2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 1997. 8. 20. 고철, 비철 도매를 목적으로 설립된 법인으로 주로 고철, 비철 등을 고물상 등으로부터 구입을 하여 동제품 제조업체에 납품을 하는 형태로 사업을 영위하고 있는데, 사업장은 서울 동대문구 휘경동 000-202에 있고 2008. 7. 3. 남양주시 수동면 송천리 000-17에 지점을 설치하였다.

나. 의정부세무서장은 원고가 ○○자원, ◇◇자원, △△금속(이하 '이 사건 거래처'라 한다)으로부터 실물 거래 없이 아래 세금계산서 내역 기재와 같이 허위의 세금계산서 (이하 '이 사건 세금계산서'라 한다)를 발행한 것으로 확정한 뒤 피고에게 과세자료를 통보하였다.

[아래 표 생략]

다. 이에 피고는 원고의 대표이사 윤XX을 조세범처벌법위반 혐의로 고발하고 2010. 10. 1. 원고에 대하여 2009년 제1기분 부가가치세 144,461,430원 및 2009년 제2기분 부가가치세 214,208,030원을 각 경정 고지하였고(이하 '이 사건 처분'이라 한다), 같은 날 원고에 대하여 2009 사업연도 법인세 754,553,400원을 경정 고지하였다(이하 '이 사건 법인세 부과처분'이라 한다).

라. 서울북부지방검찰청 검사는 2011. 2. 21. 원고가 제출한 사업자등록증, 등기사항 전부증명서, 이 사건 거래처 거래내역 합계표, 이의신청서, 중부지방국세청 조사국 직원의 진술 등을 고려할 때 위 윤XX이 이 사건 거래처로부터 허위의 세금계산서를 수취하였다고 입증할 증거가 없다는 이유로 불기소처분(이하 '이 사건 불기소처분'이라 한다)을 하였다.

마. 원고는 2010. 11. 24. 조세심판원에 이 사건 처분과 이 사건 법인세 부과처분에 대한 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2011. 4. 14. '원고가 실물거래 증빙으로 제시한 계량증명서와 대금지급 증빙의 구체성, 원고가 이 사건 거래처와 실물거래를 한 것은 사실이나, 나타나지 않는 이 사건 거래처의 실행위자를 찾기 위하여 고발한 것이라는 중부지방국세청 조사국 직원과 피고 소속 직원의 진술내용, 중부지방국세청 조사국이 윤XX의 아들 구YY가 대표이사로 재직 중인 주식회사 XX종합금속(이하 'XX종합금속'이라 한다)에 대하여 한 조사결과(XX종합금속과 원고가 이 사건 거래처와 실물 거래하고 세금계산서를 교부받은 것은 사실이나 이 사건 거래처는 명의상 사업자와 다른 실행위자가 있음) 등을 종합적으로 고려하여 이 사건 세금계산서상의 매입액은 법인세법상 손금으로 인정함이 타당하다'는 이유로 이 사건 법인세 부과처분을 취소하였으나, 이 사건 처분에 대한 심판청구는 기각하였다.

[인정근거 : 다툼이 없거나, 갑 제1호증의 1, 2, 갑 제2 내지 4호증, 을 제1호증의 1, 2, 을 제2호증의 1 내지 4의 각 기재, 변론 전체의 취지]

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 세금계산서는 공급자 등 필요적 기재사항이 사실과 다르게 기재된 세금계산서가 아니고 그렇지 않다고 하더라도 원고는 아무런 과실 없이 이 사건 세금계산서가 사실과 다르게 발행된 것을 몰랐음에도 이와 달리 보고 한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 인정사실

1) 이 사건 세금계산서의 발행, 교부일자 및 관련 거래에 대한 증빙자료

원고는 다음과 같이 이 사건 거래처로부터 이 사건 세금계산서를 교부받았고, 이 사건 세금계산서와 관련하여 거래일, 품명, 계근일, 차량번호, 입고시간, 중량, 공급가액 등이 기재된 계량증명서, 대금지급에 대한 금융자료, 이 사건 거래처 대표자의 명함과 사업자등록증을 가지고 있다.

