2. 원고의 청구를 기각한다.

3. 소송총비용은 원고가 부담한다.

피고가 2015. 8. 7. 원고에 대하여 한 2015년 귀속 양도소득세 122,531,588원의 경정거부처분을 취소한다.

2. 항소취지

주문과 같다.

이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 판결 이유는 제1심 판결문 해당부분 기재와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항 , 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 인용한다.

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 조합원입주권은 1세대 1주택으로 의제되므로, 장기보유특별공제 적용대상 양도차익은 관리처분계획 인가 전 양도차익으로 한정되는 것이 아니라 주택과 마찬가지로 전체 양도차익으로 보아야 한다. 따라서 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 장기보유특별공제제도는 자산의 보유기간이 3년 이상인 장기보유자산에 대한 양도소득금액 산정 시 일정액의 공제를 통하여 부동산의 건전한 투자 내지 소유를 유도하고, 물가상승에 따른 명목소득의 성격이 강한 양도소득에 대하여 물가상승분을 공제하여 주기 위한 취지에서 마련된 것이고, 1세대 1주택을 장기간 보유하는 경우 최대 100분의 80에 이르는 고율의 공제율을 적용하는 취지는 1세대 1주택이 국민의 주거생활 안정에 필수적인 요건임을 감안하여 1세대 1주택의 장기보유자에 대한 양도소득세의 부담을 해소하는 데에 있다( 대법원 2015. 4. 23. 선고 2014두36921 판결 참조).

구 소득세법(2013. 1. 1. 법률 제11611호로 개정되기 전의 것) 제95조 제2항 (이하 ‘개정 전 이 사건 조항’이라 한다)은 ‘ 제94조 제1항 제1호 에 따른 자산’의 양도차익에 대하여만 규정하면서, 본문은 1세대 1주택이 아닌 자산, 단서는 1세대 1주택인 자산으로 나누어 보유기간별 공제율을 달리 규정하고 있었다. 이에 종래 대법원은 “재건축조합의 조합원이 기존주택과 토지를 재건축조합에 제공하고 승인된 사업계획에 따라 당해 조합을 통하여 취득한 입주자로 선정된 지위(분양권)를 양도하는 경우 구 소득세법 시행령(2005. 2. 19. 대통령령 제8705호로 개정되기 전의 것) 제154조 제1항 소정의 1세대 1주택 비과세 요건을 갖춘 경우에는 그 분양권은 ‘부동산을 취득할 수 있는 권리’에 해당함에도 불구하고 시행령 제155조 제16항 이 정하는 바에 따라 ‘주택’으로 의제되고, 그 양도당시 실지거래가액이 6억 원을 초과하는 고가주택에 해당하여 양도소득세가 부과되는 경우에는 장기보유특별공제를 받을 수 있다( 대법원 2007. 6. 14. 선고 2006두16854 판결 )”고 보아 1세대 1주택으로 의제되는 조합원입주권도 장기보유특별공제 대상이 된다고 보았다.

이후 2013. 1. 1. 법률 제11611호로 개정된 소득세법 제95조 제2항 본문은 ‘ 제94조 제1항 제2호 가목 에 따른 자산 중 조합원입주권’도 장기보유특별공제 대상이 된다고 명시적으로 규정하면서, 조합원입주권의 양도차익에 관하여는 ’조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제48조 에 따른 관리처분계획 인가 전 주택분의 양도차익으로 한정한다’고 규정하였다. 을 제2호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 개정 전 소득세법 하에서는 장기보유특별공제는 토지·건물 양도시만 적용되고 부동산을 취득할 수 있는 권리에는 적용되지 않았으나, 종전에 주택을 보유하였던 자가 재개발·재건축으로 인하여 주택이 멸실되고 조합원입주권을 보유하게 된 경우에도 멸실된 토지나 건물이 존재했다고 볼 수 있는 관리처분계획인가일까지는 주택을 보유하는 자와 달리 볼 근거가 없다는 고려 하에 장기보유특별공제의 대상으로 조합원입주권을 추가하되, 그 양도차익을 ‘관리처분계획 인가 전’으로 한정한 것임을 알 수 있다.

