가. 95,686,284원 및 이에 대하여 2013. 11. 27.부터 다 갚는 날까지 연 20%의 비율로 계산한 돈을,

나. 1,669,319,080원에 대하여 2013. 11. 9.부터 2014. 3. 13.까지는 연 3.4%의, 그 다음날부터 다 갚는 날까지 연 2.9%의 각 비율로 계산한 돈을

각 지급하라.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3 소송비용은 피고가 부담한다.

4 제1항은 가집행할 수 있다.

가. 연구, 인력개발비 지출

원고는 주식회사 aaaaa, 주식회사 bbbbb 등에 연구개발용역을 위탁하면서 그에 대한 비용으로 1999 사업연도에 2,252,365,144원, 2001 사업연도에3,730,972,379원, 2002 사업연도에 10,905,701,410원, 2003 사업연도에 9,958,456,604원, 2005 사업연도에 44,911,338,387원 합계 71,758,833,924원(이하 '이 사건 연구인력개발비'라 한다)을 지출하였다.

나. 세액공제, 환급가산금

원고는 피고 산하 ㄱㄱㄱ세무서로부터 이 사건 연구인력개발비가 조세특례제한법 소정의 연구인력개발비 세액공제 대상이라는 확인을 받아 2009. 10. 15. 2006 사

업연도 법인세 산출세액에서 19,155,977,658원을 세액공제 받고, 2006 사업연도 법인세 환급금으로 19,155,977,658원 및 이에 대한 환급가산금 2,189,610,420원을 지급받았다.

다. 법인세 등의 부과 및 납부

1) 피고는 2012. 3. 27. 이 사건 연구인력개발비가 세액공제 대상이 아니라는 이유

로 원고에게 세액공제 받은 위 법인세 19,155,977,958원을 부과하고, 2012. 3. 28. 환급가산금에 대한 기타경상이전수입으로서 2,189,610,420원을 부과하였다.

2) 이에 원고는 2012. 4. 26. 피고에게 2006 사업연도 법인세 19,155,977,958원

및 기타경상이전수입 2,189,610,420원을 납부하였다.

라. 조세심판원의 결정

원고는 피고의 위 법인세 및 기타경상이전수입 부과처분에 대하여 이의신청을 하

고, 2012. 9. 21. 조세심판원에 심판청구를 제기하였다. 조세심판원은 2013. 7. 17. 이사건 연구인력개발비 중 55,727,852,681원이 세액공제 대상에 해당한다고 판단하였다.

마. 피고의 환급금, 환급가산금 지급

조세심판원의 결정 내용에 따라 피고는 2013. 8. 13. 원고에게 2006 사업연도 법인세 환급금으로 14,604,168,300원 및 그에 대한 환급가산금으로 715,572,880원을,기타경상이전수입 환급금으로 1,669,319,080원(이하, 위 기타경상이전수입 환급금을 이 사건 계쟁환급금'이라 한다)을 각 지급하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변

론 전체의 취지

2. 주장 및 판단

가. 당사자의 주장

1) 원고의 주장

주위적으로, 이 사건 계쟁환급금은 법령에 따라 국가의 세입으로 납부된 현금등으로서 국고금관리법 제2조의 수입금에 해당하므로, 피고는 이 사건 계쟁환급금에대하여도 국고금관리법 제15조 제2항, 국고금관리법 시행령 제17조의2 소정의 이자를가산하여 지급하여야 한다.

예비적으로, 가사 이 사건 계쟁환급금에 대하여 국고금관리법이 적용되지 않는다 하더라도, 국세기본법 제52조의 유추적용에 의하여 이 사건 계쟁환급금에 대하여

이자를 가산하여야 한다.

2) 피고의 주장

조세법에는 엄격해석의 원칙이 적용되어 합리적인 이유 없이 확장해석하거나유추해석하는 것이 허용되어서는 안된다. 국세기본법 제52조는 국세환급금을 지급하는경우 국세환급가산금을 지급하여야 한다고 규정하고, 같은 법 제51조에서 위 국세환급금을 "국세, 가산금, 체납처분비로서 납부한 금액 중 과오납한 금액과 환급세액"으로정의하고 있는바, 이 사건 계쟁환급금은 환금가산금을 지급하는 대상인 국세, 가산금,체납처분비 어디에도 해당하지 않으므로, 문언의 내용 및 엄격해석의 원칙상 이 사건 계쟁환급금에 대하여 국세환급가산금이 부과될 수 없다.

