원심은, 원고가 1990. 2. 8. 소외 여주중앙교회(이하 소외 교회라 한다)와의 사이에 원고 소유인 이 사건 토지들과 소외 교회 건물 및 그 부지를 교환하기로 하는 계약을 체결함에 있어, 소외 교회로서는 이 사건 토지들 위에 새로운 교회건물을 건립하기 전까지는 소외 교회 소유의 교환대상 건물에서 예배를 보는 등 소외 교회가 계속 사용할 필요가 있어, 원고로서는 이 사건 토지들을 인도하여 주면서도 교환목적 부동산은 인도받지 못하게 되어 있었던 점을 감안하여 몇 가지 추가약정을 하였는데, 우선 교환대상 부동산에 관하여 발생한 수익과 조세, 공과 등의 부담금은 부동산의 인도일을 기준으로 하여 그 전일까지의 것은 인도 전 소유자에게 귀속시키고 후일부터는 새로운 소유자에게 귀속시키고, 후일부터는 새로운 소유자가 관리하고(제4조), 소외 교회는 1991. 12. 31.까지 그 소유의 부동산을 인도하기로 하고 소유권이전등기를 마친 날로부터 매월 금 1,000,000원을 원고에게 지급하기로 하되, 쌍방 합의하에 그 기간을 연장할 수 있으며(제5조), 원고는 소유권이전등기일에 이 사건 토지들을 소외 교회에게 인도하기로(제7조) 약정한 사실, 각 교환대상물에 관한 소유권이전등기는 1991. 8. 2.자로 마쳐졌는데, 소외 교회는 그에 앞선 1990. 7. 1.부터 1993. 5.경까지 매월 금 1,000,000원을 지급하였고, 소외 교회 소유의 교환대상 부동산의 교환에 대한 주무관청으로부터의 인가는 1990. 8. 21.자로 이루어진 사실 등을 인정한 다음, 교환약정일 당시 아직 교회의 기본재산처분에 관하여 주무관청의 인가를 얻기 전이었고, 교환대상 부동산에 관하여 소유권이전등기를 경료할 날짜도 명확히 정한 바도 없으며, 원고는 교환으로 취득하기로 한 소외 교회 소유 부동산을 상당한 기간 동안 인도받을 수 없는 사정이었으므로 소유권이전등기를 마친 날로부터 인도시까지 월 금 1,000,000원씩 지급하기로 약정하여 3년 가까이 이를 지급받았고, 각 교환대상 부동산에 관한 소유권이전등기가 1991. 8. 2.에 이르러서야 마쳐진 점 등에 비추어 보면, 이 사건 토지들의 양도로 인한 대금청산이 교환약정일인 1990. 2. 8.에 이루어졌다고는 인정할 수 없고, 오히려 대금을 청산한 날이 분명하지 아니하고 또한 위 교환계약서상 대금청산일을 확인할 수도 없는 경우에 해당하여 이 사건 토지들의 양도일은 그 등기접수일로 보아야 하므로, 위 등기접수일을 양도시기로 보고 그 때의 기준시가로 양도차익을 산정하여 양도소득세를 부과한 이 사건 처분은 적법하다고 판단하였다.

그러나 부동산을 서로 교환하는 계약에 의해 자산의 양도가 이루어진 경우 양도인이 양도대가로 취득할 교환대상 목적물에 관한 소유권이전등기를 넘겨받기 전이라 하더라도, 교환계약의 당사자가 언제든지 상대방의 요구에 따라 소유권이전등기를 마쳐 줄 의무가 있고, 적어도 위 당사자 사이에서는 그 교환대상 목적물에 대한 실질적인 처분권을 취득한 것으로 인정되는 때에는 대금의 청산이 이루어진 것으로 볼 수 있다 할 것인데( 당원 1986. 2. 25. 선고 85누989 판결 참조), 원심이 적법하게 확정한 사실 및 기록에 의하면, 이 사건 교환계약이 체결된 뒤 소외 교회는 교회건물 신축을 위한 측량, 지반조사 등의 목적으로 이 사건 토지들을 조속하게 사용하여야 할 형편이었으나 교환계약에 대한 주무관청의 인가가 늦어지는 등의 사유로 소외 교회 소유의 부동산에 관한 소유권이전등기절차의 이행이 늦어져 이 사건 토지들을 인도받지 못하게 되자, 소유권이전등기를 마친 날로부터 지급하기로 한 당초의 약정과는 달리 1990. 7. 1.경부터 원고에게 매월 금 1,000,000원씩 지급하는 대신에 이 사건 토지들을 인도받아 사용하기 시작하였고, 그 직후인 같은 해 8. 21. 주무관청의 인가가 난 사실을 알 수 있는바, 앞서 본 교환약정의 추가약정조항의 취지에 비추어 보면 소외 교회가 원고로부터 이 사건 토지들을 인도받는 대신에 원고에게 매월 금 1,000,000원을 지급한 것은 교환대가의 일부나 이 사건 토지들을 사용하는 대가로 지급한 것이 아니라 교환계약의 당사자 사이에서는 그 때부터 원고가 교회건물 및 그 부지에 대한 실질적인 처분권을 취득하였음을 전제로 그 사용대가로 지급한 것으로 보아야 하고, 또 주무관청의 인가가 남으로 인해 소외 교회는 원고의 요구에 따라 언제든지 교회건물 및 그 부지에 관한 소유권이전등기절차를 마쳐줄 수 있게 되었다 할 것이므로, 적어도 그 무렵에는 이 사건 토지들의 양도대금이 청산되었다고 볼 것이고, 뿐만 아니라 원심이 적법하게 확정한 바와 같이 이 사건 토지들에 대한 토지형질변경준공검사가 위 토지들에 관하여 소외 교회 앞으로 소유권이전등기가 마쳐지기 전인 1991. 6. 29. 완료되었음에도 불구하고 그 공사비를 준공검사 완료 당시의 등기명의자인 원고가 부담하지 않고 소외 교회가 부담하였다는 사실(이 점에서 원고의 상고이유 제2점은 이유가 없다)도 위 소유권이전등기가 마쳐지기 전에 이미 이 사건 토지들에 대한 실질적인 처분권이 소외 교회에게 넘어가 있었다는 것을 나타내는 것이므로 이를 뒷받침한다고 볼 것이다.

그렇다면 이 사건 토지들에 대한 대금청산은 적어도 1990. 8. 21.경에는 이루어졌다고 보아야 할 것인바, 이와 달리 대금을 청산한 날이 분명하지 않다 하여 그 양도시기를 그 소유권이전등기 접수일로 보고 양도소득세를 부과한 이 사건 과세처분이 적법하다고 판단한 원심판결에는 양도시기에 관한 법리를 오해하여 판결결과에 영향을 미친 위법이 있다고 할 것이다.

그러므로 원심판결을 파기하여 원심법원에 환송하기로 하여 관여 법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.