어음의 부도발생일로부터 6개월이 경과되었음을 이유로 관할 세무서인 삼성세무

서에 부가가치세법 제45조 제1항, 같은 법 시행령 제87조 제1항, 법인세법 시행령 제

19조의2 제1항 제9호에 따른 대손세액 63,336,726원의 공제를 신청하였는데, 삼성세무

서장은 2017. 6. 2. bbb메탈의 2016년 제1기2) 부가가치세에 대하여 위 채권과 관련

한 대손세액 63,336,726원(이하 '이 사건 대손세액'이라 한다)을 공제하였다.

2) 삼성세무서로부터 위와 같은 과세자료를 통보받은 피고는 이 사건 대손세액

을 매입세액에서 차감하여 2017. 12. 12. 부가가치세법 제45조 제3항에 따라 원고에게

2016년 제1기 부가가치세 63,336,720원3)을 경정ㆍ고지(이하 '이 사건 처분'이라 한다)

하였다.

3) 원고는 2018. 2. 22. 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 행정심판을 청

구하였으나, 조세심판원은 2018. 5. 30. 원고의 심판청구를 기각하였다.

라. 원고와 bbb메탈 사이의 조정 및 회생절차의 종결

1) 한편 이 사건 채권조사확정재판에서 2016. 11. 28. 'bbb메탈의 원고에 대

한 회생담보권은 5,215,221,226원임을 확정한다'는 취지의 결정이 있었고, 이 사건 회

생절차에 관하여 2017. 3. 8. 채무자회생법 제283조 제1항에 따른 종결결정이 있었다.

2) 한편 원고는 2017. 3. 28. 서울중앙지방법원 2017가합100487호로 이 사건

채권조사확정재판에 대한 이의의 소를 제기하였고, 2018. 3. 8. 원고와 bbb메탈 사

이에 'bbb메탈의 회생담보권이 1,050,000,000원임을 확정하고, 원고가 bbb메탈의

회생채권으로 시인한 5,215,221,225원4) 중 위 금액을 제외한 나머지 4,165,221,225원을

회생채권으로 한다'는 취지의 조정(이하 '관련 조정'이라 한다)이 성립되었다.

3) 관련 조정에 따라 bbb메탈이 원고에 대한 회생담보권으로 인정받은 부분

이 발생함에 따라, 이 사건 회생채권 중 원고가 bbb메탈에 현금으로 변제하여야 하

는 액수가 증가하였고, 이에 bbb메탈은 이 사건 회생계획에 따라 출자전환으로 받

아 주식재병합을 하기로 한 예상 주식 26,077주 중 나머지 4,551주를 원고에게 반환하

기로 약정하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증(각 가지번호 포함, 이하 같다), 갑 제

9 내지 11호증, 을 제1 내지 4호증, 을 제6, 8호증의 각 기재, 변론 전체

의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 어음 부도일로부터 6개월이 지나 법인세법 시행령 제19조의2 제1항

제9호에 따른 대손이 확정된 상태에서 출자전환과 현금변제를 내용으로 하는 이 사건

회생계획이 인가되었다.

피고는 위 회생계획 인가에 대하여 '① 출자전환 된 주식의 시가만큼만 변제된 것

으로 보아야 하고, 시가와 채권의 장부가액과의 차액은 회수불능한 채권으로서 면제되

는 것인데, 자본 잠식 상태에 있는 회생회사인 원고의 주식 가치는 상속세 및 증여세

법(이하 '상속세및증여세법'이라 한다)의 보충적 평가방법상 0원이므로, 결국 출자전환 된 채권

의 장부가액 전액은 면제된 것으로 보아야 하고, ② 설령 장부가액만큼 변제된 것으로

보더라도 기존 주주의 경우에는 주식 4주를 1주로 병합한 반면, 회생채권자들은 주식

30주를 1주로 병합함으로써 불공정한 비율로 주식병합을 하였으므로, 이와 같이 불공

정한 비율에 의한 출자를 '변제'로 인정하기도 어려우며, ③ 나아가 회생계획에서 현금

변제를 예정한 부분도 아직 현실적으로 변제가 이루어지지 아니하였다'는 전제 아래,

확정된 대손금액에 대한 변제가 전혀 없다는 이유로 이 사건 처분을 하였다.

