부가가치세법 시행규칙 제9조

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 건축공사업 등을 목적으로 하는 건설회사로서, 2009. 9. 10. 주식회사 XX산업(이하 'XX산업'이라 한다)과 사이에 아래와 같은 내용의 공사도급계약을 체결하였다.

나. 위 도급계약은 설계변경으로 인한 공사금액 감액 및 공사기간 연장에 따라 2010. 8. 31. 아래와 같은 내용으로 변경되었다.

다. 원고는 위 공사금액(공급금액) 000원 중 000원에 대한 매출세금계산서 1장을 XX산업에 발행•교부한 후 2009년 2기분 부가가치세에 대하여 정상신고하고 이후 2010. 11. 2. 준공검사를 받았으나, 나머지 공급금액 000원(= 000원 - 000원)에 대하여는 공사대금 미수금을 이유로 매출세금계산서를 발행•교부하지 않았고 2010년 2기분 부가가치세 신고시 이를 누락하였다.

라. 한편 XX산업은 2011. 1.경 피고에게 위 나머지 공급금액 000원에 대한 거래사실 확인신청을 하여 매입자발행세금계산서(거래일자 2010. 11. 2., 주요 거래품목 신축공사)를 발행하여 2010년 2기분 부가가치세 확정신고시 매입세액 공제를 받았고, 피고는 2011. 2. 17. 원고에게 위와 같은 내용의 거래사실 확인내용(공급자용)을 통지하였다.

마. 피고는 2011. 4. 14. 원고에게 2010년 2기분 부가가치세 000원(본세 000원 + 가산세 000원)을 경정•고지(이하 본세 부분만을 '이 사건 부가가치세 부과처분'이라 한다)하였고, 이에 대하여 원고가 이의신청을 거쳐 2011. 10. 26. 국세청장에게 심사청구를 하였으나, 2012. 1. 26. 기각되었다.

바. 피고는 2012. 11. 29. 위 가산세부과처분이 종류와 산출근거가 명시되지 않은 하자가 있다는 이유로 가산세 부분만을 직권취소하고, 2012. 12. 3. 원고에 대하여 가산세 000원(= 초과환급과소신고 000원 + 세금계산서 미발급 000원 + 납부불성실 000원)을 다시 부과•고지하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2 내지 5호증, 을 제1 내지 6호증(각 가지변호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 이 사건 부가가치세 부과처분의 위법 주장

이 사건 공사용역은 그 공사대금을 3회 이상 분할하여 지급하기로 한 중간지급조건부용역공급에 해당하여 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 용역의 각 공급시기로 보아야 하는바, 원고는 2010. 8. 31. XX산업과 사이에 미지급 잔액 000원 중 000원을 대출실행 후 지급받고 나머지 금액 000원을 준공 후 60일 이내에 지급받기로 약정하였는데 XX산업이 이를 이행하지 아니하였을 뿐만 아니라 공사 미완료 상태에서 편의상 2010. 11. 2. 준공검사를 받았을 뿐이므로 공급가액 000원 중 000원에 해당하는 용역의 공급시기는 2011. 1. 1.이고, 따라서 이 부분은 2010년 2기분 부가가치세 과세기간에 해당하지 아니하므로 이와 다른 전제에서 한 이 사건 부가가치세 부과처분은 위법하다.

2) 세금계산서 미교부로 인한 가산세 부과처분의 위법 주장

원고는 XX산업과 사이에 역무제공 및 대가수수를 둘러싼 다툼으로 잔금을 지급 받지 못하여 세금계산서를 교부하지 아니하였는바, 이는 용역의 공급시기 미도래로 인한 것으로 가산세 부과대상에 해당하지 아니할 뿐만 아니라, 피고는 XX산업에 거래 사실 확인 및 매입자세금계산서를 발급해 주었다면 원고에게 곧바로 이를 통지할 조리 상의무가 있음에도 불구하고 신고기간을 도과한 후 원고에게 통보함으로써 신고기회를 박탈시켰으므로 세금계산서 발행이 의제되며 공사대금을 전부 지급받지 못한 원고에게 세금계산서 발급을 기대할 수 없는 정당한 사유가 있으므로, 세금계산서 미교부로 인한 가산세 000원의 부과처분은 신의칙상 위법하다(적어도 000원에 대한 2%의 가산세 000원의 부과처분은 위법하다).

