 그 부칙 제38조 제2항으로 “이 법 시행 당시 종전

의 제63조의2의 규정에 의한 감면요건을 충족하여 세제혜택을 받고 있는 법인에 대하

여는 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다.”는 경과규정(이하 ‘이 사건 경과규

정’이라 한다)을 두었다. 그리고 2003. 12. 30. 대통령령 제18176호로 개정된 조세특례제한법 시행령(이하 ‘개정 조세특례제한법 시행령’이라 한다)은 제60조의2 제1항 제5호를 신설하여 감면제외업종인 건설업을 ‘건설업(소득세법 시행령 제32조의 규정에 의한 주택신축판매업을 포함한다)’으로 규정하는 한편, 그 부칙 제12조로 “제60조의2 제1항 제5호의 개정규정은 이 영 시행 후 공장 및 본사를 수도권 외의 지역으로 이전하는 분부터 적용한다.”는 적용례를 두었다. 한편 개정 당시 주택 부수토지의 범위를 정한 개정 전 조세특례제한법 시행령 제60조의2 제5항이 삭제되었으나, 개정 조세특례제한법 시행령 부칙은 그에 관하여는 별도의 경과규정을 두지 아니하였다.

(2) 원심은, 주택신축판매업 등을 영위하는 원고가 2001. 3. 26. 본사를 ‘서울 강남구

역삼동 823-30’에서 ‘천안시 오룡동 40-3’으로 이전한 사실 등을 인정한 다음, ① 이

사건 경과규정에서 말하는 ‘종전의 규정’은 개정 전 조세특례제한법 제63조의2뿐만 아니라 그

위임에 따른 개정 전 조세특례제한법 시행령 제60조의2도 포함한다고 새기는 것이 충분히 가능하고 또한 자연스러운 점, ② 법률이 그 위임에 따라 구체적인 사항을 정하는 시행령과 일체가 되어 하나의 법률효과를 발생시키는 구조 하에서 법률과 시행령이 동시에

개정되고 개정된 법률이 기득권을 유지하는 경과규정을 둔 경우, 개정된 시행령에도

반드시 별도의 경과규정을 두어야 한다는 입법기술상 원칙이 확립되어 있다고 볼 근거

가 없는 점, ③ 개정 조세특례제한법은 그 시행 이후 수도권 외의 지역으로 이전하는 주택신축

판매법인에 대하여는 세액감면의 혜택을 주지 아니하되, 다만 그 시행 전에 이미 이전

하였던 주택신축판매법인에게는 기존에 받던 감면혜택만을 계속 부여하고자 이 사건

경과규정을 둔 것이므로, 위와 같이 해석하는 것이 개정취지에도 부합하는 점 등을 종

합하여 보면, 개정 조세특례제한법 시행 이후에도 이 사건 경과규정에 따라 개정 전 조세특례제한법 제

63조의2를 적용하여 수도권 외의 지역으로 본사를 이전한 법인의 감면세액을 산정할

때 그 양도소득이 감면대상과세표준에 포함되는 ‘주택 부수토지’의 범위는 개정 전 조

특법 시행령 제60조의2 제5항의 규정에 따라야 한다고 봄이 타당하다는 이유로, 이 사

건 각 처분 중 피고가 개정 전 조세특례제한법 시행령 제60조의2 제5항에서 정한 주택 부수토

지의 범위를 초과하는 부분의 양도소득을 제외하여 원고의 2006 사업연도부터 2009

사업연도까지의 감면대상과세표준을 산정한 부분은 적법하다고 판단하였다.

나아가 원심은, 개정 전 조세특례제한법 시행령 제60조의2 제5항이 삭제된 이상 주택 부수토

지의 범위에 관하여는 ‘건물 정착면적의 5배 또는 10배와 주택의 연면적 중 넓은 면적

이내의 토지’를 주택에 부수되는 토지로 보도록 정하고 있는 구 법인세법 시행령(2006.2. 9. 대통령령 제19328호로 개정되어 2011. 6. 3. 대통령령 제22951호로 개정되기 전의 것. 이하 같다) 제92조의2 제4항 제4호를 적용하여야 한다는 원고의 주장에 대하여는, 위 규정은 법인세법 제55조의2 제4항 제3호의 위임에 따라 ‘토지 등 양도소득에대한 과세특례대상’에서 제외되는 주택신축판매법인의 ‘주택에 부수되는 토지의 양도소득’과 관련하여 ‘주택에 부수되는 토지’의 면적 기준을 정한 것으로서, 개정 전 조세특례제한법시행령 제60조의2 제5항과는 그 성격, 목적 및 규율대상 등에서 차이가 있어 이를 그대로 준용하는 것이 적절하지 아니할 뿐만 아니라, 위 규정을 적용하여 주택 부수토지의 범위를 산정하면 개정 전 조세특례제한법 시행령 제60조의2 제5항을 적용할 때보다 오히려감면혜택이 더 커질 수 있어 개정 조세특례제한법 및 그 시행령이 감면제외업종으로 ‘주택신축판매업’을 추가한 취지에 맞지 아니한다는 이유로, 이를 배척하였다.

