2. 이 사건을 의정부지방법원으로 이송한다.

가. 소외 회사의 부가가치세환급금채권의 양도

(1) 원고는 2009. 3. 11. 소외 제이비에스건설 주식회사(이하 ‘소외 회사’라 한다)와 사이에 소외 회사를 위탁자로 하는 파주 헤르만하우스 2차 신축분양사업 시행을 위한 관리형 토지신탁계약 및 사업약정을 체결하면서 위 사업과 관련한 부가가치세환급금채권을 소외 회사로부터 양수받기로 약정하였다.

(2) 원고는 소외 회사로부터 2009. 3.부터 2012. 1.까지 사이에 발생하는 소외 회사의 부가가치세환급금채권을 양도받고, 2009. 4. 15. 소외 회사를 대리하여 피고 산하 파주세무서장에게 위와 같은 내용의 채권양도통지를 하여 그 통지서가 그 무렵 파주세무서장에게 도달하였다.

나. 부가가치세환급금채권의 발생

위 사업과 관련하여 피고는 2010. 3. 24. 부가가치세환급금 확정신고에 대한 경정청구분 2008년 2기 24,525,000원, 2009년 1기 3,558,270원, 2009년 2기 5,400,000원을 소외 회사에게 환급하기로 하는 경정결정을 하고, 그 다음날인 25. 위 각 환급금을 소외 회사에 지급하였다. 피고는 2010. 1.경 소외 회사로부터 2009년 2기 부가가치세환급 확정신고를 받아 2010. 2. 11. 소외 회사에 812,490,750원을 환급하였다. 피고는 2010. 4.경 소외 회사로부터 2010년 1기 부가가치세환급 예정신고를 받고 2010. 5. 7. 소외 회사에 530,773,030원을 환급하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1, 2, 3, 5호증(각 가지번호 포함)의 각 기재 및 변론 전체의 취지

2. 제1심 판결의 적법 여부에 관한 판단

가. 부가가치세법상 환급세액 반환청구권의 법적 성질

부가가치세법 제19조 , 제24조 제1항 , 같은 법 시행령 제72조 제1항 은 ‘사업자는 각 과세기간에 대한 환급세액을 그 과세기간의 말일부터 25일 이내에 세무서장에게 확정신고하고, 세무서장은 각 과세기간별로 그 과세기간에 대한 환급세액을 원칙적으로 확정신고기한 경과 후 30일 내에 사업자에게 환급’하도록 규정하고 있다. 한편 국세기본법 제21조 , 22조 제1항 , 같은 법 시행령 제10조의 2 는 ‘부가가치세 납세의무는 과세기간이 끝나는 때 성립하고, 과세표준과 세액을 신고하는 때 확정’된다고 규정하고 있다.

살피건대, 부가가치세법상 당해 과세기간의 매출세액에서 매입세액을 공제한 금액을 부가가치세의 납부세액으로 하도록 규정되어 있으므로, 부가가치세법에서의 환급은 이러한 조세법령에 의하여 발생되는 것으로서, 납부세액을 계산함에 있어 과세기간의 매입세액이 매출세액을 초과하는 때에 그 초과하는 금액을 환급세액으로 하여 납세의무자에게 되돌려 주는 것을 말한다.

이러한 부가가치세법상 환급세액은 이른바 부(-)의 세액으로서 공법인 부가가치세법령에 의해 발생될 뿐만 아니라 세액의 ‘확정’을 그 행사 요건으로 하고 있다. 이는 공법상의 원인에 기하여 환급되는 것이므로, 세액 확정행위 등의 무효·취소로 인하여 법률상 원인이 없는 부당이득의 반환으로서 이루어지는 과오납금 반환과는 그 성격을 달리한다. 이러한 점을 감안하면, 위 부가가치세액의 환급에 있어서는 사인간의 경제적 이해조정을 위한 제도인 사법상의 부당이득반환청구권과는 달리 납세자가 국가에 대하여 공법적 성격을 지닌 환급세액 반환청구권을 갖게 된다고 봄이 상당하다.

