2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 1990. 3. 29. 설립된 비영리법인으로서 2007년경 부산 북구 OO동에 중소유통물류센터를 건립할 계획을 세우고 2007. 8. 9. 주식회사 BB종합건설(현재 주식 회사 CC종합건축사사무소임， 이하 '소외 법인')에게 공사금액 000원에 위 물류센터 신축공사(이하 '이 사건 공사')를 도급하였고， 2008. 8. 9. 공사금액 000 원의 추가공사계약을 체결함으로써 합계 000원의 공사를 도급하였다(이하 '이 사건 공사계약'이라 한다).

나. 원고는 이 사건 공사 진행 중 소외 법인으로부터 2007년 2기분 000원，2008년 1기분 000원，2008년 2기분 000원 공급가액 합계 000원의 매입세금계산서(이하 '쟁점 세금계산서')를 수취하여 부가가치세 신고시 매입세액공제를 받았다.

다. 북부산세무서장이 2009. 5. 11.부터 2009. 6. 12.까지 소외 법인의 하도급업체에

대한 거래질서 관련 세무조사를 실시한 결과， 이 사건 공사를 실제로 수행한 자는 윤 DD이고 소외 법인은 건설업면허만 대여한 사실을 확인하였고，이에 따라 소외 법인 을 관할하고 있는 부산 수영세무서장은 원고가 소외 법인으로부터 사실과 다른 매입세 금계산서를 수취하였다는 과세자료를 피고에게 통보하였다.

라. 피고는 쟁점 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세법(2007. 12. 31. 법률 제8826호로 개정되기 전의 것， 이하 같다) 제16조 제1항 제1호， 제17조 제2항 제1호의 2에 의하여 매입세액을 불공제하여 2011. 1. 3. 원고에게 2007년 2기 000원，2008년 1기 000원，2008년 2기 000원 합계 000원 의 각 부가가치세 부과처분(이하 '이 사건 처분')을 하였다.

마. 원고는 이에 불복하여 2011. 3. 9. 이의선청을 거쳐 2011. 6. 30. 국세청장에게 심사청구를 제기하였으나， 국세청장은 2011. 9. 29. 원고의 청구를 기각하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실， 갑 제l(가지번호 포함， 이하 같다) 내지 3호증， 을 제1호증의 각 기재， 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 이 사건 공사와 관련하여 계약상대방인 소외 법인으로부터 법인등기부등본，법인인감증명， 사업자등록증， 건설업등록증， 공사원가계산서 및 내역서， 하자이행보증보험증권 등 제반 서류를 정상적으로 교부받았고， 거래대금도 소외 법인에게 은행을 통하여 정상적으로 지급하면서 이 사건 세금계산서를 교부받았다. 비록 원고의 사업과장 박EE이 경쟁입찰인 이 사건 공사를 소외 법인에게 편법으로 낙찰시키기 위하여 박ㅇㅇ 등과 공모한 사실이 있다고 하더라도， 윤DD이 실제로 공사를 수행하고， 소외 법인은 건설업면허만을 윤DD에게 대여한다는 사정에 대하여 알지 못하였다. 따라서 원고로서는 이 사건 세금계산서가 사실과 다르다는 점을 알지 못하였고， 이를 알지 못한데 과실이 없었으므로， 이 사건 세금계산서에 따른 매입세액 공제를 부인한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

1) 소외 법인이 원고로부터 이 사건 공사를 수주하는 과정에서 원고의 사업과장 박EE과 박FF이 윤DD과 공모하여 아래 공소사실과 같이 건설산업위반죄 및 위계에 의한 업무집행방해죄를 범하였다는 이유로 공소제기되었고，부산지방법원 동부지원은 2009. 3. 19. 2008고정2236호로 피고인 박EE，박FF의 공소사실을 모두 유죄로 인정하면서 각 벌금 000원을 선고하였다.

2) 박EE과 박FF은 위 1심 판결에 대하여 항소를 제기하였고，부산지방법원은 2009. 6. 25. 2009노1099호로 피고인들이 건설산업기본법위반죄의 주체가 되기 위한 신분(건설업자)을 취득하였다고 인정할만한 증거가 부족하다는 이유로， 위 1심 판결과 동일한 사실관계에 대하여 위계에 의한 공무집행방해죄만을 유죄로 인정하면서 피고인들에 대하여 각 벌금 500만원을 선고하였다(이하 '이 사건 형사판결'이라 한다). 대법원 은 2009. 10. 15. 이 사건 형사판결에 대하여 상고기각결정을 함으로써 위 판결이 그대로 확정되었다.

3) 한편， 부산수영세무서장은 2010. 8.경 '윤DD이 최GG를 통하여 소외 법인 대표이사 박HH을 소개받아， 소외 법인으로부터 건설업면허를 빌리는 대가로 000원을 지급하여， 최GG가 0000원， 박HH이 000원을 수령하였다'는 사실을 확인하였다(을 제3호증， '기타 조사 내용' 참조).