[다음 표 생략]

2) 의정부세무서장의 이 사건 거래처에 대한 조사

가) 의정부세무서장은 2010. 4. 12.부터 같은 해 5. 23.까지 양주시 남면 구암리 000에 있는 ○○자원 사업장에 대한 현장조사를 실시하였는데, 당시 위 사업장에는 책상, 의자 등 집기만 있었고, 위 사업장의 건물주는 임대보증금 200만 원, 월세 60만 원에 약 60평 정도 되는 창고를 ○○자원에 임대하였으나 ○○자원의 사업주인 조MM이나 그 직원이 위 창고를 찾아오거나 위 창고에 비철이나 고철 등이 들어오는 것을 한 번도 본 적이 없고 2009. 3.경 월세를 지급받지 못하여 위 창고 안에 있던 집기를 꺼 낸 사실이 있다고 진술하였으며, 조MM은 신용불량자로서 상해치사, 강간치사, 횡령, 폭력행위등처벌에관한법률위반죄 등 다수의 전과가 있었다.

나) 의정부세무서장이 2009. 9. 17. 의정부시 가능동 000에 있는 ◇◇자원의 사업장에 대한 현장확인결과 사업을 영위하고 있지 않아 같은 날 직권으로 폐업처리를 하였으며, 2010. 4. 12.부터 같은 해 6. 22.까지 위 ◇◇자원 사업장에 대한 현장조사를 실시하였는데, 당시 위 사업장 전대인은 ◇◇자원이 2009. 4. 20. 위 사업장을 전차하여 입주하였으나 같은 해 7.-8.경 퇴거하였다고 진술하였고, ◇◇자원의 사업주인 윤NN은 ◇◇자원과 관련하여 세금계산서, 매출대금 입금계좌 7개와 계근표 일부를 제시할 뿐 다른 장부와 서류는 제시하지 않았을 뿐만 아니라 의정부세무서장으로부터 출석 요구를 받고도 출석하지 않았으며, 윤NN은 1993. 12. 21.부터 1994. 3. 12.까지 가정용섬유제품 도매업을 한 것과 ◇◇자원을 운영한 것 외에는 사업을 하였다는 자료가 없었다.

다) 의정부세무서장은 2010. 5.경 양주시 장흥면 일영리 100-11에 있는 △△금속 사업장에 대한 현장조사를 실시하였는데, 당시 건물관리인은 △△금속의 사업주인 심EE이 2009. 7. 6. 위 △△금속 사업장에 대한 임대차계약을 체결하고 컨테이너박스를 설치한 후 차량 1대분의 폐자원을 하차한 이후에는 폐자원을 운반하는 차량이 위 사업장을 방문한 사실이 없고 심EE 등이 3개월 후 컨테이너를 철거해 갔다고 진술하였고, 심EE의 가족들은 심EE이 초등학교 중퇴자로서 사업자금과 사업능력이 전혀 없어 택시운전과 공사판을 돌아다니며 생활하였고 공사장 인부 등 거의 노숙자 생활을 하다가 2009. 12. 30. 사망하였다고 진술하였다.

3) 이 사건 거래처의 거래내역

이 사건 거래처의 매입, 매출내역은 다음과 같다.