한편 이와 관련하여 제1심 판결이 원용하고 있는 대법원 2008. 1. 10. 선고 2007다79534 판결 은, 조세채무가 처음부터 존재하지 않거나 그 후 소멸하였음에도 불구하고 국가가 법률상 원인 없이 수령하거나 보유하고 있는 이득에 관한 것으로서 이 사건과는 사안을 달리하는 것으로 이를 그대로 이 사건에 원용하는 것은 부적절하다. 그리고 환급세액의 성질이 민법상 부당이득반환청구권이라는 취지의 대법원 1989. 6. 15. 선고 88누6436 전원합의체 판결 은 소득세법상의 과오납금 반환에 관한 것이고, 그 이후 위 전원합의체 판결을 원용하고 있는 대법원 1991. 7. 9. 선고 91다13342 판결 , 1996. 4. 12. 선고 94다34005 판결 , 1996. 9. 6. 선고 95다4063 판결 , 1997. 10. 10. 선고 97다26432 판결 등은 환급세액 반환청구권의 성질에 대하여 일반론 내지 방론으로 판단한 것에 불과할 뿐만 아니라, 행정소송법상 당사자소송이 확대·강화되기 이전에 형성된 법리여서 부가가치세 환급세액 반환청구권의 성질에 대한 우리 판례의 입장이 아직 명확하게 정립되어 있다고 할 수 없다.

결국 부가가치세법상의 환급세액은 부(-)의 세액으로서 조세법적인 원리가 그대로 적용되고 있으므로 환급세액의 반환청구소송은 전문법원인 행정법원에서 공법상 당사자소송으로 심리·판단함이 타당하다.

나. 행정사건 관할의 전속성

행정소송법 제9조 제1항 전단은 ‘취소소송의 제1심 관할법원은 피고의 소재지를 관할하는 행정법원으로 한다’고 규정하고 있고, 같은 법 제40조 는, 이를 당사자소송에 준용하면서, ‘다만 국가 또는 공공단체가 피고인 경우에는 관계행정청의 소재지를 피고의 소재지로 본다’고 규정하고 있다. 이 경우 행정사건은 행정법원의 전속관할에 속한다고 보아야 하므로, 행정법원의 전속관할에 속하는 사건을 행정법원이 아닌 일반 지방법원이 심리·판단하는 것은 전속관할 위반이 된다. 그리고 행정소송법 제7조 는 원고의 고의 또는 중대한 과실 없이 행정소송이 심급을 달리하는 법원에 잘못 제기된 경우에 민사소송법 제31조 제1항 을 적용하여 이를 관할 법원에 이송하도록 규정하고 있을 뿐 아니라, 관할 위반의 소를 부적법하다고 하여 각하하는 것보다 관할 법원에 이송하는 것이 당사자의 권리구제나 소송경제의 측면에서 바람직하다. 따라서 원고가 고의 또는 중대한 과실 없이 행정소송으로 제기하여야 할 사건을 민사소송으로 잘못 제기한 경우, 수소법원으로서는 만약 그 행정소송에 대한 관할도 동시에 가지고 있다면 이를 행정소송으로 심리·판단하여야 하고, 그 행정소송에 대한 관할을 가지고 있지 아니하다면 당해 소송이 이미 행정소송으로서의 전심절차 및 제소기간을 도과하였거나 행정소송의 대상이 되는 처분 등이 존재하지도 아니한 상태에 있는 등 행정소송으로서의 소송요건을 결하고 있음이 명백하여 행정소송으로 제기되었더라도 어차피 부적법하게 되는 경우가 아닌 이상 이를 부적법한 소라고 하여 각하할 것이 아니라 관할 법원에 이송하여야 한다( 대법원 1997. 5. 30. 선고 95다28960 판결 등 참조).

다. 소결

앞서 본 바와 같이 공법상 당사자소송에 관하여는 관계행정청의 소재지를 관할하는 행정법원이 제1심 전속관할법원이 되는바, 이 사건의 관계행정청인 파주세무서장의 소재지가 파주시인 사실은 기록상 명백하므로, 파주시를 관할하는 지방법원 본원인 의정부지방법원이 제1심 관할법원이 된다. 그런데 이 사건 소는 행정사건에 대하여는 관할권이 없는 서울중앙지방법원에 제기되어 심리되었으므로 전속관할을 위반한 위법이 있고, 그 과정에서 원고에게 고의나 중대한 과실이 있다거나 이송하더라도 부적법하게 되어 각하될 것이 명백한 경우에 해당한다고 보기 어려우므로, 이 사건은 관할법원으로 이송되어야 한다.

3. 결론

그렇다면, 제1심 판결을 취소하고 이 사건을 관할 법원인 의정부지방법원으로 이송하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.