2. 원고의 나머지 항소를 기각한다.

3. 소송총비용 중 50%는 원고가， 나머지 50%는 피고가 각각 부담한다.

가. 1) 원고는 1999. 8. 12. 구 법 인 세 법 (2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개 정 되 기 전의 것， 이하 '구 법인세법') 제52조 제1항 소정의 특수관계자에 해당하는 AA우주항공 주식회사(이하 'AA우주항공')가 발행하는 신주 23，514，000주를 000원 (1주당 인수가격 : 액면가인 000원)에 인수(이하 '이 사건 1차 신주인수행위')하고， 2000. 4. 25. 같은 회사가 발행하는 신주 8，505，577주를 000원(1주당 인수가격 : 액면가인 000원)에 인수(이하 '이 사건 2차 신주인수행위'， 이 사건 1・2차 신주 인수행위를 통틀어 '이 사건 각 신주인수행위'라고 함)하여 합계 000원을 AA우주항공에 출자한 다음 이를 유가증권투자로 회계처리를 하였다가， 2000. 6. 7. 유가증권투자손실 등으로 회계처리를 하였다.

2) 원고는 2001. 3. 31. 피고에게 2000년도 귀속 법인세 과세표준 및 세액 신고를 하면서 위 각 신주인수가액 전부를 유가증권투자로 인한 손실이라 하여 손금에 산입하였다.

나. 피고는 2006. 3. 27. 원고에게， 이 사건 각 신주인수행위는 원고가 유상증자 형식 을 빌려 AA우주항공에게 위 각 선주인수가액 상당을 무상 지원한 것으로 구 법인세법 제52조 제1항 소정의 부당행위계산부인의 대상이 된다고 보아 위 각 신주인수가액에 대한 인정이자를 익금산업하고， 지급이자와 위 유가증권투자손실금액을 손금불산입하여 2000년도 귀속 법인세 000원(가산세 포함)을 증액， 부과하였다.

다. 원고는 2006. 6. 16. 조세심판원에 위 부과처분에 대한 심판청구를 제기하였고， 조세심판원은 2009. 3. 24. 이 사건 각 신주인수행위는 구 법인세법 시행령(2006. 2. 9. 대통령령 제19328호로 개정되기 전의 것， 이하 '구 시행령') 제88조 제1항 제6호 소정 의 자금의 무상지원이 아니라 같은 항 제1호 소정의 자산의 고가매입에 해당하므로 위 인정이자를 익금산업에서， 위 지급이자를 손금불산업에서 각각 제외하여 과세표준과 세액을 경정하여야 한다는 취지로 결정하였다.

라. 이에 피고는 2009. 4. 3. 원고에게， 위 결정에 따라 이 사건 각 신주인수행위는 시가가 0원인 신주를 000원에 매입한 것이어서 구 시행령 제88조 제1항 제1호 소정 의 자산의 고가매입에 해당하고，다만 위 인정이자를 익금에서，위 지급이자를 손금불 산업에서 각 제외하여 2000년도 귀속 법인세 000원을 감액하는 것으로 경정 [이하 2006. 3. 27.자 증액부과처분 중 위와 같이 감액되고 남은 부분(000 원)을 '이 사건 처분'이라 함]하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 요지

1) 이 사건 각 신주인수행위는 부당행위계산부인 대상이 아님

가) 이 사건 각 신주인수행위와 같은 자본거래에는 구 시행령 제88조 제1항 제1호(자산의 고가매 입 )가 적용되지 않음 AA우주항공의 신주발행은 법인세법에서 규정하고 있는 자본거래일 뿐만 아니라 원고가 AA우주항공의 신주를 인수하더라도 AA우주항공의 소득에 아무런 영향을 미치지 못하므로 AA우주항공에 이익분여가 이루어진 것으로 볼 수 없어 이 사건 각 선주인수행위는 구 시행령 제88조 제1항 제1호에 정한 부당행위계산부인의 대상에 해당하지 않는다(만약 주주의 선주인수행위를 발행회사와 주주 사이의 자산 거래로 취급하게 되면， 주주배정방식의 유상증자를 할 때 주식발행가격과 세법상 주식평가금액과의 차이가 있기만 하면， 자산의 고가매입 내지 자산의 저가양도에 해당하여 부당행위계산부인의 대상이 되는 부당한 결과가 발생한다). 그리고 설령 이 사건 각 신주인수행위가 부당행위계산부인의 대상이 된다 하더라도 1998. 12. 31. 법인세법 시행령의 개정으로 자본거래에 관한 부당행위계산부인 대상으로 제88조 제1항 제8호가 신설된 이상 위 각 선주인수행위는 위 제8호의 적용만이 문제되고， 위 제8호는 불균등증자의 방법으로 특수관계자인 주주에게 이익을 분여한 경우에 적용되는데， 이 사건 각 선주의 발행이 불균등증자도 아니고 정BB가 원고의 특수관계자인 주주에 해당하지도 않으므로 결국 위 제8호도 적용되지 않는다. 이에 대하여 피고는， 이 사건 각 신주인수행위가 구 시행령 제88조 제1항 제1호 소정의 자산의 고가매입에 해당하지 않는다 하더라도 같은 항 제8호에 준하는 부당 행위계산부인의 대상이 되므로 이를 이 사건 처분의 사유로 추가한다고 주장한다.

나) 이 사건 각 신주인수행위는 경제적 합리성을 무시한 비정상적인 거래행위가 아님 이 사건 각 신주인수행위는 IMF 위기와 그에 대처하기 위한 정부주도의 항공 산업 구조조정 과정에서 원고가 주주로서의 맡은 바 책무를 다하고， AA우주항공의 부도에 따른 금융제재(적색거래처 지정， 신용등급하락)에 따른 이자비용 부담 등을 회피하고자 한 노력의 결과인 점， AA우주항공은 항공사업 이관 후에도 청산이 예정되어 있지 않았고， 잔존 사업을 확대 ・ 발전하려 노력한 점 등에 비추어 보면， 위 각 선주인수행위가 경제적 합리성을 무시한 비정상적 거래행위가 아니다.

