2. 피고 서울지방국세청장이 원고에 대하여 한 별지 2 목록 기재 각 소득금액변동통지를 취소한다.

3. 소송비용은 피고들이 부담한다.

가. 원고는 1969. 3. 28. 설립되어 ○○○○에 소재한 재래시장인 '□□'에서 공익을 목적으로 하는 시장 관리업, 대점포업, 일반 상품 판매업(도소매) 등을 영위하는 법인이다.

나. 망 김AA은 배우자 정BB과 함께 원고를 설립한 이래 원고의 지분 100%를 보유하면서 2010.경까지 원고의 대표이사로 재직하였다. 김CC, 김DD, 김EE, 김FF, 김GG는 망 김AA과 정BB의 자녀이고 김HH은 위 김DD의 남편이며, 김II는 망 김AA 일가와 별도의 친인척 관계는 없고 1987.경 원고에 입사하여 1997.경까지

근무하다가 1999.경 재입사하여 2013. 12.경 퇴직하였다. 김AA은 2014. 3. 8. 사망하

였고 김AA이 보유하고 있던 원고의 주식은 정BB, 김CC, 김DD, 김EE, 김FF,

김GG에게 상속되었다.

다. 김CC, 김DD, 김EE, 김FF, 김GG, 김II는 원고의 임직원으로 재직하면서 업무를 담당하고 그에 대한 대가로 급여 및 상여를 지급받았다. 한편, 김FF, 김CC은 2009.경, 김GG는 2010.경, 김DD은 2011.경, 김HH은 2012.경, 김FF, 김II, 정BB은 2013.경 각 퇴직하면서 원고의 퇴직금 지급 규정에 따라 퇴직금을 지급받았다.

라. 서울지방국세청은 2015. 6. 1.부터 2015. 6. 20.까지 원고의 2009 내지 2013 사업연도를 조사 대상으로 한 법인통합조사를 실시하고 원고가 정BB, 김CC, 김DD, 김EE, 김FF, 김GG, 김HH, 김II(이하 '쟁점 임직원'이라 한다)에게 지급한 인건비가 과다하다면서 손금불산입하여 과세하도록 관악세무서에 통지하였다.

마. 피고 관악세무서장은 원고가 지급할 적정 보수금액을 쟁점 임직원 중의 한 명인 김FF 감사에게 지급된 급여액으로 보고 2009 내지 2013 사업연도 중에 김FF이 수령한 급여를 초과하는 쟁점 임직원들에 대한 급여 합계 351,000,000원을 손금불산입하고 기타사외유출로 소득처분하였다.

바. 또한 피고 관악세무서장은 2009. 4. 2. 임원 퇴직금 및 위로금 규정의 퇴직금 산정기준이 불분명하다는 이유로 임원 퇴직금 중 합계 951,802,133원을 손금불산입하고 해당 소득자에게 상여 처분하였다.

사. 피고 관악세무서장은 위 보수액 및 위 퇴직금을 손금불산입함에 따라 2015. 8. 3. 아래 [표1] 기재와 같이 법인세(가산세 포함)를 부과, 고지하였다.

아. 피고 서울지방국세청장은 위 퇴직금 손금불산입액을 상여로 소득처분함에 따라 2015. 6. 26. 및 2015. 6. 29. 원고에게 아래 [표2] 기재와 같이 소득금액변동통지(위 법인세 부과처분과 합하여 '이 사건 처분'이라 한다)를 하였다.

자. 원고는 2015. 10. 26. 조세심판원에 이 사건 처분에 대한 심판청구를 제기하였고 조세심판원은 2016. 6. 14. 2009년도 김FF의 총급여액을 1년분 급여로 환산한 58,500,000원을 적정 보수액으로 보고 일부 인용 결정을 하였다. 쟁점 임직원들에 대한 급여 중 위 심판결정에 의하여 결정된 위 적정 급여를 초과한 부분을 부인하여 계산한 급여내역(이하 '쟁점 보수액'이라 한다)은 아래 [표3] 기재와 같고 부인대상 퇴직급여내역(이하 '쟁점 퇴직금'이라 한다)은 아래 [표4] 기재와 같다. 그에 따라 피고 관악세무서장은 별지 1 목록 기재와 같이 법인세를 감액경정하였고 피고 서울지방국세청장은 별지 2 목록 기재와 같이 각 소득금액변동통지를 하였다.

