상고비용은 피고가 부담한다.

구 조세특례제한법(2002.12.11.법률 제6792호로 개정되기 전의 것) 제99조의 3 제1항 제1호는 '신축주택취득기간 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택을 그 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하되, 그 신축주택이 소득세법 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고급주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다'고 규정하고, 구 소득세법(2002.12.18.법률 제6781호로 개정되기 전의 것) 제89조 제3호는 비과세양도소득의 하나로 '대통령령이 정하는 일세대 일주택(거주용건물의 연면적・가액 및 시설 등이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고급주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득'을 규정하고 있으며, 구 소득세법 시행령(2002.10.1.대통령령 제17751호로 개정되기 전의 것)제156조 제2호는 '공동주택으로서 주택의 전용면적(주거전용으로 사용되는 지하실 부분의 면적을 포함한다)이 165제곱미터 이상이고 그 양도 당시의 실지거래가액이 6억 원을 초과하는 것'을 비과세양도소득의 대상에서 제외되는 고급주택으로 규정하고 있다.

한편 구 국세기본법(2010.1.1.법률 제9911호로 개정되기 전의 것)제18조 제3항이 규정하고 있는 비과세의 관행이란 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 특정납세자가 아닌 불특정한 일반납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것을 말하고(대법원 2010.4.15.선고 2007두19294 판결 참조), 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 비과세의 관행이 성립되었다고 하려면 장기간에 걸쳐 어떤 사항에 대하여 과세하지 아니하였다는 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라, 과세관청 자신이 그 사항에 대하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정에 의하여 과세하지 않는다는 의사가 있고, 이와 같은 의사가 대외적으로 명시적 또는 묵시적으로 표시될 것임을 요하는데(대법원 2003.9.5.선고 2001두7855 판결 참조), 위와 같은 공적 견해의 표시는 비과세의 사실상태가 장기간에 걸쳐 계속되는 경우에 그것이 그 사항에 대하여 과세의 대상으로 삼지 아니하는 뜻의 과세관청의 묵시적인 의향의 표시로 볼 수 있는 경우 등에도 이를 인정할 수 있다(대법원 2009.12.24.선고 2008두15350 판결 참조).

