2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 1997. 2. 17. 서울 ○○구 ○○동 74-99 ○○지구○○아파트 3동 504호(이 '이 사건 주택'이라 한다)를 취득하였다가 2005. 8. 10. 김○○에게 양도하였다.

나. 원고는 ○○전자 사원으로서 해외(중국)근무 인사발령에 따라 1994. 5. 29.경부터 중국에 체류하였고, 1997. 2. 26. 이후로는 가족들과 함께 중국에 체류하다가 2005. 8. 6. 가족들과 함께 귀국하였다.

다. 원고는 중국에 체류하고 있던 도중인 2001. 2. 26. ○○제○-○구역주택재개발조합과의 사이에 신축 중의 아파트로서 국민주택 규모를 초과하는 서울 ○○동 200 ○○사이버빌리지 108동 201호(이하 '이 사건 추가매입주택'이라 한다)를 매수하는 내용의 주택분양계약을 체결하고 당일 계약금으로 50,000,000원을 납부하였고, 공사가 완료된 후인 2002. 1. 11. 원고 명의로 소유권이전등기를 마친 후 이 사건 주택의 양도시 까지 이를 보유해 오고 있었다.

라. 원고는 이 사건 주택을 양도한 후 그 양도소득세 예정신고를 함에 있어, 이 사건 주택의 양도가 소득세법 제89조 제1항 제3호가 정한 1세대 1주택에 해당하여 비과세대상에 해당한다고 신고하였으나, 피고는 위 양도가 1세대 1주택의 양도에 해당하지 아니한다는 이유로 이 사건 주택의 양도시의 기준시가인 99,000,000원에서 취득시의 기준시가인 26,500,000원 및 필요경비 795,000원을 공제한 71,705,000원의 양도차익에 대하여 11,281,297원의 양도소득세를 부과하는 이 사건 처분을 하였다.

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 추가매입주택은 구 조세제한특례법(2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것) 제99조의3 제1항 제1호가 정한 신축주택에 해당하고, 동법 제99조의 3 제2항은 소득세법 제89조 제1항 제3호의 1세대 1주택 규정을 적용함에 있어 위 특례법 제99조의3 제1항의 규정을 적용받는 신축주택은 이를 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다고 규정하고 있으므로, 이 사건 주택의 양도가 1세대 1주택의 양도인지 여부를 판정함에 있어 이 사건 추가매입주택은 소유주택에서 제외되어야 하고, 따라서 원고는 이 사건 주택의 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우에 해당한다.

나아가 원고가 이 사건 주택에 2년 이상 거주하지는 않았으나 1년 이상 계속하여 국외거주를 필요로 하는 근무상의 형편으로 세대 전원이 출국하였으므로 구 소득세법 시행령(2005. 12. 31. 대통령령 제19254호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제154조 제1항 제2호 다목, 동 시행규칙 제71조 제2항 제2호에 따라 거주기간의 제한을 받지 아니한다. 따라서 이 사건 주택의 양도는 소득세법 제89조 제1항 제3호 소정의 1세대 1주택에 해당하여 비과세 대상에 해당함에도 불구하고 그에 대해 양도소득세를 부과한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

먼저, 원고는 이 사건 양도에 관하여 적용될 법령이 구 조세특례제한법(2002. 12.11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것) 제99조의3 제2항, 제1항 제1호임을 전제로 하고 있으므로 그에 관하여 본다.

