2. 소송비용은 원고가 부담한다.

'재경정세액'란 기재 각 세액을 증여세로 한 2004년 귀속 증여세부과처분(이하 '이 사건 처분'이라 한다)을 모두 취소한다.

가. 원고 법인은 ① 1992. 4. 10.경부터 1998. 9. 4.경까지 사이에 김AA으로부터 ○○ ○○구 ○○동 344-1 답 2,585㎡, 같은 동 345 답 817㎡, 같은 동 346 답 563㎡ 중 537/563 지분, 같은 동 355 전 321㎡ 같은 동 376-2 전 403㎡, 같은 동 377 대 522 ㎡ 같은 동 400 답 4,598㎡, 같은 동 402-2 답 2,279㎡, 같은 동 1068-3 답 2,764㎡ 중 1/2 지분, 같은 동 1068-4 답 294㎡' 같은 동 1068-6 답 1,609㎡를 각 출연 받았고, ② 1992. 4. 30.경 및 2003. 12. 15.경 박BB으로부터 ○○ ○○구 ○○동 1068-5 답 1,552㎡ 중 1/4 지분을 두 차례 나누어 출연 받았으며, ③ 1992. 4. 30.경부터 2003. 12. 15.경까지 사이에 김CC로부터 ○○ ○○구 ○○동 1068-2 답 714㎡(다만, 이 토지는 2000. 10. 31. 같은 동 1068-2 답 585㎡와 같은 동 1068-9 답 129㎡로 분할되었다) 중 1/2지분(두 차례 나누어 출연), 같은 동 1068-3 답 2,764㎡ 중 1/2 지분, 같은 동 1068-5 답 1,552㎡ 중 1/4 지분(두 차례 나누어 출연)을 각 출연 받았고, ④ 1992. 4. 30.경 김DD로부터 ○○ ○○구 ○○동 1068-2 답 714㎡ 중 327.5/655 지분, 같은 동 1068-5 답 1,552㎡ 중 352/1552 지분을 각 출연 받았으며, ⑤ 1992. 4. 30.경 김EE로부터 ○○ ○○구 ○○동 1068-5 답 1,552㎡ 중 352/1552 지분을 출연 받았다.

나. 피고는 2008. 7. 1. 원고 법인에 대하여, 구 상속세 및 증여세법(2010. 1. 1. 법률 제9916호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 상속세및증여세법'이라 한다) 제48조 제2항 제1호에 의하여, 출연 받은 이후 공익목적에 직접 사용하지 아니한 채 보유하고 있던 ○○ ○○구 ○○동 377 외 13필지 합계 18,775㎡ 토지를 원고 법인의 법인설립허가가 취소된 2004. 5. 31. 김AA, 박BB, 김CC로부터 각 증여받은 것으로 보아, 별지 부과처분 내역 '최초 고지세액'란 기재 세액으로 증여세를 부과하였다.

다. 피고는 2009. 6. 10. 직권으로 당초 부과한 증여세 중 가산세(신고불성실가산세 및 납부불성실가산세) 부분이 적법하지 않다고 판단하여, 증여자 김AA에 대한 증여세 중 가산세 1,765,854,650원, 증여자 김CC에 대한 증여세 중 가산세 3,273,528원, 증여자 박BB에 대한 증여세 중 가산세 1,754,660원을 각 감액 경정하였다(별지 부과처분 내역 중 '1차 경정세액'란 기재 세액은 감액 경정하고 남은 세액이다).

라. 피고는 2010. 4. 1. 증여자를 일부 잘못 파악하였다는 이유로, 별지 부과처분 내역 '재경정세액'란 기재와 같이 증여자 김AA에 대한 증여세를 일부 감액 경정하고, 증여 자 김CC, 박BB에 대한 증여세를 증액 경정하며, 증여자 김EE, 김DD에 대한 증여세를 새로이 부과하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3, 11호증, 을 제7 내지 15호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

(1) 원고의 주장

(가) 원고 법인이 출연 받은 재산을 직접 공익목적사업 등에 사용하지 못하고 있던 중 법인설립허가가 취소되었으나, 원고 법인의 정관에는 법인이 해산될 경우 잔여재산을 원고 법인의 설립목적과 유사한 목적의 비영리법인에게 기부하거나 국가에 귀속하도록 정하고 있어 원고 법인의 잔여재산은 장차 국가 등에 귀속될 것이 예정되어 있는 바, 이러한 경우에는 구 상속세및증여세법 제48조 제2항 제5호, 같은 법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22042호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 시행령'이라 한다) 제38조 제8항 제1 호가 적용되고, 원고 법인의 경우는 '공익법인 등이 사업을 종료한 때 잔여재산을 국가 등에 귀속시키지 아니한 때'에 해당되지 아니하므로 증여세를 부과하여서는 아니 된다.

(나) 설령 증여세부과대상이 된다 하더라도, 재산을 출연 받은 날로부터 3년이 경과한 때를 기준으로 증여세를 부과함이 타당하다.

(2) 피고의 주장

구 상속세및증여세법 제48조 제2항 제5호, 구 시행령 제38조 제8항 제1호는 공익법인이 출연재산을 사업에 제공하여 운영하다가 종료한 경우에 적용되는 규정으로 원고 법인과 같이 출연재산을 사업에 제공하지 아니한 경우에는 적용되지 아니한다.