그러나 부가가치세법령, 법인세법령, 채무자회생법령과 이 사건 회생계획에 따라,

이 사건 회생채권 중 출자전환 된 부분은 bbb메탈이 출자전환 된 '채권의 장부가액'

상당의 주식을 취득하는 방법으로 장부가액 상당액이 모두 '변제'되어 소멸하였다고 보

아야 한다. 따라서 이 사건 회생채권 중 출자전환 된 부분에 대하여 부가가치세법 제

45조 제4항이 정한 바와 같은 '변제'가 있었음에도, 이와 다른 전제에서 변제를 전혀

인정하지 아니한 이 사건 처분은 위법하다.

즉, 피고의 해석은 관련 법령의 문언과 이 사건 회생계획에 정면으로 반하는 해석

으로 조세법률주의에 위배되고, 강행규정인 채무자회생법에 따른 회생채권자들 사이의

합의에도 어긋나며, 회생회사의 기업재건에 반하는 것으로서 채무자회생법의 취지에

반하고 비례ㆍ형평의 원칙을 위반한 것이다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 이 사건 처분의 위법(違法)

살피건대, 관계 법령과 앞서 본 증거들 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수

있는 다음의 사정들을 종합하면, 이 사건 회생계획에 따라 출자전환 된 이 사건 회생

채권의 '채권의 장부가액' 상당액은 bbb메탈에게 '변제'한 것이 되어 이 사건 회생채

권액은 그만큼 소멸하였다고 봄이 타당하다.

따라서 이 사건은 부가가치세법 제45조 제4항이 적용되는 경우인바, 그럼에도 불구

하고 이를 적용하지 아니한 채 부가가치세법 제45조 제3항에 따라 원고의 2016년 제1

기분 부가가치세 매입세액에서 이 사건 대손세액을 차감하여 이루어진 이 사건 처분은

위법하다.

1) 법인세법 시행령은 원칙적으로 출자전환에 따라 취득한 주식의 취득가액에

대하여 '취득 당시의 시가'를 그 가액으로 규정하고 있으나, 예외적으로 채무자회생법

에 따른 회생계획 인가 결정에 따라 출자전환이 이루어진 경우에는 '출자전환 된 채권

의 장부가액'을 취득가액으로 하도록 명문으로 규정(법인세법 시행령 제72조 제2항 제

4호의 2, 제15조 제4항 제1호)하고 있다.

이러한 법령의 규정 취지에 비추어 볼 때, 출자전환을 수반하는 회생계획에 대한

인가결정이 이루어져 발행된 주식에 대해서는 구체적으로 시가가 얼마인지 여부를 평

가ㆍ판단하지 않고 일률적으로 출자전환 대상채권의 장부가액을 취득가액으로 하고 있

어 그 전액에 대하여 채무소멸이 이루어지는 것을 전제로 하고 있다고 봄이 타당하다.

따라서 이 사건에서도 이 사건 회생채권은 bbb메탈이 출자전환 된 그 장부가액 상

당의 주식을 취득하는 방법으로 그 장부가액 전액이 '변제'된 것으로 보는 것이 맞다.

2) 위와 같은 해석은 상법에 따른 신주발행의 효력발생 요건 및 자본충실의 원

칙에도 부합한다. 즉, 채무의 출자전환으로 주식을 발행하는 경우 출자전환 되는 채무

전부가 주식에 대한 인수가액으로 납입된 것으로 인정되어야만 발행예정주식 전부에

대하여 신주발행의 효력이 발생(상법 제421조, 제423조, 대법원 2012. 11. 22. 선고

2010두17564 전원합의체 판결 취지 참조)하므로, 이 사건과 같은 경우에도 위 출자전

환 대상 채권 전액이 출자전환 된 주식의 인수가액으로 납입됨으로써 그 장부가액 전

액에 대하여 채무소멸의 효과가 발생한다고 봄이 타당하다.

