2. 소송비용은 피고의 부담으로 한다.

다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다.

가. 금융감독위원회에서 발표한 구조조정방안에 따라 예금보험공사는 2000. 11. 3. 소외 중앙종합금융 주식회사(이하 ‘중앙종금’이라 한다) 등 4개 부실금융기관을 정리할 목적으로 소외 하나로종합금융 주식회사(이하 ‘하나로종금’이라 한다)를 설립하면서 하나로종금의 본점을 예금보험공사 건물 소재지인 ‘서울 중구 다동 33’에 두었다.

나. 그 후 하나로종금은 금융산업의구조개선에관한법률 제14조 제2항 에 따라 내려진 금융감독위원회(이하 ‘금감위’라 한다)의 ‘계약이전 결정’의 일환으로 2000. 12. 5.경 본점을 종앙종금의 본점 사옥 소재지인 ‘서울 강남구 역삼동 826-20’으로 옮겼고, 위 소재지 토지와 건물인 서울 강남구 역삼동 826-20 대 2,457.7㎡ 및 위 토지 지하 7층, 지상 20층 건물 연면적 32,622.77㎡(이하 위 토지와 건물을 ‘이 사건 부동산’이라 한다)에 관하여 2001. 3. 30. 하나로종금 명의로 ‘2001. 3. 10.자 계약이전결정’을 원인으로 한 이 사건 소유권이전등기를 마쳤으며, 그 과정에서 구 조세제한특례법(2001. 5. 24. 법률 제6480호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제119조 제1항 제12호 에 따라 등록세를 면제받았다.

다. 한편, 하나로종금은 같은 날 위와 같이 면제된 등록세액이 일반세율로 산출한 세액에 해당하는 것으로 보고, 이를 과세표준으로 하여 농어촌특별세를 402,000,000원으로 계산한 다음 이를 납부하였다.

라. 그 후 하나로종금은 2001. 9. 6. 소외 우리금융 주식회사(이하 ‘우리금융’이라 한다)로 명칭이 변경되었고, 우리금융은 2003. 8. 1. 원고에 합병되었다(이하 특별히 구분할 필요가 있는 경우를 제외하고는 ‘하나로종금’과 ‘우리금융’을 모두 ‘원고’라 부르기로 한다).

마. 그런데 피고는 원고가 납부하여야 할 농어촌특별세의 과세표준인 ‘등록세의 감면세액’이 일반세율(30/1000)을 적용하여 산출된 세액이 아닌, 구 지방세법(2001. 12. 29. 법률 제6549호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제138조 제1항 제3호 에서 정한 중과세율(30/1000의 300/100)을 적용하여 산출한 세액이 되어야 하는 것으로 보고, 2004. 4. 10. 원고에 대하여 중과세율을 적용하여 계산한 감면 등록세액을 과세표준으로 하여 다시 산출한 농어촌특별세액 중 이미 납부된 세액을 공제한 나머지 884,400,000원(가산세 80,400,000원 포함)의 농어촌특별세를 부과하는 이 사건 부과처분을 하였다.

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고가 금감위의 계약이전결정에 따라 중앙종금의 고객들과의 계약관계를 승계하면서 중앙종금의 본점이 위치하여 있던 이 사건 부동산에 관하여 이 사건 소유권이전등기를 마치게 되었고, 위와 같은 계약이전결정에 따라 중앙종금은 소멸하게 되었는바, 사실상 계약이전의 법률적 성질은 합병과 유사하다고 볼 수 있고, 더구나 구 지방세법이 등록세를 중과하려는 취지에도 반하지 아니하므로 이 사건 부과처분은 위법하다.

가사 그렇지 않더라도 사정이 위와 같다면 피고가 주장하는 대로 납세의무를 다하기를 원고에게 기대하는 것은 무리라고 볼 수 있으므로 이 사건 부과 처분 중 가산세 부분은 위법하다.

나. 관련법령

금융산업의구조개선에관한법률

제14조 (행정처분)

② 금융감독위원회는 부실금융기관이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 부실금융기관에 대하여 계약이전의 결정, 6월의 범위내에서의 일정기간의 영업정지, 영업의 인가·허가의 취소등 필요한 처분을 할 수 있다. 다만, 제4호 에 해당하는 경우에는 6월의 범위내에서의 일정기간의 영업정지처분만을 할 수 있으며, 제1호 및 제2호 의 부실금융기관이 부실금융기관에 해당하지 아니하게 된 경우에는 그러하지 아니하다. 각호 생략

조세특례제한법(2001. 12. 29. 법률 제6538호로 개정되기 전의 것)

제119조 (등록세의 면제등)

① 다음 각호의 1에 해당하는 등기에 대하여는 등록세를 면제한다.