2) 이 사건 처분은 중복세무조사에 기한 것이어서 위법함

① 서울지방국세청과 부산지방국세청은 합동으로 2001. 2. 20.부터 2001. 6. 29. 까지 사이에 원고의 1996년도 내지 2000년 귀속 법인세 신고 적정 여부에 대한 전면 적인 세무조사를 하였고(위 각 지방국세청은 그 과정에서 원고로부터 이 사건 각 신주 인수행위가 반영된 장부 기타 관련 증빙서류를 제출받았다)，② 서울지방국세청은 2001. 12. 13.부터 2002. 7. 22.까지 사이에 1999 사업연도 주식변동조사와 관련된 모 든 세목에 관하여 세무조사를 하였으며，③ 서울지방국세청은 2005. 2. 21.부터 2005. 6. 1.까지 사이에 2000. 1.부터 2001. 12.까지의 주식변동， 주식취득자금 출처에 관하여 세무조사를 하였다(당시 조사반은 원고로부터 이 사건 각 신주인수행위에 관한 자료를 제출받았다). 위와 같이 3차례에 걸쳐 세무조사를 하였음에도 서울지방국세청은 2005. 12. 7. 부터 2006. 1. 5.까지 사이에 2000 사업연도 AA우주항공 주식변동내용에 관한 세무 조사를 한 다음， 피고가 이 사건 처분을 하였는바， 이 사건 처분은 중복세무조사에 기초한 것이어서 위법하다.

3) 이 사건 처분 중 이 사건 1차 선주인수행위에 관한 부분은 제척기간을 도과한 것이어서 위법함

가) 피고는， 이 사건 각 신주인수행위의 실질은 AA우주항공이 신주인수를 통하여 마련한 자금으로 일반채권자에 대한 채무를 변제함으로써 연대채무자인 정BB로 하여금 연대채무부담에서 벗어나게 한 후 AA우주항공을 청산한 것이라고 주장하고 있는바， 피고의 위와 같은 주장대로라면 이 사건 각 신주인수행위가 부당행위계산부인의 대상이 된다 하더라도 이는 그 실질이 구 시행령 제88조 제1항 제1호 소정의 자산의 고가매입이 아니라 같은 항 제6호 소정의 자산의 무상제공에 해당한다고 볼 수밖에 없다. 그리고 이 사건 각 신주인수행위가 자산의 무상제공이라면 이 사건 1차 선주 인수행위에 관한 납입대금은 1999년도 귀속 법인세로 부과하여야 하는바，1999년도 귀 속 법인세에 관한 부과처분의 제척기간은 그 과세기간이 종료하는 때인 2000. 3. 31.부 터 5년이 지난 2005. 3. 31.까지이므로， 이 사건 처분 중 위 1차 신주인수행위에 관한 부분은 제척기간을 도과한 것이어서 위법하다.

나) 설령 이 사건 각 신주인수행위가 구 시행령 제88조 제1항 제1호 소정의 자산의 고가매입에 해당한다 하더라도 자산의 고가매입의 경우 그 자산의 매입시점을 기준으로 세무조정이나 소득처분이 이루어져야 하고， 그러한 세무조정이나 소득처분에 관한 권한도 조세부과권의 범위에 포함된다고 보아 제척기간 5년이 적용되어야 하므로， 이 사건 처분 중 위 1차 신주인수행위에 관한 부분은 제척기간 5년이 도과한 후에 이루어진 세무조정 및 소득처분에 기한 것이어서 위법하다.

4) 이 사건 각 신주의 시가 산정의 위법

가) 신주의 고가인수로 인한 부당행위계산부인 금액 산정의 기준이 되는 주식의 시가는 증자대금 납입 직후의 주식가액으로 평가되어야 하고， 이 경우 정상적인 실제 거래사례 가격이 없는 이상 감정가격이나 「상속세 및 증여세법」 소정의 보충적 평가방 법에 의하여 시가를 산정하여야 함에도， 피고는 그와 같은 방법으로 시가를 산정하지 아니하고，막연히 이 사건 각 신주의 시가가 0원이라고 전제하여 이 사건 처분을 하였 다. 그러나 이 사건 각 신주의 시가는 1차 신주인수행위의 경우 신주 1주당 000 원이거나 000원(최대주주 할증률 적용한 경우)이고， 2차 신주인수행위의 경우 신주 1주당 000원이거나 000원(최대주주 할증률 적용한 경우)이라 해야 하므로， 위 각 신주의 시가가 0원임을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.

나) 신주인수대금의 납입으로 인하여 원고가 기존에 보유하고 있던 구주식의 가치도 상승하였으므로， 이러한 가치증가분은 이익분여액을 산정함에 있어 제외되어야 한다.

5) 가산세 부과의 위법

가) 정당한 사유의 존재

법인세법상 신주인수행위를 통한 이익분여에 대한 과세방법에 관한 해석이 일의적이라고 할 수 없는 점， 피고도 부당행위계산부인 규정의 적용에 대해 확신을 가지지 못하고 2000사업연도에 대한 부과처분의 제척기간이 임박한 2006. 3. 27.에 이르러서야 이 사건 처분을 함으로써 본세보다 많은 가산세가 부가된 점， 원고가 이 사건 각 신주인수행위를 하게 된 경위에 참작할 바가 있는 점 등을 보태어 보면， 원고가 위 각 신주인수행위에 관한 법인세 신고 ・ 납부의무를 게을리한데 정당한 사유가 있다.

나) 가산세율 적용상의 위법

법인세법 시행령이 2002. 12. 30. 대통령령 제17826호로 개정되면서 같은 시행령 제119조 제l항에 정한 가산세율이 '1일 1만분의 5'에서 '1일 1만분의 3'으로 낮아 졌는데，가산세의 법적 성격，헌법상의 평등의 원칙， 모법인 법인세법 규정의 해석 등을 FF하면， 위 법인세법 시행령 개정 이후부터는 1일 1만분의 3의 가산세율이 적용 되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

1) AA우주항공은 1994. 3.경 원고， AA정공 주식회사(이하 'AA정공')， 정BB 등의 출자로 설립되어 항공사업， 우주사업， 자동 및 중기 변속기사업， 헬기운항사업 등을 영위하였는데， 1996.경부터 1998. 초경까지 서산공장을 신축하는 과정에서 금융기관 차입， 회사채 발행 등을 통하여 약 2，700억 원의 자금을 투입하였으나， 1997. 말경 IMF 외환위기로 인한 금리 상승으로 차입금에 대한이자 부담이 급격히 증가하고， 주 생산품인 항공기날개의 제작 ・ 판매 등이 부진함에 따라 해마다 당기순손실이 급격히 늘어나 재무구조가 악화되었고， 1998. 4. 29. 운영자금을 마련하기 위하여 480억 원의 유상증자를 실시하였음에도 재무구조가 개선되지 않았다

