소송대리인 법무법인 법여울

담당변호사 이철우

소송수행자 윤상화

소송대리인 정부법무공단

담당변호사 김창수

2. 원고의 청구를 기각한다.

3. 소송 총비용은 원고가 부담한다.

피고가 2017. 7. 3. 원고에게 한 3년의 국가연구개발사업 참여제한 처분과 B대학

교 산학협력단에 한 연구비 144,761,477원의 환수 처분을 각 취소한다.

2. 항소취지

주문과 같다.

이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는, 아래와 같이 고쳐 쓰는 이외에는 제1심 판결의 이유 중 해당 부분 기재와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

제1심판결문 제2면 제13, 14행의 "2017. 8. 24. 과학기술정보통신부훈령 제3호로 개정되기 전의 것,"을 "2017. 7. 27. 과학기술정보통신부훈령 제1호로 개정되기 전의 것,"으로 고쳐 쓴다. 이 제1심판결문 제4면 제14행 내지 제16행의 "과학기술기본법 제11조의2 제1항 제1호, 국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정(이하 '국가연구개발사업 관리 규정'이라 한다) 제27조에"를 "구 과학기술기본법(2014. 5. 28. 법률 제12673호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 과학기술기본법'이라 한다) 제11조의2 제1항 제1호, 구 국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정(2012. 5. 14. 대통령령 제23788호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 관리규정'이라 한다) 제27조 제1항 제1호에"로 고쳐 쓴다.

2. 피고의 본안전 항변에 관한 판단

이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는 제1심판결의 이유 중 해당 부분 기재와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

3. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 연구개발의 결과가 극히 불량한지 여부는 이 사건 각 처분 당시까지 현출된 사정을 기준으로 판단하여야 한다. 그럼에도 피고는 연구개발기간 종료 이후에 출된 사정은 검토조차 하지 않은 채 이 사건 연구개발 결과를 판단하였다. 또한 원고는 상위 10% 이상 저널에 다수의 논문을 게재하는 등 이 사건 연구개발을 탁월하게 수행하였음에도 피고는 자의적인 기준으로 이 사건 연구개발 결과가 극히 불량하다고 판단하였다. 따라서 이 사건 각 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

나. 관계 법령 등

별지 1 "관계 법령 등" 기재와 같다.

다. 판단

1) 인정사실

가) 이 사건 연구개발의 연구목표 및 연구결과

(1) 원고가 피고에게 제출한 연구계획서에 기재되어 있는 이 사건 연구개발의 목표와 내용 및 기대효과는 아래와 같다.

/>/> (2) 원고가 제출한 최종보고서에 기재되어 있는 연구결과와 활용계획은 아래와 같다.

/> (3) 원고가 피고에 제출한 연구계획서와 중간보고서에는 총 연구기간 동안 국외 논문(SCI 저널, 이하 같다) 14편과 국내외 특허 11건을 게재·출원·등록하겠다는 내용이 기재되어 있다. 그러나 원고는 연구개발기간 종료일인 2014. 2. 28.까지 국외 논문 4편(별지 2 "목록"의 제1항 순번 1, 5 내지 7)을 게재하고 국내외 특허 2건(별지 2 "목록"의 제2항 순번 3, 5)을 출원하거나 등록하는데 그쳤다. 원고는 2014. 2. 28. 이후에야 비로소 국외 논문 3편(별지 2 "목록"의 제1항 순번 2 내지 4, 이 중 같은 별지의 순번 4 기재 논문은 2016년에 게재되었다)과 국내외 특허 5건(별지 2 "목록"의 제2항 순번 1, 2, 4, 6, 7, 그 중 같은 별지의 순번 4 기재 국내특허출원이 2015. 12. 11.에, 같은 별지의 순번 1 기재 국내특허등록과 같은 별지의 순번 6, 7 기재 국제특허출원이 각 2016년에 이루어졌다)을 추가로 게재·출원·등록하였다.

