2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 2/5는 원고가 부담하고, 나머지는 피고가 부담한다.

가. 원고는 2010. 3. 8. 서울 용산구 용산동5가 ○○타워 (동호수 생략)(전용면적 243.85㎡, 이하 ‘이 사건 주택’이라 한다)을 5,650,000,000원에 양도하였는데, 이 사건 주택은 원고가 1985. 1. 1. 전에 취득하여 보유하고 있던 서울 용산구 (주소 생략) 소재 겸용주택(상가 365.89㎡, 주택 85.79㎡, 공용면적 51.74㎡, 이상 합계 503.42㎡, 이하 ‘종전겸용주택’이라 한다)이 「도시 및 주거환경정비법(이하 ‘도시정비법’이라 한다」에 따른 재개발사업으로 전환된 것이다.

나. 원고가 보유하던 종전겸용주택은 2005. 3. 24. 재개발사업의 관리처분계획이 인가됨에 따라 3,042,289,100원으로 평가되었고, 원고는 517,789,100원의 청산금을 수령하였는데, 이후 이 사건 주택이 신축되어 2009. 5. 15. 사용승인을 받았으며, 원고가 양도할 당시 이 사건 주택은 1세대 1주택 비과세 요건을 충족한 고가주택에 해당하였다.

다. 원고는 이 사건 주택에 관한 양도소득세를 신고하면서 장기보유특별공제액을 산정함에 있어 관리처분계획인가 전의 양도차익 중 주택 부분에 대하여 1세대 1주택에 적용되는 소득세법 제95조 제2항 표2(이하 ‘쟁점표 2’라 한다)에 따라 80%(10년 이상 보유)를, 상가 부분에 대하여는 같은 항 표1(이하 ‘쟁점표 1’이라 한다)에 따라 30%(10년 이상 보유)를 적용하여 계산하였으며, 관리처분계획인가 후의 양도차익에 대하여는 쟁점표 2에 따라 종전 상가 및 주택 부분 모두에 32%(4년 이상 5년 미만 보유)를 적용·계산하여 2010. 5.경 양도소득세 928,670,489원을 신고하고 분납신청을 하여 2010. 5. 3. 및 2010. 7. 29. 2회에 걸쳐 완납하였다.

라. 이후 원고는 당초 신고한 장기보유특별공제액에 오류가 있다고 보아 관리처분계획인가일 전후의 전체 양도차익에 대하여 1세대 1주택에 적용되는 쟁점표 2에 규정된 80%를 적용하여야 한다고 주장하면서 2010. 5. 19. 피고에 대하여 2010년 귀속 양도소득세를 928,670,489원에서 269,211,812원으로 경정(659,458,677원 감액)하여 달라는 취지로 경정청구를 하였으나, 피고는 2010. 8. 10. 경정청구 거부처분을 하였다.

마. 원고는 이에 불복하여 2010. 11. 5. 조세심판원에 심판청구를 제기하였는데, 조세심판원은 2011. 6. 17. 관리처분계획인가일 이후에 발생한 양도차익 중 종전겸용주택에서 주택 부분과 그 부수토지(이하 법령을 인용하는 곳 이외에서는 ‘주택 부분’이라고만 하고, ‘상가 부분과 그 부수토지’도 ‘상가 부분’이라고만 한다)의 평가액이 전체 종전겸용주택과 그 부수토지(이하 역시 ‘종전겸용주택’이라고만 한다)의 평가액에서 차지하는 비율(이하 ‘종전 주택 비율’이라 하고, 상가 부분의 경우는 ‘종전 상가 비율’이라고 한다)에 상당한 부분에 관하여는 보유기간을 종전겸용주택 취득일로부터 이 사건 주택의 양도일까지의 전체 기간으로 보아야 하므로 10년 이상 80%의 장기보유특별공제를 적용하여 원고가 신고한 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 심판청구를 기각한다는 결정을 함에 따라 피고는 2011. 7.경 원고가 신고·납부한 양도소득세 중 92,425,895원을 감액하는 경정결정을 하였다(이하 경정청구 거부처분 중 감액·경정되지 않고 남아있는 부분 즉 567,032,782원(= 659,458,677원 - 92,425,895원) 부분을 편의상 ‘이 사건 거부처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증, 을 제1 내지 6호증(이상 각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 요지

이 사건 거부처분은 다음과 같은 이유에서 위법하다.