2) 그러던 중 정부는 1999. 하반기까지 AA우주항공， 삼성항공산업 주식회사， CC중공업 주식회사 등 3사의 항공사업 부문의 자산과 일정 비율의 부채만을 분리하여 현물출자 형식으로 하나의 통합 법인을 설립하는 것으로 항공산업에 관한 구조조정계획을 확정하였고， 그에 따라 향후 DDD우주산업 주식회사(이하 'DDD우주산업') 의 설립이 예정되어 있었다. 그리고 AA우주항공은 위와 같은 항공산업에 관한 구조조정계획에 따라 DDD우주산업에게 항공사업 부문의 자산과 일정 비율의 부채를 양도하고 나면 수익성이 없는 변속기사업 부문 ・ 우주사업 부문 자산과 그 자산을 초과하는 막대한 부채만 남게 되고， 잔존 사업 부문만으로는 금융기관 차입금에 대한 이자조차 제대로 납부할 수 없는 등 조만간 부도가 날 수밖에 없는 상황이었고， 그 결과 항공사업 부문에 대한 구조 조정 후 AA우주항공은 잔존 사업 부문을 정리한 후 청산하는 방안이유력하게 검토 되고 있었다.

3) 한편 그 당시 AA그룹 계열사는 AA정공이 AA우주항공의 부채 중 약 000 원에 대한 보증채무를 부담하고 있었던 것 외에 AA우주항공의 채무에 대한 책임이 없었고，그 결과 원고를 비롯한 AA그룹 계열사는 AA우주항공이 청산되더라도 그 존립이나 경영에 별다른 영향이 없었던 반면，AA그룹 회장이자 AA우주항공의 최고 경영자이던 정BB는 AA우주항공의 부채 중 약 000 원 상당에 대하여 연대보증 채무를 부담하고 있어 청산 전에 AA우주항공의 채무를 해소할 필요가 있었다. 이에 정BB는 AA우주항공의 대표이사 김EE과 AA그룹 종합기획실에 자신이 최고경영자로서 경영권을 행사하고 있던 AA자동차 ・ AA정공 등의 자금을 이용하여 AA우주항공의 자산과 채무가 같게 될 때까지 AA우주항공의 유상증자를 실시하고，유상증자로 마련된 자금으로 AA우주항공의 채무를 변제한 다음 AA우주항공을 청산하는 방안을 강구하라고 지시하였다.

4) 정BB의 위와 같은 지시에 따라 AA우주항공은 1999. 8. 12. 부채변제자금을 마련하여 잔존 자산과 부채를 같은 수준으로 맞추기 위하여 유상증자를 주주배정방식 으로 신주 8，000만 주를 1주당 000원에 발행하여 000 원을 조달하는 내용의 유상증자를 실시하였는데， 당시 원고(지분 29.39%)는 000원， AA자동차(지분 17.64%)는 000원， AA정공(지분 11.76%)은 000원， FF산업개발 주식회사{이하 'FF산업개발'， 지분 4.83%)는 000원， 정BB(지분 3%)는 000원을 각 출자하였고， 그 결과 합계 000원의 자금이 조달(이하 '이 사건 1차 유상증자')되었다. 당시 위 법인주주들 중 AA정공을 제외하고는 AA우주항공의 부채에 대하여 책임이 없었고， AA우주항공으로부터 출자를 받은 바도 없었으나， AA그룹 종합기획 실 및 김EE의 협조 요청에 따라 위 법인주주들이 AA우주항공의 손실을 분담한다는 명목 아래 이 사건 1차 유상증자에 각 참여하였던 반면， AA우주항공의 주식 지분 22.76%를 보유하고 있던 GG라는 외국계 회사는 보유주식에 대한 유상소각이 예정되어 있다는 이유로， AA우주항공의 주식 지분 10.62%를 보유하고 있던 AA산업개발 주식회사(이하 'AA산업개발')는 사실상 AA그룹의 계열사가 아니라는 이유로 위 유상증자에 참여하지 않았다.

5) 이후 AA우주항공은 이 사건 1차 유상증자로 조달된 자금으로 금융권에 대한 부채 등을 변제하는 한편， 1999. 10. 1. 항공사업 부문을 CC중공업， 삼성항공과 함께 설립한 DDD우주산업에 현물출자하여 33.33%의 지분을 취득하였고(2000. 2. 16. AA자동차에 위 지분을 양도함)， 1999. 12. 28. 상용차 및 중기 트랜스미션 부문을 물적 분할하여 HHH를 설립한 후 그 지분을 제3자에게 양도하였으며， 2000. 2. 1. 우주 사업 부문을 원고에게， 2000. 4. 6. 위성사업 부문을 III에 각각 양도하였다. 한편 정BB는 2000. 1. 4. 자신이 보유 중이던 AA우주항공의 주식 전부 (000주， 지분 4.35%)를 AA우주항공의 직원들인 정JJ 외 5명에게 1주당 000원으로 계산하여 000원에 양도하였다.

6) 그런데 이 사건 1차 유상증자 이후 AA우주항공이 DDD우주산업에 현물출자한 항공사업 부문의 자산평가 과정 등에서 이 사건 1차 유상증자 당시 예상하지 못 했던 부채가 추가로 발견되었고， 이에 정BB， 김EE 등 AA우주항공의 경영진은 현 CC주항공의 잔존 자산과 부채를 같은 수준으로 맞추기 위하여 2차 유상증자하기로 하고， 2000. 4. 25. 주주배정방식으로 신주 2，000만 주를 주당 000원에 발행하여 000 원을 조달하는 내용의 유상증자를 실시하였는데， 당시 원고(지분 42.53%)가 000원을， AA자동차(지분 25.52%)가 000원을， AA정공(지분 17.01%)이 000원을， FF산업개발(지분 6.98%)이 000원을 각 출 자하여 위 유상증자에 참여하였고， 그 결과 합계 000원의 자금이 조달(이하 '이 사건 2차 유상증자')되었다. 당시 AA우주항공의 주식 지분 3.61%를 보유하던 AA산업개발은 현금 유동성 부족을 이유로 위 유상증자에 참여하지 아니하였고，정BB로부터 지분 4.35%를 양수 한 정JJ 등 개인주주들도 위 유상증자에 참여하지 아니하였다.