나) 연구개발 성과 및 제재조치를 위한 평가단의 구성 및 평가과정

(1) 피고는 과학기술기본법 등 관련 법령에 근거하여 기초연구사업에 관한 평가를 진행하기 위하여 2014. 2. 및 같은 해 5월 평가수행주체, 평가방식, 평가기준 등에 관한 세부적인 평가계획(이하 '이 사건 기초연구사업 평가계획'이라 한다)을 마련하였고, 이 사건 연구개발에 대한 평가 역시 이 사건 기초연구사업 평가계획을 적용하여 진행하였다.

(2) 이 사건 기초연구사업 평가계획에 따른 평가방식 및 평가기준 등은 다음과 같다.

(가) 먼저 연구개발과제의 성과에 관한 최종평가를 실시하여 그에 따라 '연구성과가 극히 불량하여 실패한 과제'인 'D 등급(60점 미만)'으로 평가되면 그에 대하여 다시 '성실수행 여부에 대한 평가'를 진행하게 된다.

(나) 평가는 학문분야 및 평가대상 과제수를 고려하여 적정 패널을 구성하여 진행하되, 평가위원은 한국연구재단의 기초연구본부 PM 협의체의 구성원들에 의해 추천되어 패널을 구성하는데, 최종평가의 경우 패널별 관련분야 전문가 7인 내외로 구성하되 전문성을 담보할 수 있는 한도 내에서 탄력적으로 운영되고, 동일사업 수행자 등 이해관계가 있는 전문가는 제외된다. 한편 평가결과에 대한 이의신청이 있는 경우 재평가 및 최종평가 결과 D등급을 받은 과제를 대상으로 실시되는 성실수행 여부 평가는 3인 내외의 전문가로 패널을 구성한다.

(다) 위와 같이 선정된 평가위원들은 이 사건 연구개발과 같은 중견연구자지원 사업 중 도약연구(도전)의 경우 발표평가 형식으로 연구과제에 대한 절대평가를 하게 되는데, 최종평가에 대한 평가항목 및 평가지표는 아래와 같이 구성되어 있다.

/> 이 중 연구성과의 질적 수준을 평가함에 있어서 참조로 하도록 하고 있는 '연구성과의 질적 수준 가이드라인'에 따르면 1등급인 '세계 최초 또는 최고 수준의 성과로, 새로운 분야를 개척하거나, 소관분야의 문제해결 등에 기여할 수 있는 breakthrough 형지식 또는 기술(국제 상위 수준)'부터 5등급인 '기존 지식 또는 기술과 차별성이 없거나 답습한 수준의 지식 또는 기술'까지 등급을 나누어 각 해당 등급마다 '연구성과 수준', '연구 수준', '논문의 질적 수준', '기술이전' 등의 항목 별로 판단시 고려하여야 할 사항을 구체적으로 정하고 있다.

한편, 성실수행 여부의 평가에 있어서도 '당초의 연구목표가 리스크를 감안하고 도전적으로 설정되어 실패의 가능성이 인정되는지 여부', '연구성과가 연구성과 질적 수준 가이드라인의 1, 2 등급에 해당하는지 여부' 등에 따라 목표 미달성 사유를 판단하고, '연구 성격 상 반복수행이 가능한 연구의 경우 연구목표 도출 실패 후 1회 이상 재시도 했는지 여부', '연구노트 등 자료 및 각종 데이터가 체계적이고 충실한지 여부'와 '연구진행과정을 입증하는 수정모형, 시험 데이터 등 유·무형적 발생물의 존재 여부' 등에 따라 연구수행 방법 및 과정의 적절성을 판단하도록 하고 있다.