2) 앞서 본 이 사건 조항의 개정 경위 및 취지에 비추어 알 수 있는 아래와 같은 사정들에 의하면 이 사건 조합원입주권의 관리처분계획 인가일 이후의 양도차익에 대하여는 장기보유특별공제가 적용되지 않는다고 봄이 타당하다. 따라서 피고의 이 사건 처분은 적법하다.

① 법률의 문언해석상 한 조문 안에서 동일한 언어개념을 사용하고 있다면 특별한 사정이 없는 한 그 의미 또한 일관되게 해석하여야 한다. 따라서 이 사건 조항 본문의 ‘그 자산의 양도차익’과 단서의 ‘그 자산의 양도차익’은 같은 의미라고 해석함이 원칙이고, 이와 달리 볼 특별한 사정이나 합리적 근거를 찾아 볼 수 없다. 다만 불필요한 반복을 피하기 위하여 괄호 안의 부분을 생략한 것에 불과하다고 보인다.

② 원고의 주장은 이 사건 조항은 1세대 1주택인지 여부에 따라 양도차익의 범위와 공제율을 달리 규정하고 있다는 것이다. 그러나 개정 전 이 사건 조항은 1세대 1주택이 국민의 주거생활의 안정에 미치는 영향을 고려하여 고율의 공제율을 적용하기 위하여 본문과 단서로 나누어 공제율을 달리 규정하였을 뿐 그 자산의 양도차익의 범위에 관하여는 1세대 1주택의 경우와 1세대 1주택이 아닌 토지 또는 건물의 경우를 따로 구분하지 않고 있었다. 이 사건 조항도 장기보유특별공제 대상에 조합원입주권을 추가하였을 뿐 그 구조는 개정 전 이 사건 조항과 동일한바, 이 사건 조항의 단서가 1세대 1주택인 조합원입주권의 양도차익의 범위를 달리 규정하기 위한 것이라고 보기 어렵고, 토지 또는 건물과 달리 조합원입주권의 경우에만 1세대 1주택으로 의제되는지 여부에 따라 공제율 외에 양도차익의 범위까지 달리 해석하여야 한다고 볼 근거도 없다.

③ 장기보유특별공제 제도가 물가상승에 따른 명목소득의 성격이 강한 양도소득에 대하여 물가상승분을 공제하여 주기 위한 취지에서 마련된 것이라는 점에 비추어 볼 때, 조합원입주권의 경우 장기보유특별공제 대상이 되는 양도차익의 범위를 관리처분계획 인가 전으로 한정한 입법자의 의도는 재개발·재건축에 따른 개발이익을 공제 대상에서 제외하기 위한 것으로 보이고, 이는 1세대 1주택으로 의제되는 조합원입주권이라고 하여 달라진다고 볼 수 없다.

④ 조세법률주의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적인 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다. 이 사건 조항이 1세대 1주택인지 여부에 따라 공제율을 다르게 하기 위하여 본문과 단서를 두고 있는 것인 이상, 이 사건 조합원입주권이 구 소득세법 시행령(2015. 6. 1. 법률 제26302호로 개정되기 전의 것) 제155조 제17항 , 제159조의3 에 따라 1세대 1주택으로 의제된다고 하더라도 이 사건 조항 단서 표 2의 공제율을 적용받을 수 있을 뿐이고, 그 양도차익의 범위까지 ‘주택’과 같이 의제된다고 볼 수는 없다.

3. 결론

원고의 이 사건 청구는 이유 없어 기각할 것인바, 이와 결론을 달리한 제1심 판결은 부당하므로 이를 취소하고 원고의 청구를 기각한다.