살피건대, 조세특레제한법이 2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정되면서 대통령령이 정하는 부동산가격 급등지역 내의 신축주택이 과세특례에서 제외되었는바, 위 개정법령 부칙 제29조가 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 경과규정으로서 동법 시행 전에 종전의 제99조의3 제1항의 규정에 의하여 주택건설업자와 최초로 매매계액을 체결하고 계약금을 납부한 신축주책을 동법 시행 후 양도하는 경우 양도소득세의 감면에 관하여 종전의 규정을 적용한다고 규정하기는 하였으나, 이는 그 문언상 종전의 제99조의3 제1항 제1호의 규정에 의하여 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 '당해 신축주택을 양도'하는 경우에 관한 경과규정으로 보이므로 이 사건과 같이 당해 신축주택이 아닌 또 다른 보유주택을 양도하는 경우에 대해서도 위 경과규정이 적용된다고 단정하기 어렵고, 동 부칙 제2조는 양도소득세에 관한 개정규정은 동법 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용된다고 규정하고 있을 뿐이며, 이 사건과 같이 신축주택을 보유한 상태에서 다른 보유주택을 양도할 경우에 관하여 달리 종전의 제99조의3 제2항, 제1항 제1호의 규정을 적용한다는 명시적인 경과규정을 찾아볼 수 없으므로, 이 사건 주택의 양도가 위 개정법령의 시행일 이후에 이루어진 이상 그에 대하여 2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 구 조세특례제한법 규정이 적용될 여지는 없는 것으로 보이고, 따라서 이 사건 주택의 양도에 관하여는 2002. 12.11. 개정된 이후의 법령인 구 조세제한특례법(2005.12.31. 법률 제7839호로 개정되기 전의 것, 이하 '조세특례제한법'이라 한다)이 적용된다고 보여진다.

그런데 조세특례제한법 제99조의3 제2항, 제1항 제1호는 2001. 5. 23.부터 2003. 6. 30.까지의 기간 중에 주택조합 등과 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 주택을 대상으로 하고 있는데 반해 이 사건 추가매입주택은 그 이전인 2001. 2. 26. 매매계약이 체결되고 계약금이 납부되었을 뿐만 아니라 조세특례제한법 제99조의3 제1항, 동법 시행령 제99조의3 제1항이 과세특례 대상에서 제외하고 있는 서울특별시에 소재하는 주택에도 해당되므로, 이 사건 양도에 대해 조세특례제한법이 적용됨을 전제로 하는 이상 사건 추가매입 주택은 소득세법 제89조 제1항 제3호의 1세대 1주택 규정을 적용함에 있어 소유주택에서 제외되는 주택에 해당될 여지가 없다 할 것이다.

설사 위 2002. 12.11. 법률 제6762호 부칙 제29조를 선해하여 이 사건과 같이 신축주택을 보유한 상태에서 다른 보유주택을 양도할 경우에 관하여도 2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 구 조세특례제한법 제99조의3 제2항, 제1항 제1호의 규정이 적용되는 것으로 본다 하더라도, 동법 제99조의3 제2항, 제1항 제1호 역시 2001. 5. 23.부터 2003. 6. 30.까지의 기간 중에 주택조합 등과 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 주택을 대상으로 하고 있음이 그 문언상 명백하므로 2001. 2. 26. 매매계약 체결과 계약금 납부가 이루어진 이 사건 추가매입주택에 대해 위 규정이 적용된다고 볼 수 없고, 다만 2001. 8. 14. 법률 제6501호로 개정되기 전의 구 조세특례제한법 제99조의3 제2항, 제1항 제1호가 2000. 11. 1.부터 2001. 12. 31.까지의 기간 중에 주택조합 등과 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 신축주택을 그 대상으로 하고 있으므로 이 사건 추가매입주택은 매매계약 체결시점과 관련하여 그에 해당될 여지가 있으나 위 규정은 '수도권 외의 지역'에 소재하는 '국민주택'을 그 대상으로 하고 있으므로 이사건 추가매입주택이 그에 해당된다고 볼 수도 없다.

위와 같이 소득세법 제89조 제3호의 규정을 적용함에 있어 이 사건 추가매입주택을 원고의 소유주택에서 제외되는 것으로 볼 수 없는 이상 이 사건 주택의 양도가 1세대 1주택의 양도에 해당되지 아니한다고 보아 한 이 사건 처분은 적법하고, 사정이 그러한 이상 이 사건 주택의 양도가 구 소득세법 시행령 제1항 제2호 다목, 동 시행규칙 제71조 제2항 제2호가 정한 거주기간의 제한을 받지 아니하는 경우에 해당한다는 원고의 주장에 대하여는 더 나아가 살펴볼 필요 없이 원고의 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

관련법령

○ 소득세법 제89조비과세양도소득

① 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 일세대 일주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

○ 구소득세법 시행령154조1새대1주택의 범위(2005. 12. 31. 대통령령 제19254호로 개정되기 전의 것)

① 법 제89조 제3호에서 "대통령령이 정하는 1세대 1주택'이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 "1세대"라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년이상인 것(서울특별시, 과천시 및 「택지개발촉진법」제3조의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정·고시된 분당·일산·평촌·산본·중동 신도시지역에 소재하는 주택의 경우에는 당해 주택의 보유기간이 3년 이상이고 그 보유기간중 거주기간이 2년 이상인 것)을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니한다.