(3) 한국연구재단은 이 사건 연구개발에 대한 최종 평가를 위하여 총 8인의 전문가로 평가단을 구성하여 발표평가1) 형식으로 토론을 거쳐 평가를 실시하였고, 위 연구개발성과 평가단은 앞서 본 바와 같은 이유로 이 사건 연구개발 결과를 D등급으로 판단하였다. 한편, 이 사건 연구개발이 D등급으로 평가됨에 따라 추가로 실시된 성실수행 평가의 경우, 위 연구개발성과 평가단의 위원과 중복되지 않는 4인의 전문가들로 평가단을 구성하여 진행되었는데, 성실수행 평가단은 아래와 같은 이유로 이 사건 연구개발의 성실수행여부에 관하여 '불성실'로 판단하였다.

(4) 한국연구재단은 이 사건 연구개발 결과에 관한 위와 같은 평가과정을 거쳐 2015. 3. 13. B대학교 총장에게 앞서 본 바와 같이 이 사건 종전 처분을 하였다. 그 후 이 사건 종전 처분이 무효라는 법원의 판결이 확정된 이후 피고는 2017. 6. 16. 개최된 제재조치 평가단에서 이루어진 이 사건 종전 처분과 같은 내용의 재처분안을 승인한다는 의결에 따라 2017. 7. 3. 이 사건 각 처분을 하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증 내지 갑 제13호증, 갑 제16호증, 갑 제20호증, 갑 제21호증, 을 제5호증 내지 을 제13호증, 을 제20호증의 각 기재, 제1심법원의 원고 본인신문 결과, 변론 전체의 취지

2) 판단

가) 구 과학기술기본법 제11조의2 제1항 제1호에 의하면, 중앙행정기관의 장은 소관 국가연구개발사업에 참여한 연구책임자, 연구기관 등에 대하여 연구개발의 결과가 극히 불량하여 중앙행정기관이 실시하는 평가에 따라 실패한 사업으로 결정된 경우 5년의 범위에서 소관 국가연구개발사업의 참여를 제한할 수 있고, 이미 출연한 사업비의 전부 또는 일부를 환수할 수 있으며, 같은 조 제5항에 의하면 참여제한 사유별 참여제한기간의 구체적인 기준 및 사업비의 환수 등에 필요한 사항은 대통령령에서 정하도록 되어 있다. 이에 구 관리규정 제27조 제1항 제1호에서는 구 과학기술기본법 제11조의2 제1항 제1호에서 정한 국가연구개발사업의 참여제한 기간을 3년으로 정하고, 국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정(이하 '관리규정'이라 한다) 제27조 제11항에서는 사업비 환수기준을 [별표 5]에 따라 '해당 연도 출연금 전액 이내'로 정하면서, 같은 조 제11항 단서에서 '위반행위의 경중과 연구개발과제의 목표달성 가능성 등을 고려하여 사업비 환수금액을 감액할 수 있다'고 규정하고 있다.

이러한 규정들의 문언과 체제, 형식, 구 과학기술기본법이 과학기술혁신을 촉진하고 과학기술발전을 위한 기반을 조성하여 국가경쟁력을 강화하고 국가 혁신역량을 높임으로써 국민경제의 지속적인 발전과 국민의 삶의 질 향상에 이바지하려는 입법 목적을 달성하기 위한 수단으로 정부로 하여금 국가연구개발사업을 추진하도록 하고 있는 점, 국가연구개발사업의 연구개발 결과 및 수행 등에 관한 평가는 고도의 전문성을 요하는 영역인 점 등을 종합하여 볼 때, 행정청이 관계 법령에서 정하는 바에 따라 위와 같은 평가에 관하여 전문적인 판단을 하였다면, 판단의 기초가 된 사실인정에 중대한 오류가 있거나 그러한 판단이 객관적으로 불합리하거나 부당하다는 등의 특별한 사정이 없는 한 존중되어야 하고, 행정청이 위와 같은 전문적인 판단에 기초하여 재량권의 행사로서 한 처분은 비례의 원칙을 위반하거나 사회통념상 현저하게 타당성을 잃는 등 재량권을 일탈하거나 남용한 것이 아닌 이상 위법하다고 볼 수 없다(대법원 2016. 1. 28. 선고 2013두21120 판결 등 참조). 그리고 연구결과가 극히 불량하다고 하여 연구개발 과정의 불성실 수행이 추정되는 것은 아니나, 연구개발을 성실하게 수행하였다는 사실은 이를 주장하는 당사자가 증명할 책임이 있다.