원고 법인은 출연 받은 재산을 사용기한 내에 직접 공익목적사업에 사용하지 아니하였으므로 구 상속세및증여세법 제48조 제2항 제1호가 적용되는바, 사용기한 연장이 더 이상 불가능하게 된 법인설립허가 취소일을 증여시로 의제하여 증여세를 부과한 이 사건 처분 은 적법하다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 인정사실

(1) 원고 법인은 1992. 1.경 의료법인 설립허가를 받은 다음, 의료기관의 설립을 위하여 앞서 본 바와 같이 김AA 등으로부터 토지를 출연 받았으나, 사업부지의 변경 등의 사정으로 인하여 사업이 지연되었고, ○○광역시장으로부터 1996. 1.경부터 2004. 1. 6.경까지 5차례에 걸쳐 의료기관의 개설기한 및 출연재산의 사용기한 연장을 승인 받았다.

(2) 이후 ○○광역시장이 원고 법인에 대하여 의료기관의 개설기한 내에 의료기관을 개설하지 아니하였다는 이유로 의료법에 의하여 설립허가취소절차를 진행하였으나, 원고 법인은 ○○광역시장에게 2004. 5. 29.까지 의료기관의 설립공사에 착공하겠다는 확 약을 하여 설립허가취소처분을 유예 받았다.

(3) 그러나 원고 법인은 자금사정 등으로 인하여 위 유예기한까지 의료기관 설립공사의 착공을 하지 못하였고, 결국 2004. 5. 29. ○○광역시장에게 원고 법인을 자진해산하겠다는 통보를 하였다.

(4) ○○광역시장은 2004. 5. 31. 원고 법인에 대하여 의료법인 설립허가를 취소하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제4, 5호증, 을 제3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지 라. 판단

(1) 증여세부과대상이 되는지 여부

구 상속세및증여세법 제48조 제1항, 제2항 제1호, 구 시행령 제38조 제3항에 의하면, 공익법인 등이 출연 받은 재산의 가액은 증여세과세가액에 산입하지 아니하되, 공익법인 등이 출연 받은 재산을 직접 공익목적사업 등외에 사용하거나 출연 받은 날로부터 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 사용하지 아니하는 경우에는 공익법인 등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과하고, 다만 그 사용에 장기간을 요하는 등 법령상 또는 행정상의 부득이한 사유 등으로 인하여 3년 이내에 공익목적사업에 전부 사용하는 것이 곤란한 경우로서 주무부장관 내지 권한을 위임받은 자가 인정한 경우에는 예외로 한다고 정하고 있다. 위 규정에 의하면, 부득이한 사유가 인정되어 주무부장관 등에 의하여 사용기한을 연장 받은 경우에는 그 기간 동안 출연재산을 공익목적사업에 사용하지 않더라도 증여세를 부과하지 아니하나, 그와 같이 연장된 사용기한이 만료되었음에도 여전히 공익목적사업에 사용하지 아니한 경우에는 증여세부과대상이 되는 것으로 봄이 문언해석상 당연하다.

위 인정사실을 위 법리에 비추어 보면, 원고 법인은 ○○광역시장으로부터 부득이 한 사유를 인정받아 출연 받은 재산의 사용기한을 2004. 5. 29.까지 연장 받았으나 그 기 한이 만료되기까지 의료기관의 설립공사를 착공하지 못하였고 2004. 5. 31. 의료법인의 설립허가가 취소됨으로써 출연재산을 공익목적사업에 확정적으로 제공하지 못하게 되었으므로, 구 상속세및증여세법 제48조 제2항 제1호에 의하여 증여세부과대상이 된다.

한편, 이에 대하여 원고는 구 상속세및증여세법 제48조 제2항 제5호, 구 시행령 제38조 제8 항 제1호가 적용되어야 한다고 주장하나, 위 규정은 공익법인이 출연재산을 공익목적 사업에 제공하여 운용하다가 사업을 종료한 경우에 적용되는 규정이고, 이 사건의 경우와 같이 애초에 공익목적사업에 제공됨이 없는 재산의 경우에 적용되는 규정으로 볼 수는 없으므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(2) 증여세 부과시점

구 상속세및증여세법 제48조 제2항 본문은 각 호의 사유가 발생한 경우 '즉시' 증여세를 부과하는 것으로 정하고 있는바, 이 사건의 경우 ○○광역시장으로부터 연장승인 받은 사용기한이 만료된 이후 2004. 5. 31. 원고 법인의 의료법인 설립허가가 취소되었음은 앞서 본 바와 같고, 2004. 5. 31.경 의료법인 설립허가가 취소됨으로써 이후 ○○광역시장으로부터 사용기한을 소급하여 연장 받을 가능성마저 사라진 이상 이 시점을 증여 시점으로 본 이 사건 처분은 적법하다.

한편 이에 대하여 원고는, 출연 받은 때로부터 3년이 경과한 때를 증여시점으로 보아 증여세를 부과하여야 한다고 주장하나, 연장승인된 사용기한 만료시를 기준으로 공익목적사업에 제공되었는지 여부를 판단하여야 한다는 점에 비추어 보면 증여의제시점 또한 같은 기준으로 적용하는 것이 상당하므로 이 부분 주장 역시 이유 없다{원고는, 구 지방세법(1997. 8. 30. 법률 제5406호로 개정되기 전의 것) 제290조 제1항에 의하여 면제된 취득세, 등록세에 대하여 부동산을 취득한 날로부터 1년 이내에 고유업무에 직접 사용하지 아니한 데 정당한 사유가 있는 경우라 하더라도 추정을 위한 과세기준일은 부동산 취득일로부터 1년이 경과한 날이 되고 정당한 사유가 소멸된 날로부터 1년이 경과한 날이 되는 것은 아니라는 대법원 2009. 3. 12. 선고 2006두11781 판결을 근거로 들고 있으나, 위 판결에 적용된 위 구 지방세법 규정과 이 사건에 적용되는 구 상속세및증여세법 규정은 그 규정형식이 전혀 달라 위 판결을 이 사건의 경우에 원용하는 것은 부적절하다}.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.