7) 정BB는 AA우주항공의 부채에 대하여 거액의 보증채무를 부담해 왔는데，1999. 7. 말경 보증채무금액이 000 원에 이르렀다가 1999. 8. 12.자 신주발행 후 그 중 000원의 채무가 상환되었고， 1999. 9. 30.경 항공사업 부문의 빅딜 및 1999. 12. 28.경 변속기 사업부문 물적 분할 과정에서 합계 000원의 보증채무가 해당 사업부문과 함께 이관되었으며， 2000년에는 2000. 4. 25.자 신주발행 전후에 걸쳐 000원의 채무가 상환됨으로써 전액 해소되었다.

8) 원고와 FF산업개발은 2000. 6. 9.경 AA우주항공 주식 전부를 AA우주항공 직원들인 정JJ 등에게 주당 000원씩에 매도하였고， AA우주항공은 2000. 12. 28.경부 터 2001. 2. 14.경까지 AA자동차에 3회에 걸쳐 잔존자산 중 항공기조립용 치구세트，서산공장 부지， 도장설비 등 합계 약 000 원 상당을， 2001. 4. 1.경 HHH에 헬기 사업 부문의 자산과 부채 각 32억 원 상당을 각각 양도하였다.

9) AA우주항공은 2001. 9. 28. 임시주주총회의 해산결의를 거쳐 같은 달 29. 해산등기를 하고， 2001. 12. 28. 청산절차를 종료하였는데， 그 과정에서 회사 채권자들은 그 채권을 모두 상환 받았고， 이 사건 각 신주인수를 통하여 AA우주항공에 출자하였 던 위 법인주주들인 원고， AA자동차， AA정공 등은 그때까지 보유하던 AA우주항공 주식을 모두 손실 처리하였다.

10) 상속세 및 증여세법과 그 시행령 소정의 보충적 평가방법에 따라 회계법인들 이 산정한 AA우주항공 주식의 가격은 다음과 같다.

(주식가격 내역 생략)

[인정근거] 다툼 없는 사실 갑 6호증， 10호증， 12호증 내지 25호증， 을 2호증 내지 9호증(이상 해당 가지번호 모두 포함)의 각 기재， 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 이 사건 각 선주인수행위가 부당행위계산부인의 대상에 해당하는지 여부

가) 구 법인세법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19891호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 시행령') 제88조 제1항 제1호 소정의 '자산의 고가매입'에 해당하는지 여부

(1) 구 법인세법 제52조 제1항은 "납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청 장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자 (이하 "특수관계자"라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다 고 규정하고， 이에 따라 구 시행령 제88조 제1항 제1호는 부당행위계산의 유형의 하나로 "자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 ... 한 경우"를 규정하고 있다.

(2) 피고는， 원고가 특수관계자에 해당하는 AA우주항공의 유상증자에 참가하여 인수한 신주도 구 시행령 제88조 제1항 제1호 소정의 "자산"에 해당한다는 전제 아래 원고가 AA우주항공으로부터 위 신주를 시가보다 높은 가액으로 인수하였으므로 이 사건 각 선주인수행위가 '자산의 고가매입'에 해당한다는 이유로 이 사건 처분을 하였다.

그러나 아래와 같은 여러 사정들을 종합하면， 구 시행령 제1항 제1호 소정의 자산의 고가매입에는 유상증자에 참가함에 따라 받게 되는 주식의 매입， 즉 자본거래에 해당하는 신주의 매입에는 그 적용이 없다고 봄이 타당하다.

① 주주(이 사건의 경우 원고)가 법인(이 사건의 경우 AA우주항공)의 유상증자에 참여하여 유상증자 전 주식의 시가를 초과한 가격으로 신주를 인수하고 그 대금을 납입하더라도 납입대금에 상응하여 기존에 보유하고 있던 주식과 새로 취득하는 신주의 각 가치가 상승하게 되는 결과， 주주에게 순자산의 증감이 없다.

② 신주인수의 법률적 성질은 상법상 사원관계의 발생을 목적으로 하는 입사계약이다. 주주가 유상증자 때 법인에게 주식인수대금， 즉 법인의 영업에 필요한 자금을 무상으로 이전하고， 그때 받은 선주는 주주와 법인 사이에서 주주의 권리를 표창 하는 증서에 불과할 뿐이다.

③ 부당행위계산부인 제도는 법인이 특수관계자와의 거래로 인하여 이익을 분여한 경우 이를 부인하여 정당한 소득금액을 계산하기 위한 것인바， 주주가 납부한 신주인수대금은 신주발행법인의 소득으로 인정되지 않기 때문에(법인세법 제15조 제1 항 참조) 주주가 법인에게 이익을 분여하였다고 볼 수 없다.

④ 구 시행령 제88조 제1항 제8호 나목은 구 시행령 시행 이전의 법인세 법 시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전부 개정되기 전의 것， 이하 '종전 시행령')과 달리 "법인의 증자에 있어서 ... 신주를 시가보다 높은 가액으로 인수하는 경우"에 해당하는 자본거래로 주주등인 법인이 특수관계자인 다른 주주등에게 이익을 분여한 경우를 부당행위계산부인의 한 유형으로 규정하였는바， 위 규정의 신설로 자본거래로 인한 신주의 인수(매입)에는 구 시행령 제88조 제1항 제1호(종전 시행령 제46조 제2항 제4호에 해당한다) 소정의 '자산의 고가매입'이 적용될 여지가 없어졌다. 따라서 피고가 들고 있는 판례로， 종전 시행령이 적용되던 사안에 관한 것으로 신주의 인수가 투자자산의 매입에 해당한다고 판시한 대법원 1989. 12. 22. 선고 88누7255 판결， 대법원 2004. 2. 13. 선고 2002두7005 판결 등의 법리가 이 사건에 그대로 적용된다고 볼 수 없다.