12. 금융산업의구조개선에관한법률 제2조 제1호 의 규정에 의한 금융기관, 한국자산관리공사, 예금보험공사 또는 정리금융기관이 적기시정조치(영업의 양도 또는 계약이전에 관한 명령에 한한다) 또는 계약이전결정을 받은 부실금융기관으로부터 양수한 재산에 관한 등기

지방세법(2001. 12. 29. 법률 제6549호로 개정되기 전의 것)

제138조 (대도시지역내 법인등기등의 중과)

① 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조 에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만, 수도권정비계획법 제6조 제1항 제1호 의 규정에 의한 과밀억제권역(공업배치및공장설립에관한법율의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 "대도시"라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용부동산에 관한 등기 및 외국인투자촉진법에 의한 외국인투자기업이 2001년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다.

3. 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기

③ 제1항 의 규정에 의한 등록세 중과세의 범위와 적용기준 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정하고, 제1항 제4호 의 규정에 의한 공장의 범위와 적용기준은 행정자치부령으로 정한다.

지방세법 시행령

제102조 (대도시내 법인등 중과세의 범위와 적용기준)

② 법 제138조 제1항 제3호 에서 “법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기”라 함은 당해 법인 또는 지점등이 그 설립·설치·전입(수도권의 경우 서울특별시외의 지역에서 서울특별시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다) 이전에 취득하는 일체의 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 말하며, “그 설립·설치·전입이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다. 이 경우 일체의 부동산등기에는 공장의 신설·증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, ”지점등“이라 함은 행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다.

농어촌특별세법

제5조 (과세표준과 세율)

① 농어촌특별세는 다음 각호의 과세표준에 해당 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

다. 판단

이 사건 부과처분의 과세표준은 원고가 조세제한특례법에 따라 감면된 등록세액이므로, 그 감면 세액이 구 지방세법 제138조 제1항 에 따라 중과세율이 적용된 세액인지 아니면 일반 세율이 적용된 세액인지 여부가 이 사건의 쟁점이라 할 것이다.

보건대, 대도시내에서의 위 부동산등기시 중과세를 규정하고 있는 지방세법 제138조 제1항 제3호 , 제3항 , 지방세법시행령 제102조 제2항 의 입법취지는, 법인의 대도시내의 설립과 전입에 따른 인구와 경제력의 집중효과가 자연인의 경우에 비하여 훨씬 더 강하게 나타날 뿐만 아니라, 대도시가 가지는 고도의 집적이익을 향유함으로써 대도시외의 법인에 비하여 더 큰 활동상의 편의와 경제적 이득을 얻을 수 있다는 점을 고려하여, 인구와 경제력의 대도시 집중을 억제함으로써 대도시 주민의 생활환경을 보존·개선하고 지역간의 균형발전 내지는 지역경제의 활성화를 도모하려는 조세정책적인 목적이 있다 할 것이고, 따라서 위 법률규정을 해석·적용함에 있어서도 과밀억제권역내에 인구유입 또는 경제력 집중을 유발하는 효과가 있는지 여부에 의하여 판단함이 그 입법목적에 적합하다고 할 것이다( 대법원 2000. 5. 30. 선고 99두6309 판결 및 대법원 1989. 6. 27. 선고 89누466 판결 등 참조).

그런데 위 인정사실에 의하면, 하나로종금은 부실금융기관을 정리할 목적으로 예금보험공사에 의해 설립되어 금감위의 계약이전결정에 따라 중앙종금의 모든 권리와 의무를 승계하는 한편, 예금보험공사에 설치하여 두었던 하나로종금의 본점을 중앙종금의 본점으로 옮기기로 하여 본점변경등기를 한 후 그 부지 및 건물인 이 사건 부동산에 관하여 하나로종금명의로 이 사건 소유권이전등기를 마친 점을 알 수 있고, 이는 하나로종금이 종전에 없던 새로운 사무실을 설치하였다기 보다는 종전부터 이미 존재하고 있던 중앙종금의 본점 사무실을 금감위의 결정에 따라 그 소속만 하나로종금의 본점으로 바꾸어 그대로 유지, 존속시킨 것에 불과하다고 봄이 상당하므로 이러한 사정을 지방세법 제138조 제1항 제3호 등 관련법령에서 등록세를 중과하려는 취지에 비추어 볼 때, 이 사건 소유권이전등기는 구 지방세법 제138조 제1항 제3호 가 정하는 ‘대도시에서의 법인 설립 이후의 부동산 등기’로서의 등록세 중과대상에는 해당하지 아니한다고 할 것이다.

따라서 이 사건 소유권이전등기가 등록세 중과대상임을 전제로 한 이 사건 부과처분은 위법하다고 할 것이다.

3. 결론

그렇다면 이 사건 부과처분의 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

판사 백춘기(재판장) 손병준 기우종

심급 사건

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