원심판결 이유에 의하면, 원심은 원고가 이 사건 부동산을 1988. 2. 16. 취득하여 1989. 2. 8. 양도하고, 과세표준확정신고기간 내인 같은 해 12. 19. 취득 및 양도시의 가액이 모두 2억 원으로서 양도차익이 없다고 신고하면서, 실지거래가액에 관한 증빙서류로 매매계약서 2통(갑 제5호증의 1, 2)을 제출하였다고 인정한 뒤, 양도에 관한 증빙서류로 제출된 매매계약서(갑 제5호증의 2)는 중랑구청장의 검인을 받은 것으로서 실제의 계약내용대로 작성된 것이라고 인정하면서도, 취득에 관한 증빙서류로 제출된 매매계약서(갑 제5호증의 1)에 대하여는, 이 사건 토지의 양도 당시의 기준시가가 취득시에 비하여 20.9% 상향조정되었고, 1986. 8. 23. 이 사건 토지와 다른 부동산에 관하여 채권최고액 3억 원으로 한 공동근저당권이 설정되었다가 1987. 6. 1. 말소된 사실과 일반적으로 토지가격이 상승추세에 있는 점으로 미루어 보아 위 공동근저당권의 설정 후인 1988. 2. 16. 금 2억 원에 취득하여 1년 이상 보유하다가 같은 금액으로 처분한다는 것은 도저히 납득할 수 없어 그것이 이 사건 토지 취득시에 작성한 매매계약서로 보기 어렵고, 따라서 이 사건 토지의 취득가액은 그 실지거래가액을 확인할 수 없는 때에 해당하므로 피고가 기준시가에 의하여 양도차액을 산정하여 부과한 이 사건 처분은 적법하다고 판단하고 있다.

그러나 기록에 의하면, 원고는 이 사건 과세표준신고기간 내에 실지거래가액을 확인할 수 있는 증빙서류로 그 신고내용에 부합하는 매매계약서와 계약상대방의 거래확인서 및 인감증명서를 제출한 사실을 인정할 수 있는바(원심이 조사한 증인 소외인은 그가 원고에게 원고신고의 취득가액에 이 사건 부동산을 양도한 것이라는 요지의 증언을 하고 있다), 이와 같이 실지거래가액에 관한 증빙서류로서 취득 및 양도에 관한 매매계약서와 계약상대방의 거래확인서 및 인감증명서 등을 제출하였다면, 과세관청으로서는 위 각 매매계약서가 실제와 달리 작성되었다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 위 각 매매계약서상의 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하여야 할 것이고, 이 경우 그러한 특별한 사정이 있다는 점은 어디까지나 과세관청이 이를 입증하여야 할 것이며, 취득과 양도 사이의 거래가액 상승률이 기준시가의 상승률에 비하여 현저히 낮다거나 취득 이전에 납세자가 신고한 취득가액 이상의 금액을 채권최고액으로 하여 당해 부동산과 다른 부동산을 목적으로 한 공동근저당권이 설정된 사정이 있다고 하여 실지취득가액에 관한 증빙서류로 제출된 매매계약서가 실제와 달리 작성된 것이라고 단정할 수도 없다고 할 것이다 ( 당원 1992. 11. 24. 선고 92누282판결 , 1990. 3. 27. 선고 88누10619 판결 , 1982. 10. 26. 선고 82누265 판결 등 참조).

그럼에도 원심이 그 판시와 같은 사유를 들어 이 사건 양도차익은 기준시가에 의하여 계산할 경우에 해당한다고 판단하고 말았으니, 원심에는 필경 채증법칙을 위반하여 사실을 오인하거나 소득세법시행령 제170조 제4항 제3호(1989. 8. 1. 대통령령 제12767호로 개정되기 전의 것) 소정의 양도차익의 산정에 관한 법리를 오해한 위법이 있다고 할 것이고, 이를 탓하는 논지는 이유 있다.

그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 원심법원에 환송하기로 하여 관여 법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.