원심판결 이유에 의하면, 원심은 그 채용 증거들을 종합하여 공동주택에 1958년경부터 설치되기 시작한 발코니는 초기에는 건물 외벽 밖으로 돌출되고 외부에 개방되어 있었으나, 공동주택이 널리 확산・보급되면서부터 주거를 위한 공간으로 자리 잡고 그 크기도 확대됨에 따라 발코니 좌・우측 또는 그 중간에도 본체와 일체로 기둥 겸 내력벽 역할을 하는 철근콘크리트 벽체를 설치하는 한편 그 외곽으로 상당한 높이의 철근콘크리트 또는 조적 벽체를 세우고 창호를 설치하는 것이 일반화됨으로써 본체와 유사한 내부공간으로 변모되어 온 사실, 이와 같이 공동주택의 발코니가 초기와는 달리 본체와 유사한 내부공간이 되어 더 이상 건축법령상 건축물 외부에 노출된 바닥형태의 구조물을 의미하는 '노대'의 범주에 포섭될 수 없게 되었으므로 건축법령상 바닥면적에서 제외될 수 없게 되었음에도 건축 관련 행정청은 공동주택의 건축에 관하여 주택법에 의한 사업계획승인이나 건축법에 의한 인허가를 발코니 부분의 면적이 제외된 바닥 면적으로 산정한 전용면적 및 연면적을 기준으로 결정하여 온 사실, 서울시는 원고가 2003.6.16.이 사건 주택을 취득, 양도한 이후에야 비로소 이 사건 주택과 같이 '커튼월 공법'으로 시공된 21층 이상 주상복합건축물의 경우 발코니 부분의 면적을 바닥면적에 포함하는 내용의 건축심의위원회 심의기준을 만들었고, 건설교통부도 한때 같은 내용의 기준을 마련하여 법제화하려 하였으나 일반 아파트 등과의 형평성 문제로 백지화 한 사실, 한편 집합건물의 소유 및 관리에 관한 법률은 집합건축물대장에 구분소유권의 목적인 전유부분의 면적을 등록하도록 규정하고 있고 내부공간인 발코니는 전유부분에 해당함에도, 그동안 전국의 집합건축물대장상 전유부분의 면적란에는 발코니 부분의 면적이 제외된 바닥면적으로 산정한 전용면적이 등재되어 왔고 부동산등기부상'전유부분이 건물의 표시'란에도 마찬가지로 전용면적이 등재되어 온 사실, 이에 과세관청도 조세를 부과함에 있어서 전용면적이 기준이 되는 경우에 공부상 등재된 전유부분의 면적을 과세자료로 삼아 왔고, 일반 국민들 사이에서도 공동주택을 공급하면서 이러한 관행을 신뢰하여 전용면적(발코니 면적 제외)을 당시 법령상의 고급주택 면적기준인 165㎡를 약간 하회하는 164.13㎡로 건축하였고, 원고도 이러한 관행을 신뢰하여 이 사건 주택을 매수한 사실, 그런데 피고는 주상복합건축물인 이 사건 주택의 경우 '커튼월 공법'이라는 시공 공법의 특성상 건물 외벽 바깥에 발코니가 설치된 일반 아파트와는 달리 건물 외벽 내부에 발코니가 존재하여 이 사건 발코니 부분의 면적 31.53㎡를 전용면적에 포함시켜야 하고, 이 경우 감면요건인 전용면적 165㎡를 초과하게 된다는 이유로 원고의 감면신청을 배제한 채 2003.11.10.원고에게 2003년 귀속양도소득세 129,859,440원을 결정고지한 사실 등을 인정한 다음, 사정이 이러하다면 과세관청이 오랜 기간 동안 고급주택 등의 기준이 되는 공동주택의 전용면적을 산정함에 있어 발코니 부분의 면적을 제외함으로써 과세행정에 있어서 발코니 부분의 면적은 공동주택의 전용면적에 포함시키지 않는다는 의사를 대외에 묵시적으로 표시한 것으로 볼 수 있고, 원고 뿐만 아니라 일반 납세자에게도 과세행정에서 공동주택의 전용면적을 산정함에 있어 발코니 부분의 면적을 제외하는 것이 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이르렀다고 할 수 있으므로 공동주택의 전용면적을 산정함에 있어 발코니 부분의 면적을 제외하는 과세관행이 성립되었다고 판단하였다.

나아가 원심은 이 사건 주택과 같이 '커튼월 공법'에 의하여 시공된 주상복합건축물의 발코니는 일반 아파트의 발코니와는 그 규율하는 법령이 서로 다를 뿐만 아니라 구조적으로 개방성을 상실하여 달리 보아야 한다는 피고의 주장에 대하여, 일반적으로 아파트는 구 주택건설촉진법이나 현행 주택법의 적용을 받고 주상복합건축물은 건축법의 적용을 받으나 모두 주거를 목적으로 한다는 점에서 차이가 없고, 일반 아파트의 발코니도 본체와 같은 구조에 외부 벽체와 창호까지 설치된 경우에는 건축법령상 노대에 포섭되기 어려울 뿐만 아니라 주상복합건축물의 발코니와 그 구조나 기능에 있어서도 다를 바 없으며, 또한 일반 아파트에 있어서 발코니의 외부 벽체 및 창호와 주상복합건축물에 있어서 '커튼월 공법'으로 시공된 외벽사이에 질적 차이가 있다고 보기 어렵다는 이유로, 주상복합건축물의 경우를 일반 아파트와 달리 취급하여 발코니 부분의 면적을 전용면적에 포함시켜 과세한 이 사건 부과처분은 납세자에게 받아들여진 국세행정의 관행에 반하는 것으로서 위법하다고 판단하였다.

앞서 본 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 위와 같은 사실인정과 판단은 모두 정당한 것으로 수긍할 수 있고, 거기에 피고가 상고이유에서 주장하는 바와 같은 전용면적 및 비과세관행 등에 관한 법리오해나 자유심증주의의 한계를 벗어난 채증법칙 위배 등의 위법이 없다.

그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.