2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 10여 개의 관계회사들을 두고 부동산개발 및 건설업을 영위하는 중견 법인이다(이하 원고와 원고의 관계회사들을 모두 합쳐 'XX 그룹'이라 한다).

나. 서울지방국세청장은 2007.경 XX 그룹 전반에 대한 법인세 통합세무조사를 실시한 결과, ① 2002년 내지 2005년 사업연도에 원고 회사 내에 소속된 경영기획실 (2005. 9. 1.부터 구조조정본부로 명칭이 변경되었다)에서 발생한 경비 5,022,349,000원 (이하 '이 사건 경비'라 한다)은 XX 그룹의 공동경비에 해당함에도 이를 모두 원고 회사의 비용으로 처리하였다고 보고 이 사건 공동경비를 XX 그룹 내 회사들의 매출액 비율로 안분하여 원고가 부담했어야 할 경비를 산정한 후 이를 초과하는 공동경비 합계 3,376,761,000원(2002년 사업 연도 428,519,000원, 2003년 사업 연도 310,120,000원, 2004년 사업 연도 1,282,603,000원, 2005년 사엽 연도 1,351,519,000원)을 손금불산입하고, ② 원고가 2003. 2. 25.부터 2003. 7. 23.까지 당시 대표이사였던 백AA에게 대여한 5,360,000,000원(이하 '이 사건 금원'이라 한다)은 특수관계자에 대한 업무무관가지급금에 해당한다고 보고 그 지급이자 상당액 합계 1,258,802,000원(2003년 사업 연도 423,448,000원, 2004년 사업 연도 534,968,000원, 2005년 사업 연도 300,386,000원)을 손금불산입하고, 부당행위계산부인 규정을 적용하여 계산한 가지급금 인정이자 상당액 합계 1,668,520,000원(2003년 사업연도 545,151,000원, 2004년 사업연도 741,955,000원, 2005년 사업연도 381,414,000원)을 익금산입함과 동시에 이를 대표자인 백AA에 대한 인정상여로 소득처분할 것(이하 '이 사건 경정사항'이라 한다) 등을 과세자료와 함께 피고에게 통보하였다.

다. 피고는 위와 같은 과세자료를 바탕으로 원고에 대하여, 2008. 3. 28. 각 귀속 사 업연도별로 위 가지급금 인정상여 상당액 등 백AA에게 인정상여로 소득처분된 내용 (2003년 귀속분 2,065,816,989원, 2004년 귀속분 1,498,800,994원, 2005년 귀속분 701,001,993원)이 포함된 소득금액변동통지를 하였고, 2008. 4. 29. 2003년 사업연도 법인세 3,745,305,110원, 2004년 사업연도 법인세 1,531,954,480원, 2005년 사업연도 법인세 1,040,632,640원을 경정 ・ 고지하였다.

라. 원고는 위 각 처분에 불복하여 2008. 6. 26. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2010. 12. 10. 기각결정을 하였다.

마. 이후 피고는 이 사건 소송 중인 2011. 3. 14. 위 각 법인세 부과처분을 아래 표 에서 보는 바와 같이 감액경정하였다.

바. 한편, 원고는 위 각 법인세부과처분 및 소득금액변동통지 중 이 사건 경정사항과 관련된 처분액 및 통지액(이하, 위와 같이 감액경정 후 남은 위 각 법인세부과처분 중 이 사건 경정사항과 관련된 처분액과, 위 각 소득금액변동통지 중 이 사건 경정사항과 관련된 통지액을 모두 합쳐 '이 사건 처분'이라 한다)만을 다투고 있는데, 그 구체적 내역은 다음과 같다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제1호증(가지번호 포함)의 각 기재 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 처분은 아래에서 보는 바와 같은 위법사유가 있으므로 취소되어야 한다.

1) 원고 회사 소속 내에 있던 경영기획실은 원고의 고유 업무를 수행하기 위하여 원고가 독자적으로 운영한 조직일 뿐 대규모기업집단들이 그룹 전체의 경영을 조정 ・ 통제하는 기능을 수행하는 그룹총괄기구와는 그 성격이 전혀 다르므로, 경영기획실 운영으로 발생한 이 사건 경비를 원고와 원고의 관계회사들의 공동경비로 볼 수 없다.