3) 채무자회생법도 주식회사인 채무자가 회생채권자 등에 대하여 신주발행 방

식으로 출자전환을 하는 때에 회생계획에서 정해야 하는 사항 중 하나로 '신주의 발행

으로 감소하게 되는 부채액'을 규정(제206조 제1항 제4호)하고 있는바, 위 규정 역시

회생계획에서 출자전환을 정하고 있는 경우 회생채권자가 신주를 발행 받으면 신주발

행의 효력발생과 동시에 그 신주에 상응하는 회생채권이 소멸한다는 점을 전제로 하고

있다고 해석할 수 있다.

4) 회생채권자ㆍ회생담보권자ㆍ주주ㆍ지분권자의 권리는 회생계획에 따라 변경

됨을 전제로 회생계획이 작성되어 인가되는 것(채무자회생법 제252조 제1항)인바, 이

회생채권자들은 이를 전제로 채권을 확정적으로 면제하고 일부만 변제받는 것으

로 할지, 일부만 변제받고 나머지는 출자전환하여 변제에 갈음할지에 대하여 충분히

검토를 한 후 회생계획에 대한 동의 여부를 결정하였고, 이와 같이 회생계획안이 가결

요건을 충족하여 인가된 이상 회생채권자들은 그 회생계획에 따라야 한다. 즉, 회생계

획에 기재된 사항에 대하여 다수의 이해관계인들 사이에 존재하는 합의는 존중되어야

한다.

나아가 이 사건 회생계획대로 회생채권 또는 회생담보권 중 일정비율을 출자전환하

여 변제한 것으로 갈음하기로 하는 회생채권의 변경을 인정하는 것에 어떠한 불합리가

존재한다 보기 어려울 뿐만 아니라, 오히려 출자전환의 경우에 이를 변제로 보지 않고

단순히 회수할 수 없는 대손으로 보게 되면, 출자전환을 선택한 이 사건 회생채권자들

은 회생계획에서 예상하지 않았던 이익을 보게 되어 다른 채권자들과의 관계에서 형평

에 반하는 문제가 있고, 나아가 이 사건 처분과 같이 원고와 같은 회생채무자는 회생

계획에서 예상하지 못한 채무를 부담하게 되는바, 이는 채무자 또는 그 사업의 효율적

인 회생을 도모하고자 하는 채무자회생제도(채무자회생법 제1조)의 취지에도 반한다.

5) 피고는 '회생계획에서 별도의 납입 등을 요구하지 아니하고 신주발행 방식의

출자전환으로 기존 회생채권 등의 변제에 갈음하기로 하면서도 그 출자전환에 의하여

발행된 주식을 무상으로 소각하기로 정하였다면, 그 인가된 회생계획의 효력에 따라

새로 발행된 주식은 그에 대한 주주로서의 권리를 행사할 여지가 없고, 다른 대가 없

이 그대로 소각될 것이 확실하게 된다. 그렇다면 위와 같은 출자전환의 전제가 된 회

생채권 등은 회생계획인가의 결정에 따라 회수불능으로 확정되었다고 봄이 타당하다'

고 판시한 대법원 2018. 6. 28. 선고 2017두68295 판결, 대법원 2018. 7. 11. 선고

2016두65565 판결이 이 사건과 동일한 사안이라면서 이 사건 처분의 적법성을 주장하

고 있다.

그러나 위 판결들은 '출자전환에 의하여 발행된 주식을 회생계획에 따라 무상 소각

하여 해당 채권자가 회생회사의 주식을 전혀 보유하지 못하게 되는 사안'인 반면, 이

사건은 출자전환 된 채권을 무상 소각하는 것이 아니라 30:1의 비율로 무상 감자, 즉

자본금의 액수만을 줄이기 위해 회사의 자본유출이 없는 재병합을 하여 주식 수가 줄

어든 것에 불과한 사안으로, 위 주식 재병합을 통해 원고의 순자산이나 가치에는 아무

런 변동이 없고, bbb메탈의 원고에 대한 지분율 역시 자본감소 전후를 비교할 때

동일하다는 점을 고려하면, 위 대법원 판결들의 결론을 이 사건에 그대로 적용할 것은

아니다.

6) 피고는 대법원 2003. 1. 10. 선고 2002다12703, 12710 판결, 대법원 2003.