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 요지

1) 피고들은 과다인건비 손금불산입 규정(법인세법 제26조 제1호, 동법 시행령 제43조 제3항), 부당행위계산부인 규정(법인세법 제52조, 동법 시행령 제88조 제1항 제9호)을 근거로 김FF의 인건비를 초과하는 쟁점 임직원의 보수에 대하여 쟁점 보수액을 손금불산입하였다. 그러나 김FF은 '지배주주등인 임원'에 해당하고 쟁점 임직원과 동일한 지위에 있지 않으므로 김FF의 보수를 기준으로 법인세법 시행령 제43조 제3항을 적용할 수 없고, 쟁점 보수액의 지급은 법인세법 시행령 제88조 제1항의 어느 경우에도 해당하지 않으며 김FF의 보수액을 부당행위계산부인 규정에서 정한 '시가'로 볼 수 없다. 그리고 원고의 사정을 고려하지 아니한 채 부동산 임대업 전국 평균 매출 대비 급여 비율 등만으로 쟁점 보수액을 과다하다고 보고 법인세법 제19조 제2항의 손비의 요건을 충족하지 못하였다고 하는 것은 타당하지 않다.

2) 쟁점 퇴직금은 정관에서 위임한 퇴직급여지급규정에 따라 지급된 퇴직급여로서 법인세법상 손금에 해당한다. 그리고 피고가 조세심판단계에서 현실적 퇴직이 아니라는 이유로 손금불산입하였는데 이는 당초의 처분사유와 기본적 사실관계의 동일성이 인정되지 않는 별개의 사실이므로 이를 처분사유로 새롭게 주장할 수 없고, 이로 인하여 이 사건 처분은 세액 등이 전체적으로 달라지게 되므로 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 쟁점 보수액에 대한 판단

가) 법인세법 시행령 제43조 제3항에 의한 손금불산입 대상인지 여부

법인세법 제43조 제3항에 의하면 법인이 지배주주인 임원에게 정당한 사유 없이 동일직위에 있는 지배주주등 외의 임원 또는 사용인에게 지급하는 금액을 초과하여 보수를 지급한 경우 그 초과금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다.

망 김AA이 원고의 1인 주주이고 김FF이 망 김AA의 아들인 사실은 앞서 본바와 같으므로 망 김AA이 원고의 '지배주주'에 해당하고 김FF은 지배주주인 망 김AA과 친족 관계에 있는 자로서 '지배주주와 특수관계에 있는 자'에 해당하므로 위 조항의 '지배주주등 외의 임원 또는 사용인'으로 볼 수 없다. 그리고 김FF의 원고 회사 내에서의 지위 및 역할 등에 비추어 볼 때 다른 쟁점 임직원들과 동일한 직위에 있다고 할 수도 없다. 따라서 2009 사업연도부터 2013 사업연도까지 김FF의 보수는 쟁점 임직원들에 대한 보수액과 비교 대상이 될 수 있는 '동일직위에 있는 지배주주등 외의 임원에게 지급하는 금액'에 해당하지 아니하고 조세법률주의의 원칙상 그에 준하는 보수로 볼 수도 없다.

따라서 김FF의 보수를 쟁점 임직원의 보수를 손금불산입하는 기준으로 볼 수 없으므로 피고 관악세무서장이 법인세법 시행령 제43조 제3항을 근거로 손금불산입한 처분은 위법하다.

나) 부당행위계산부인 해당 여부

법인세법 제52조 제1항은 '납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 특수관계인 이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 부당행위계산 이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.'라고, 같은 조 제2항은 '제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이조에서 시가 라 한다)을 기준으로 한다.'라고 규정하고 있다.