나. 판단

1) 주위적 주장에 관한 판단

국고금관리법상 국고금은 법령 또는 계약 등에 의하여 국가의 세입으로 납입되거나 기금에 납입된 모든 현금 및 현금과 동일한 가치를 가지는 것을 말하는 것으로

(국고금관리법 제2조 제1호) 수입의 원인은 가리지 않고 국고에 납입된 모든 현금 등을 총칭하는 개념이다. 법령이나 계약 등에 근거가 없는 국고금은 존재할 수 없고 각종 법령이나 계약에 의한 납입금과 국고금이라는 지위는 중복되는 것이다.

따라서 국세의 부과, 징수에 관한 법률에 의하여 납입된 조세는 국세이면서 동시에 국고금이고 과오납된 국세는 동시에 과오납된 국고금에 해당하는 것이라 할 것이고, 과오납된 국고금의 반환에 관한 일반 규정인 국고금관리법 제15조, 같은 법 시행령 제17조는 국고금 수입의 원인이 된 법령상의 과오납금 반환에 관한 규정과는 일반법과 특별법의 관계로서 후자가 전자에 우선하여 적용된다고 봄이 상당하다.

그렇다면 이 사건 연구인력개발비 등과 관련한 세금이 법인세법상의 신고에 의하여 확정된 조세채무의 이행으로서 납부되고 그 이후 조세특례제한법 등에 의해 환급, 재환수, 재환급 등이 이루어진 이상 국세기본법상의 과오납된 국세의 반환에 관한규정이 우선 적용된다고 보아야 할 것이다.

과오납된 이 사건 계쟁환급금에 대하여 국고금관리법의 적용을 주장하는 원고의 주위적 주장은 이유 없다.

2) 예비적 주장에 관한 판단

가) 국세기본법은 세무서장은 납세의무자가 국세・가산금 또는 체납처분비로서 납부

한 금액 중 과오납부한 금액, 세법에 의하여 환급하여야 할 세액 등이 있는 때에는 즉시 그 오납액, 초과납부액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여 이를 다른 국세등에 충당하거나 납세자에게 지급하여야 하고, 국세환급금을 충당 또는 지급하는 때에는 국세환급가산금을 국세환급금에 가산하여야 한다고 규정하면서, 제51조 제7항에서는, 위와 같이 충당 또는 지급된 국세환급금 중 착오환급 내지 과다환급 등의 사유가있어 그에 해당하는 국세환급금의 결정이 취소되어 세무서장이 그 금원의 반환을 청구하는 경우에는 국세징수법의 고지・독촉 및 체납처분의 규정을 준용하도록 규정하고 있다. 나아가 국세기본법은, 세무서장이 충당 또는 지급된 국세환급금에 착오환급 내지 과다환급 등의 이유로 제51조 제7항에 따라 국세환급금을 반환받아 이를 환수하였으나 거기에 다시 과오납부 등의 사정이 있어 그 환수금을 재환급하여야 할 경우에 관하여는 아무런 규정을 두고 있지 않으나, 국세환급금의 환수제도가 국세의 징수에 부수하는 절차로서 국세채권의 만족을 위한 것이며, 국세의 징수에 관한 규정이 그대로 준용되는 이상, 그 환수금을 재환급하는 경우에도 국세환급금에 대한 환급가산금에 관한규정을 유추적용하여 환급가산금을 가산하는 것이 타당하다. 그리고 이러한 법리는 환급가산금의 환수에 따른 재환급의 경우에도 마찬가지로 적용된다고 할 것이다(대법원2013. 10. 31. 선고 2012다200769 판결 참조).

이와 같은 법리에 비추어 이 사건을 보건대, 피고가 법인세를 환급함에 있어 환급가산금으로 지급하였던 금원 중 일부를 환수하기 위하여 2012. 3. 28. 별개의 법인세 부과처분을 하고, 이후 위 처분이 조세심판원의 결정에 의하여 취소되어 이를 재차 원고에게 반환하게 된 것은, 국세 징수와 관련한 행정처분으로 과오납한 금원의 반환에 해당하는 것으로 보아야 할 것이다. 원고가 피고에게 납부한 이 사건 계쟁환급금상당의 기타경상이전수입이 행정처분으로 과오납된 금원에 해당하는 이상 과오납금의보유에 따른 부당이득이 반환될 필요가 있다 할 것이고, 과오납된 이 사건 계쟁환급금의 반환에 대하여 형평의 원칙상 국세기본법상의 환급가산금에 관한 규정을 유추적용하는 것이 타당함은 앞서 본 바와 같으므로, 결국 피고는 과오납된 이 사건 계쟁환급금 1,669,319,080원에 대하여 원고가 이를 납부한 다음날인 2012. 4. 27.부터 국세기본법 시행령 및 시행규칙에 따른 환급가산금(이자)를 원고에게 지급하여야 할 것이다.