(3) 원심판결 이유를 앞서 본 규정들의 문언과 그 개정 경과 및 관련 법리 등에 비

추어 살펴보면 원심의 판단은 정당한 것으로 수긍이 가고, 거기에 상고이유의 주장과

같은 폐지된 법령의 효력과 경과규정에 관한 법리오해 등의 위법이 없다.

나. 상고이유 제2점에 대하여

원심은, 그 판시와 같은 사정에 비추어 보면, 원고가 당초 개정 전 조세특례제한법 시행령 제

60조의2 제5항이 아닌 구 법인세법 시행령 제92조의2 제4항 제4호를 적용하여 주택

부수토지의 범위를 산정하여 법인세를 신고한 것은 이 사건 경과규정 등에 관한 단순

한 법률적 부지나 오해에 기인한 것에 불과하다고 봄이 타당하다는 이유로, 원고에게

는 가산세를 면할 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다고 판단하였다.

원심판결 이유를 관련 법리와 기록에 비추어 살펴보면 원심의 판단은 정당한 것으로

수긍이 가고, 거기에 상고이유의 주장과 같은 가산세를 면할 정당한 사유에 관한 법리

오해의 위법이 없다.

다. 상고이유 제3점에 대하여

이 사건 각 처분 중 가산세 부분은 납세고지서에 가산세의 종류를 구분기재하거나

세액의 산출근거를 기재하지 아니하여 위법하다는 취지의 이 부분 상고이유의 주장은

상고심에 이르러 비로소 주장하는 것으로서 적법한 상고이유가 될 수 없다.

2. 피고의 상고이유에 대하여

원심은, ① 구 조세특례제한법 제63조의2와 구 조세특례제한법 시행령 제60조의2 제2항 등 관련 법령

의 문언을 살펴보아도 감면대상과세표준의 대상이 되는 소득을 본사 이전 전부터 영위

한 업종과 동일한 업종에서 발생한 것으로 한정하고 있다고 볼 근거가 없는 점, ② 피

고가 근거로 내세우는 구 조세특례제한법 제63조의2 제1항 제1호, 제7항, 구 조세특례제한법 시행령 제

60조의2 제2항 제2호 등은 수도권 외 지역 이전법인에 해당하기 위한 요건 및 감면받

은 세액의 반환요건에 관한 것일 뿐 이들 규정을 종합하여도 본사 이전 후 새롭게 시

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작한 업종에서 발생한 소득을 감면대상과세표준의 대상이 되는 소득에서 제외하여야

한다는 결론을 도출할 수 없는 점, ③ 개정 전 조세특례제한법 제63조의2 등의 취지는 법인의

수도권 외 지역으로의 이전을 장려하여 수도권 외 지역의 고용창출 및 경제활성화를

도모하기 위한 것인데, 수도권 외의 지역으로 본사를 이전한 법인이 이전 후에 새로운

영업을 개시하여 사업을 확장하고 추가적인 소득을 거두는 것이 위와 같은 취지에 반

한다고 보기도 어려운 점 등을 종합하여 보면, 원고가 본사 이전 후 설립한 자회사에

건설원자재를 수출하여 발생한 소득도 감면대상과세표준에 포함된다고 봄이 타당하다

는 이유로, 이 사건 각 처분 중 피고가 위 소득을 제외하여 감면대상과세표준을 산정

한 부분은 위법하다고 판단하였다.

원심판결 이유를 앞서 본 규정들의 문언과 취지 및 관련 법리 등에 비추어 살펴보면

원심의 판단은 정당한 것으로 수긍이 가고, 거기에 상고이유의 주장과 같은 구 조세특례제한법

제63조의2 제2항 제2호 가.목 등의 해석에 관한 법리오해의 위법이 없다.

3. 결론

그러므로 상고를 모두 기각하고, 상고비용은 각자 부담하도록 하여 관여 대법관의

일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.