2. 항소비용은 원고가 부담한다.

이 법원이 이 사건에 관하여 적을 이유는, 원고가 당심에서 새로 하는 주장에 대하여 아래 제2항과 같은 판단을 추가하는 것 이외에는 제1심 판결의 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다(이하에서 사용하는 약어의 의미는 제1심 판결에서와 같다).

2. 추가 판단 부분

가. 원고의 주장

1) 이 사건 개발사업의 총 분양수익에서 총 분양원가를 차감하여 산정한 개발이익(이하 '이 사건 개발이익'이라 한다)은 이 사건 개발사업의 공동사업시행자인 이 사건 지방자치단체들에 모두 귀속되고, 공동사업시행자로 되어 있기는 하나 실질적으로는 이 사건 개발사업의 수탁자 내지 사업대행자인 원고에게는 사업비용의 정산 외에 아무런 이익도 귀속되지 않으므로, 이 사건 개발이익은 법인세법상 원고의 익금으로 볼 수 없다. 따라서 이 사건 개발이익이 법인세법상 원고의 익금이라는 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 피고의 작업진행률 재산정이 적법한지 여부에 관하여 나아가 살필 필요 없이 위법하다.

2) 설령, 피고와 같은 방식으로 작업진행률을 재산정하는 것이 필요하다 하더라도, 원고는 이 사건 개발사업과 관련하여 2010 사업연도에 각종 부담금으로 합계 약 1조 6,458억 원(국세청 조사액 기준)을 지출하였는데, 위 부담금은 이 사건 개발사업과 직접적으로 관련이 있는 공사원가에 해당하므로 위 부담금을 반영한 총 공사예정비를 기준으로 작업진행률을 산정하여야 하며, 이 경우 이 사건 처분은 정당세액을 초과하여 위법하다.

나. 판단

1) 이 사건 개발이익이 법인세법상 원고의 익금인지 여부

가) 인정사실

(1) AA도, BB시, AA지방공사(이후 원고로 명칭을 변경하였다. 이하 명칭변경 전후를 불문하고 '원고'라 한다)는 2003. 12.경 AA도와 BB시가 BB시 **구 **동ㆍ**동ㆍ*동, **구 **동 일원, CC시 **동, **읍 **리 일원 10,955,000㎡ 택지를 행정타운, 컨벤션센터, 관광위락시설 등으로 개발하여 공급하는 택지개발사업을 공동 시행하되, 사업시행은 원고에게 위ㆍ수탁하기로 하는 내용의 협약(이하 '2003년 협약'이라 한다)을 체결하였다. 그 주요 내용은 아래와 같다.

(2) 그 후 AA도지사, BB시장, CC시장, 원고는 2004. 11.경 CC시장을 공동사업시행자로 추가하고, BB시 장안구 연무동 일원을 사업시행 구역에 추가하는 내용의 협약(이하 '2004년 협약'이라 한다)을 체결하였는데, 그 주요 내용은 아래와 같다.

(3) 그런데 구 지방공기업법(2011. 8. 4. 법률 제10990호로 개정되기 전의 것) 제71조 제1항 및 같은 법 시행령 제63조 제2항, AA도 지방공사의 설립 및 운영조례 제20조, 제26조는 원고가 국가나 지방자치단체의 사업을 대행하는 경우 필요한 비용은 국가 또는 지방자치단체가 부담하도록 규정하고 있었으므로 원고가 이 사건 개발사업의 사업비를 직접 조달하는 것은 위 구 지방공기업법 등에 위반된다는 문제가 지적되었다. 이에 원고와 이 사건 지방자치단체들은 2006. 4.경 원고를 이 사건 개발사업의 공동사업시행자로 변경하는 내용의 협약(이하 '이 사건 협약'이라 한다)을 체결하였는데, 그 주요 내용은 아래와 같다.