나) 위 법리에 비추어 이 사건을 살펴 보건대, 앞서 본 증거와 을 제14호증, 을 제21호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음의 각 사정을 종합하면, 피고가 이 사건 연구개발에 관하여 그 결과가 극히 불량하며 성실하게 수행한 경우에 해당하지 않는다고 판단한 것은 정당하고, 이 사건 각 처분에 사실을 오인하였거나 재량권을 일탈·남용한 위법이 있다고 할 수 없다. 원고의 주장은 이유 없다.

(1) 원고가 제출한 연구계획서에 기재되어 있는 이 사건 연구개발의 최종 목표는 '특정 세포에 특이적으로 siRNA를 전달할 수 있는 ZZ-9R을 개발하고, 사람의 혈액세포로 포화된 인간화된 쥐에서 면역세포인 T세포, 대식세포, 수지상세포에 특이적 항체와 항바이러스 siRNA를 ZZ-9R과 결합하여 에이즈 바이러스를 치료할 수 있는 RNA 간섭 나노의약을 개발하는 것'으로, 원고는 이를 위하여 총 연구개발 4년 10개월의 기간 동안 국외 논문 14편과 국내외 특허 11건을 게재 출원·등록할 것을 목표로 제시하였다. 그런데 원고는 총 연구개발 기간 동안 국외 논문 4건을 게재하고 국내외 특허 2건을 출원·등록하는 것에 그쳐 당초 설정하였던 정량적 목표에 크게 미달될 뿐만 아니라, 이 사건 연구개발의 결과를 확인할 수 있는 평가자료도 충분히 확보하지 못하였다.

(2) 원고는 이러한 연구개발 결과에 대하여 전문가들로 구성된 평가단에서 5단계의 등급 중 최하등급인 D등급을 받았고, 그러한 평가에 대하여 거듭 이의신청을 하였으나 이 사건 연구개발 결과를 재차 검토한 평가단 역시 같은 이유로 이를 기각하였다. 이 사건 연구개발의 평가에 참여한 평가위원들은 인간화된 쥐모델의 재현성, 전달시스템의 표준화, 에이즈 바이러스 치료평가 등에 대한 결과가 미흡하고, 원고가 제출한 논문이나 특허의 경우 이 사건 연구개발의 전 단계 논문이거나 이 사건 연구개발과 직접적 관련성이 없어 연구계획서에 제시되었던 목표가 전혀 달성되지 못하였을 뿐만 아니라 이 사건 연구개발에 대한 지원내용 및 기간에 비해 연구내용도 성실하게 수행되었다고 보기 미흡하다는 점을 구체적으로 지적하였다. 위 평가는 평가위원들의 전문성에 기초한 것으로서, 평가의 기초가 된 사실인정에 중대한 오류가 있거나 판단이 객관적으로 불합리하거나 부당하다는 등의 특별한 사정은 보이지 않는다.

(3) 이에 대하여 원고는 연구개발 결과를 판단함에 있어 연구개발 기간 종료일이 아닌 처분 시점까지 현출된 모든 사정을 고려하여야 하므로, 연구개발 기간 이후에 발표된 논문이나 출원·등록된 특허 등도 이 사건 연구개발의 성과로 고려되어야 한다고 주장한다. 그러나 과학기술기본법의 입법취지 및 앞서 본 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음의 각 사정들을 고려하면, 원칙적으로 연구개발 결과

판단은 최종평가 시까지 제출된 결과물을 대상으로 함이 상당하므로 피고가 그 이후에 발표된 원고의 국외 논문이나 국내외 출원·등록된 특허 등을 고려하지 않았다 하더라도 이 사건 각 처분이 위법하다고 할 수 없다.

