2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 비상장법인인 주식회사 BBBB텔레콤(통신기기 제조업, 이하 'BBBB텔레콤')은 2001. 11. 27. 법인세법 시행령(2005. 2. 19. 대통령령 제18706호로 개정되기 전의 것, 이하 개정관계를 불문하고 '법인세법 시행령'이라고 하고 법인세법 시행령 규정을 원용할 때에는 별지 관계법령 기재의 해당 법인세법 시행령 규정을 가리킨다. 법인세 법 등 다른 법령도 마찬가지다) 제87조에 따른 특수관계자인 비상장법인 CC전기 주식회사(시계줄 제조업, 이하 'CC전기')와 다음과 같은 내용의 합병계약(이하 '이 사건 합병')을 체결하였는데, 주요 내용은 다음과 같다.

나. BBBB텔레콤은 2001. 12. 27. 임시주주총회를 거쳐 2002. 2. 1. 합병등기를 마치고, 신주 364,000(= 28,000 x 13)주를 발행하이 이 사건 합병당시 CC전기의 주주인 강훈근과 한서시계 주식회사에게 각 321,100(= 24,700 x 13)주와 42,900(= 3,300 x 13)주를 각 교부하였다. 합병 전후에 따른 BBBB텔레콤과 CC전기의 주주 현황은 아래 표㉠과 같다.

다. 이 사건 합병 당시 강AA은 원고의 대표이사이자 BBBB텔레콤의 이사로서 한서시계 주식회사의 총주식 388,880주 중 138,26'주(지분율 35.57%)를 보유하고 있었고, 원고와 CC전기의 주주인 강AA, 한서시계 주식회사는 법인세법시행령 제87조에 따라 특수관계자였다.

라. 한편, 피고는 이 사건 합병 등기일인 2002. 2. 1.을 평가기준일로 하여 당시 BBBB텔레콤과 CC전기의 합병 전후 순자산가액ㆍ발행주식총수ㆍ1주당 순자산가액ㆍ1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액을 아래 표㉡과 같이 산정한 후, BBBB텔레콤과 CC전기의 합병 전 주식가액 8,291,397,663원(≒ BBBB텔레콤의 1주당 가액 0원 x 560,000주 + CC전기의 1주당 가액 296,121원 x 28,000주, 계산하면 8,291,388,000원이나 단수처리상 8,291,397,663원으로 산정된 것으로 보이는바, 그 차액은 9,663원으로서 근소하므로 적정하게 계산된 것으로 본다)을 합병 후 BBBB텔레콤의 주식 924,000주(= 560,000주 + 364,000주)로 나눈 후 합병 후 BBBB텔레콤의 1주당 가액을 8,973원(= 8,291,397,663원 ÷ 924,000주)으로 각 평가하였고 그에 따라 원고가 법인세법시행령 제87조 제1항에 따른 특수관계자인 CC전기의 주주 강AA과 한서시계 주식회사로부터 이 사건 합병으로 인하에 그 보유 주식수에 해당하는 이익 2,369,736,630원(≒ 264,000주 x 1주당 8,973원, 계산하면 2,368,872,000원이나 단수처리상 2,369,736,630원으로 산정된 것으로 보이는바, 그 차액은 864,630원으로서 근소하므로 적정하게 계산된 것으로 본다)을 분여받은 것으로 보고 이를 법인세법 시행령 제11조 제9호에 따라 익금에 산입하여 2007. 8. 1. 원고에게 2002년 귀속 법인세 953,168,770원을 경정ㆍ고지하였다(이후 피고는 2007. 8. 27. 이월결손금 조정액을 반영하여 22,897,816원을 감액경정하고 2007. 10. 8. 가산세 중복반영분을 조정하여 272,512원을 감액경정하는 등, 2007. 8. 1.자 법인세 부과처분 중 이 사건 소제기 전까지 남아 있는 금액은 929,998,442원이다. 이하 위와 할이 감액되어 남은 법인세 부과처분 부분을 '이 사건 처분').

마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2007. 10. 30. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2008. 6. 18. 기각결정을 받았으며 2009. 9. 12. 이 사건 소를 제기하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1 내지 17호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

① 피고는 원고가 이 사건 합병을 통하여 특수관계자로부터 분여받은 이익이 있다고 보아 법인세법 시행령 제11조 제9호, 제88조 제1항 제8호 가목에 따라 이를 익금에 산입하여 이 사건 처분을 한 것인데 법인세법 시행령은 특수관계자로부터 분여받은 이 익을 어떻게 산정하는지 규정을 두지 아니하므로, 피고는 특수관계자가 누구인지, 그 이익을 어떤 근거 법령에 따라 어떻게 산정하였는지 명확히 밝힐 의무가 있는바 이 사건 처분 당시 결국 이를 밝히지 않았으므로 위법하다.