⑤ 이 사건에 적용되는 것은 아니지만， 2007. 2. 28. 대통령령 제19891호로 개정된 법인세법 시행령(이하 '개정 시행령') 제88조 제1항 제8의2호는 "제8호 외의 경우로서 증자 ・ 감자， 합병(분할합병을 포함한다) . 분할， 「상속세 및 증여세법」 제40조 제1항에 따른 전환사채 등에 의한 주식의 전환 ・ 인수 ・ 교환 등 법인의 자본(출자액을 포함한다)을 증가시키거나 감소시키는 거래를 통하여 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우"를 부당행위계산부인의 한 유형으로 규정하였는바， 위 규정의 신설로 자본거래에 있어 선주의 매입이 구 시행령 제88조 제1항 제1호 소정의 '자산의 고가매 입'에 해당하지 않음이 더욱 분명해졌다.

⑥ 법인이 신주를 발행함에 있어서는 통상 시가보다 저가로 발행하고 있는 바， 주주가 그러한 신주를 인수한다고 하여 자산을 고가로 매입하였다고 평가하는 것은 법 감정에 반한다.

⑦ 이 사건의 경우 원고의 신주인수행위가 부당행위계산에 해당하여 부인 되는 이유， 즉 신주인수행위가 경제적 합리성이 없는 행위로 평가되는 것은 원고가 선주를 저가에 매입하였다기보다는 선주를 저가로 매입하는 방법을 동원하여 특수관계자인 정BB의 보증채무를 면하게 하였다는 데에 었다.

(3) 따라서 이 사건 각 선주인수행위는 구 시행령 제88조 제1호 소정의 '자산의 고가매입'에 해당될 수 없고， 그 사유는 이 사건 처분의 사유로 부적법하다. 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

나) 구 시행령 제88조 제1항 제9호(제8호에 준하는 행위) 소정의 부당행위계산 부인에 해당하는지 여부

(1) 처분사유의 추가

과세처분취소소송의 소송물은 정당한 세액의 객관적 존부이므로 과세관청으로서는 소송도중이라도 사실심 변론종결 때까지는 당해 처분에서 인정한 과세표준 또는 세액의 정당성을 뒷받침할 수 있는 새로운 자료를 제출하거나 처분의 통일성이유지되는 범위 내에서 그 사유를 교환 ・ 변경할 수 있는 것이고， 반드시 처분 당시의 자료만으로 처분의 적법 여부를 판단하여야 하거나 처분사유만을 주장할 수 있는 것은 아니다(대 법 원 1997. 10. 24. 선고 97누2429 판결 등 참조). 이 사건에 관하여 보건대， 당초의 이 사건 처분사유는， 이 사건 각 신주인수 행위는 자산의 고가매입에 해당하는 것으로 정BB의 보증채무를 해소하기 위한 것이 어서 경제적 합리성이 없어 부당행위계산부인의 대상이라는 것이고， 피고가 당심에서 추가한 처분사유는 이 사건 각 신주인수행위는 원고가 이를 통하여 특수관계자인 정OO에게 보증채무 해소라는 이익을 분여한 것이고， 그 자체가 경제적 합리성이 없어 부당행위계산부인의 대상이 된다는 것이다.

따라서 피고가 당심에서 추가한 처분사유와 당초의 처분사유는 기초적 사실 관계를 같이하면서 법령 적용을 달리하는 것이어서 처분의 통일성이 인정된다 할 것이다.

(2) 구 시행령 제88조 제1항 제8호는 "다음 각 목의 1에 해당하는 자본거래로 인하여 주주등인 법인이 특수관계자인 다른 주주등에게 이익을 분여한 경우"를 부당행위계산의 한 유형으로 규정하고， 이에 따라 나목은 "법인의 증자에 있어서... 신주를 시가보다 높은 가액으로 인수하는 경우"를 들고 있다. 한편 같은 항 제9호는 "기타 제 1호 내지 제8호에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우"를 부당행위계산의 한 유형으로 규정하고 있다. 이익분여의 대상이 모두 특수관계자에 해당하는 점， 이익분여의 형식이나 방법 또한 같은 점 등에 비추어 보면， 유상증자에 있어서 신주를 시가보다 높은 가액으로 인수하여 주주등이 아닌 다른 특수관계자에게 법인의 이익을 분여한 경우 이는 구 시행령 제88조 제1항 제8호 소정의 '유상증자에 있어서 신주를 시가보다 높은 가액으로 인수하여 특수관계자인 주주등에게 이익을 분여한 경우'에 준한 것으로 같은 항 제9호에 따라 부당행위계산부인의 대상이 된다고 봄이 타당하다.

(3) 위 법리를 토대로 이 사건으로 돌아가 살피건대，위 인정사실에 의하면 원고는 구 법인세법 제52조 제1항 소정의 특수관계자인 AA우주항공에게 이 사건 각 신 주인수행위를 통하여 신주를 시가보다 높은 가액인 합계 000원에 인수하고(신주의 인수가액이 시가보다 훨씬 높음은 뒤에서 본다)，AA우주항공은 원고로부터 받은 위 신주인수대금 등으로 자신의 채권자들에 대한 채무를 변제하여 원고의 다른 특수관계자인 정BB로 하여금 AA우주항공의 채권자에 대한 보증채무를 면하게 한 사실이 인정되는바， 이는 원고가 특수관계자인 AA우주항공이 하는 유상증자에서 신주를 시가보다 높은 가액으로 인수하여 다른 특수관계자인 정BB에게 보증채무 해소라는 이익을 분여한 것으로 구 시행령 제88조 제1항 제9호 소정의 "제8호에 준하는 행위"로서 부당행위계산부인의 대상이 된다 할 것이다.

다)소결론

따라서 이 사건 각 신주인수행위는 구 시행령 제88조 제1항 제1호 소정의 부 당행위계산부인의 대상에는 해당하지 않지만， 같은 항 제9호 소정의 부당행위계산부인 의 대상에는 해당한다.