8. 22. 선고 2001다64073 판결, 대법원 2005. 1. 27. 선고 2004다27143 판결, 대법원

2009. 11. 12. 선고 2009다47739 판결을 들면서, 회생계획에 따라 출자전환 된 경우

변제되는 채무액은 교부받은 신주의 효력 발생 당시의 시가 상당액이라는 것이 대법원

의 일관된 입장이라는 주장도 하고 있다.

그러나 피고가 들고 있는 판결들 중 2002다12703, 12710 판결, 2004다27143 판결,

2009다47739 판결은 주채무자인 회생채무자의 회생계획에서 회생채권이나 회생담보권

의 전부 또는 일부의 변제에 갈음하여 출자전환을 하기로 정한 경우에 '소멸되는 회생

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지주문과 같다.

가. 원고와 bbb메탈 주식회사의 거래내용

1) 원고는 1977. 6. 17. 설립되어 공업용 동관, 건축ㆍ배관용 동관의 제조와 판매를 영업으로 하는 비상장법인으로, 2015. 6. 30.부터 2015. 9. 23.까지 bbb메탈 주식회사(이하 'bbb메탈'이라 한다)로부터 동파이프를 매수하면서 위 매수대금이 결제될 때까지 동파이프의 소유권을 bbb메탈에게 유보하기로 하였는데, 위 매수대금 중 5,215,221,226원 상당을 지급하지 못하였다.

2) 그럼에도 불구하고 원고는 위 미지급한 5,215,221,226원에 관련된 매입세액 170,500,490원을 공제하여 2015년도 제1기 및 제2기 부가가치세 과세기간에 대한 부가가치세를 신고하였다.

3) 한편 원고는 위 동파이프의 매수대금에 대하여 bbb메탈에게 아래 표와 같은 전자어음(이하 '이 사건 어음'이라 한다)을 각 교부하였으나, 위 각 전자어음은 아래 표 '부도일' 기재일자에 각 부도가 발생하였다.

나. 원고에 대한 회생절차개시 및 bbb메탈의 채권 신고

1) 원고는 재무구조 악화, 영업 손실 누적 및 금융비용 증가 등으로 재정적 파탄 상황이 되자, 2015. 9. 22. 채무자 회생 및 파산에 관한 법률(이하 '채무자회생법'이라 한다)에 따라 회생절차개시신청을 하여 2015. 10. 23. 서울회생법원 2015회합 100247호(이하 위 사건에 따라 이루어진 회생절차를 '이 사건 회생절차'라 한다)로 회생절차개시결정을 받았고, bbb메탈은 2015. 11. 16. 위 5,215,221,226원을 회생담보권으로 신고하였다.

2) 원고는 2015. 12. 7. 이 사건 회생절차에서 bbb메탈의 채권 전액이 회생채권이라는 취지로 bbb메탈의 회생담보권 신고에 대하여 이의하였고, bbb메탈은 2016. 1. 6. 원고를 상대로 서울회생법원 2016회확100000호로 채권조사확정재판(이하 '이 사건 채권조사확정재판'이라 한다)을 제기하였다.

3) 한편 서울회생법원은 2016. 6. 21. 이 사건 회생절차에서 원고의 관리인이 작성하여 제출한 아래 회생계획안(이하 '이 사건 회생계획'이라 한다)을 인가하였으며, 그 중 이 사건에 관계된 내용은 다음과 같다.

[상거래채무] 시인된 원금 및 개시전이자의 75%를 출자전환하고 25%를 현금변제하되, 현금변제대상채무에 대하여 제1차년도(2016년)부터 제5차년도(2020년)까지 매년 8%씩 균등분할 변제하고, 제6차년도(2021년)부터 제10차년도(2025년)까지 매년 12%씩 균등분할 변제합니다. 출자전환 대상 채권액은 본 회생계획안(3차수정안) 제10장 제4절에 의하여 채무자가 신규로 발행하는 주식의 효력발생일에 당해 회생채권의 변제에 갈음합니다. - 중 략 - 제10장 주주 권리의 변경과 신주의 발행제4절 채권의 출자전환에 따른 신주의 발행본 회생계획안(확정본)의 권리변경에 따라 회생채권자가 주금을 신규로 납입하지 아니하고, 채권액을 출자로 전환하는 경우 아래와 같이 신주를 발행하여 신주발행의 효력발생일에 변제에 갈음합니다.