② 법인세법 제15조 제1항, 제18조 제1항에 따르면 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액이고 자산의 평가차익은 익금에서 제외된다. 따라서 하위법령인 법인세법 시행령 제11조 제9호가 비록 법인세법 제15조 제1항의 위임을 받아 특수 관계자로부터 분여받은 이익을 수익의 범위에 포함시켜도 그 이익이 자산의 평가차익에 불과하다면 이를 수익으로 보아 익금에 산입해서는 아니된다. 결국 원고는 이 사건 합병으로 인하여 신주를 취득한 것이 아니라 단지 합병 전후로 BBBB텔레콤의 재무 상태가 더 좋아져 원고가 보유하고 있던 BBBB텔레콤의 주식가치가 상승한 것일 뿐이고 원고가 이를 처분하지 않는 이상 그 평가차익은 실현된 것이 아니므로 이를 익금 에 산입할 수는 없다.

③ 설령 특수관계자로부터 분여받은 이익으로서 자산의 평가차익에 해당하는 수익을 익금에 산입하는 것이 옳다고 하더라도, 그 계산방식에 관하여 법인세법 시행령 제11조 제9호에서 법인세법 시행령 제89조 제6항을 준용하는 규정이 없는 이상 피고가 그 이익을 계산함에 있어서 법인세법 시행령 제89조 제6항을 적용한 것은 조세법령의 유추적용으로 위법하다. 나아가 법인세법 시행령 제89조 제6항은 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호에 따라 부당행위계산의 유형으로 법인주주가 특수관계자인 다른 주주에게 이익을 분여한 경우 익금에 산입할 금액의 계산방법을 규정하고 있는바, 위 규정을 CC전기의 주주로서 자연인인 강훈근이 원고에게 이익을 분여한 부분에 그대로 적용할 수도 없다.

④ ㉮ 원고가 이 사건 합병으로 인하여 분여받은 이익은 법인세법상의 대원칙인 순자산증가설에 따라야 하고 결국 원고의 합병 전 보유 주식가치와 원고의 합병 후 보유 주식가치와의 차액만큼이 익금에 산입되어야 하는바, 합병 전 BBBB텔레콤의 1주당 순자산가치를 67.747원으로 보아(피고는 이를 0으로 보았다) 합병 후 BBBB텔레콤의 1주당 순자산가치를 4,277원{≒ 합병 후 BBBB텔레콤의 순자산가액 3,952,720,050원(= 합병 전 BBBB텔레콤의 합병 전 순자산가액 64,338,677,613원 + 합병 전 CC전기의 순자산가액이 8,291,397,663원) -7 합병 후 BBBB텔레콤의 총 주식수 924,000주, 계산의 편의상 원 미만 버림}으로 계산하고, 이를 합병 후 BBBB텔레콤의 1주당 순손익액 △ 1,001원과 비교하여 큰 금액인 4,277원을 1주당 순자산가치로 평가하여 위 분여이익을 산정하면, 1,129,128,000원(1주당 순자산가치 4,277원 × 원고의 합병 후 BBBB텔레콤의 주식수 264,000주)에 불과하다.

㉯ 만약 법인세법 시행령 제89조 제6항에 따라 상속세 및 증여세법(이하 '상속세및증여세법') 시행령 제28조 제3항 내지 제7항의 규정 등을 적용한다 하더라도 상속세및증여세법 시행령 제28조 제5항에 따르면 합병 후 존속하는 법인이 비상장법인인 경우 합병당사법인의 합병 직전 주식가액의 평가기준일을 상법 제522조의2에 따른 대차대조표 공시일로 보는데, 합병당사법인인 BBBB탤레콤과 CC전기는 이 사건 합병을 위한 주주총회 회일인 2001. 12. 27.부터 2주 전인 2001. 12. 13. 위 상법 규정에 따라 대차대조표를 실제로 공시하였다. 그럼에도 불구하고 피고는 위 2001. 12. 13.이 아닌 이 사건 합병 등기일 2002. 2. 1.을 평가기준일로 하여 합병 전 BBBB텔레콤과 CC전기의 주식가액을 평가하였는바, 이는 합병 직전 주식가액의 평가기준일에 관한 상속세및증여세법 시행령을 위반하여 위법하다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