2. 다음 각목의 1에 해당하는 경우. 이 경우 가목 및 나목에 있어서는 그 양도일 또는 수용일부터 2년 이내에 양도하는 그 잔존주택 및 그 부수토지를 포함하는 것으로 한다.

다. 국외이주 기타 재정경제부령이 정하는 경우

○ 구 소득세법 시행령규칙71조1새대1주택의 범위(2005. 12. 31. 대통령령 제476호로 개정되기 전의 것)

② 영 제154조 제1항 제1호 다목에서 "국외이주 기타 재정경제부령이 정하는 경우"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 사유로 당해 주택이 그 보유기간 및 거주기간에 미달하게 되는 경우를 말한다.

2. 1년 이상 계속하여 국외거주를 필요로 하는 취학 또는 근무상의 형편으로 세대전원이 출국하는 경우. 이하 생략

○ 구 조세특례제한법 제99조의3신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례(2005. 12. 31. 법률 제7839호로 개정되기 전의 것)

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택이 소득세법 제89조3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우

2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

② 소득세법 제89조제3호의 규정을 적용함에 있어서 제1항의 규정을 적용받는 신축주택은 이를 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

부칙<제6501호, 2001. 8.14>

제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.

제5조 (양도소득세 또는 특별부가세의 감면에 관한 적용례) ①제55조제4항, 제55조의2제3항, 제55조의2제4항 개정규정중 소득세법 제94조제1항제3호에 관한 부분, 제56조, 제78조제1항제11호·제14호 및 제99조의3제1항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.제13조 (신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 감면에 관한 경과조치) 2001년 5월 23일전에 종전의 제99조의3제1항의 규정에 의한 신축주택을 취득하여 이 법 시행후 동주택을 양도하는 경우 양도소득세의 감면 및 양도소득세 과세대상소득금액의 계산에 관하여는 제99조의3제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다.

부칙<제6762호, 2002. 12. 11.>

제1조 (시행일) 이 법은 2003년 1월 1일부터 시행한다.

제2조 (일반적 적용례)

② 이 법중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.

제29조 (신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 경과조치)

① 이 법 시행전에 종전의 제99조제1항 또는 제99조의3제1항의 규정에 의하여 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하였거나, 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택을 이 법 시행후 양도하는 경우 양도소득세의 감면 및 양도소득세과세대상소득금액의 계산에 관하여는 제99조제1항 또는 제99조의3제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다. 이 경우 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 날 또는 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사를 받은 날 당시의 고급주택 기준을 적용한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제99조의3 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례

① 법 제99조의3제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 지역"이라 함은 서울특별시, 과천시 및 「택지개발촉진법」제3조의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정·고시된 분당·일산·평촌·산본·중동 신도시지역을 말한다.

○ 구 조세특례제한법 제99조의 3신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례(2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것)

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고급주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.<개정 2001. 8. 14. 2001. 12. 29>

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우

2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

② 소득세법 제89조제3호의 규정을 적용함에 있어서 제1항의 규정을 적용받는 신축주택은 이를 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

○ 구 조세특례제한법 제99조의3수도권외 지역 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면(2001. 8. 14. 법률 제6501호로 개정되기 전의 것)

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 대통령령이 정하는 수도권외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(국민주택에 한하며 이에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우

2000년 11월 1일부터 2001년 12월 31일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 다른 자가 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

② 소득세법 제89조제3호의 규정을 적용함에 있어서 제1항의 규정을 적용받는 신축주택은 이를 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다. 끝