2) 이 사건 각 신주인수행위에 경제적 합리성이 있는지 여부

위 인정사실에 나타난 다음과 같은 사정， 즉 ① 이 사건 1・2차 유상증자 당시 AA우주항공은 청산이 예정되어 있었고， 그럼에도 AA우주항공이 위 각 유상증자를 하게 된 것은 청산에 앞서 잔존 자산과 부채를 같은 수준으로 맞추어 잔존 채무 없이 청산하라는 정BB의 지시에 따른 것인 점，② 원고가 위와 같이유상증자에 참여하여 정BB의 보증채무를 면하게 하면서도 경제적 능력이 상당한 정BB로부터 아무런 대가를 받지 않은 점(원고는 당시 정BB가 AA우주항공의 채권자들에 대하여 보증채무를 부담하고 있는지 몰랐다고 주장하나， 앞서 '인정사실'란에서 본 AA우주항공의 증자의 경위 및 과정에 비추어 알고 있었다고 봄이 상당하다) 등에다가 정BB는 이 사건 1・2차 유상증자와 관련하여 특정경제범죄가중처벌등에관한법률위반(배임)죄 등에 대한 유죄의 판결을 받았고，그 판결이 확정된 점 등을 보태어 보면，설령 원고가 들고 있는 사정들을 참작하더라도 이 사건 각 신주인수행위가 경제적 합리성 있는 것이라고 보기 어렵다. 따라서 이 부분 원고의 주장은 이유 없다.

3) 이 사건 처분이 중복세무조사에 기한 것이어서 위법한지 여부

먼저， 2001. 2. 20.부터 2001. 6. 29.까지의 세무조사에 관하여 보건대， 갑 83호 증의 1， 2의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면， 위 세무조사는 1996년도 내지 1998년도 귀속 법인세에 대한 정기세무조사이고， 세무조사결과통지서(갑 83호증의 1) 의 과세대상기간에 포함되어 있는 1999년도와 2000년도는 위 기간에 대한 전반적인 세무조사가 아니라 1996년도 내지 1998년도 귀속 과세대상사항 중 1999년도나 2000년 도까지 연결되어 있는 사항에 대하여 조사하였다는 뭇으로 기재된 점이 인정되는바，위 세무조사 당시 이 사건 각 신주인수행위에 대하여도 세무조사가 있었다고 보기 어렵다. 다음으로， 2001. 12. 13.부터 2002. 7. 22.까지의 세무조사에 관하여 보건대， 갑 84호증의 1， 2의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면， 위 세무조사는 원고에 대한 주주들의 1999사업연도 주식변동에 대한 것이거나， 원고가 1996.부터 1998.까지 사이에 취득한 울산종합금융 주식회사 발행의 주식에 관한 것인 점이 인정되는바， 위 세무조사 당시 이 사건 각 신주인수행위에 대하여도 세무조사가 있었다고 보기 어렵다. 마지막으로， 2005. 2. 21.부터 2005. 6. 1.까지의 세무조사에 관하여 보건대， 갑 85호증의 기재와 당심증인 김영준의 증언만으로는 위 세무조사가 이 사건 각 선주인수 행위에 대한 것임을 인정하기에 부족하고， 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

4) 이 사건 처분 중 이 사건 1차 신주인수행위에 관한 부분이 제척기간을 도과한 것인지 여부

가) 이 부분 첫 번째 주장， 즉 피고의 주장이 맞다 하더라도 이 사건 각 신주인 수행위는 구 시행령 제88조 제1항 제1호 소정의 자산의 고가매입이 아니라 같은 항 제6호 소정의 자산의 무상제공에 해당한다고 보아야 할 것이고， 그렇다면 이 사건 1차 신주인수행위에 관한 납입대금은 1999년도 귀속 법인세로 부과하여야 하는바， 1999년 도 귀속 법인세에 관한 부과처분의 제척기간은 그 과세기간이 종료하는 때인 2000. 3. 31.부터 5년이 지난 2005. 3. 31.까지이어서 이 사건 처분 중 위 1차 신주인수행위에 관한 부분은 제척기간을 도과하여 위법하다는 주장에 관하여 본다. 그러나 앞서 본 바와 같이 이 사건 각 신주인수행위는 구 시행령 제88조 제1 항 제9호 소정의 부당행위계산부인의 대상으로 같은 항 제6호 소정의 자산의 무상제공 에 해당한다고 볼 수 없으므로 원고의 이 부분 주장은 더 나아가 살필 필요 없이 이유 없다.

나) 이 부분 두 번째 주장， 즉 설령 이 사건 각 신주인수행위가 구 시행령 제88조 제1항 제1호 소정의 자산의 고가매입에 해당한다 하더라도 자산의 고가매입의 경우 그 자산의 매입시점을 기준으로 세무조정이나 소득처분이 이루어져야 하고， 그러한 세 무조정이나 소득처분에 관한 권한도 조세부과권의 범위에 포함된다고 보아 제척기간 5 년이 적용되어야 하므로， 이 사건 처분 중 위 1차 신주인수행위에 관한 부분은 제척기간 5년이 도과한 후에 이루어진 세무조정 및 소득처분에 기한 것이어서 위법하다는 주장에 관하여 본다. 이 사건 각 신주행위가 구 시행령 제88조 제1항 제1호 소정의 자산의 고가매 입이 아니라 같은 항 제9호 소정의 신주의 고가인수를 통한 법인의 이익 분여로서 부당행위계산부인의 대상에 해당함은 앞서 본 바와 같다. 그리고 이 사건과 같이 신주의 고가인수를 통한 법인의 이익을 분여한 다음 신주를 양도하고 그 초과액을 손금에 산입하는 경우 부당행위계산으로 부인되는 손금과 관련된 법인세는 신주를 고가로 인수한 사업연도가 아니라 손금에 산입한 사업연도에 귀속된다고 할 것이므로 원고의 이 부분 주장도 결국 이유 없다.