(4) 그 후 2007. 11.경 AA도의회에서 이 사건 협약의 내용이 불공정하므로 원고에게 적정한 이익을 보장하여야 한다는 취지의 발언이 있었고, 이후 대행사업 수수료에 상응하는 적정수익을 보장하는 방향으로 개정이 추진되어 2010. 4.경 집행수수료(적정이익) 산정을 위한 용역이 수행되었으며, 2010. 9.경 공동시행자 실ㆍ국장 실무회의에서 집행수수료율(보상비의 1%, 공사비의 4.5%, 분양금액의 3.5%)을 잠정 합의하였다. 이후 AA도부지사가 주재한 2010. 11. 4.자 공동사업시행자회의에서 원고와 이 사건 지방자치단체들은 원고에게 집행수수료로 보상비의 1%, 공사비의 4.5%, 분양금액의 3.5%(단, 원고 자체사업 수의분양은 분양수수료 지급대상에서 제외)를 지급하고, 그 지급시기는 집행실적에 따라 매년 회계정리하기로 합의하였으며, 이 사건 개발이익으로 BB시, CC시의 재정소요사업에 약 3,036억 원을 지원하되(이후 실시계획변경 등으로 약 250억 원이 감소하였다), 개발이익금은 AA도와 원고가 추천하는 회계법인 1개사와 BB시와 CC시가 추천하는 회계법인 1개사의 검토 결과의 평균으로 하며, 회계정산시기는 2012. 6.경 중간 정산을, 투자비가 전액 회수되는 시점에 추가 정산을 하고, 정산된 개발이익금은 DD지구 내에 원칙적으로 투자하되 이 사건 협약 제8조를 준수하기로 합의하였다.

(5) 이 사건 개발이익 중 이 사건 지방자치단체들의 재정소요사업비로 지원하기로 한 액수는 2017. 11. 기준 6,244억 원이다[AA도 300억 원(4.8%), BB시 5,227억 원(83.7%), CC시 717억 원(11.5%)].

(6) 한편, 원고는 이 사건 개발이익과 동일한 금액을 원고의 매출원가 및 장기미지급비용으로 하여 재무제표에 인식하였으나 미집행한 금액은 세무신고시 손금불산입하였고, 다만 이 사건 개발사업의 진행에 따라 먼저 준공되는 일부 택지들에 관하여는 그 사용승인일이 속하는 사업연도에 분양수익을 인식하면서 그에 대응하는 분양원가를 추정하여 공제한 후 그때까지 미집행한 금액을 대응시켜 각 해당 사업연도에 손금산입하였는데, 피고는 원고가 손금산입한 금액 중 2012 사업연도에 이 사건 지방자치단체들의 재정소요사업비로 구체적으로 합의된 2,790억 원을 제외한 나머지 개발이익금은 미확정 부채로 손금에 산입할 만큼 충분히 성숙ㆍ확정된 것으로 보기 어렵다는 이유로 이를 매출원가로 반영한 금액을 손금불산입하고 각 해당 사업연도 법인세를 경정ㆍ고지하였다. 이에 원고는 수원지방법원 2016구합*****호로 2008, 2009 사업연도 법인세 경정처분의 취소를 구하는 소송을 제기하면서 위 2,790억 원을 제외한 나머지 개발이익금의 손금산입 등을 주장하였으나, 위 법원은 원고의 청구를 모두 기각하였고, 원고가 이에 항소하여 항소심(서울고등법원 2018누*****호)이 계속 중이다.

(7) 원고의 DD사업처 DD관리팀장이었던 김○○은 2012. 6. 10. 세무조사시 이 사건 협약 제8조 '개발이익은 사업지구 내에서 사용하는 것을 원칙으로 하되 필요시 당해 시 지역의 공공사업 등에 협의하여 사용할 수 있으며, AA도는 사업 면적 등을 감안하여 합리적으로 협의 조정할 수 있다'의 의미는 'BB시나 CC시에서 사업비를 부담해서 기반시설, 문화복지시설, 지구 외 연결도로 등 공공시설을 원래 지자체 예산으로 집행해야 하는데, 협약서나 공동사업시행자 협의체 결정에 근거하여 이를 개발이익금으로 설치한다는 개념'이라고 진술하였고, 이 사건 지방자치단체들은 위 수원지방법원 2016구합*****호 사건에서 이 사건 협약 제8조의 의미가 원고가 이 사건 개발이익 전액을 재투자하기로 합의한 것인지 또는 협의에 따라 개발이익의 일부를 원고의 최종적인 이익으로 남길 수 있다고 합의한 것인지 여부를 묻는 사실조회에 대하여, 이 사건 개발이익은 전액을 재투자하기로 합의된 사항이라고 회신하였으며, 원고 소속 직원으로 2006. 2.경부터 2006. 9.경까지 이 사건 지방자치단체들과 협약 체결 업무를 수행하였던 손□□는 위 서울고등법원 2018누*****호 사건의 증인으로 출석하여 이 사건 협약 제8조의 의미는 '이 사건 개발이익을 이 사건 지방자치단체들에 귀속시킨다는 것이고, DD지구 내에 있는 공공시설에 선투자하고 남는 개발이익은 BB시, CC시가 서로 협의하여 관할 지역에 재투자하되, 만약 다툼이 발생하게 되면 AA도가 사업면적 등을 감안하여 조정한다'는 것이라는 취지로 증언하였다.

