1. 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제52조 제1항은 '내국법인이 특수관계자와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에 과세관청은 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 '부당행위계산'이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다'고 규정하고, 같은 조 제4항의 위임에 따른 구 법인세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21302호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제88조 제1항은 부당행위계산의 유형으로 제1호에서 '자산을 시가보다 높은 가액으로 매입한 경우'를, 제8호 나.목에서 '법인의 증자에 있어서 신주를 배정・인수받을 수 있는 권리의 전부 또는 일부를 포기하거나 신주를 시가보다 높은 가액으로 인수함으로 인하여 주주 등인 법인이 특수관계자인 다른 주주 등에게 이익을 분여한 경우'를 들고 있다.

2. 원심은 그 채택증거를 종합하여, 원고가 2008. 6. 4. 총발행주식의 100%를 보유하고 있던 자회사인 주식회사 BB(이하 'BB'라 한다)의 유상증자에 단독으로 참여하여 신주 150주(이하 '이 사건 신주'라 한다)를 30억 원에 인수한 사실, BB는 위 유상증자 당시 이미 3년 연속 순손실이 발생하였을 뿐만 아니라 자본잠식 상태에 있어 상속세 및 증여세법상 보충적 평가방법에 따른 주식가치가 1주당 0원에 불과하였던 사실 등을 인정하였다. 그리고 원고가 이 사건 신주를 특수관계자인 BB로부터 30억 원에 인수함으로써 그 시가와 인수가액의 차액 상당액을 원고의 특수관계자인 BB에 분여한 행위는 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제1호에 정한 '자산을 시가보다 높은 가액으로 매입한 경우'에 해당하여 부당행위계산부인의 대상이 된다고 보았다. 이에 따라, 피고가 이 사건 신주의 처분손실에 관한 손금산입을 부인하여 원고에게 2008 사업연도 법인세를 부과한 이 사건 처분은 적법하다고 판단하였다.

3. 그러나 원심의 이러한 판단은 받아들일 수 없다.

자본거래로 인한 순자산의 증가나 감소를 익금 또는 손금에 산입하지 않도록 규정한 구 법인세법 제15조, 제17조, 제19조, 제20조 및 자본거래로 인하여 주주 등인 법인이 특수관계자인 다른 주주 등에게 이익을 분여한 경우를 부당행위계산의 유형으로 규정한 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제1호, 제8호 각 목의 문언 내용과 취지 등을 종합적으로 살펴보면, 주주 등인 법인이 특수관계자인 다른 법인으로부터 그 발행의 신주를 시가보다 높은 가액으로 인수하였다고 하더라도 이를 '자산을 시가보다 높은 가액으로 매입하는 경우'로 보아 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제1호를 적용하여 부당행위계산부인을 할 수는 없고, 다만 신주의 고가 인수로 인하여 특수관계자인 다른 주주에게 이익을 부여한 경우에 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호 나.목을 적용하여 부당행위계산부인을 할 수 있을 뿐이다(대법원 2014. 6. 26. 선고 2012두23488 판결 참조).

따라서 원고가 특수관계자인 BB로부터 이 사건 신주를 시가보다 높은 가액으로 인수하였다고 하더라도 이는 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제1호가 규정하는 부당행위계산부인의 대상인 '자산을 시가보다 높은 가액으로 매입하는 경우'에 해당하지 않는다.

그런데도 원심은 이와 달리 원고가 이 사건 신주를 인수한 행위가 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제1호에서 규정하는 부당행위계산부인의 대상에 해당한다고 보았으니, 이러한 원심판단에는 위 시행령 제88조 제1항 제1호에서 정한 부당행위계산부인의 대상에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 있다.

4. 그러므로 나머지 상고이유에 관한 판단을 생략한 채 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리・판단하도록 원심법원에 환송하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.