[2] 농공단지개발사업 시행자가 지방자치단체에 무상으로 귀속될 도로·배수장·양수장 등 부대시설공사를 함에 있어 지출한 비용에 관련된 매입세액이 부가가치세법시행령 제60조 제6항 소정의 불공제 매입세액인 '토지조성을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액'에 해당하는지 여부(적극)

[2] 자가공장용지 및 분양용 공장용지를 조성할 목적으로 지방자치단체로부터 전·답 등 토지에 관하여 당시 시행되던 산업입지및개발에관한법률에 의한 농공단지개발사업 시행자로 지정을 받고, 그 토지에 공장용지 및 그 부대시설인 도로·배수장·양수장 등을 조성·설치하되, 부대시설은 위 법률에서 정한 바에 따라 지방자치단체에 무상으로 귀속시킨다는 내용의 농공단지개발실시계획을 수립하여 승인을 받은 다음 농공단지 부지조성공사 및 부대시설공사를 도급준 경우, 수급인에게 지급한 부대시설공사비는 부지조성공사비와 마찬가지로 당초의 전·답 등을 공장용지로 변경하여 그 가치를 증가시키는 데에 소요된 비용이라 할 것이므로 이는 토지의 조성을 위한 자본적 지출에 해당하고, 따라서 이에 관련된 매입세액은 위 부대시설이 부가가치세 면제 재화에 해당하는지 여부와 관계없이 매출세액에서 공제될 수 없다.

부가가치세법 제17조 제2항은 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액의 하나로 제4호에서 '부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액'을 들고 있고, 부가가치세법시행령 제60조 제6항은 위 규정에서 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액이라 함은 '토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액'을 말한다고 규정하고 있는바, 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출이란 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 데에 소요된 비용을 말한다고 할 것이다 {소득세법시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15969호로 개정되기 전의 것) 제69조, 법인세법시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전문 개정되기 전의 것) 제57조 등 참조}.

원심이 확정한 바와 같이, 자동차부품제조업자인 원고가 1994.경 자가공장용지 및 분양용 공장용지를 조성할 목적으로 함안군수로부터 경남 함안군 (주소 생략) 일대 70,610㎡(전 6,923㎡, 답 62,265㎡, 도로 112㎡, 구거 1,310㎡)의 토지에 관하여 당시 시행되던 산업입지및개발에관한법률에 의한 농공단지개발사업 시행자로 지정을 받고, 1994. 10. 27. 위 토지에 공장용지 61,879㎡ 및 그 부대시설인 도로·배수장·양수장 등을 조성·설치하되, 부대시설은 위 법률에서 정한 바에 따라 함안군에 무상으로 귀속시킨다는 내용의 농공단지(가야농공단지)개발실시계획을 수립하여 승인을 받은 다음, 소외 회사에 위 농공단지 부지조성공사 및 부대시설공사를 공사대금 4,627,084,000원에 도급준 것이라면, 원고가 소외 회사에 지급한 부대시설공사비는 부지조성공사비와 마찬가지로 당초의 전·답 등을 공장용지로 변경하여 그 가치를 증가시키는 데에 소요된 비용이라 할 것이므로 이는 토지의 조성을 위한 자본적 지출에 해당하고, 따라서 이에 관련된 매입세액은 위 부대시설이 부가가치세 면제 재화에 해당하는지 여부와 관계 없이 매출세액에서 공제될 수 없다고 할 것이다 .

이와 결론을 같이 한 원심판결은 정당하고, 거기에 상고이유에서 지적한 바와 같은 법리오해의 위법이 있다고 할 수 없다.

그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자의 부담으로 하기로 하여 관여 법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.