(8) 한편, 원고는 AA도로부터 이 사건 개발사업 외에도 'EE국제화지구 택지개발사업' 중 AA도 지분범위 사업의 일부를 위탁받아 개발계획 및 공사 관련 제반업무, 조성용지의 공급 관련 제반업무, 보상 관련 제반업무 등을 수행한 바 있는데, 당시 체결된 위ㆍ수탁 협약에 의하면, 원칙적으로 위탁자인 AA도가 사업비를 조달하여 원고의 사업비 집행 전 이를 먼저 교부하되 다만 AA도의 사정으로 불가피할 경우 상호 협의 하에 원고가 먼저 조달하여 집행하고, AA도는 원고에게 위ㆍ수탁수수료로 사업비 중 용지비의 1%, 조성비의 4% 및 토지분양금액의 3.5%를 지급하며, 수탁업무 수행과 관련하여 체결하게 되는 용역, 공사계약 등의 체결과 토지취득에 따른 소유권이전등기명의는 원고의 명의로 하고, 위탁대상사업지구의 조성용지 공급에 따라 AA도 몫으로 분배되는 공급대금은 원고가 원고 명의 계좌로 수납하여 관리하고 분기별로 AA도에 반환하기로 약정하였다.

또한, 원고가 공동사업시행자로서 HH공사와 'FF 택지개발사업'에 관하여 체결한 공동시행 실무협약에 의하면, 원고와 HH공사의 사업지분은 각각 20%, 80%로 정해져 있고, 원고와 HH공사는 담당구역에 대한 용지보상, 문화재 조사, 설계, 공사시공, 조성용지 분양 등 업무를 각각 독립적으로 담당하며, 사업비용은 원고와 HH공사가 각각 조달하여 집행하되 일부 사업비에 대하여는 사업지분비율에 따라 원고와 HH공사가 이를 분담하고, 취득토지의 등기ㆍ등록, 용역ㆍ공사계약, 조성용지 매각계약은 원고와 HH공사의 단독명의로 수행하며, 조성용지의 공급에 따른 매매대금은 원고와 HH공사가 사업지분비율대로 그 지분을 가지기로 약정하였다.

[인정근거] 갑 제7, 8, 12 내지 18, 28, 38 내지 40호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

나) 판단

위 인정사실과 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하면, 이 사건 개발이익은 법인세법상 원고의 익금에 속한다고 봄이 상당하다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

① 원고와 이 사건 지방자치단체들은 2003년 협약, 2004년 협약에서는 원고를 이 사건 개발사업의 수탁자 내지 사업대행자로 지정하고 이 사건 개발사업을 위탁시행 내지 대행하도록 하였으나, 수탁자 내지 사업대행자 지위에 있는 원고가 사업비 전액을 부담하는 것이 관계 법령 위반이라는 문제가 제기되자, 위 수탁자 지정 조항을 삭제하고 원고를 이 사건 개발사업의 공동사업시행자로 변경하는 내용의 이 사건 협약을 체결하였다. 이에 따라 원고는 이 사건 개발사업에 관한 각종 계획의 수립, 보상, 사업시행, 사업자금 조달 등 기존 업무에 더하여 이 사건 개발사업의 정책적 사항을 결정하고, 이 사건 개발사업에 필요한 토지를 원고 명의로 취득할 수 있게 되었다. 이와 같은 이 사건 협약의 체결 경위와 문언, 이 사건 개발사업에서 원고가 맡은 역할 등을 고려하면, 원고를 이 사건 개발사업의 단순한 수탁자 내지 사업대행자로 보기는 어렵다.

② 원고는 이 사건 개발이익을 산정하여 익금에 산입한 후, 그 개발이익과 동일한 금액을 원고의 매출원가 및 장기미지급비용으로 재무제표에 인식하였고, 관련 소송에서는 이 사건 개발이익의 사용, 즉 재투자금액의 손금산입을 주장하였는데, 이는 원고도 이 사건 개발이익을 법인세법상 원고의 익금으로 인식하고 있었음을 보여준다.