(1) 주위적 주장 : 원고가 이 사건 주택을 양도할 당시 현황은 주택이고 1세대 1주택 비과세요건을 갖추었으나 고가주택이어서 과세되는 것이므로 장기보유특별공제를 함에 있어서는 관리처분계획인가일 전후의 전체 양도차익을 주택의 양도차익으로 보아 쟁점표 2에 의하고, 보유기간을 종전겸용주택 취득일부터 이 사건 아파트의 양도일까지 전체 기간으로 보아 80%의 장기보유특별공제를 적용하여야 한다. 이와 같은 계산에 의할 때 별지 양도소득세 계산표 기재와 같이 이 사건 아파트의 양도로 인해 발생한 양도소득금액은 815,079,463원이고, 과세표준액은 812,579,463원이며, 납부할 세액은 269,211,812원으로 계산된다.

(2) 예비적 주장 : 설령 그렇지 않다고 하더라도 원고가 취득한 이 사건 주택은 그 전체가 종전겸용주택의 주택 부분의 연속으로 보아야 하므로 관리처분계획인가일 이후의 양도차익에 관한 장기보유특별공제는 1세대 1주택에 적용되는 쟁점표 2에 의하고 보유기간을 종전겸용주택 취득일부터 이 사건 아파트의 양도일까지 전체 기간으로 보아 80%로 산정하여야 한다. 피고는 관리처분계획인가일 이후의 양도차익에 관한 장기보유특별공제에서 1세대 1주택에 적용되는 쟁점표 2에 의하였으나, 그 중 종전 주택 비율 부분에만 한정하여 보유기간을 종전겸용주택 취득일부터 이 사건 아파트의 양도일까지 전체 기간으로 보고 80%로 산정하였고, 종전 상가 비율 부분에 관하여는 보유기간을 관리계획처분인가일로부터 이 사건 아파트의 양도일까지 기간으로 보고 34%로 산정하였는바, 이는 잘못된 해석에 따른 구분이다. 적법한 계산에 의할 때 별지 양도소득세 계산표 기재와 같이 이 사건 아파트의 양도로 인해 발생한 양도소득금액은 1,462,791,680원이고, 과세표준액은 1,460,291,680원이며, 납부할 세액은 495,911,088원이다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

소득세법(2012. 1. 1. 법률 제11146호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라고 한다) 제95조 제2항 , 소득세법 시행령(이하 ‘시행령’이라고 한다) 제159조의2 에서는 1세대 1주택의 경우 장기보유특별공제액은 쟁점표 1에 규정된 보유기간별 공제율(최대 30%)이 아닌 쟁점표 2에 규정된 보유기간별 공제율(최대 80%)에 의하도록 하면서 그 요건으로 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택 즉 1세대 1주택에 해당하는 자산의 보유기간이 3년 이상일 것을 규정하고 있으나, 이 사건 종전겸용주택과 같이 주택외의 부분이 있는 겸용주택이 재개발사업 등으로 전환된 신축주택이 양도된 경우 신축주택 양도 당시 1세대 1주택이고 자산의 보유기간이 통산하여 3년 이상일 경우 양도차익 전체에 관하여 1세대 1주택에 적용되는 쟁점표 2에 의할 수 있는지 여부에 관하여는 법과 시행령에 명문의 규정을 두고 있지 않으므로, 원고 주장의 당부는 법과 시행령의 전반적인 체계와 취지·목적, 관계 조항의 규정형식과 내용 및 관련 법령을 종합적으로 고려하여 해석함으로써 판단하여야 할 것이다.

