2. 소송비 용은 원고가 부담한다.

"가. 피고 서울지방국세청장은 2010. 4.경부터 2010. 11.경까지 원고에 대한 법인세 통합세무조사를 실시하고， "① AA테크노타운 12， 13차， AA포스트타워 3차 공사등 을 시행하면서 2006년 제2기부터 2008년 제l기까지의 부가가치세 과세기간에 하도급 업체인 DD건설 주식회사(이하DD'이라 한다)， EE건설 주식회사(이하 'EE'이라 한다)， FF산업개발 주식회사(이하FF'이라 한다)， GG건업 주식회사(이하GG'이 라 한다)로부터 받은 세금계산서 33장(총 공급대가 000원， 이하이 사건 세금계산서'라 한다)이 허위의 세금계산서이고， ② 2008년 제l기 부가가치세 과세기간 중 주식회사 HH으로부터 취득한 000원의 시공권은 II어드바이저스 주식회사에 자금을 지원하기 위한 가장행위이며，③ 2005 사업연도 및 2006 사업연도 의 회계장부 등을 임의 폐기하였다"고 판단하였다.",나. (1) 피고 서울지방국세청장은 ① 2005 사업연도 및 2006 사업연도에 관하여는 추계 에 의 한 과세표준과 당기 순이익의 차액 0000원(= 000원 + 0000원)，② 2007 사업연도 및 2008 사업여도에 관하여는 이 사건 세금계산서와 관련된 공사원가 000원(= 0000원 + 0000원)을 각 대표자에 대한 상여로 소득처분하고，2010. 11. 25. 원고에게 별지 소득금액변동통지 기재와 같이 소득금액변동통지를 하였다.

(2) 피고 역삼세무서장， 금천세무서장은 피고 서울지방국세청장으로부터 위와 같은 내용의 과세자료 통보를 받고， 2010. 12. 1. 원고에게 별지 법인세 부과처분， 부가가치세 부과처분 기재와 같이 법인세 및 부가가치세를 경정 ・ 고지하였다.

다. 원고는 이에 불복하여 2011. 2. 18. 심판청구를 제기하였는데， 2012. 11. 2. 조세심판원으로부터 ① 주식회사 KK과 OO어드바이저스 주식회사를 대신하여 동양섬유 주식회사와 JJ 주식회사에 지급한 70억 원은 대여금이므로， 소득처분에서 제외하고，② 주식회사 HH으로부터 취득한 000원의 시공권은 실지거래이므로， 매입세액을 공제하고 손금에 산입하며，③ 나머지 청구는 기각한다"는 결정을 받았다.

"라. 이에 따라 피고 서울지방국세청장과 피고 역삼세무서장은 별지 소득금액변동통지 및 법인세 부과처분 중심판감액금액'란 기재와 같이 2007 사업연도 및 2008 사업연도의 소득금액，2008 사업연도 법인세를 각 감액경정하였다(이하 경정되고 남아 원고가 취소를 구하는 금액을이 사건 각 처분'이라 한다).",[인정근거] 다툼없는 사실， 갑 제1， 2， 3， 7호증(가지번호 포함)의 각 기재， 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 이 사건 세금계산서에 관하여(2007 사업연도 및 2008 사업연도의 소득처분，법인세， 2006년 2기부터 2008년 1기까지의 부가가치세) 원고는 대표이사인 이LL의 차명계좌에서 현금을 인출하거나， 이OO의 표지어음， 은행수표， 양도성 예금증서를 가수금으로 지급받은 점， 원고는 이를 가지고 DD 등에 공사비를 지급한 점，손금불산입할 경우 원가율(분양원가/분양가액)이 54.73%에 달하여 국세청 기준경비율에도 미치지 못하는 점 등을 고려할 때， 이 사건 세금계산서 는 허위의 세금계산서가 아니므로， 허위의 세금계산서임을 전제로 한 2007 사업연도 및 2008 사업연도의 소득처분， 법인세， 2006년 2기부터 2008년 1기까지의 부가가치세 부과처분은 위법하다.