③ 원고는, 원고가 이 사건 협약 제8조 제1항에 따라 이 사건 개발이익 전액을 BB시 또는 CC시의 공공사업에 재투자하게 되어 있으므로 이 사건 개발이익은 원고에게 귀속되었다고 볼 수 없다고 주장한다. 그러나 이 사건 변론종결일 현재까지도 이 사건 개발이익이 모두 얼마인지도 구체적으로 확정되지 않았을 뿐만 아니라, 위 조항은 이 사건 개발이익의 사용에 관한 대략적인 기준을 정한 것으로서 위 조항에 따라 이 사건 개발이익이 종국적으로는 이 사건 지방자치단체들에 귀속되는 결과가 된다 하더라도, 그러한 사정만으로 이 사건 개발이익이 그 발생과 동시에 원고를 제외한 이 사건 지방자치단체들에 곧바로 귀속되었다고 보기는 어렵다.

④ 원고는 이 사건 개발사업은 원고와 이 사건 지방자치단체들의 공동사업에 해당하므로 이 사건 개발이익은 그 발생과 동시에 손익분배비율에 따라 공동사업자별로 귀속되는데, 원고의 손익분배비율은 0%이므로 결국 이 사건 개발이익 중 원고에게 귀속되는 것은 없다고도 주장한다. 그러나 이 사건 개발사업에 관한 원고와 이 사건 지방자치단체들의 지분 또는 손익분배비율에 관한 구체적인 약정을 인정할 증거가 없고, 이에 대하여 원고는 다시 이 사건 협약 제8조의 '사업지구 내 사용', '당해 시 지역', '사업면적 등 감안' 등의 문구 및 이 사건 개발이익 중 일부를 지자체 사업소요비용으로 지원한 내역 등에 비추어 보면 이 사건 개발이익의 실제 분배는 원고를 제외하고 이 사건 지방자치단체들 사이에서 사업부지 내 관할 면적비율을 주된 기준으로 하였으므로 손익분배약정을 인정할 수 있다고 주장하나, 이 사건 개발이익을 이 사건 지방자치단체들의 면적 비율로 귀속시키기로 하는 합의의 존재를 인정할 증거가 없을뿐더러, 이 사건 지방자치단체들 사이에서도 이 사건 개발이익으로 지원할 재정소요사업에 관한 이견이 있어 공동사업시행자들 사이의 협의로 그 대상을 정하였던 점 등에 비추어 보면, 원고의 위 주장은 받아들이기 어렵다(원고도 이 사건 협약 당시 공동사업시행자 간 지분이 불분명하여 토지 취득에 따른 소유권이전등기를 지분별로 하는 것은 불가능하였다는 점을 인정한 바 있다).

2) 각종 부담금이 반영된 총 공사예정비를 기준으로 작업진행률을 산정하여야 하는지 여부

갑 제46호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 이 사건 개발사업을 진행하면서 2010 사업연도에 약 1조 6,458억 원을 자전거도로, 송전케이블포설공사, 도시가스이설공사, 폐기물분담금 등 각종 부담금으로 지출한 사실, 원고와 피고는 위 각종 부담금이 제외된 총 공사예정비를 기초로 작업진행률을 산정한 사실은 인정할 수 있다.

살피건대, 구 법인세법 시행령 제69조 제2항, 같은 법 시행규칙 제34조 제1항은 계약 당시 추정한 공사원가를 기준으로 추정한 총 공사예정비가 실제 발생한 원가를 기준으로 한 총 공사예정비에 최대한 부합하도록 하기 위하여, 계약기간이 1년 이상인 건설등의 경우 그 목적물의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도까지의 각 사업연도의 익금과 손금은 해당 사업연도말까지 발생한 총 공사비누적액을 총 공사예정비로 나눈 비율, 즉 작업진행률에 따라 수익과 비용을 계산하여 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입하도록 규정하고 있다. 위 규정의 입법취지 및 문언을 고려하면, 공사원가에 포함되는 비용이라 하더라도 공사 진행 정도에 따라 직접 발생한 지출이 아닌 항목은 작업진행률 산정에 있어 고려하지 않는 것이 타당하다고 할 것이다. 그런데 원고가 지출한 위 각종 부담금은 공사원가에는 포함된다 하더라도 그 지급시기가 이 사건 개발사업의 실제 진척 정도와는 무관하게 법령 또는 부담금 수령처와의 합의에 의해 결정되므로 작업진행률 산정에 있어서는 고려하지 않는 것이 타당하고, 갑 제56호증의 1 내지 3의 각 기재만으로는 이와 달리 보기에 부족하다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 받아들일 수 없다.

3. 결론

그렇다면 제1심 판결은 정당하므로 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.