2) 원고가 원고의 대표이사였던 백AA에게 대여한 이 사건 금원은 원고가 백AA을 통하여 주식회사 OO컴퓨터(이하 'OO'이라 한다)의 주식을 인수하기 위한 자금이었는데, 당시 OO의 주식인수는 백AA의 이익이나 필요에 의해서가 아니라 원고의 사업전략상 불가피한 선택이었으므로 위 대여행위가 엽무와 무관하다고 볼 수 없고, 당시 원고가 처한 상황에 비추어 보면 경제적 합리성도 있는 거래라고 할 것이므로, 이 사건 금원은 부당행위계산부인 대상이 되는 업무무관가지급금으로 볼 수 없다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 인정사실

1) 원고 회사 조직 내역 등

가) 원고는 부동산개발 및 건설업을 영위하는 중견 법인으로 업종의 다각화를 위하여 2001년 17개사, 2002년 15개사, 2003년 14개사, 2004년 18개사, 2005년 20개 사의 관계회사들을 두어 지배하여 왔다.

나) 원고 회사는 사업본부, 건설본부, 관리본부 등 각 본부별로 조직이 구분되어 있으면서도 회장실 직속으로 별도의 경영기획실을 두고 있었는데, 위 경영기획실은 2005. 9. 1. 구조조정본부로 명칭이 변경되었다.

다) 2002년부터 2005년까지 경영기획실 또는 구조조정본부의 세부 조직현황은 다음과 같다.

2) 경영기획실 또는 구조조정본부 소요 비용 배부내역 등

가) 2002년부터 2007년까지 경영기획실 또는 구조조정본부에서 소요된 경비 내역은 다음과 같다.

나) 원고는 경영기획실을 운영하면서 소요된 경비는 모두 원고 회사의 비용으로 처리하여 오다가, 구조조정본부로 명칭이 변경된 2005년에 이르러 소요 경비를 2005년 사업계획상 경상이익을 기준으로 원고 포함 5개 관계회사에 배부하였고, 2006년 이후 에는 구조조정본부에서 소요된 경비를 관계회사들의 매출액 비율로 배부하고 있다.

3) 세무조사 과정에서의 원고 제출 자료내역

원고는 세무조사 과정에서 다음과 같은 자료를 제출하였는데 그 구체적 내역은 다음과같다.

4) 이 사건 금원 대여 및 회수 경위 등

가) 원고 회사의 대표이사였던 백AA은 백AA 소유의 주식회사 △△엔터프라이즈 주식 33%와 □□영컴 주식회사 주식 15%를 원고 회사에 담보로 제공하고 2003. 2. 25.부터 2003. 7. 23.까지 이 사건 금원인 5,360,000,000원을 차용 한 후, 이를 이용하여 2003. 3. 19. OO 주식 500만 주를 장내에서 취득하였고 2003. 7. 29. OO의 유상증자에 참여하여 150만 주를 추가로 취득하였다.

나) 백AA은 위와 같이 OO 주식 650만 주를 취득한 직후인 2003. 7. 31. 원고 회사에게 '이 사건 금원 상환시까지 OO 주식 650만 주를 언제라도 담보제공하겠다' 는 취지의 각서(갑 제11호증)를 작성 ・ 교부하였다.

다) 이후 백AA은 2년의 보호예수기간이 만료된 직후인 2005. 9. 26. 원고 회사에 보유하고 있던 OO 주식 650만 주를 당일 종가인 5,479,500,000원에 장외 매도하고 원고에게 이 사건 금원 상당액을 전액 상환하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제11, 15, 24 내지 27호증, 을 제2 내지 7, 9호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 이 사건 경비를 공동경비로 볼 수 없다는 주장에 대하여

살피건대, 앞서 인정한 사실관계에 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 원고 회사가 경영기획실을 운영하면서 소요된 이 사건 경비는 XX 그룹의 공동경비로 봄이 상당하므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