(2) 장부 및 전산파일 훼손에 관하여(2005 사업연도 및 2006 사업연도의 소득처분)

"2005 사업연도 및 2006 사업연도에 관한 회계장부(이하이 사건 장부'라 한다) 는 2007. 8. 20. 스프링클러 오작동으로 훼손되어 폐기되었다. 이 사건 장부에 관한 전 산파일은 2008. 8.경 불법복제 소프트웨어 사용 단속에 대비한 하드디스크 교체 및 포 멧작업 과정에서 직원의 실수로 삭제되었다. 따라서 이러한 사유는 불가항력에 의하여 장부가 멸실된 경우에 해당하여， 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10361호로 개정되기 전의 것， 이하 같다) 제68조 단서， 동 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23589호로 개정되기 전의 것， 이하 같다) 제106조 제2항 단서에 따라 2005 사업연도 및 2006 사업연도에 관하여 발생한 과세표준과 당기순이익의 차액은 기타 사외유출로 보아야 하므로，상여로 소득처분한 2005 사업연도 및 2006 사업연도의 소득금액변동통지는 위법하다.",나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 인정사실

(1) 이OO에 대한 수사 및 재판 결과

(가) 이OO은 서울중앙지방법원(2011고합74)에서 112007. 5. 31. 및 2008. 2. 28. 하도급업체인 DD 등으로부터 허위의 세금계산서를 교부받아 2007 사업연도 및 2008 사업연도 법인세를 포탈하였다"는 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(조세)， 조세범처 벌법위반죄로 유죄판결을 받고， 201l. 7. 8. 서울고등법원(2011노1011)에서 위 판결이 그대로 유지되어， 2011. 12. 5. 상고취하로 그대로 확정되었다.

(나) 서울중앙지방검찰청 검사는 201l. l. 31. 이LL에 대하여 112007. 8.경 조세를 포탈하기 위한 증거인멸의 목적으로 이 사건 장부 등을 파기하였다11， 112006. 9.부터 2008. 1.까지 재화 또는 용역을 공급하지 아니하였음에도 DD 등으로부터 허위의 세 금계산서 33장을 수수하였다11는 각 조세범처벌법위반 및 특정범죄가중처벌등에관한법 률위반(조세)죄를 각 혐의없음(증거불충분) 처분하였다.

(2) 피고 서울지방국세청장의 처분 등

(가) 피고 서울지방국세청장은 허위로 이 사건 세금계산서를 발행하였다 는 이유로， DD 등에게 부가가치세를 환급하고 노무비를 부인하였다.

"(나) 피고 서울지방국세청장은 2010. 11. 29. 조세범 처벌법 (2009. l. 30. 법 률 제 9346호로 개정되기 전의 것) 제11조의2 제1항 제1호，조세범처벌절차법(2010. l. l. 법 률 제9920호로 개정되기 전의 것) 제9조 제1항，벌과금상당액 양정규정'(국세청훈령 제1782호) 제4조의4에 따라 DD 및 그 대표이사인 유OO에게 각 000원， OO 및 그 대표이사인 노OO에게 각 000원， FF 및 대표이사 박OO에게 각 0000원， GG 및 그 대표이사인 노OO에게 각 000원의 벌금을 납부할 것을 통보하였는데， DD 등 및 그 대표이사들은 이를 다투지 않고 모두 납부하였다.",(3) 관계인의 진술

(가) EE의 관리이사인 이OO의 2010. 7. 14.자 진술

(생략)

(나) EE의 대표이사인 노OO의 2010. 8. 10.자 진술

(생략)

(다) GG의 대표이사인 노OO의 2010. 8. 2.자， 2010. 9. 7.자 각 진술

(생략)

(라) FF의 대표이사인 박OO의 2010. 8. 17.자， 2010. 9. 9.자 각 진술

(생략)

(마) DD의 대표이사인 유병하의 2010. 8. 10.자， 2010. 9. 6.자， 2010. 9. 27.자 각진술

(생략)

[인정근거] 갑 제33호증(가지변호 포함)， 을 제6 내지 14， 16 내지 19호증(가지번호 포 함)의 각 기재， 변론 전체의 취지

라. 판단

(1) 이 사건 세금계산서에 관하여

(가) 납세의무자가 신고한 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 실지 비용인지 여부가 다투어지고 납세의무자가 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 증명된 경우에는， 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2007두1439 판결 참조).