4. 회생채권 상거래채무

가. 주식의 종류 : 기명식 보통주

나. 1주의 액면금액 : 5,000원

다. 주식의 발행가액 : 보통주 1주당 5,000원을 발행가액으로 한다.

라. 발행할 주식의 수 : 1,721,887주

마. 신주발행으로 인하여 증가하는 자본금의 액 : 8,609,435,000원 다만, 단주의 처리로 인하여 자본금이 위와 같이 일치하지 않을 경우에는 실제의 신주 발행 결과에 따른다.

바. 신주발행으로 인하여 감소하게 되는 부채액 : 8,609,482,655원

사. 신주발행의 효력 발생일 : 본 장 제3절 주식병합에 의한 자본감소의 효력발생일 다음날에 효력이 발생하며, 관리인이 법원의 허가를 얻어 신주를 발행한다.

아. 단주의 처리 : 1주 미만의 단주에 대하여는 법원의 허가를 얻어 무상 소각한다. 제5절 출자전환 후 주식 재병합에 의한 자본의 감소

1. 주식 재병합의 방법 전 제3절에 의한 기존주식의 감자 전 제4절에 의한 회생채권의 일부 채권액 출자전환 후에 회사 자본금 규모의 적정화를 위하여 발행주식 액면가 5,000원의 보통주 30주를 액면가 5,000원의 보통주 1주로 재병합합니다. 단, 주식 병합으로 인하여 발생되는 1주 미만의 단주는 법원의 허가를 득하여 무상 소각합니다.

3. 자본감소의 효력 발생일 주식 병합에 따른 자본감소의 효력은 전 제4절의 출자전환에 의한 신주발행의 효력발생일 익일에 발생합니다.

4) 이 사건 회생계획은 상거래채권인 원고의 bbb메탈에 대한 회생채권 시인액 5,215,221,226원(이하 '이 사건 회생채권'이라 한다)에 대하여 '회생채권 중 25%(1,303,806,226원)는 현금으로 변제하되 10년 동안 분할상환하고, 나머지 75%(3,911,415,000원)는 위 채권의 장부가액과 1주당 액면가(발행가액) 5,000원에 발행주식 수를 곱한 값이 일치하는 비율로 발행된 신주로 출자전환하며, 출자전환 대상 채권액은 회생계획에 따라 원고가 신규로 발행하는 주식의 효력 발생일에 당해 회생채권의 변제에 갈음하고, 출자전환 후에는 자본금 규모 적정화를 위해 주식을 30:1의 비율로 재병합하는 것'으로 정하고 있고, 이 사건 회생계획에 따른 이 사건 회생채권의 구체적인 출자전환액 내용은 아래 표 기재와 같다.다. bbb메탈의 대손세액 공제 신고 및 이 사건 처분1) bbb메탈은 2016. 7. 1. 이 사건 회생채권 중 696,703,986원에 관하여 이

생채권자를 보다 두텁게 보호할 필요가 있는 사안에 관한 것이어서 이 사건에 직접 적

용된다고 보기 어렵고, 2001다64073 판결은 기존채권의 지급을 위하여 교부된 제3자

발행의 약속어음 채권이 이후 제3자에 대한 회사정리절차에서 회생채권으로 신고되어

회생계획에 따라 그 전부 또는 일부가 출자전환 된 경우 소멸되는 기존채권의 범위에

관하여 판시한 것으로, 어음 발행의 주체, 회생절차의 주체 등이 이 사건과 달라 위 판

결 역시 이 사건에 직접 적용하기는 어렵다.