그리고 법인세법 시행령 제89조에 의하면 '시가'는 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격에 의하고(제1항), 그와 같은 거래의 실례가 없거나 불분명한 경우에는 감정가액 등에 의할 수 있다(제2항)고 규정되어 있다. 그리고 부당행위계산 부인의 적용기준이 되는 '시가'에 대한 주장・증명책임은 부당행위

계산 부인을 주장하는 과세관청에 있다(대법원 2012. 10. 25. 선고 2012두12006판결, 대법원 2013. 9. 27. 선고 2013두10335 판결 등 참조).

"피고 관악세무서장은 김FF의 급여를 '시가'로 보고 이를 부당행위계산 부인의 기준으로 삼고 있다. 그러나 앞서 본 바와 같이 법인세법 제52조 제2항은 '시가'를특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격'으로 규정하고 있고 김FF은 2009 사업연도부터 2013 사업연도까지 원고의 임원 또는 사용인으로 '특수관계인'에 해당하므로 원고가 김FF에게 지급한 급여는 '시가'에 해당하지 아니한다. 그리고 망 김AA, 정BB은 원고의 창업주로서 다른 쟁점 임직원과 업무 내용이나 권한 등을 단순 비교할 수는 없고 김FF의 업무량과 중요도가 가장 크다고 단정할 수 없을 뿐만 아니라 김FF의 급여가 적정 보수가 되어야 할 합리적인 이유가 없다. 그러므로 피고 관악세무서장이 제출한 증거들과 주장하는 사정만으로는 김FF의 급여가 원고의 쟁점 임직원에 대한 쟁점 보수액의 지급을 부당행위계산으로 인정할 수 있는지를 판단할 적법한 '시가'라고 보기 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.",다) 손비의 요건 충족 여부

피고는 원고와 같은 종류의 사업인 부동산 임대업을 영위하는 업체들의 매출액 대비 급여 비율의 전국 평균이 11% 내지 13%인 반면 원고의 매출액 대비 급여 비율이 32.5%(2009 사업연도) 내지 50.1%(2010 사업연도)에 달하여 월등히 높고 지급된 급여의 대부분이 김FF 등 쟁점 임직원에 대한 것이므로 쟁점 보수액은 법인세법 제19조 제2항의 '일반적으로 용인되는 통상적인 것'의 요건을 충족하지 못하여 손금부인의 대상이 된다고 주장한다.

법인세법 제19조 제1항은 '손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다'라고 규정하고 있고, 같은 조 제2항은 '제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.'라고 규정하고 있다.

임원의 보수는 법인의 재량에 속하는 것으로 경영실적, 재무현황, 지위 및 담당업무 등을 종합적으로 고려하여 자유롭게 정할 수 있는 것이므로 특별한 사정이 없는 한 법인이 주주총회・사원총회 또는 이사회의 결의에 의하여 결정된 급여지급기준에 의하여 지급하는 상여금은 이를 손금으로 인정할 수 있다. 피고 관악세무서장이 비교대상으로 삼은 동종업체는 종업원수, 수입금액 등이 원고와는 차이가 있어 피고 관악세무서장의 비교업체 선정 및 적정 인건비 지급기준 산정이 타당하다고 보기 어려우며 매출액 대비 평균 급여 비율을 단순 비교하는 것은 원고 회사의 특수성을 고려하지 않은 것으로 합리적인 기준이 될 수 없다.

라) 소결론

따라서 쟁점 보수액을 원고의 손금으로 산입하지 아니할 법인세법령상 근거가 없으므로 이 사건 처분은 처분 사유가 존재하지 아니하여 위법하다.

