2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 소득금액변동통지및근로소득세납세고지

(1) 부산지방국세청장은 원고에 대한 법인세 통합조사를 실시하여 ① 2005년 분양 용지비로 2,950,804,000원을, ② 2006년 분양용지비로 8,649,242,000원, 토지매입용역비로 4,165,021,000원을, ③ 2007년 대표이사 가지급금으로 8,146,312,000원, 위 가지급금 인정이자로 732,006,000원을 각 가공계상한 사실을 확인하고, 가공계상한 금액이 대표 이사인 소외 김○○에게 사외유출된 것으로 보아 김○○에게 상여로 소득처분한 다음, 2007. 11. 12. 원천징수의무자인 원고에게 2005년 귀속 인정상여액 2,950,804,000원, 2006년 귀속 인정상여액 12,814,263,217원, 2007년 귀속 인정상여액 8,878,317,792원의 소득금액변통통지(이하 '이 사건 소득금액변동통지'이라 한다)하였다.

(2) 피고는 원고가 원천징수액을 자진납부하지 않자 2008. 1. 8. 원고에게 2005년 귀속 근로소득세 1,019,879,700원, 2006년 귀속 근로소득세 4,4 70,481,120원, 2007년 귀속 근로소득세 3,081,871,440원의 납세고지(이하 '이 사건 납세고지'라 한다)를 하였다.

나, 부가가치세 부과처분

(1) 부산지방국세청장은 원고에 대한 법인세 통합조사에서 원고가 2006년 1기에 용역을 제공받지 않고 허위로 ☆☆건설 주식회사(이하 '☆☆건설'이라 한다)로부터 공급가액 3,000,000,000원의 세금계산서, ★★토건 주식회사(이하 '★★토건'이라 한다)로 부터 공급가액 3,950,000,000원의 세금계산서(이하 '이 사건 각 세금계산서'라 한다)를 각 교부받은 사실을 확인하고 이를 피고에게 통지하였다.

(2) 이에 따라 피고는 2007. 11. 12. 원고에게 2006년 1기 부가가치세 69,500,000원을 부과하였다(이하 '이 사건 부가가치세 부과처분'이라 한다).

다. 원고는 김○○이 그 주식 전부를 설명 또는 차명으로 보유하면서 이를 사실상 지배하고 있다.

[인정근거] 다툼 없는 사설, 갑 제1호증의 1, 2, 3, 갑 제2호종의 2, 을 제1, 2, 3호증의 각 1, 2, 3의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이사건각처분의적법성

가. 원고의주장

(1) ① 원고는 김○○에게 문제된 사외유출금액을 지급한 적이 없고, 김○○이 이를 개인적인 용도로 전용한 바 없으며, 가지급금은 회수불능으로 확정되지 않았고, ② 원고가 김○○에게 유출한 금액이 있다고 하더라도 김○○이 회계연도 중 원고에게 변제하였으므로, 이 사건 소득금액변동통지 및 납세고지는 위법하다.

(2) 이 사건 각 세금계산서는 원고와 ☆☆건설, ★★토건 사이의 정당한 용역계약에 의해 교부받은 것이므로, 이 사건 부가가치세 부과처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 근로소득세부분에대한판단

(1) 이사건남세고지의법적성질

과세관청의 소득처분과 그에 따른 소득금액변동통지가 있는 경우 원천징수의무자인 법인은 소득금액변동통지서를 받은 날에 그 통지서에 기재된 소득의 귀속자에게 당해 소득금액을 지급한 것으로 의제되어 그 때 원천징수하는 소득세의 납세의무가 성립함과 동시에 확정되고, 원천징수의무자인 법인오로서는 소득금액변동통지서에 기재된 소득처분의 내용에 따라 원천징수세액을 그 다음달 10일까지 관할 세무서장 등에게 납부하여야 할 의무를 부담하며, 소득처분과 그에 따른 소득금액변동통지 이후에 원천 징수의무나 납세의무를 발생시키기 위하여 어떠한 추가척인 행정처분도 필요로 하지 않는다(대법원 2006. 4. 20. 선고 2002두1878 전원합의체 판겸 참조).