4) 원고는 아래의 표와 같이 소외 법인으로부터 세금계산서를 수취하면서 공사대금을 지급하였는데，특히 원고의 대표자 김KK는 자신에 대한 조세범처벌법위반 혐의에 관한 경찰조사과정에서 '소외 법인이 이 사건 공사를 수행하는 것으로 알고 있다가 2008. 8.경 윤DD이 소외 법인으로부터 건설업면허를 빌려 공사를 하였고，윤DD이 하청업체 직원들에게 공사대금을 지급하지 아니하여 구속되었음을 알게 되었다. 이 때 원고 직원 박EE으로 하여금 소외 법인에 공사대금을 입금하되，공사 현장에 직접 가 서 위와 같이 입금된 공사대금이 하도급업체에 직접 지급되는 것을 확인하게 하였다' 는 취지로 진술하였다(갑 제7호증，7쪽 참조). 이후 아래 표에서 보는 바와 같이 2009. 4. 7.부터 원고는 하도급업자인 석II，홍JJ에게 공사대금을 직접 지급하였다(박재 현에 대한 증인신문조서，6쪽 참조).

[인정 근거] 다툼 없는 사실， 갑 제3， 7호증， 을 제2 내지 4호증의 각 기재，증인 박재 현의 일부 증언， 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 부가가치세법 제16조 제1항 제1호는 사업자가 용역을 공급하는 때에는 공급을 받는 자에게 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭을 기재한 세금계산서를 교부할 것을 규정하고 있고， 같은 법 제17조 제2항 제1호의 2는 세금계산서에 위와 같은 필요적 기재사항이 기재되어 있지 아니한 경우 그 매입세액은 매출세액에서 공제하지 않는 것으로 규정하고 있다. 이와 같이 실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 세금계산서는 공급받는 자가 세금계산서의 명의위장사실을 알지 못하였고 알지 못한 데에 과실이 없다는 특별한 사정이 없는 한 그 매입세액을 공제 내지 환급 받을 수 없으며，공급받는 자가 위와 같은 명의위장 사실을 알지 못한 데에 과실이 없다는 점은 매입세액의 공제 내지 환급을 주장하는 자가 이를 입증하여야 한다(대법원 2002. 6. 28. 선고 2002두2277 판결 등 참조). 이 사건에서도 원고가 소외 법인의 명의대여 사 실을 인지하지 못하였고， 이를 모른 데에 과실이 없다는 점을 입증하여야 할 것이다. 이를 판단하려면 원고의 사업과장 박EE이 소외 법인의 명의대여를 알고 있었는지 여 부，원고의 대표자 김KK를 기준으로 이에 관하여 과실이 있는지 여부가 문제된다.

2) 박EE의 인지 여부

위 인정사실과 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면， 박EE은 소외 법인을 이 사건 공사의 낙찰자로 선정함에 있어 윤DD이 실질적인 수급인으로 소외 법인의 명의를 빌렸다는 사정을 알았던 것으로 보인다.

① 이 사건 형사판결에 적시된 범죄사실은 '박EE， 박FF， 윤DD이 경쟁입찰방식으로 되어 있는 이 사건 공사를 윤DD이 상호를 차용한 소외 법인으로 선정하기로 공모하였다'는 취지인바， 이에 의할 때， 박EE은 소외 법인을 낙찰자로 하는 것뿐만 아니라 윤DD이 실제 공사를 수행하는 것임을 사전에 알고 있었던 것으로 보인다.

② '박EE， 박FF， 윤DD이 위와 같은 입찰을 담합함에 있어 소외 법인 이면에서 실제 공사를 누가 수행할지에 대하여 정하지 아니하여， 박EE은 소외 법인이 공사를 수행하는 것으로 알고 있었다'는 취지의 윤DD의 증언은 상식에 반할 뿐만 아니라，소외 법인이 원고에게 제출한 현장 대리인 선임계상의 현장소장은 한동규인 반면(갑 제5호증의6)， 이 사건 공사 현장의 실제 현장소장은 윤DD의 지사를 받는 박FF이었다는 점(윤DD에 대한 증인신문조서 7쪽 참조)에서， 발주처인 원고 입장에서 이 사건 공사를 담당하였던 박EE이 위 명의대여사실을 몰랐다고 보기 어렵다.

3) 원고 대표자의 과실 유무

위와 같이 박EE이 소외 법인의 명의대여 사실을 알고 있었음을 전제로 할 때，앞서 든 증거들에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들， 즉 ① 이 사건 공사와 같이 거액의 예산이 투입되는 주요 업무를 종업원인 박EE 1인이 주관하였다고 보기는 어렵고， 시공사 선정부터 공사진행사항 및 대금결제 등 모든 과정에서 원고 대표자 김KK가 이를 보고받았을 가능성이 있으며，만약 보고받지 못하였다면 부하직원의 선임 ・ 감독에 있어 선량한 관리자의 주의의무를 다한 것으로 보기 어려운 점，② 원고 대표자 김KK가 2008. 8.경 소외 법인이 실제 시공자가 아님을 알게 되었다면，차후 거래분부터는 실제 시공자(하도급업체)로부터 세금계산서를 교부받고，종전 거래분에 대하여는 부가가치세법 제16조 제1항 단서，같은 시행령(2012.2.2.대통령령 제23595 호로 개정되기 전의 것) 제59조에 의하여 수정세금계산서를 교부받는 등 이 사건 처분 이전까지 이를 시정하기 위한 조치를 강구하였어야 함에도 별다른 조치가 없었던 점 등에 비추어， 원고 대표자에게 과실이 없었다고 보기 어렵고， 달리 원고의 무과실을 인정할만한 증거가 없다.

3. 결론

그렇다면， 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여， 주문과 같이 판결한다.