[ ○○자원 : 매입 - 100만원, 매출 - 원고 등에게 28억 5,300만원 ]

[ ◇◇자원 : 매입 - 없음, 매출 - 원고 등에게 17억 7,917만원 ]

[ △△금속 : 매입 - 없음, 매출 - 원고 등에게 41억 9,300만원 ]

4) 이 사건 세금계산서와 관련한 대금지급형태

원고는 구리시 토평동에 있는 XX종합금속의 사업장으로 폐동이 운송되면 계근대에서 폐동의 중량을 측정한 다음 같은 날 세금계산서를 발급하고 그 무렵 대금을 이 사건 거래처의 계좌로 송금하였고, 이 사건 거래처는 원고로부터 폐동대금이 입금되면 입금된 날 2,000만 원 이하 단위로 현금으로 인출하거나 다른 계좌로 분산 이체하였고, 다른 계좌로 이체된 돈은 바로 현금으로 인출되었다.

5) XX종합금속에 대한 세무조사결과

중부지방국세청장은 2010. 7. 20.부터 같은 해 9. 20.까지 XX종합금속에 대한 법인통합조사를 실시하여 XX종합금속이 이 사건 거래처의 사업자등록과 대표자가 일치 하는지 확인한 것으로 나타나고 거래대금도 이 사건 거래처 명의의 예금통장으로 직접 송금한 사실이 확인되므로 사업자로서는 선량한 주의의무를 다한 선의의 거래당사자에 해당된다고 판단하였다.

[인정근거 : 다툼이 없거나, 갑 제3, 7 내지 12, 16 내지 21, 25 내지 30호증, 갑 제4호 증의 1 내지 4, 갑 제5호증의 1, 2, 갑 제6호증의 1 내지 3, 갑 제13호증의 1 내지 29, 갑 제14호증의 1 내지 19, 갑 제15호증의 1 내지 16, 갑 제22호증의 1 내지 27, 갑 제23호증의 1 내지 18, 갑 제24호증의 1 내지 17, 갑 제31호증의 1 내지 13, 갑 제32호 증의 1 내지 9, 갑 제33호증의 1 내지 10, 을 제2, 3호증의 각 1 내지 4, 을 제4, 5호 증의 각 1 내지 3, 을 제6, 7호증의 각 1, 2, 을 제8, 9호증의 각 기재, 증인 박FF의 일부 증언, 변론 전체의 취지]

라. 판단

1) 어느 특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래라는 등의 이유로 그 거래에서 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는 부가가치세법 제17조 제2항 제1의2호가 규정하고 있는 '사실과 다른 세금계산서'에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담함이 원칙이고(대법원 2008. 12. 11. 선고 2008두9737 판결 참조), 일반적으로 세금부과처분 취소소송에 있어서 과세요건사실에 관한 증명책임은 과세권자에게 있다 할 것이다. 그러나 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실이 밝혀지면 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상 적격이 되지 못하는 사정을 입증하지 않는 한, 당해 과세처분이 과세 요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수 없다{대법원 2009. 9. 24. 선고 2009두6568호 판결 등 참조).

또한, 실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 세금계산서는 공급받는 자가 세금계산서의 명의위장사실을 알지 못하였고 알지 못한 데에 과실이 없다는 특별한 사정이 없는 한 그 매입세액을 공제 내지 환급 받을 수 없으며, 공급받는 자가 위와 같은 명의위장 사실을 알지 못한 데에 과실이 없다는 점은 매입세액의 공제 내지 환급을 주장하는 자가 이를 입증하여야 한다(대법원 2002. 6. 28. 선고 2002두2277 판결 참조).