당사자 사이에 다툼이 없거나 앞서 본 사실관계 및 든 증거들 및 관계법령에 의하여 알 수 있는 다음의 각 사정 즉, ① 법 제95조 의 장기보유특별공제는 자산의 보유기간이 3년 이상인 장기보유자산에 대한 양도소득금액 산정 시 일정액의 공제를 통하여 부동산의 건전한 투자 내지 소유형태를 유도하고, 물가상승에 따른 명목소득의 성격이 강한 양도소득에 대하여 물가상승분을 공제하여 주는 것이 합당하다는 취지에서 마련된 세제상의 장치인데, 같은 조 제2항 단서에서 1세대 1주택의 양도차익에 대한 장기보유특별공제로 10년 이상 보유 시에는 최대 80%까지 허용하고 있는 것의 입법취지는 1세대 1주택이 국민의 주거생활안정에 필수적인 요건임을 감안하여 1세대 1주택 장기보유자에 대한 양도소득세 부담을 해소해 줄 필요가 있다는 데 있는 것으로 보이는 점, ② 시행령 제166조 제2항 은 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우 실지거래가액에 의한 양도차익을 취득한 경우의 양도차익을 계산하는 방법을 규정하고 있는바, 청산금을 납부한 경우( 제1호 )와 청산금을 지급받은 경우( 제2호 )를 나누어서 규정하고, 관리처분계획인가일을 기준으로 그 전의 양도차익과 그 후의 양도차익을 따로 산정한 후 이를 합산하는 방식으로 규정하고 있는 점, ③ 다른 한편 같은 조 제5항 은 법 제95조 에 따른 양도소득금액을 계산하기 위하여 제2항 제1호 (청산금을 납부한 경우)에 따른 양도차익에서 법 제95조 제2항 에 따른 장기보유특별공제액을 공제하는 경우 그 보유기간을 규정하면서 청산금납부분 양도차익(관리처분계획인가 후 양도차익 중 일부임)에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간은 관리처분계획인가일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간으로, 기존건물분 양도차익(전체 양도차익 중 청산금납부분 양도차익을 제외한 부분임)에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간은 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간으로 구분하여 정하고 있는바, 그 구분의 이유는 신축주택 중 청산금납부분에 해당하는 부분은 재개발 또는 재건축 전에는 존재하지 않았던 것이므로 관리처분계획인가 전의 보유기간을 상정하기 곤란한 반면 기존건물분 양도차익은 재개발 또는 재건축 전에 기존건물이 존재하고 있다가 신축주택으로 전환된 것이므로 보유기간을 기존건물 취득일로부터 신축주택의 양도일까지 통산하는 것이 타당한 것에 기초하는 것으로 보이는 점, ④ 위 조항은 청산금을 지급받은 경우의 양도차익의 장기보유특별공제에 관하여는 아무런 규정을 두고 있지 않으나, 이는 신축주택 중 기존건물로부터 전환되지 않은 부분이 없으므로 보유기간을 기존건물 취득일로부터 신축주택의 양도일까지 통산하는 것이 타당하다는 것을 전제로 하고 있는 것으로 보이는 점, ⑤ 이 사건에서 조세심판원도 관리처분계획인가일 이후의 양도차익 중 종전 주택 비율 부분에 관하여는 보유기간을 종전겸용주택 취득일로부터 이 사건 주택의 양도일까지의 전체 기간으로 보아야 한다는 이유로 원고의 심판청구를 일부 인용하였을 뿐만 아니라 국세청도 소득세법 제95조 제2항 의 장기보유특별공제율을 적용하는 보유기간의 계산은 멸실된 구주택의 보유기간과 재건축기간 및 재건축한 신주택의 보유기간을 합산하는 것이며, 거주기간은 멸실된 구주택에서 실제거주기간과 신주택에서의 거주기간을 합산하는 것이라는 입장을 취하고 있으며(서면4팀-179 2006. 2. 2.), 피고는 당초부터 원고가 양도할 당시 이 사건 주택은 1세대 1주택 비과세 요건을 충족한 고가주택에 해당한다고 보았는바, 그 전제 역시 보유기간과 거주기간을 국세청의 위 입장과 같이 본 것에 두고 있는 것으로 보이는 점, ⑥ 시행령 제154조 제3항 에 의하면, 법 제89조 제1항 제3호 (1세대 1주택 비과세)를 적용할 때 하나의 건물이 주택과 주택외의 부분으로 복합되어 있는 경우와 주택에 딸린 토지에 주택외의 건물이 있는 경우에는 그 전부를 주택으로 보나, 주택의 연면적이 주택 외의 부분의 연면적보다 적거나 같을 때에는 주택외의 부분은 주택으로 보지 않고 있는 점(이 사건 종전겸용주택은 후자의 경우에 해당한다), ⑦ 법과 시행령은 주택재개발사업 등으로 상가면적이 주택면적보다 큰 겸용주택이 신축주택으로 전환된 후 신축주택을 양도하는 경우 장기보유특별공제의 보유기간에 대하여 관리처분계획인가일 이전의 양도차익 중 종전 상가 비율 부분에 관하여는 기존 건물 취득일로부터 관리처분계획인가일 전일까지로 보고, 관리처분계획인가일 후의 양도차익 중 종전 상가 비율 부분에 관하여는 관리처분계획인가일부터 신축주택 양도일까지로 보는 명문의 규정을 두고 있지는 않은 점을 모두 고려하면, 이 사건과 같이 상가의 면적이 주택의 면적보다 큰 겸용주택이 재개발사업으로 신축주택으로 전환된 후 신축주택이 양도되었고 양도 당시 신축주택이 1세대 1주택에 해당될 경우에 양도차익에서 공제할 장기보유특별공제액을 산정함에 있어서는, 시행령 제166조 가 재개발사업으로 인한 신축주택의 양도차익을 관리처분계획인가 전과 후로 나누어서 계산하고 있고, 기존 건물 중 상가 부분은 관리처분계획인가 전에는 주택이 아니었던 것이므로(상가 부분이 더 크므로 시행령 제154조 제3항 을 유추적용하여 주택으로 볼 여지도 없다) 관리처분계획인가 전 양도차익 중 종전 상가 비율 부분은 주택의 장기보유자에게 양도소득세 부담을 해소해 줄 필요에서 비롯된 1세대 1주택의 장기보유특별공제를 적용하지 않고 쟁점표 1에 의함이 타당하고, 그 외에 관리처분계획인가 전 양도차익 중 종전 주택 비율 부분과 관리처분계획인가 후 양도차익 중 종전 주택 비율 부분뿐만 아니라 관리처분계획인가 후 양도차익 중 종전 상가 비율 부분은 1세대 1주택의 장기보유특별공제를 적용하여 쟁점표 2에 의하여야 할 것이다. 그리고 쟁점표 1, 2를 적용함에 있어서 보유기간에 관하여 보건대, 기존건물이 환지의 방식으로 신축주택으로 전환된 것으로 보는 이상, 관리처분계획인가 전의 양도차익 중 종전 주택 비율 부분, 종전 상가 비율 부분, 관리처분계획인가 후 양도차익 중 종전 주택 비율 부분, 종전 상가 비율 부분에서 공제할 장기보유특별공제액의 계산은 모두 보유기간을 기존 건물의 취득일로부터 신축주택의 양도일까지 전체 기간으로 보아야 할 것이다. 요컨대 보유기간은 모두 통산하되, 관리처분계획인가일 전 양도차익 중 종전 상가 비율 부분에 한하여 쟁점표 2가 아닌 쟁점표 1을 적용함이 타당하다(이 사건과 다른 조건은 동일하고 관리처분계획인가일 전 보유기간이 9년, 관리처분계획인가일 후 보유기간이 2년인 경우를 상정하여 보면, 기존건물이 신축주택으로 전환되는 것으로 보는 이상 자산의 보유기간은 10년 이상으로 보아야 함에도 불구하고, 피고의 입장을 유지할 경우 장기보유특별공제를 함에 있어 기존 건물 중 상가 비율 부분에 관한 관리처분계획인가일 전 양도차익에 대하여는 쟁점표 1을 적용하되 보유기간을 9년으로 한정하게 되고, 관리처분계획인가일 후 양도차익에 대하여는 보유기간을 2년으로 보아 아예 장기보유특별공제를 배제하게 될 것인바, 이는 법 제95조 제2항 에서 규정한 장기보유특별공제의 취지에 어긋나는 결과인 것으로 보인다).