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 이 사건 부가가치세 부과처분의 위법 주장에 관한 판단

가) 부가가치세법 제9조 제2항은 역무가 제공되는 때 등을 용역의 공급시기로 삼으면서 제4항에서 공급시기에 관하여 필요한 사항을 대통령령으로 정하도록 위임하고, 이에 따라 그 위임을 받은 시행령 제22조는, 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때(제1호)를, 완성도기준지급•중간지급•장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때(제2호)를, 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때(제3호)를 각 그 용역의 공급시기로 규정하고, 법 시행규칙 제9조 제1항 제1호는 중간지급조건부 용역공급의 하나로 "용역의 제공이 완료되기 전에 계약금 이외의 대가를 분할하여 지급하는 경우로서 계약금을 지급하기로 한 날부터 잔금을 지급하기로 한 날까지의 기간이 6월 이상인 경우"를 규정하고 있는바, 구분 가능한 역무의 단위가 과세대상이 되는 용역의 공급에 있어 역무의 제공이 완료되었음에도 공급시기가 도래하지 아니하였다고 보는 예외적인 경우는 역무제공의 완료시 공급가액이 확정되지 아니하는 경우로서, 용역제공의 완료 시 공급가액이 확정되는 통상적인 용역공급의 경우에는 역무제공의 완료시가 일반적인 공급시기가 되는 점 등에 비추어 보면, 위 시행령 제22조 제2호 소정의 '중간지급 조건부 용역공급'이란 역무의 제공 등이 완료되기 전에 그 대가를 완성도기준 등이 아닌 다른 기준에 따라 나누어 지급하기로 약정한 경우를 말한다고 보아야 할 것이다(대법 원 98두3952 판결 참조).

나) 이 사건에 돌아와 살피건대, 이 사건 신축건물에 관한 준공검사가 2010. 11. 2. 이루어진 사실, 건축주인 XX산업이 거래일자를 준공검사일인 2010. 11. 2.로 하는 매입자발행세금계산서를 발행하여 피고로부터 매입세액 공제를 받은 사실은 앞서 본 바와 같고, 준공검사일 이후 현재까지 원고가 추가공사를 하였다고 인정할 아무런 증거가 없으므로, 이 사건 용역공급은 위 준공일에 역무의 제공이 완료되고 그 때 공급가액도 확정되었다고 할 것이다. 따라서 원고와 XX산업이 2010. 8. 31. 공사대금을 3회 이상에 걸쳐서 지급하기로 약정하였다고 하더라도 그 약정 당시 미지급한 공사대금을 역무의 제공이 완료되고 공급가액이 확정된 준공 후에 지급하기로 한 이상 위 미지급 공사대금에 관하여는 위 시행령 제22조 제2호 소정의 조건부 용역공급에 해당한다고 할 수 없고, 같은 조 제1호에 따라 위 준공일을 공급시기로 보아야 할 것이므로 이 부분 원고의 주장은 이유 없다.

2) 세금계산서 미교부로 인한 가산세 부과처분의 위법 주장에 관한 판단

가) 먼저, 잔금을 지급받지 못하여 가산세 부과대상에 해당하지 아니한다는 주장에 관하여 살피건대, 부가가치세법에 의하면 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자는 부가가치세를 납부할 의무가 있고 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화, 시설물 또는 권리가 사용되는 때로 정하여져 있으므로 대가를 받기로 하고 타인에게 용역을 공급한 이상 그 대가를 실제로 받았는지 여부는 부가가치세 납부의무의 성립 여부나 용역의 공급시기를 결정하는 데 아무런 영향을 미칠 수 없다고 할 것 인바(대법원 1989. 4. 25. 선고 87누863 판결 등 참조) , 이 사건 공사용역은 준공검사 일인 2010. 11. 2. 그 제공이 완료되고 공급가액이 확정되었음은 앞서 본 바와 같으므로, 원고로서는 공사대금을 전부 지급받았는지 여부와 상관없이 위 공급시기에 세금계산서 발급의무를 부담한다고 할 것이므로, 이 부분 원고의 주장도 이유 없다.

나) 다음으로, 정당한 사유가 있다는 취지의 주장에 관하여 살피건대, 조세특례제한법 시행령 제121조의4 제8항은 "공급자 관할세무서장은 신청일의 다음달 말일까지 거래사실 여부를 확인하여 다음 각 호의 구분에 따른 통지를 공급자와 신청인 관할세무서장에게 하여야 한다"고 규정하고 있고, XX산업이 2011. 1.경 피고에게 나머지 공급금액 000원에 대한 거래사실 확인신청을 하고 매입자발행세금계산서를 발행 하여 매입세액 공제를 받았고, 피고는 2011. 2. 17. 원고에게 위와 같은 내용의 거래사실 확인내용을 통지한 사실은 앞서 본 바와 같은바, 피고의 위 통지절차는 위 규정에 따른 것으로서 거기에 무슨 위법이 있다고 할 수 없고, 원고가 주장하는 바와 같이 과세관청이 매입자의 거래사실 확인신청에 따라 그 확인결과를 통지해 줄 경우 부가가치세 신고기한인 통상 과세기간 종료 후 25일 이내에 공급자에게 이를 통지할 의무를 부담한다거나 공급자의 세금계산서 발급이 의제된다고 볼 만한 합리적인 이유나 근거를 찾아볼 수 없고, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의, 과실은 고려되지 않는다 할 것인데(대법원 1997. 8. 22. 선고 96누15404 판결 참조), 원고가 XX산업으로부터 공사대금을 전부 지급받지 못하였다는 사정만으로는 원고에게 세금계산서 발급의무의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 할 수 없으므로, 이 부분 원고의 주장 역시 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.