2) 쟁점 퇴직금에 대한 판단

가) 퇴직급여 지급규정의 유무

피고들은 원고가 정관의 위임에 따라 2009. 4. 2.자 임시주주총회결의로 정한 '임원 퇴직금 및 위로금 지급규정'이 평균임금에 대한 아무런 부기나 설명이 없어 법인세법상 임원퇴직금지급규정으로 인정할 수 없고, 쟁점 퇴직금이 사전에 정해진 퇴직급여지급규정에 따라 지급된 것으로 보기 어려우므로 법인세법 시행령 제44조 제4항 제2호의 한도를 초과한 금액은 손금에 산입될 수 없다고 주장한다.

법인세법 시행령 제44조 제4항은 '법인이 임원에게 지급한 퇴직급여 중 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 금액을 초과하는 금액은 손금에 산입하지 아니한다.'라고 규정하고 제1호로 '정관에 퇴직급여(퇴직위로금을 포함한다)로 지급할 금액이 정하여진 경우에는 정관에 정하여진 금액'을, 제2호로 '제1호 외의 경우에는 그 임원이 퇴직하는 날부터 소급하여 1년 동안 해당 임원에게 지급한 총급여액의 10분의 1에 상당하는 금액에 기획재정부령으로 정하는 방법에 의하여 계산한 근속연수를 곱한 금액'을 손금산입의 한도로 규정하고 있다. 그리고 같은 조 제5항은 '제4항 제1호는 정관에 임원의 퇴직급여를 계산할 수 있는 기준이 기재된 경우를 포함하며, 정관에서 위임된 퇴직급여지급규정이 따로 있는 경우에는 해당 규정에 의한 금액에 의한다.'라고 규정하고 있다.

법인세법 시행령 제44조 제4항 제1호 또는 제5항에 따른 '정관에 의한 임원퇴직금 지급규정'이란 상법상 의결절차와 의결내용이 정당할 뿐 아니라 임원의 퇴직 시마다 퇴직금(퇴직위로금 포함)을 임의로 지급할 수 없도록 정한 일반적이고 구체적인 기준으로서 당해 법인이 계속적이고 반복적으로 적용하여 온 규정을 뜻한다.

한편, 임원퇴직금 지급규정을 신설하거나 개정한 직후 곧바로 대표이사가 퇴직을 한 경우와 같이 특정 임원에게 임의로 퇴직금을 지급하기 위한 방편으로 지배주주 등의 지배력에 의해 정관이 급조되었다거나, 정관에서 특정 임원에게만 정당한 이유 없이 퇴직금액을 고액으로 정하거나 지급배율을 차별적으로 높게 정하였다는 등의 특별한 사정이 있는 경우에 그 정관은 특정 임원에게 임의로 고액의 퇴직금을 지급하기 위한 수단일 뿐 당해 법인이 계속적・반복적으로 이용하여 온 일반적이고 구체적인 규정이라고 볼 수 없어 법인세법 시행령 제44조 제4항 제1호 또는 제5항에 따른 '정관에의한 임원퇴직금 지급규정'이라고 볼 수 없다.