따라서 소득처분과 그에 따른 소득금액변동통지 이후에 한 납세고지는 납세의무의 존부나 범위에 변동을 가져오는 과세처분의 성립요건 또는 효력발생요건이 아니라 징수절차의 징수처분의 성질을 가지므로, 원고는 피고를 상대로 2008. 1. 2.자 근로소득세 징수처분의 취소를 구하는 것으로 견해한다(원고는 이 사건 소득금액변동통지를 한 부산지방국세청장이 아닌 피고를 상대로 2008. 1. 2.자 근로소득세 부과처분의 취소를 구하고 있으므로, 부산지방국세청장의 2007. 11. 12.자 이 사건 소득금액변동통지의 취소를 구하는 것으로 선해할 수는 없다).

(2) 이 사건 근로소득세 정수처분의 적법성

조세의 부과처분과 징수처분은 별개의 효과를 목적으로 하는 독립한 처분이므로, 징수처분에 불복하여 제기한 항고소송에서는 정수절차의 고유한 하자에 판하여만 다툴 수 있고, 선행행위인 부과처분이 당연무효가 아닌 한 그 하자가 후행처분인 징수 처분의 효력에 영향을 마치지 않는다.

살피건대, 이 사건 근로소득세 정수처분에 고유한 하자가 있다는 점에 대한 원고의 주장ㆍ입증이 없고, 원고가 주장하는 사유만으로는 선행행위인 부과처분이 당연 무효가 된다고 볼 수도 없으므로, 이 사건 근로소득세 정수처분이 위법하다고 할 수 없다.

(3) 가정적판단

원고가 부산지방국세청장을 상대로 이 사건 소득금액변동통지의 적법성을 다투는 경우를 예상하여 다음과 같이 살펴본다.

(가) ① 주장에 대한 판단

법인세법 제67조, 법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호 단서는 법인세외 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액 중 사외유출된 것이 분명 하나 귀속이 불분명한 금액은 대표자에게 귀속된 것으로 본다 는 취지로 규정하고 있는바, 원천징수의무자는 위 익금산입액의 귀속이 분명하다는 접을 증명하지 못하는 한 그 돈이 현실적으로 대표자에게 귀속되었는지 여부에 관계없이 근로소득세를 납부할 의무가 있고, 법인의 대표이사 또는 실질적 경영자 등이 그의 지위를 이용하여 법인의 수익을 사외에 유출시켜 자신에게 귀속시킨 톤 중 법인의 사업을 위하여 사용된 것이 분명하지 아나한 것은 특별한 사정이 없는 한 상여 내지 임시적 급여로서 근로소득에 해당한다(대법원 2001.9. 14. 선고 99두3324 판결, 대법원 2008.9.18. 선고 2006다49789 판결 등 참조).

이 사건에 관하여 보컨대, 갑 제2호층의 2, 을 제9호증의 1 내지 8, 을 제10호증의 각 기재 및 변론 전체의 춰지를 종합하면, 원고는 2005년 자산계정인 분양용지비로 실제 취득가액보다 2,950,804,000원을 더 지출한 것처럼 계상하고 그 차액을 김○○이 사용하였고, 2006년 실제 소유자가 아닌 자와 허위계약서를 작성하는 등의 방법으로 자산계정인 분양용지비로 8,649,242,000원, 토지매입용역비로 4,165,021,000원을 더 지출한 것처럼 계상하고 그 차액을 김○○이 사용한 사실, 2007년 대표이사가 지급금으로 8,146,312,000원, 위 가지급금 인정이자로 732,006,000원으로 계상한 다음, 원고가 김○○에 대하여 가지고 있는 대여금 채권으로 이 사건 각 세금계산서에 관하여 ☆☆건설에 지급할 2,934,600,000원의 채무 및 ★★토건에 지급할 1,230,420,000원의 채무를 변제하는 것으로 처리하였는데, 실제로 이 사건 각 세금계산서에 관하여 원고가 ☆☆건설 내지 ★★토건에 지급할 채무는 없었던 사실을 인정할 수 있다.