(나) 돌이켜 이 사건을 보건대， DD 등에 지급한 금액은 수억 원에 이르는 거액 임에도 이LL의 현금 등으로 지급되었음을 뒷받침할 금융자료가 없는 점(갑 제31호증의 기재에 의하면， 이LL 명의의 양도성 예금증서 일부가 2005년에 DD， FF의 직 원 명의로 해지된 사실이 인정될 뿐이다)， 현금출납장， 출・금전표， 입금전표만으로 지급 사실을 인정하기 부족한 점， 이OO이 허위의 세금계산서로 형사처벌을 받은 시기에 DD 등으로부터 이 사건 세금계산서도 수수한 점， 피고는 이 사건 처분 전에 원고로 부터 장부를 제출받고， 이LL의 예금， 저축성 보험， 국민주택채권， 양도성 예금증서， 자기앞수표 거래내역을 추적하여 입증된 부분을 제외한 나머지 부분만 허위로 판단한 점， 풍송 등은 관련 장부를 폐기하는 등 입금표 외에 증빙자료를 제출하지 못한 점， 검찰은 이LL에 대한 조세범처벌법위반， 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(조세)죄에 관하여 혐의없음 처분을 하였으나， 이는 범죄사실을 인정할 증거가 부족하다는 것에 불과하고， 조세재판에서 제출된 여러 증거내용에 비추어 관련 형사사건의 사실 판단을 그대로 채용하기 어렵다고 인정될 경우에는 이를 배척할 수 있는 점(대법원 1995. 10. 13. 선고 95누3398 판결 참조)， 풍송 등 및 그 대표이사들은 허위의 세금계산서 발행을 이유로 이루어진 법인세 환급 및 벌금을 다투지 아니한 점， 이 사건 세금계산서상 공급가액을 반영한 원고의 당초 신고내역에 의하더라도 분양원가율이 59.52%이므로， 이 사건 세금계산서를 허위로 보더라도 약 4.79%의 차이가 생기는 것에 불과한 점(분양원가율은 분양원가 산정에 따라 달리 산정되는데， 원고 주장과 같이 분양원가가 산정됨을 인정할 증거가 부족하다) 등을 고려할 때， 이 사건 세금계산서는 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의하여 상당한 정도로 증명되었고， 원고가 제출한 증거만으로 는 실제로 지출되었다는 점을 증명하기에 부족하므로， 허위의 세금계산서라고 봄이 타당하다.

(2) 장부 및 전산파일 훼손에 관하여

"(가) 법인세법 제68조 단서， 동 시행령 제106조 제2항 단서에 의하면 천재 ・ 지변 등으로 장부 기타 증빙서류가 멸실되어 대통령령이 정하는 바에 따라 추계하는 경 우， 추계경정 또는 결정으로 정해진 과세표준과 법인의 대차대조표상의 당기순이익과 의 차액은 기타 사외유출로 한다"고 규정하고， 통 시행령 제107조， 제104조 제2항 제2 조에 의하면 대통령령이 정하는 바에 따라 추계하는 경우1란천재 ・ 지변 기타 불가 항력으로 장부 기타 증빙서류가 멸실된 때I를 의미한다"고 규정하고 있다. 위와 같이 '천재 ・ 지변 기타 불가항력에 의한 경우' 사외유출로 간주하는 것은 납세자의 귀책사유 없어 장부 기타 증빙서류 등이 멸실되어 필요경비 등을 입증하지 못함으로써 발생하는 불이익을 주지 않기 위한 것이다{추계에 의한 경우 제13조 제l호(이월결손금) 및 제57조(외국납부세액공제 등)의 규정이 적용되지 않게 되는 등 필요경비(법인세법 제68조 본문)를 인정받지 못하여 실제보다 많은 납세부담을 받을 수 있다}. 그러나 다른 한편 이러한 기타 불가항력에 의한 경우를 광범위하게 인정할 경우 장비 기타 증빙서류 등을 훼손하여 탈세를 용인할 우려가 있으므로， 제한적으로 해석할 수밖에 없다. 따라서 기타 불가항력은 천재 ・ 지변과 동일하게 인정될 정도로 납세자의 고의， 과실을 인정하기 어려운 경우로 한정 해석하여야 한다.",(나) 돌이켜 이 사건을 보건대， 이 사건 장부가 스프링클러의 오작동으로 훼손되고， 전산파일이 실수로 삭제되었다고 하더라도 스프링클러의 오작동이나 전산파일의 삭제는 원고의 관리영역 내에서 발생한 점， 갑 제4호증의 1， 2， 을 제4호증의 각 영상만으로는 이 사건 장부의 훼손 정도 등을 얄 수 없는 점 이 사건 장부가 훼손되었다 면 전산파일의 관리에 주의를 기울였어야 하는데， 이와 같은 주의를 다하였다고 볼 정황이 없는 점， 전산파일 삭제 경위를 쉽게 납득하기 어려운 점 등을 고려할 때， 이 사건 장부 및 이에 관한 전산파일의 훼손은 납세자인 원고의 중대한 과실에 의하여 발생 하였으므로， 천재 ・ 지변 기타 불가항력에 해당하지 아니한다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여， 주문과 같이 판결한다.