7) 피고는 이 사건 회생계획에서 기존 주주와 회생채권자 사이에 주식 병합 비

율이 다르다는 점을 들며, 불공정한 비율에 의한 출자전환을 변제로 인정할 수 없다는

주장도 하나, 주식과 채권은 그 성질이 상이하므로 단순히 회생채권에 관하여 출자전

환 된 주식의 병합비율과 기존 주주의 주식 병합비율을 단순 비교하여 일률적으로 우

열을 판단할 수는 없고, 회생계획안 자체에서 장래 출자전환을 위한 신주발행 및 재병

합을 예정하고 있는 경우에는 실질적인 지분의 저감 비율, 회생계획에 의하여 회생채

무자가 보유하게 될 순자산 중 기존 주주의 지분에 따른 금액의 규모, 변제될 회생채

권의 금액과 비율 등을 두루 참작하여야 하므로(대법원 2004. 12. 10. 자 2002그121

결정), 이 사건 회생계획에서 주주와 회생채권자 사이의 주식 병합의 비율이 상이하다

는 점만으로 바로 위와 같은 주식 병합 비율이 공정ㆍ형평의 원칙에 위배되는 내용이

라고 볼 수는 없다.

8) 한편 이 사건 회생채권은 앞서 살핀 출자전환 되는 75% 부분 이외에 현금

변제를 하여야 할 25% 부분이 존재하고 피고는 이 사건 회생채권 전액을 대손세액 공

제대상으로 보고 이 사건 처분을 하였으므로, 원고의 주장을 받아들여 출자전환 된 부

분만큼을 변제된 것으로 보더라도, 이 사건 처분을 일부만 취소해야 하는 것은 아닌지

문제된다.

그러나 앞서 본 바와 같이 출자전환 된 75% 부분에 대한 변제를 인정하지 않고 대

손세액 공제를 한 것은 위법하고, 피고가 이 사건 소송에서 '출자전환 된 부분을 변제

로 보더라도, 대손세액 공제에 적용할 해당 금액의 산출은 불가능하다'고 진술(제4회

변론조서 참조)하는 등 피고가 적법하게 부과될 정당한 세액 산출에 관하여 증명하지

못하고 있는 이상, 법원으로서는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없다(대법원 1995. 4.

28. 선고 94누13527 판결).

나아가 회생채권자ㆍ회생담보권자ㆍ주주ㆍ지분권자의 권리가 회생계획에 따라 변경

됨을 전제로 회생계획이 작성되고 인가되는 것(채무자회생법 제252조 제1항)임을 고려

할 때, 인가된 회생계획에서 장차 분할하여 현금변제 하는 것으로 정한 경우까지 법인

세법 제19조의2 제1항 제5호의 '회수불능으로 확정된 채권'으로 볼 수 없음은 당연하

고, 이는 이 사건과 같이 발행한 어음이 부도처리되었다고 하여 달리 볼 수는 없다. 만

약 이를 부정하여 회생계획에 따라 장차 현금변제하기로 한 부분을 아직 변제되지 아

니하였다는 이유로 대손세액 공제대상이 된다고 본다면, 회생회사에게 과도한 부담이

되고 회생계획의 정상적인 수행이 어려워질 것이며, 궁극적으로는 회생 자체가 불가능

하게 될 것이다. 따라서 회생계획에서 장차 현금 변제를 하기로 정한 부분5)도 대손세

액 공제대상에 해당한다고 볼 수는 없으므로, 결국 어느 모로 보나 이 사건 처분은 전

부 취소되어야 한다.

9) 정리한 바와 같이 원고와 bbb메탈 사이에 이 사건 회생채권 중 일부를

회생담보권으로 인정함을 전제로, '원고는 bbb메탈에게 회생담보권에 상응하는 정도

의 현금을 추가로 변제하기로 하되, bbb메탈로부터 출자전환하여 재병합된 주식 중

일부인 4,551주를 다시 반환받는다'는 내용의 관련 조정이 성립되었다. 이와 같이 관련

조정에서 원고가 증가된 현금 변제 분에 대하여 bbb메탈로부터 그에 상응하는 주식

을 반환받기로 한 것은 그 자체로 원고 주식의 실질적 가치를 인정하는 전제에 있는

것인바, 이러한 사정만 감안하더라도 피고의 주장과 같이 출자전환으로 발행된 원고

주식의 실제 가치가 0이라고 볼 수는 어렵다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한

다.

심급 사건

참조조문

참조판례