나) 나아가 피고가 지급하여야 할 이 사건 계쟁환급금에 대한 환급가산금의 수액에 관하여 살피건대, 국세환급가산금에 적용될 이자율에 관한 국세기본법 제52조 본문

에서 규정하는 "대통령령으로 정하는 이자율"이란 시중은행의 1년 만기 정기예금 평균수신금리를 고려하여 기획재정부령으로 정하는 이자율을 말하는데(국세기본법 시행령제30조 제2항), 국세기본법 시행규칙이 규정한 이자율은 다음과 같다.

적용기간 고시 이자율 근거 법령

2012. 3. 1. ~ 2013. 2. 28. 40/1,000 국세기본법 시행규칙(제205호)

제19조의3, 부칙 제1조

2013. 3. 1. ~ 2013. 3. 13. 34/1,000 국세기본법 시행규칙(제320호)

제19조의3, 부칙 제2조

2014. 3. 14. ~ 현재 29/1,000 국세기본법 시행규칙(제404호)

제19조의3, 부칙 제3조

이 사건 계쟁환급금 1,669,319,080원에 대하여 원고가 피고에게 이를 납부한 다음날인 2012. 4. 27.부터 이 사건 지급명령신청일인 2013. 11. 8.까지 기발생한 환

급가산금은 9,568,627원 Q= 5,634,523원(= 1,669,319,080원 × 308/3651) × 0.40%)+ 3,934,104원(= 1,669,319,080원 × 253/3652) × 0.34%), 원 미만 버림. 이하 같다 �이 됨은 계산상 명백하다.

따라서 피고는 원고에게, ① 기발생 환급가산금 9,568,627원 및 이에 대하여이 사건 지급명령신청서 부본이 피고에게 송달된 다음날임이 기록상 명백한 2013. 11.27.부터 다 갚는 날까지 소송촉진 등에 관한 특례법이 정한 연 20%의 비율로 계산한지연손해금과 ② 이 사건 계쟁환급금 1,669,319,080원에 대하여 2013. 11. 9.부터 2014. 3. 13.까지는 국세기본법이 정한 연 3.4%의, 그 다음날부터 다 갚는 날까지는1) 2012. 4. 27.부터 2013. 2. 28.까지 2) 2013. 3. 1.부터 2013. 11. 8.까지국세기본법이 정한 연 2.9%의 각 비율로 계산한 환급가산금을 지급할 의무가 있다(원고는 이 사건 계쟁환급금에 대하여 2014. 3. 14.부터 다 갚는 날까지 연 3.4%의 비율로 계산한 환급가산금의 지급을 구하나, 국세기본법 시행규칙 제19조의3에서 2014. 3.14.부터 적용될 국세환급가산금의 이율을 연 2.9%로 정하고 있음은 앞서 본 바와 갚으므로, 이를 초과하는 부분은 이유 없다).

다) 이에 대하여 피고는, 피고가 2012. 3. 28. 원고로부터 국세환급가산금을 환수할 당시 민법 제748조 제1항에 따라 이자, 가산금 등을 부과하지 않았으므로, 피고가원고에게 국세환급가산금을 다시 반환할 때에도 선의의 수익자인 피고로서는 국세환급가산금을 가산하지 않고 원본만을 반환하는 것이 형평에 부합한다고 주장한다.그러나 국세기본법 제52조는 부당이득반환범위에 관한 민법 제748조의 특칙

에 해당하므로 이자는 수익자인 국가의 선의・악의를 불문하고 법령에서 정한 기산일과비율에 의하여 확정되는 것인바(대법원 2009. 9. 10. 선고 2009다11808 판결 등 참조), 피고가 당초 원고로부터 국세환급가산금을 환수할 당시 이자를 징수하지 않았다는 사유만으로 원고에게 국세환급가산금은 재환급할 때에도 이자를 지급할 의무가 없다고 볼 수 없다.

피고의 위 주장은 이유 없다.

3. 결론

원고의 이 사건 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청

구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.