갑 제21호증, 갑 제25 내지 28호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들 즉, ① 원고의 1991. 4. 20.자 임시주주총회에서 결의된 '임원퇴직금 지급규정'은 제4조에서 '임원의 퇴직금은 퇴직 당시의 최근 3개월 보수 월 평균액과 연간 상여 지급율에 의하여 산출한 월 평균 상여금을 합산하여 계산된 금액에 퇴직금 지급율을 곱하여 산출한다.'고 규정하였고, 제5조에서는 퇴직금 지급율을 대표이사는 1년마다 3, 이사는 1년마다 2, 감사는 1년마다 2로 규정한 점, ② 1997. 1.10.자 임시주주총회에서 결의된 '임원퇴직금 지급규정'에서도 동일하게 퇴직금 산출방법을 규정하면서 다만 이사의 퇴직금 지급율만 종전의 '1년마다 2'에서 '1년마다 3'으로 변경한 점, ③ 2009. 4. 2.자 임시주주총회에서 결의된 '임원 퇴직금 및 위로금 지급규정'은 종전 규정 제4조의 내용을 '평균임금'이라는 용어로, 종전 규정 제5조의 퇴직금지급율을 '기준지급율'로 대체하면서 감사의 기준지급율을 2에서 3으로 변경하였고,2010. 10. 2.자 임시주주총회에서 결의된 '임원 퇴직금 및 위로금 지급규정'은 대표이사의 기준지급율을 3에서 5로 변경한 것 이외는 2009. 4. 2.자 임시주주총회의 규정과 동일한 점, ④ 쟁점 퇴직금에 적용된 임원 퇴직금 지급규정에서 '평균임금'의 정의를 별도로 정하지 않았지만 '최근 3개월 간의 기본금의 평균액과 최근 1년 간의 상여금의평균액의 합계'라는 개념으로 통용되고 있고 이는 근로자퇴직급여보장법 및 근로기준법에 규정된 평균임금의 개념과도 큰 차이가 없는 점, ⑤ 원고의 임원 퇴직금 지급규정은 앞서 본 바와 같이 1991.경부터 존재하였고 위 규정 제정 즉시 쟁점 임직원들이 퇴직한 사안이 아니고 퇴직금 지급율을 정당한 이유 없이 차별적으로 높게 하는 등 특별한 사정이 있다고 보이지 않는 점 등을 종합하면, 원고는 위 퇴직금지급규정에 의하여 쟁점 퇴직금을 산정한 것이고 쟁점 퇴직금은 법인세법상 손금 산입되는 것이 타당하다.

나) 비현실적 퇴직으로 인한 손금불산입 가부

(1) 처분의 동일성은 원칙적으로 '과세단위'로 구분되고 법인세・소득세 등 기간과세의 경우 과세기간이 이에 해당한다. 그리고 관청이 당초의 부과처분 당시 인정한사실의 일부에 착오나 오류가 있다 하여도 그 후 인정된 사실이 당초의 과세원인사실과 동일한 사실의 범위 내로서 과세의 기초사실이 달라지는 것이 아니라면 처분의 동일성은 유지된다. 따라서 피고들이 쟁점 임직원들의 퇴직이 현실적인 퇴직이 아니라는 처분사유를 추가하는 것은 가능하다고 할 것이다.

(2) 갑 제2호증의 1 내지 5, 을 제4호증의 1 내지 5, 을 제5호증의 1, 2의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 피고 서울지방국세청장은 쟁점퇴직금을 손금불산입하면서 '상여(근로소득)'로 소득처분하되, 원고가 동 퇴직금 지급시 퇴직소득세를 납부한 부분은 '기타사외유출'로 소득처분한 사실을 인정할 수 있다. 그러나 피고 서울지방국세청장이 현실적 퇴직이 아님을 이유로 퇴직금 전액을 손금불산입한 것이라면, 손금불산입액은 '업무무관가지급금'인 것이고 원고가 쟁점 임직원에 대하여 채권을 보유하고 있는 것이므로 그 소득처분은 '유보'가 되어야 하고, '유보' 사항은 소득금액변동통지의 대상이 아니므로 피고 서울지방국세청장이 현실적 퇴직이 아님을 처분사유로주장하는 취지라면 위 소득금액변동통지는 전부 취소되어야 한다.

또한 현실적인 퇴직이 아님을 처분사유로 하는 경우 법인세 부과 처분 역시 쟁점임직원들이 지급받은 퇴직금에 대하여 업무무관 가지금금으로 보아 인정이자를 익금산입하고 지급이자를 손금불산입하여야 하므로 정당한 세액을 다시 산출하여야 하는데 제출된 모든 자료에 의하여도 정당한 세액이 산출되지 아니하므로 쟁점 임직원들의 퇴직이 현실적인 퇴직에 해당하지 않는다고 하더라도 법인세 부과처분 역시 전부 취소할수밖에 없다.

다) 소결론

따라서 쟁점 퇴직금을 원고의 손금으로 산입하지 아니한 이 사건 처분은 처분사유가 존재하지 아니하여 위법하다.

3. 결 론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 모두 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과

같이 판결한다.

심급 사건

참조조문

참조판례