가) 우선 원고가 세무조사 과정에서 제출한 자료들의 내용에 따르면 원고 회사가 운영하여 왔던 경영기획실 또는 구조조정본부는 XX 그룹 내 관계회사들의 업무를 조정하고 지원하는 업무를 수행하여 왔던 것으로 추단된다[XX 그룹 구조조정본부 공통비 배부현황(2002년-2005년) 자료에는 '그룹지원업무를 담당하는 경영기획실은 2002년부터 2004년까지 원고 회사에 편성되어 운영되다가 2005년 9월부터 XX구조 조정본부로 명칭이 변경되면서 원고 회사로부터 독립되었는데 2004년까지 그룹 지원 업무를 담당한 부서의 경비는 전부 원고가 부담하였다'는 취지로 기재되어 있고, 2006년 경영관리팀 업무추진 실적 자료에도 경영관리팀의 주요실적사항 및 미진사항을 열거하였는데 상당수가 계열사 업무 지원과 관련된 내용인데다가, 2006. 3. 17.자 구조조정본부 2006년 비용배분(안) 자료에는 구조조정본부에서 발생한 경비가 XX그룹의 공동경비임을 전제로 공동경비 배분 방안에 대하여 적시되어 있을 뿐 아니라, 2006. 12.자 구조조정본부 2006년 비용실적(안) 자료에도 '그룹공통경비는 직전 사업연도의 기업회계기준에 의한 매출액 비율로 안분하여야 함'이라고 명시되어 있다].

나) 또한 원고는 부동산개발 및 건설업을 영위하여 왔지만 그 외에도 10여개의 다양한 업종의 관계회사들을 두어 지배하여 왔으므로 XX 그룹 내 관계회사들의 업무를 조정하고 관리하는 등의 업무를 수행하는 그룹지원부서가 반드시 필요했을 것으로 보이는데다가, 위와 같이 그룹지원부서로 보이는 경영기획실이나 구조조정본부는 원고 회사 내 다른 부서와는 달리 원고 회사의 회장실 직속으로 조직되어 별도로 운영 되어 왔다.

다) 게다가 원고는 경영기획실을 운영하면서 발생된 경비를 모두 원고 회사의 비용으로 처리하였으나, 구조조정본부로 명칭이 변경된 이후에는 구조조정본부에서 발생한 경비를 스스로 XX 그룹의 공동경비의 성격으로 보아 매출액 등을 기준으로 XX그룹 내 관계회사들에게 배부하여 왔다.

라) 반면 원고는 경영기획실이 2005. 9. 1. 구조조정본부로 변경되면서 비로소 그룹지원업무를 수행하게 된 것이므로 구조조정본부의 업무는 경영기획실의 엽무와는 성격이 전혀 달라져 2006년 이후의 자료들을 근거로 그 이전에 운영되었던 경영기획 실이 그룹지원부서라고 단정할 수는 없다는 취지로 주장하나, ① 경영기획실에서 구조 조정본부로 명칭이 변경되면서 그 조직 구성이나 인원 현황에 별다른 차이가 없는데다 가, ② 원고 스스로 세무조사 과정에서 기존의 경영기획실 중 그룹지원 업무를 하는 부서(2002년: 경영관리팀, 2003년: 경영관리팀, 비서팀, 2004년: 경영관리팀, 인사기획팀, 총무관재팀, 비서팀)가 있다고 밝히고 있으며,(3) 경영기획실이 구조조정본부로 명칭이 변경된 이후 관련 경비가 10배 이상 증가하였으나, 경영기획실 소요 경비와 구조 조정본부 소요 경비를 구체적으로 비교해 보면 지급수수료와 광고선전비에서 큰 차이를 보이고 있는데, 위 각 계정과목의 세부내역(갑 제24호증의1, 2, 갑 제25호증의1, 2) 및 2006. 3. 17.자 구조조정본부 2006년 비용배분(안), 2006. 12.자 구조조정본부 2006 년 비용실적(안) 등에 따르면, 지급수수료는 당시 주식회사 DD건설과 EE건설 주식회사를 인수하기 위하여 소요된 자문수수료 등 관련 비용으로 인하여 급격히 증가한 것으로 보이고(위와 같은 인수업무로 인하여 접대성 경비 등 일반경비까지 함께 증가 한 것으로 보인다) 광고선전비 역시 2006년 XX 그룹 홍보 목적의 특별경비로 광고선전비가 배정됨에 따라 급격히 증가한 것으로 보일 뿐, 구조조정본부의 업무내용이 기존의 경영기획실의 엽무내용과 본질적으로 달라짐에 따라 위와 같이 소요 경비가 급격히 증가한 것으로 보이지는 않는 점 등에 비추어 보면 원고의 이 부분 주장을 그대로 믿기 어렵다.