2) 이 사건에 돌아와 보건대, 위 인정사실과 위에서 든 증거를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정, 즉, ① 이 사건 세금계산서를 발행한 이 사건 거래처는 2009년 제1기와 제2기에 매입이 전혀 없거나 매출에 비하여 너무 적은 반면 매출은 수십억 원에 이르는 점, ② 이 사건 거래처의 사업주로 사업자등록이 되어 있는 윤NN, 조MM, 심EE은 모두 이 사건 거래처를 운영할 경제적 능력이 없는 것으로 보일 뿐만 아니라 이 사건 거래처 사업장에서 실제로 폐동 등 수집, 판매업을 하였다고 볼 자료가 없는 점, ③ 이 사건 거래처는 원고로부터 폐동대금이 입금되면 입금된 날 2,000만 원 이하 단위로 현금으로 인출하거나 다른 계좌로 분산 이체하였고, 다른 계좌로 이체된 돈은 바로 현금으로 인출되었는데, 정상적으로 영업을 영위하는 업체가 거래계좌에 입금된 수입금을 항상 전액 현금으로 인출한다는 것은 납득하기 어렵고, 이는 실제 거래처가 따로 있기 때문인 것으로 의심이 드는 점, ④ 원고가 이 사건 거래처로부터 폐동을 인수한 구리시 토평동에 있는 XX종합금속의 사업장과 의정부시나 양주시에 있는 이 사건 거래처의 사업장은 상당히 떨어져 있어 운송비를 적게 들이기 위해서는 한 번에 가급적 많은 양의 폐동을 운송하는 것이 경험칙에 부합한다 할 것임에도 원고는 ◇◇자원으로부터 2009. 3. 27. 09:39부터 09:41까지 3대의 차량으로 합계 8,244kg(2,420kg + 3,814kg + 2,010kg), 같은 해 4. 27. 10:04부터 12:40까지 3대의 차량으로 합계 4,666kg(568kg + 1,908kg + 2,190kg)을 각 인수한 것을 비롯하여 이 사건 거래처로부터 하루에도 여러 차례 소량의 폐동을 인수하거나 이틀에 걸쳐 여러 차례 소량의 폐동을 인수하였는데, 원고가 위와 같이 이 사건 거래처로부터 인수한 폐동의 인수일자, 시간, 중량, 이 사건 거래처와 위 XX종합금속의 사업장 사이의 거리 등에 비추어 보면 원고가 이 사건 거래처의 사업장으로부터 운송된 폐동을 인수한 것인지 의문이 드는 점, ⑤ 원고는 이 사건 거래처와의 거래장부를 제시하지 못하고 있는 점, ⑥ 원고는 1997년부터 고철, 비철 도매업을 하였으므로 그 동안의 다양한 경험을 통하여 폐동 공급의 정상적인 구조와 유통경로, 업계의 일반적 거래형태나 방식 등에 관하여 충분히 알고 있었을 것으로 보이고, 따라서 이 사건 거래처를 비롯한 폐동 공급자가 실제 공급자인지 여부에 대하여 특히 주의를 기울일 필요가 있는 점, ⑦ 원고와 같은 고철 수집ㆍ판매 업체는 고철 수집과정에서 매입세금계산서를 교부받지 못하는 경우가 빈번하여 매입공제를 위해 매입세금계산서를 수집할 필요성이 많은 것이 현실인 점 등을 종합하면, 이 사건 세금계산서는 경험칙상 원고가 이 사건 거래처 외의 거래처로부터 폐동을 인수하였음에도 원고의 필요에 의해 이 사건 거래처와 거래가 있었던 것처럼 위장한 사실과 다른 세금계산서인 것으로 봄이 상당하다.

그러므로, 원고가 이 사건 세금계산서의 명의 위장사실을 알지 못하였고 알지 못한 데에 과실이 없다는 특별한 사정을 입증하여야 할 것인데, 앞서 본 바와 같은 이 사건 거래처의 운영형태 및 대표자의 전력, 원고와 이 사건 거래처 사이의 거래 형태, 폐동의 운반 경위 등에 비추어 보면, 원고 대표이사 윤XX이 이 사건 불기소처분을 받은 사실, 중부지방국세청장은 XX종합금속이 이 사건 거래처로부터 발급받은 세금 계산서가 사실과 다른 세금계산서임을 몰랐고 모른데 대하여 과실이 없다는 판단을 한 사실 및 원고가 제출한 증거만으로는 이를 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

3) 따라서 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서임을 전제로 한 피고의 이 사건 처분은 적법하고, 원고의 위 주장은 결국 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 모두 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.