5) 원고가 이 사건 각 신주인수행위로 인하여 정BB에게 분여한 이익의 산정에 관하여

가) 분여이익의 산정방법

원고는 이 사건 각 신주인수행위로 이익을 분여하여 특수관계자인 정BB로 하여금 보증채무를 면하게 하였는바， 원고가 위 각 신주인수행위로 분여한 이익으로 손금에 산업되지 않은 것은 면하게 된 보증채무금액 상당이라고 봄이 타당하다(구 시행령 제89조 제6항이 제88조 제1항 제8호의 규정에 의하여 특수관계자에게 이익을 분여한 경우 익금에 산업할 금액의 계산에 관하여는 그 유형에 따라 상속세 및 증여세법 시행령 제28조 제3항 내지 제7항 ・ 동시행령 제29조 제2항 내지 제4항 및 동시행령 제31조의4 제1항 ・ 제3항의 규정을 준용한다고 규정하고 있고， 개정 시행령 제89조 제6항은 제88조의2의 규정에 의하여 특수관계자에게 이익을 분여한 경우도 함께 규정하고 있긴 하지만， 위 규정들을 살펴보아도 이 사건과 같은 유형에 대한 규정은 보이지 않는다). 한편 위 인정사실에서 본 바와 같이 AA우주항공이 이 사건 1・2차 유상증자 를 통하여 원고 등 주주법인들로부터 받은 신주인수대금은 모두 000원 (000원 + 000원)이고， 그 중 원고가 납입한 선주인수대금은 000원이었던 반면， 면제된 정BB의 보증채무는 000원이었는 바，원고가 납입한 신주인수대금만이 정BB의 보증채무 면제에 사용되었다고 볼 수는 없으므로 위 보증채무금액을 전체 신주인수대금 대비 원고의 신주인수대금의 비율로 안분하여야 할 것이다. 그리고 원고가 신주를 인수함에 있어 신주의 시가를 초과하여 납부한 신주인 수대금만 부당행위계산으로 부인되어야 할 것인바， 이 사건 1 . 2차 유상증자 당시 각 신주의 시가가 먼저 산정될 필요가 있다. 항을 달리하여 본다.

나) 이 사건 1・2차 유상증자 당시 각 신주의 시가

구 법인세법 제52조 제2항은 "제1항의 규정(부당행위계산의 부인)을 적용함에 있어서 '건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(시가)을 기준으로 한다 고， 같은 조 제4항은 "제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등 에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다 고 각각 규정하고 있다. 이에 따라 구 시행령 제89조 제1항은 "법 제52조제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 복수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 의한다 고 규정하고 있고， 같은 조 제2항은 "법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액에 의한다 고 규정하면서 제1호는 "지가공시 및 토지 등의 평가에 관한법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액. 다만， 증권거래소 에 상장되지 아니한 주식 등을 제외한다 고， 제2호는 "상속세 및 증여세법 제38조 ・ 통 법 제39조 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액 ... 이하 생략 .... 을 각각 규정하고 있다. 위 규정을 종합하면， 유상증자에 있어 신주를 시가보다 높은 가액으로 인수한 것이 부당행위계산부인 대상이 되는 경우 그 시가는 구 시행령 제89조 제1항， 제2항에 따라 결정하여야 할 것인바， 이 사건의 경우 같은 항 제2호에 따라 상속세 및 증여세법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 유상증자 직후 신주의 시가를 산정하여야 할 것이다. 위 인정사실에 의하면 이 사건 1차 유상증자는 1999. 8. 12.에， 이 사건 2차 유상증자는 2000. 4. 25.에 각각 있었고， 상속세법 및 증여세법령에 따라 안건회계법인 이 2000. 3. 24. AA우주항공의 1999. 12. 31.자 현재 1주당 시가를 0원으로， 2000. 7. 20. AA우주항공의 2000. 5. 31.자 현재 1주당 시가를 00원으로 각각 감정 ・ 평가한 사실이 인정되는바，이에 의하면 AA우주항공 주식의 이 사건 1차 유상증자 직후 시가는 0원으로， 이 사건 2차 유상증자 직후 시가는 00원으로 봄이 타당하다.

다) 원고가 보유하고 있던 기존 주식의 가치 상승분의 공제 여부

신주인수는 취득 당시에 그 가치가 확정되어 있는 일반적인 자산의 매입과 달리 신주인수대금의 납입 자체로 인하여 바로 발행법인의 주식가치가 변동함으로써 인수자가 신주를 취득할 때 이미 그 가치가 변동한 상태인 점을 감안하면， 신주의 고가 인수로 인한 부당행위계산부인 금액의 산정기준이 되는 주식의 시가는 증자대금 납입 직후의 주식가액이라고 보아야 할 것이다(실권주 인수 사안에 관한 대법원 2004. 2. 13. 선고 2002두7005 판결 등 참조). 따라서 신주인수행위로 인한 부당행위계산부인에 있어서의 이익분여액의 기초는 선주발행회사의 증자대금 납입 직후의 주식가액과 신주인수가액과의 차액이 된다 할 것이고， 원고가 정BB에게 위 차액에 상당하는 이익을 분여한 이상， 원고의 신주인 수행위로 원고가 보유하고 있던 기존 주식의 가치가 상승하였다고 하더라도， 이는 반사적인 이익에 불과할 뿐 정BB에게 분여된 이익을 산정함에 있어 FF할 필요가 없다고 봄이 타당하다.

라)손금부인금액

이 사건 1차 유상증자 직후의 신주의 시가가 0원， 이 사건 2차 유상증자 직후의 신주의 시가가 24원임은 앞서 본 바와 같은바， 원고가 이 사건 1・2차 유상증자를 통하여 납입한 신주인수대금은 합계 000원[(23，514，000주 x 000원) + (8，505，577주 x 000원)]이 되고， AA우주항공이 위 각 유상증자를 통하여 받은 신주 인수대금은 합계 000원， 면제된 정BB의 보증채무는 000원 (총 보증채무 000원 - 이관된 000원)이다. 따라서 부당행위계산으로 손금산업에 부인되는 금액， 즉 원고의 정BB에 대한 이 익분여금액을 계산하면 000원[000원 x (000원 - 000원)]이 된다.