① 이 사건 연구개발에 투입된 사업비는 산업기술개발 및 혁신을 통하여 국가경쟁력 등을 제고하고 경제를 성장시키기 위하여 한정된 국가예산에서 마련된 것이므로 효율적이고 투명하게 집행되어야 하고, 사업비를 지급받은 연구책임자 등은 사업계획서에 제안한 바에 따라 연구개발기간 동안 성실하게 과제를 수행하여야 할 책임이 있다.

② 관리규정 제15조 및 제16조에서 주관연구기관의 장은 연구개발이 종료되었을 때에는 연구개발 최종보고서, 요약서, 자체평가 의견서 등을 협약기간 종료 후 45일 이내에 중앙행정기관의 장에게 제출하여야 하고, 중앙행정기관의 장은 평가단을 구성하여 연구개발성과를 평가하되 그 평가 결과에 따라 연구개발의 결과가 극히 불량하다고 판단되는 경우 해당 과제를 실패한 연구개발과제로 결정할 수 있다고 규정하고 있으며, 이 사건 기초연구사업 평가계획에 따르더라도 위 규정에 따라 구성된 평가단은 연구과제 종료 시 연구자가 제출한 연구성과 소개서 및 최종보고서를 바탕으로 연구개발성과를 평가하도록 되어 있다. 또한 이 사건 연구개발과 관련하여 체결된 연구개발과제표준협약서(을제15호증) 제5조에 따르면, 원고는 연구개발사업 종료 후 1개월 이내(최종평가 시)에 평가용 최종보고서와 연구개발결과 활용계획서 및 자체평가의견서를 첨부하여 제출하여야 하고, 최종보고서의 주관연구책임자의 대표적 연구실적을 기재하는 란에는 '대표연구실적은 총 연구기간 중 발표(게재확정 포함)된 대표적 연구실적을 5건 이내로 기재'한다는 작성요령이 기재되어 있다.

③ 피고로서는 실현가능성이 없거나 과다한 목표를 제시하는 연구계획이 국가연구개발과제로 선정되는 것을 막고, 연구자들이 주어진 연구개발기간 동안 달성할 수 있는 범위 내에서 연구계획을 작성하도록 하여 연구개발과제 선정 시부터 공정한 경쟁이 되도록 조치를 취할 필요가 있다. 원고의 주장과 같이 피고의 처분 시점까지 현출된 모든 사정을 고려할 경우, 일정한 절차를 거쳐 이루어지는 피고의 처분 시점에 따라 평가대상 및 평가결과가 달라지게 되어 형평에 부합하지 않은 결과가 발생할 수 있으며, 이로 인해 주관기관의 성실한 과제수행 및 결과도출을 저해하는 도덕적 해이로 이어질 우려도 상당하고, 이는 궁극적으로 연구개발과제 선정단계에서 공정한 경쟁을 저해하는 결과로 이어질 수 있다(이 사건 연구개발에 대하여 관련 법령 등에 의한 평가 절차를 거친 이 사건 종전 처분은 2015. 3. 13. 이루어졌는데, 원고가 이 사건 연구개발에 대한 평가 시 연구개발기간 경과 후 게재 · 출원·등록이 이루어졌으나 고려되어야 한다고 주장하는 국외 논문 3편 중 1편과 국내외 특허 5건 중 4건은 모두 이 사건 종전 처분 이후에 이루어진 셈이다). 따라서 연구개발과제에 대한 공정한 평가를 위해서는 일정한 시점까지 제출된 성과물을 평가대상으로 한정할 필요가 있고, 연구개발 과제가 당초 계획에 따라 적정하게 이루어졌는지에 대한 판단은 행정청의 전문성을 요하는 재량판단의 영역에 속하므로 해당 시점을 언제로 볼 것인지에 대한 피고의 재량 판단 역시 최대한 존중될 필요가 있다.