(1) ① 주장에 대한 판단

과세관청이 과세기간별로 과세하는 법인세 등을 부과하면서 과세 귀속연도 및 납부할 총세액과 그 산출근거인 과세표준, 세율, 공제세액 등을 기재한 법정의 납세고지서에 의하여 부과ㆍ고지하였다면 국세정수법 제9조 제1항, 법인세법 제70조, 법인세법 시행령 제109조 제l항에 따른 산출근거나 세액의 계산명세는 위와 같이 기재한 정도로 충분하고, 익금과 손금 등 세액산출의 실질적 근거나 경로, 경위, 근거법령 등을 기재하지 아니하였다고 하더라도 위법하지 아니한바(2004.1. 27.선고 2001두11014 판결 참조), 앞서 든 증거에 의하면 피고는 이 사건 처분을 함에 있어서 납세고지서에 과세연도, 과세표준, 세율, 산출세액, 가산세 등을 기재한 사실이 인정되므로, 피고가 그 근거가 된 특수관계자의 특정 또는 이익의 계산근거를 기재하지 않았다고 하더라도 이 는 세액산출의 실질적 근거나 경위 또는 근거법령에 불과하여 이를 기재하지 않은 것 을 두고 이 사건 처분이 위법하다고 할 수는 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(2) ② 주장에 대한 판단

법인세법 시행령 제11조 제9호는 법인세법 제1fi조 제3항의 위임에 따라 법인세법 시행령 제88조 제l항 제8호 각 목에 따른 자본거래로 인하여 특수관계자로부터 분여받은 이익은 법인세법 제15조 제1항의 규정에 의한 수익으로 한다고 규정하고, 여기에 법인세법 제52조 제1항, 같은 법 시행령 제88조 체1항 제8호 가목을 더해 보면 이 때 법인세법 시행령 제11조 제9호는 법인이 특수관계자로부터 불공정비율 합병을 통하여 분여받은 이익을 무상으로 받은 자산으로 보아 익금에 산입하는 것이다.

살피건대, 비록 법인세법 제18조 제1호에 따르면 자산의 평가차익에 불과한 수익은 원칙적으로 익금에 산업하지 않으나 이는 조세회피 등을 방지하기 위하여 임의평가 차익을 인정하지 않는다는 취지이다. 불공정비율 합병에 따라 특수관계자로부터 분여 받은 이익은 사실상 합병 전후 주식의 평가가액의 차액으로 존재할 수밖에 없는데, 만약 평가차익에 불과하다는 이유로 법인세법 제18조 제1호에 따라 익금에 산입하지 않는다면 법인세법 시행령 제11조 제9호, 제88조 제1항 제8호 가목을 무의미하게 하는 결과를 가져온다는 점에서 이러한 경우까지 법인세법 제18조 제1항에 따라 익금에 산입할 수 없다고 해석할 수는 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(3) ③ 주장에 대한 판단

(가) 법인세법 시행령 제11조 제9호, 제88조 제1항 제8호 가목은 법인주주가 특수 관계자인 다른 주주에게 불공정비율 합병에 의한 이익을 분여한 경우 분여한 법인주주 에게는 부당행위계산에 해당되어 부인됨에도 불구하고 여전히 그에 상응하는 이익을 분여받은 법인주주에 대하여 익금으로 한다는 취지이다. 따라서 법인세법 시행령 제88 조 제1항 제8호의 분여한 이익과 법인세법 시행령 제11조 제9호의 분여받은 이익은 동일하므로, 법인세법 시행령 제89조 제5, 6항, 상속세및증여세법 제63조, 상속세및증여세법 시행령 제28조, 제54조, 제56조가 위와 같이 이익을 분여한 법인의 사업연도 소득금액을 계산함에 있어서 부당행위계산부인에 따라 익금에 산입할 금액을 계산하는 방법을 규정한다면 위 이익을 분여받은 법인에 대해서도 같은 방법으로 계산된 소득금액이 익금이라고 봄이 상당하고, 여기에 조세법령의 유추적용으로 인한 위법의 문제는 발생하지 않는다.

때 또한 구 법인세법 시행령(2000. 12. 29. 대통령령 제17033호로 개정되기 전의 것) 제11조 제9호는 '제88조 제1항 제8호의 규정에 의하여 특수관계자로부터 분여받은 이익'이라고 규정한 반면 개정된 법인세법 시행령 제11조 제9호는 '제88조 제1항 제8 호 각목의 규정에 의한 자본거래로 인하여 특수관계자로부터 분여받은 이익'이라고 규정하고 있어 결국 위 규정은 자본거래의 유형만을 법인세법 시행령 제88조로부터 준용하고 있다고 보이는 점, 법인세법 시행령 제89조 제6항이 그 해석상 법인이 분여한 경우 그 이익의 산정방법을 규정하고 있으나 이는 그 규정이 법인에 관하여 규정하는 데 서 비롯한 것에 불과한 점 등을 종합하면, 법인세법 시행령 제11조 제9호는 법인이 특수관계자인 법인으로부터 뿐만 아니라 특수관계자인 개인으로부터 불공정비율 합병을 통하여 이익을 분여받은 경우에도 이를 무상으로 받은 자산으로 보아 익금에 산입하는 취지로 봄이 상당하다. 따라서 원고가 개인주주인 강AA으로부터 이익을 분여받은 경우도 이에 포함되고 결국 그 이익산정규정인 상속세및증여세법 및 시행령의 관련규정이 그대로 적용된다. 따라서, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