원고가 제출한 증거들만으로는, 원고가 대표이사 가지급금의 구체적인 사용처(특히 원고의 사업을 위하여 사용되었는지 여부)와 가공 계상한 금액 상당의 지출 여부ㆍ목적ㆍ상대방에 대하여 납득할 만한 입증을 못하고 있고, 위 금액의 귀속이 분명하다는 점을 밝히지 못하는 이 사건에서, 피고가 2005년도에 2,950,804,000원, 2006년도에 12,814,263,217원, 2007년에 8,878,317,792원이 사외유출된 것으로 보고, 법인세법 제67조, 법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호 단서에 의하여 그 금액이 사실상 대표자인 김○○에게 귀속된 것으로 보아 그에 대한 상여로 소득처분한 것은 정당하다.

따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(나) ② 주장에 대한 판단

법인의 대표이사가 횡령 등 법인의 자금을 유용하는 행위는 애당초 회수를 전제로 하여 이루어진 것이 아니어서 그 금액에 대한 지출 자체로서 이미 사외유출에 해당하고, 그 사외유출금 중 대표이사 또는 실질적 경영자 등에게 귀속된 부분에 관하여 일단 소득세 납세의무가 성립하면 사후에 그 귀속자가 소득금액을 법인에게 환원시켰다고 하더라도 이미 발생한 납세의무에 영향을 미칠 수 없다(대법원 2001. 9. 14. 선고 99두3324 판결 등 참조).

원고는 김○○이 사외유출한 금액을 회계연도 중 변제하였다고 주장하나, 갑 제5호증의 1 내지 5, 갑 제6호증, 갑 제7호증의 4, 갑 제8, 9호증, 갑 제10호증의 1, 2의 각 기재에 의하면, 김○○이 아닌 원고가 2006. 6. 21. 재향군인회에 94,452,589,257원을 입금하고, 납세의무 발생 후인 2008. 3. 28. 우리은행과 국민은행 대출금을 변제한 사설을 인정할 수 있을 뿐, 김○○이 사외유출한 금액을 원고에 회계연도 중 변제하였다고 인정하기에 부족하다.

따라서 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

라. 부가가치세부분에대한판단

납세의무자가 신고한 비용 중의 일부 금액에 판한 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 실지비용인지 여부가 다투어지고 납세의무자가 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 증명된 경우에는, 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2007두1439 판결 등 참조).

살피건대, 갑 제2호증의 2, 을 제6호종의 1, 2, 3, 을 제9호중의 5, 6의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 2006년도에 ☆☆건설로부터 공급가액 3,000,000,000원의 세금계산서, ★★토건으로부터 공급가액 3,950,000,000원의 세금계산서를 각 발행받았으나, 부산지방국세청장의 법인세 통합조사 당시 용역제공내역, 용역제공기간, 대금결제방법, 용역제공청구서 및 용역에 대한 검수내역 등 실제 용역이나 물품의 제공을 받았다는 점을 확인할 서류를 제출하지 못한 사실, 김○○은 2007. 6. 14. 검찰에서 조사를 받으면서 ☆☆건설과 ★★토건은 자신이 지분의 100%를 보유하고 있는 자신의 회사라고 진술한 사실, 김○○은 이 사건 각 세금계산서를 허위로 발행하는 등의 범죄사실로 사기죄, 조세범처벌법위반죄 등으로 이 법원에서 2008. 2. 15. 징역 6월 및 추징금 100,000,000원율 선고받았고, 이에 대한 항소심에서 2008. 8. 28. 정역 3년 6월 및 추징금 100,000,000원을 선고받았으며, 상고심에서 2008. 12. 11. 상고기각판결을 선고받아 그 무렵 위 판결이 확정된 사실을 인정할 수 있으므로, 이 사건 각 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다는 점이 상당한 정도로 증명되었다고 할 것이다.

그러므로 원고가 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점을 입증하여야 할 것인 바, 이에 부합하는 듯한 갑 제12호증, 갑 제13호증의 1, 2의 각 기재는 믿기 어렵고, 갑 제7호증의 1 내지 4의 각 기재만으로는 이를 인정하기에 부족하다.

따라서 피고가 이 사건 각 세금계산서를 허위로 보고 부가가치세법 제22조에 따라 원고에게 이 사건 부가가치세 부과처분을 한 것은 정당하므로, 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 모두 이유 없어 이를 각 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

심급 사건

참조조문

참조판례