피고가 이 사건 거부처분을 하면서, 관리처분계획인가 전 양도차익 중 종전 주택 비율 부분과 종전 상가 비율 부분에서 각 장기보유특별공제를 하면서 전자에 관하여는 쟁점표 2를 적용하여 보유기간을 10년 이상으로 보고, 후자에 관하여는 쟁점표 1을 적용하여 보유기간을 10년 이상으로 보아 장기보유특별공제액을 산정한 결과는 적법하고(피고는 관리처분계획인가 전 양도차익 중 종전 상가 비율 부분의 보유기간 종기를 관리처분계획인가일로 보는 잘못을 범한 것으로 보이나, 그런 방법으로 계산하여도 보유기간이 10년 이상이므로 결과에 있어서는 적법하다), 관리처분계획인가 후의 양도차익 중 종전 주택 비율 부분에 관한 장기보유특별공제의 결과 역시 적법하나, 관리처분계획인가 후의 양도차익 중 종전 상가 비율 부분에 관한 장기보유특별공제는 그 보유기간을 종전겸용주택의 취득일로부터 이 사건 주택의 양도일까지로 보아 10년 이상으로 보았어야 함에도 그렇게 보지 않은 위법이 있다. 원고의 정당한 세액은 원고의 예비적 주장처럼 양도소득세계산표 기재와 같이 495,911,088원이므로 피고의 이 사건 거부처분은 340,333,506원(= 최초 신고액 928,670,489원 - 감액된 금액 92,425,895원- 정당한 세액 495,911,088)의 한도에서 취소하여야 할 것이다. 따라서 원고의 주위적 주장은 이유 없고, 예비적 주장은 이유 있다.

3. 결론

원고의 이 사건 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

[별지 생략]

판사 김도균

심급 사건

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