(4) ④ 주장에 대한 판단

(가) ④ ㉮ 주장에 대하여

법인세법 시행령 제89조 제6항에서는 특수관계자에게 이익을 분여한 경우 익금에 산입할 금액의 계산에 관하여는 상속세및증여세법의 관계 규정을 준용하도록 하고 있고, 이에 따른 상속세및증여세법 시행령 제54조, 제56조의 규정에 의하면, 비상장주식의 가액은 1주 당 순손익가치와 순자산가치 중 큰 금액으로 하고, 순자산가치가 0원 이하인 경우에는 0원으로 한다고 규정하고 있으므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.

[만약 원고의 주장방식대로 이익을 계산하는 경우, 앞서 본 바와 같이 BBBB 텔레콤의 합병등기시 1주당 순자산가액은 67,747원이고 BBBB텔레콤의 합병 후 1주당 순자산가액은 4,277원{≒ 3,952,720,050원(= BBBB텔레콤의 합병등기시 순자산가액 64,338,677,613원 + CC전기의 순자산가액이 8,291,397,663원) ÷ 합병 후 BBBB텔레콤의 주식수 924,000주, 계산의 편의상 원 미만 버림}이므로 이 사건 합병으로 인하여 원고가 특수관계자로부터 분여받은 이익은 3,174,336,000원{=합병 후 원고가 보유한 주식 1주당 가액 4,277원 - (합병 전 원고가 보유한 주식 1주당 가액 67,747원) × 원고가 보유한 합병 후 BBBB텔레콤의 주식수 264,000주)}으로서 피고가 산정한 금액보다 더 크다].

(나) ④ ㉯ 주장에 대하여

상속세및증여세법 시행령 제28조 제5항, 소득세법 시행령 제22조에 따르면 합병에 따른 이익의 계산방법에 관하여 합병 후 존속하는 법인이 주권상장법인 또는 협회등록법인 외의 법인인 경우 합병 직전 주식가액의 평가기준일을 상법 제522조의2 제1항에 의한 대차대조표 공시일로 하고 있다.

살피건대, 상법 제522조의2 제1항은 합병을 위한 주주총회 회일의 2주 전부터 합병을 한 날 이후 6월이 경과하는 날까지 합병당사회사의 최종 대차대조표와 손익계산서 등을 본점에 비치하도록 규정하는바, 갑 제3호증, 갑 제4호증의 1, 2의 각 기재만으로는 원고가 주장하는 바와 같이 BBBB텔레콤과 CC전기가 합병을 위한 주주총회 회일의 2주 전인 2001. 12. 13. 각 회사의 최종 대차대조표를 실제로 본점에 비치하였다고 인정하기에 부족하고, 달리 실제 대차대조표 공시일을 알만한 자료가 없다.

이처럼 상법 규정에 따른 대차대조표 공시일을 알 수 없는 경우 평가기준일을 언제로 볼 것인지에 관하여 상속세및증여세법이나 법인세법은 별다른 규정을 두고 있지 않으나, 상법 제522조의2 제1항에 따르면 대차대조표의 공시의무기간이 주주총회 회일의 2주 전부터 합병을 한 날 이후 6월이 경과하는 날까지이고 앞서 본 바와 같이 BBBB텔레콤은 2001. 12. 27. 임시주주총회를 거쳐 2002. 2. 1. 합병등기를 마침으로써 상법이 정한 대차대조표의 공시의무기간에 합병등기일이 포함되어 있으며 대차대조표의 공시 의무가 발생하는 첫날로서 주주총회 회일의 2주 전이 되는 날만을 평가기준일로 보아야 할 이유가 없는 점, 이 사건 합병에 있어서 합병당사법인 스스로 대차대조표 공시 의무를 이행하지 않았다는 점, 원고가 주장하는 대표대조표 공시일은 2001. 12. 13.이고 이 사건 합병등기일은 2002. 2. 1.로서 거의 차이가 나지 않는 점 등에 비추어 보면 피고가 대차대조표 공사일을 알 수 없어 부득이 이 사건 합병등기일을 평가기준일로 하여 합병 직전 주식가액을 평가하였다는 이유만으로 이를 위법하다고 할 수 없다.

다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.