④ 앞서 살펴본 바와 같이 피고의 처분은 연구결과에 대한 전문가들의 평가결과를 토대로 이루어지는 것인데, 연구개발기간이 종료되었음에도 별도의 연구개발성과가 나오기까지 최종평가를 미루거나, 최종평가가 이루어진 이후라도 다시 해당 성과를 반영하여 전문가들에 의해 재평가하도록 하는 것은 정부의 국가연구개발사업 운영에 있어 혼란을 초래하게 된다.

⑤ 갑 제28호증의 기재에 의하면 한국연구재단은 2012년에서 2016년 사이에 종료된 과제에 대하여 '연구 종료 후 5년간 조사대상이 됨'을 이유로 성과자료를 제출할 것을 요청하고 있는 사실이 인정되기는 하나, 이는 국가연구개발사업의 결과물을 사후에도 체계적으로 관리하기 위한 것에 불과한 것으로 보인다.

(4) 이 사건 연구개발과 관련하여 제출된 성과물의 연구목표와 관련한 과학기술적 가치 등 질적인 수준 및 관련 연구분야에의 활용가능성 등에 대하여 보더라도, 별지 2 "목록"의 제1항 순번 1 논문의 경우 아르지닌이 함유된 생분해성 합성폴리머 (Arginine-engrafted biodegradable polymer)가 siRNA 전달체로서 효능을 발휘하여 암세포에 siRNA를 전달할 수 있는지 여부를 연구한 논문인바, 이 사건 연구개발의 성과를 평가한 평가위원들은 위 논문이 이 사건 연구개발의 최종 목표와 직접적 관련성이 있다고 보기 어렵다는 판단을 하기도 하였다. 나아가 연구개발기간 종료 이후 추가로 게재된 일부 논문은 성실여부수행 평가에 반영되었으나, 위 평가단은 '에이즈 바이러스와 무관한 타 바이러스를 대상으로 하여 본 연구과제 성과로 간주할 수 있을지 의구심이 든다'고 검토 의견을 제시하였다. 또한 별지 2 "목록"의 제2항 순번 1 특허는 세포사멸 억제와 관련된 특허이고, 순번 3, 5 특허는 파프리카 조성물이 염증 등의 치료에 효과가 있다는 내용의 특허인바, 위 특허가 독자적인 과학기술적 가치를 지니고 있는지 여부는 별론으로 하고 그 내용에 비추어 보더라도 '사람의 혈액세포로 포화된 '인간화된 쥐'에서 면역세포인 T세포, 대식세포, 수지상세포에 특이적 항체와 항바이러스 siRNA를 ZZ-9R과 결합하여 에이즈 바이러스를 치료할 수 있는 RNA 간섭 나노의약의 개발'이라는 이 사건 연구개발의 최종목표와 직접적 관련성이 있는지는 의문이다.

(5) 한국연구재단은 구 과학기술기본법, 관리규정 등 관련 규정에 따라 이 사건 연구개발에 대한 평가단을 구성한 뒤 이 사건 연구개발의 성과 및 성실 수행 여부, 연구비 환수 등 제재조치의 범위를 심의하였고, 피고는 이러한 심의 결과를 바탕으로 제재조치 평가단을 개최하여 이 사건 종전 처분과 같은 내용의 재처분안을 승인한다는 의결을 거쳐 이 사건 각 처분을 한 것이다. 이 사건 각 처분은 피고가 전문적인 판단을 기초로 재량권을 행사하여 이루어진 것으로서, 거기에 사실인정의 오류가 있다거나 그 판단의 기준, 절차, 방법, 내용 등에 객관적으로 불합리하거나 부당하다고 볼 만한 사정이 발견되지 않는다.

4. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 피고의 항소를 받아들여 제1심판결을 취소하고 원고의 청구를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

판사박순영

판사이정환