2) 이 사건 금원을 업무무관가지급금으로 볼 수 없다는 주장에 대하여

가) 구 법인세법(2006. 12. 30. 법률 제8141호로 개정되기 전의 것) 제28조 제1항 제4호 (나)목은, 법인이 특수관계자에게 업무와 관련 없이 지급한 가지급금 등으로서 대통령령이 정하는 자산을 취득・보유하고 있는 때에는 그 법인이 지급한 차입금의 이자 중 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액(차입금 중 당해 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)을 각 사업연도의 소득금액 계산에 있어서 손금에 산입 하지 않도록 규정하고 있는바 위 규정의 입법 목적은 차입금을 보유하고 있는 법인이 특수관계자에게 업무와 관련 없이 가지급금 등을 지급한 경우 이에 상당하는 차입금의 지급이자를 손금불산입하도록 하는 조세상의 불이익을 주어 차입금을 생산적인 부분에 사용하지 아니하고 계열사 등 특수관계자에게 대여하는 비정상적인 행위를 제한함으로 써 타인자본에 의존한 무리한 기업 확장으로 기업의 재무구조가 악화되는 것을 방지하고 기업자금의 생산적 운용을 통한 기업의 건전한 경제활동을 유도하는 데 있으며, 한 펀 법인세법상 지급이자 손금불산입의 대상이 되는 '업무와 관련 없이 지급한 가지급금 등'에는 순수한 의미의 대여금은 물론 구상금채권 등과 같이 채권의 성질상 대여금에 준하는 것도 포함되고 업무와 관련성 여부는 당해 법인의 목적사업이나 영업내용을 기준으로 객관적으로 판단되어야 한다(대법원 2007. 10. 25. 선고 2006두11125 판결

등 참조)

나) 위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 인정한 사실관계에 앞서

든 증거들 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고 는 부동산개발 및 건설업을 영위하여 왔던 법인임에도 원고의 고유 목적사업이나 영업 내용과는 전혀 관계가 없는 소프트웨어 운영회사인 OO의 주식 인수자금 명목으로 당시 원고의 대표이사였던 백AA에게 이 사건 금원을 대여하였는바, 위와 같은 대여행위는 객관적으로 원고의 고유 업무와 관련이 있다고 보기는 어려운 점, ② 또한 원고는 백AA에게 이 사건 금원을 대여하면서 백AA으로부터 그 소유 주식을 담보로 제공받았고, 원고 회사의 감사보고서에도 이 사건 금원을 특수관계자에 대한 채권으로 계상하였으며, 백AA 또한 OO주식을 양수 ・ 도하면서 119,500,000원(양도가액 5,479,500,000원 - 양수가액 5,360,000,000원)의 양도차익을 얻었음에 비추어 보면, XX그룹의 실질적 운영자였던 백AA이 OO을 관계회사로 편입시켜 XX 그룹의 규모를 확장하기 위한 독자적인 판단하에 위와 같은 행위를 주도한 것으로 보이고 원고는 단지 백AA이 OO주식의 인수자금을 조달해 준 역할을 한 것으로 보일 뿐인 점, ③ 한편 원고 주장과 같이 M&A; 전략상 백AA에게 이 사건 금원을 대여하고 백AA으로 하여금 그 자금으로 OO 주식을 취득하게 한 후 백AA으로부터 다시 OO 주식을 매수하기로 하는 형태를 띠어 실질적으로는 원고가 OO주식을 매수한 것이라고 보더라도, 이는 원고가 궁극적으로 차입금으로 조달하였다고 볼 수 있는 이 사건 금원을 생산적인 부분에 사용하지 아니하고 특수관계자인 백AA에게 대여하는 비정상적인 행위를 통하여 OO주식을 인수함으로써 타인자본에 의존하여 기업 확장을 도모한 것인 이상, 타인자본에 의존한 무리한 기엽 확장으로 기업의 재무구조가 악화되는 것을 방지하고 기업자금의 생산적 운용을 통한 기업의 건전한 경제활동을 유도하고자 업무 무관가지급금을 규제하려는 입법목적에 제대로 들어맞는 경우에 해당한다고 보이는 점, ④ 원고는 백AA에게 53억 6,000만 원이나 되는 거액의 이 사건 금원을 대여하면서 아무런 이자 약정을 하지 않았고, 백AA은 이 사건 금원으로 OO주식을 양 ・ 수도 하면서 궁극적으로 119,500,000원의 이익을 얻는 등 원고의 대여행위가 경제적 합리성이 있는 거래라고 보기도 어려운 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 금원은 부당행위계산부인 대상이 되는 업무무관가지급금에 해당한다고 봄이 상당하므로, 원고의 이 부 분 주장 역시 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.