6) 가산세 부과가 위법한지에 관하여

가) 정당한 사유의 유무

법인세법상 과소신고가산세 및 미납부가산세는 과세의 적정을 기하기 위하여 납세의무자인 법인으로 하여금 성실한 과세표준의 신고 및 세액의 납부에 관한 의무를 지우고 이를 확보하기 위하여 그 의무이행을 게을리하였을 때 가해지는 일종의 행정상 의 제재라고 할 것이고，이와 같은 제재는 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 념어 세법해석상 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것 이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 과할 수 없다 (대법 원 2002. 8. 23. 선 고 2002두66 판결 참조). 위 법리를 토대로 이 사건에 있어 가산세를 부과하지 아니할 정당한 사유가 있는지에 관하여 본다. 원고가 주장하는 바와 같이 이 사건 각 신주인수행위가 구 시행령 제88조 제1항 각 호 중 어느 규정에 해당하는지 의문이 있고， 피고가 원고의 2000년 귀속 법인세에 대하여 부과처분의 제척기간이 임박한 2006. 3. 27. 이 사건 처분을 함으로써 본세보다 많은 가산세가 부과된 점 등은 인정된다. 그러나 위 인정사실에다가 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정， 즉 ① 구 시행령 제88조 제1항 제8호가 신설되기 전에도 이 사건과 같지는 않지만 신주를 시가보다 높은 가액으로 인수한 사안에 대하여 이전 시행령 제46조 제2항 제4호(구 시행령 제88조 제1항 제1호에 해당한다)가 적용되는 것으로 해석되어 왔던 점，② 이 사건 각 신주인수행위가 경제적 합리성이 없어 부당행위계산부인의 대상 이 되는 것은 원고， AA자동차 등 AA그룹 계열사들이 당시 정BB가 AA우주항공의 채권자들에 대하여 부담하는 보증채무를 면하게 하기 위하여 이 사건 각 유상증자를 통하여 자신들의 이익을 분여하였기 때문인바， 그러한 경우 위와 같은 행위에 동원 되는 자금이 정상적인 손금이 될 수 없다는 것은 쉽사리 인식할 수 있는 점，③ 원고가 이 사건 각 신주인수행위가 구 시행령 제88조 제1항 각 호 중 어느 사유에 해당하는지 정확하게 몰랐다 하더라도 그러한 경우 원고로서는 과세관청에 문의하는 등의 조치를 취하였어야 할 것임에도 만연히 자선에게 유리하게만 법을 해석 ・ 적용한 것으로 보이는 점，④ 굴지의 글로벌기업인 원고가 AA우주항공의 사업성， 장래 투자수익， 주식의 실질가치 등에 대하여 제대로 검토하지 아니하고 AA그룹의 회장이던 정BB의 AA우주항공에 대한 보증채무를 면하게 하기 위하여 1，2차 선주인수행위를 한 점，⑤ 이 사건 각 신주인수대금 중 일부가 손금으로 인정되지 않음에 따라 납부하여야 할 법인세가 수백억 원에 이르는 거액인데도 그와 같은 금액을 신고하지 않으면서 과세관청에 문의조차 하지 않은 점 등에 비추어 보면， 원고가 드는 제반 사정을 FF하더라도 원고가 그 의무를 게을리한 데 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

나) 가산세율 적용의 위법 유무

구 법인세법(2005. 12. 31. 법률 제7838호로 개정되기 전의 것) 제76조 제1항 제3호에는 법인세를 납부하지 아니하였거나 납부하여야 할 세액에 미달되게 납부한 경우에는 '납부하지 아니한 세액(미달하게 납부한 경우에는 그 미달한 세액) x 납부기한의 다음날부터 자진납부일 또는 고지일까지의 기간 × 금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율을 감안하여 대통령령이 정하는 이자율'의 산식을 적용하여 계산한 금액을 가산세로 부과하도록 규정되어 있었는데，법인세법 시행령 제119조 제1항이 2002. 12. 30. 대통령령 제17826호로 개정되면서(이하 이와 같이 개정된 법인세법 시 행령을 '이 사건 법인세법 시행령'이라 한다) 위 가산세율이 '1일 1만분의 5'에서 '1일 1만분의 3'으로 변경되었고，그 부칙 제14조는 '제119조 제1항의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 법정신고기한이 도래하는 분부터 적용한다.'， 제17조는 '이 영 시행일 전에 법정신고기한이 경과한 분에 대한 제56조 제7항 제2호 또는 제110조 제5항 제2호의 규정에 의한 이자상당액 또는 제119조 제1항의 규정에 의한 미납부가산세는 종전의 규정에 의하여 계산한다.'라고 규정하고 있다. 살피건대， 납부기한으로부터 자진납부 또는 고지일 사이에 위 대통령령 소정의 이자율이 변경된 경우， 구 법인세법 제76조 제1항 제3호 소정의 '금융기관이 연체 대출금에 대하여 적용하는 이자율을 감안하여 대통령령이 정하는 이자율'을 결정함에 있어 그와 같은 변경 후에는 변경된 이자율에 의하여야 하는 것으로 볼 여지가 있으나，원칙적으로 가산세를 부과할 경우 기준이 되는 법령은 납부기한 도과시의 것으로 하는 것이 조세법률주의에 부합하며，위에서 본 바와 같이 이 사건 법인세법 시행령 부칙 제14조 및 제17조에서 경과규정을 둔 이상，이 사건 법인세법 시행령 제119조의 개정 가산세율은 이미 법정신고기한이 경과한 이 사건의 경우에 대하여는 적용이 없는 것으로 보는 것이 문리해석에 부합하고， 이 사건 법인세법 시행령 제119조는 가산세의 비율을 조정한 것에 불과하고 개정 전후의 가산세 산정에 있어 미납세액의 다과와 미납기간의 장단을 모두 FF하여 가산세액을 산정하는 점에 있어서는 아무런 차이가 없으므로 달리 위와 같은 부칙이 평등권을 침해한다거나 모법의 취지에 위반되어 무효인 것으로 보이지 않는다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 정당한 법인세의 계산

앞서 본 바와 같이 이 사건 각 신주언수행위는 원고가 이 사건 1・2차 유상증자를 통하여 신주인수대금을 납입하는 방법으로 특수관계자인 정BB로 하여금 AA우주항공의 채권자들에 대한 보증채무를 면하게 한 것으로 구 시행령 제88조 제1항 제9호 소정의 부당행위계산부인의 대상이 된다 할 것이고， 그로 인한 손금 산업에 부인되는 금액은 000원이다. 위 금액을 손금에 산입하지 아니할 경우 원고의 2000년 귀속 법인세로 추가로 납부 할 세금(가산세 포함)은 별지 법인세 과세표준 및 세액 결정(경정)결의서 기재와 같이 000원이 되는바， 이 사건 처분 중 위 금액을 초과하는 부분은 위법하므로 취소되어야 한다.

4. 결론

그러므로 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고，나머지 청구 는 이유 없어 이를 기각할 것인바， 제1심 판결은 이와 결론을 일부 달리하여 부당하므로 원고의 항소를 일부 받아들여 제1심 판결 중 아래에서 취소를 명하는 부분에 해당하는 원고 패소부분을 취소하고， 이 사건 처분 중 000원을 초과하는 부분을 취소하며，원고의 나머지 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.